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十六日，驻扎在金陵的太平军大举向清军进攻，共分二十多支，并集结重要兵力向雨花台长壕猛扑过来，对清军在南京的各处营垒构成了极大的威胁。曾国荃在长壕奋力防守，双方军队互有损伤。部将刘连捷英勇善战，一举斩了二千多人，太平军纷纷逃跑，曾国荃冒雨修墙。而宁国府尚有二万人驻守在雄黄镇，二十四日那天晚上与太平军勾结图谋袭击清军。二十五日曾国荃派部将易良虎、刘连捷将他们击退。
这时，驻扎在这里的清军因疾疫已经死亡了大半，而伪忠王李秀成率领苏、常两地的太平军二十多万人来援助金陵。十九日，开始围攻曾国荃的大营。太平军使用西洋的落地开花炮前后轰击，声动天地，清军各处布兵防御，共与太平军激战了十五个昼夜。
九月初三日，伪侍王李世贤从浙江率领十万大军来到这里，攻扑更加猛烈。清军伤亡很多，而太平军伤亡更多。初五日，清军出濠击贼，攻破了十三座逆垒，杀了数千人。十二日，太平军埋伏在地道的两穴里，同时轰发，土石上飞，太平军逾过墙进去了。太平军白天并没有怎么进攻，反到了夜间轮番攻战起来，连续地在清军的营壕之外扎了一百多个营，相距仅二十丈，并在暗处挖地道，想乘着雨夜进行袭击。曾国荃下令各军开挖内濠、内墙进行防御，分兵连破了七处地洞。
十月初五日，清军出濠，攻破了太平军的十座营垒。太平军兵败逃跑，死伤无数。伪忠王、伪侍王无计可施便逃跑了。金陵大营才得以解围。
同治二年四月初二日，鲍超、刘连捷向六安州发起进攻，苗沛霖包围了寿州，公檄将凝学、毛有铭前去援助，使太平军败退。初七日，曾国荃、彭玉麟共同攻克了东关太平军的营垒，然后攻克了铜城闸。
这时曾国荃已经围攻了金陵很长时间，太平军想尽办法解围，太平军与捻军联合做战。这时同治帝颁布谕旨道：“此时曾国荃雨花台之军自不能辄自移动，堕贼诡计；湖北为数省枢纽，诚不可稍有疏失，严树森出驻团风，当不至任贼窜人。群丑蓄谋纷窜，曾国藩所部各军几于应接不暇。该大臣素能镇定，惟当毅力精心，以图万全。浙、沪两军事机尚顺，左宗棠以杭城不难即克，而难于杜贼分窜，是以不急旦夕之效，固属老谋。此时贼既纷窜北岸及长江上游，浙、沪两军如能一克富阳以取杭州，一克昆山以取苏郡，则金陵之贼腹背受敌，或可即收捣穴擒渠之效。该大臣等必能因时审势，以赴事机也。”又谕：“曾国藩现驻皖省，为中权扼要。其北自巢、含、舒、桐以至英、霍，贼氛密布，发、捻交乘；又值苗沛霖复叛，颍、寿、六安逆练纷纷扑扰，凶焰顿张；金陵逆党自九洲北渡，声言就食，不即扰及里下河等处，而直上和、含，且与捻、苗各匪均相勾结，殊恐贼之蓄谋，故为此包抄大举，势将围裹安庆，以解金陵之围。曾国荃之军逼城为阵，不能遽撤，曾国藩所部桐、舒守将仅能自固，鲍超一枝劲旅往来策应，兵力已不甚厚。恐贼乘兵分备单之时，集群丑，四面围逼。该大臣驻扎江浒，实为东南大局安危所系，南顾弥增廑念。刻下皖事孔亟，计惟浙军尚属切近，左宗棠务与曾国藩声息相通，缓急可为援应，方为妥善。”
第四部分：天国瓦解围攻南京（2）
同治二年四月下旬，曾国荃乘守城的太平军因几个月未作战而有所懈怠时，命令清军连夜袭击雨花台，最后一举攻下。在奏折中，曾国藩对战况的激烈大肆渲染，说是有六千名太平军被俘杀，其实不然。雨花台紧邻城墙，地势较高，上面筑有坚固的石垒，江南大营进攻了多年都未能拿下。李秀成听说了这一消息，极为震惊，便在五月初撤离了天长、六合，率领军马援救天京。杨载福、鲍超率水陆军乘胜追击，占领了两浦，并对准备渡江的太平军进行截击。杨载福、曾国荃原计划先把九洲对面南岸的下关、草鞋峡、燕子矶等地方攻下。五月十五日，清军向九洲发起了进攻，太平军进行了顽强的抵抗，湘军遭到了惨重的损失。进行了一天激战，双方仍分不出胜负。这天晚上，狂风大作，湘军机发起猛攻，终于攻下九洲。
把雨花台和九洲攻下来后，曾国荃便准备进攻聚宝门、印子山，曾国藩也把鲍超、肖庆衍两队军马调到江南，以便对天京形成攻围之势。但由于鲍军中流行疾疫，江南一带军情危机，曾国藩攻围天京的计划破产。但太平军的形势也好不到哪儿去，李秀成的军队此时已损失了十多万人，并且缺粮少饷，对清军已无力反攻。曾国荃在六月到九月之间，先后猛攻南京城附近的印子山、上方桥、江东桥、高桥门、七瓦桥，最后全部占领了这些要地。十月，又派军队进驻孝陵卫。太平军只能通过北神策、太平两门进行联络。十一月初五，湘军用地道火药，炸塌了十多丈城墙。
此时，天京已是岌岌可危。李秀成匆忙从苏州、无锡赶了回来，但已于事无补，于是他在分析了整个形势后，建议洪秀全放弃南京，转移到江西。但洪秀全舍不得丢下南京城，太平军的形势无以缓解。同治三年正月，左宗棠在浙江、李鸿章在江苏的胜利使得南京城的屏障尽失。但此时并没有对南京城的攻守造成太大影响。湘军此时又把钟山顶上的天保城攻下，然后在太平、神策两门外修筑了坚固的石垒，派军严加把守，从而形成合围南京之势。
三月初，曾国荃更加强了对南京城的进攻，他命令湘军在各城修筑起坚固的石垒，并开挖地道，但地道所起作用不大，大多数被太平军破坏。这时由于南京城久攻不下，清廷派李鸿章前来合攻。湘军全力攻击，守城的太平军无力反击，湘军终于攻下南京城。
曾国藩至金陵后，令熊登武把他的尸体从坟里挖出来给烧了。他在七月廿八日的日记中还有记载：尸体被挖出来以后，“扛来一验，胡须微白可数，头秃无发，左臂股左膀尚有肉，遍身用黄缎绣龙包裹。验毕，大雨约半时许”。洪天贵是继位的幼天王，在天京被攻陷的当天夜晚，李秀成带着他从城南冲出重围。李秀成护主心切，让幼天王骑上了自己的壮马，却不幸与大队伍分散，一个人被俘虏。洪天贵在黄文英部的保卫之下，辗转奔逃于安徽、浙江、江西，最后还是在江西石城做了俘虏，于1864年11月18日被处死。至此，转战十余年的湘军总算完成了自己最初的使命。
第四部分：天国瓦解血洗南京城
湘军进入南京城后，对南京实行了“烧”、“杀”、“抢”的政策，如同二十世纪三十年代的南京大屠杀一样血洗南京城。首先对南京城进行焚烧。太平军大多依靠巷战，一幢幢房子就成了他们的据点，湘军为对付太平军，干脆把房子也烧掉了。他们并且把城中财宝劫掠一空。赵烈文曾这样描述湘军在南京城大肆掳掠的情形，“萧孚泗在伪天王府，取出金银不赀，即纵火烧屋以灭迹”。甚至连曾国藩本人也认识到了这一问题的严重性，他说：“至伪天王府一看，规模俱仿宫殿之别，而焚烧无一存者。”大火在南京城一共烧了八天，如若没有六月二十四日的大雨，大火不知道到何时得以平息。经过这番大火，南京城几乎成了一片废墟。曾国藩的女儿曾纪芬是这样描述的：“九月朔日，全眷赴宁，初十日入督署，亦故英王府也。方师之入城也，搜捕余党，悉焚其巢穴，巨厦多为煨烬，洪秀全所居之天王府更为无沦矣。惟陈玉成以先死，其府独空，遂未被灾，故暂以之为督署。”
湘军入城后大肆屠杀生灵百姓。曾国藩在奏折中这样写道：“三日之内，毙贼十余万人，秦淮河尸首如麻。凡伪王、伪王将、天将及大小酋目约有三千余名，死于敌军之中者居其半，死于城河沟渠及自焚者居其半。”当然这里面包含有曾国藩为邀军功而虚报数字的可能性，但也从另一个方面说明了湘军确实杀人如麻。湘军在把南京城攻下五天后，即六月二十一日，整个金陵城中，“尸骸塞路，臭不可闻”。在二十三日时，“精壮长毛除抗拒时被斩杀外其余死者寥寥，大半为兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行纵放”。“其老弱本地人民不能担又无窑可挖者，尽情杀死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二三岁亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下一人俱无。老者无不受伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远。其乱如此，可为发指”。可见，湘军在南京城杀戮的很多都是平民百姓，并且其中的大部分是老、幼、病、残、孕者，极其惨无人道。
湘军在南京城还大肆强掳和奸淫妇女，使妇女的身心健康受到极大破坏。赵烈文曾说：“妇女四十岁以下一人俱无”，可见湘军对待妇女之残忍。许多湘军将领都是好色之徒，总兵李臣典把南京城攻下一个月便一命呜呼，原因是“恃气壮气盛，不谨疾之由”。
由此可以看出曾国藩对于自己一手训练的湘军，是鼓励他们纵火杀人的，那么对于抢劫呢？他则是默许的。
早在咸丰十一年，当曾国荃攻破安庆，运送了大量的战利品到家里的时候，曾国藩就已经对他不闻不问了。
第四部分：天国瓦解领取战功，自愧故友
六月二十三日，湖广总督官文、陕甘总督杨岳斌、兵部侍郎彭玉麟，江苏巡抚李鸿章、浙江巡抚曾国荃等会衔，一起向朝廷奏请了攻克金陵之事。这一爆炸性消息，使清廷内外都感到欣喜异常。捷报发出后才刚刚有六天时间，即六月二十九日，曾国藩便收到了朝廷赏他的太子少保衔，封一等侯爵，并且是不更替的世袭制；赏给曾国荃太子少保衔，封一等伯爵。此外，主将李鸿章被赐予一等伯爵头衔，李臣典被授予一等子爵头衔，萧孚泗被封一等男爵，彭玉麟、杨岳斌、鲍超、骆秉章等，均由朝廷赏赐一等轻车尉世职，杨、彭二人还加太子少保衔。一共有一百二十多名湘军文武官员都得到加官晋爵。曾国藩及其湘军将领们个个都得到了晋升，同时他们还得到了太平军留下的无数金银财宝。
借助无数中国人民的生命，那些湘军将领们实现了升官发财的美梦。
曾国藩谋划多年的梦想终于成为现实，朝廷给了他无数的奖赏，抚今思昔，他知道今天的成功离不开无数将士效命疆场，尤其是众多幕僚朋友对他尽心尽力的帮助。于是不免想起了昔日曾给予他帮助的人。而他初创湘军时的合作者，如左宗棠、李鸿章均已高官厚禄，彭玉麟、曾国荃也都坐到了一省行政首脑的职位，而李元度则因为自己的阻碍一直都没有加官晋爵。在这种情况下，他于同治三年给朝廷上一密折，希望朝廷批准他对李元度重新任用。
其实曾国藩对自己这样接连不断地打击李元度，也不是没有感到后悔过，他在不同时期的反省程度是不一样的，前期是歉疚中夹着怨恨，到后来则是觉得自己彻底对不起李元度。如在同治元年三月初二日，因为李元度给曾国藩写了一封贺禀，曾国藩想起以前自己和李元度的关系也非同一般，他对自己对李元度的参奏难免有一些后悔之意：“旋与幕客久谈，因李次青来一贺禀，文辞极工，言及前此参折不少留情，寸心怦怦，觉有不安。”但他只是在偶然间才有了这种想法，其时他还是有些恨李元度的，如他在同年三月二十八日给曾任自己幕僚的彭申甫的信中，就说他与李元度已经不可能再和好如初了，信是这样写的：
阁下拳拳次青，具征金石不渝之谊。弟于次青结契甚深，初不减于阁下。前岁被参之后，始作《小桃源记》，径自回籍，犹可曲谅。厥后脱卸未清，遽尔赴浙，则乖睽深矣。顷于二月二十二日遵旨复奏，仍参革职。至三月初六日接奉惠书，反复追维，耿耿不安。自问平生不多负人，与次青许与之素，而乃由吾手三次参革，仆固寡恩，渠亦违义。今夙缘已尽，无颜再合。渠果发愤为雄，誓洒此耻，或遂切实建立事功，则虽默伤乎私谊，犹将裨益于公家。若更浮沉，不图自立，则非鄙人所敢知也。
到同治元年五月在第三次向朝廷参劾了李元度之后，他逐渐改变了以前的那种心态，如他在五月二十八日在给彭申甫写信的时候，已称自己不可能忘了他与李元度之间的友情。
曾国藩与李元度在官场上的恩恩怨怨，清楚地表明了曾国藩做官的一条重要的原则，对于顺应他的下属，他会加以提拔，而对于忤逆他的，他一定会严加惩治。只是由于曾国藩历来崇尚理学家的天理良心学说，才使他不致于把人逼到绝路上。
第四部分：天国瓦解擅作主张杀忠王
封号为忠王的李秀成是太平天国后期的重要军事将领。咸丰十年，他带领着军队把清军的江南大营攻破，由此我们可以看出他的军事才能是非常杰出的。他与陈玉成一道，在杨秀清、石达开之后，成为太平天国军事方面的主要力量。同治元年，因南京告急，李秀成带领太平军回到南京进行援助。同年六月十六日，南京城破，这个时候洪秀全已经去世了，李秀成护送幼天王洪天贵从南京城里逃了出去，途中与部队失散，李秀成落入了清军手中。
李秀成同陈玉成一样是广西滕县人，因为他非常重信义而远近闻名，并擅长用兵，军中无人不佩服他。李秀成被捕后，被曾国荃审问，李秀成回答说：“别再白费力气了，给我纸笔，我写出来就是。”他坐在囚笼中，每天写七千多字，一共写了十天的时间。据说，曾国藩原来承诺若李秀成投降，就不杀他，而且，李秀成在他的供状中，也已经表示愿意投降，答应只要饶他不死，他可让太平军停止战斗：“蒙九帅恩给饭食，中堂驾由皖来，当承讯问，我心悔已迟，是以将国中一切供呈。我为姓洪之将，外众将兵俱是我辖，我愿将部下两岸陆续收全投降，而酬高厚，以对大清皇上，以赎旧日之罪。在我主在邦，我为此事，是我不忠，今主死国亡，我兵数十万众在外，我不能卫天国，又听我兵害民，皆我之罪也。若我有此本事，收降我之部将，再有反复变心，仍正国法，如办不成，亦正国法。若中堂不信我有此本事，仍镇在禁，容我写信劝去。我在皖省居中，好办两岸之事，请示中堂，意下如何。”但他最终还是没有逃脱凌迟处死的命运。
这究竟是为什么呢？理由很简单，有如下几点：
首先是因为李秀成太有名望了。洪秀全死后，李秀成实际上已经代替了洪秀全的地位，如果不把他给杀了，脱逃掉