共有两万名太平军驻守在武昌，拥有几千只船舰，并且还在武昌城外修筑了坚固的防御工程。但是这些船舰都是由民船改装而成，并不适合做战。而且武器装备简陋，用的都是土炮，也缺乏有经验的将领。再加上太平军已两次遭到惨败，信心极其不足。
而湘军的情况则与之恰好相反，总兵力在两万左右，武器装备也甚为精良，而水师虽在城陵矶惨败，但陆军却获大胜，并最终攻下了城陵矶。曾国藩此时也是信心十足，增加了水师的兵力，使船舰更加坚不可摧。
根据双方的特点，结合武汉三镇的形势，曾国藩制定了水师作战的详细计划，采用了集中优势兵力各个击破的军事战略。他派水师清理江面，把太平军与武汉三镇的通路给切断了，再与陆军联合，用炮火向太平军的营垒发起进攻；陆军的绝大多数力量来攻击武昌，魁玉带领的湖北兵围攻汉阳。八月二十一日，水陆两军同时向太平军发起进攻。水师共分两路，他们发挥火力优势，将太平军的五百多艘船舰击毁烧尽；塔齐布率领的陆军将洪山攻下，使位于武昌南面重要高地和“陆路汇总之处”得到控制，罗泽南率领的军队也在同一天将花园营垒攻下。这时，守城的太平军混乱极了，许多人纷纷弃城逃跑。第二天，清军水师又击毁了数百只船舰，攻下了武昌和汉阳城外太平军的所有大小营垒。黄再兴大为吃惊，不敢恋战，第三天凌晨便弃城出逃。汉阳守军也在同一天弃城东走。第四天，水师又乘机对未撤离的汉水太平军船队进行围攻，数千只船舰，有的被烧毁，有的被击沉，无一能够幸免于难。
短短的四天中，湘军中只有二百多人伤亡，却一举将武汉重镇攻下，使太平军损失了二千多艘船舰，数千名士兵。代价如此小，却战绩辉煌，实在出乎意料。如此大胜，使整个满汉统治阶级甚受鼓舞。这次胜利，从武汉三镇掳掠了大量财物，许多湘军将领和士兵得以加官晋级，更以为太平军已是日薄西山，没有几天活儿头了，他们便把从军作战当作风险小而又可以名利双收的捷径，所以以极大的热情投入到新的战役中，图谋有更大的收获。
曾国藩也信心倍增，他辞谢了署理湖巡抚的任命，全心全意带领军队东下，并制定了从三路进军的计划，他准备先破田家镇，再进攻九江。三路军马先后在九月上、中旬发动进攻。在长江北岸，魁玉、杨昌泗带领的绿营军为主力，但这一军队素质较低，太平军把他们堵在了蕲州一带，动弹不得。塔齐布、罗泽南率领的两军是南路湘军的主力，分别向兴国和大治两地进犯，既使东进没有了障碍，又使武昌南面的防御工事得到巩固。接着两军向半壁山和富池口分头进逼。中路的水师偶尔与太平军的舰队战上几个回合，不分上下。
田家镇、半壁山是太平军的防守重镇，湘军东下九江也必须途经这里。太平兵在田家镇设有重兵防守，并在那里修筑了坚固的土城；同时在半壁山派重兵防守；江面上有两道连接两处的铁链，小船和木排布置在江心，木排上设有木城，里面有重兵防守。太平军在这里集结了大批兵力，大约有四万人，并派燕王秦日纲前来亲自率领。虽然太平军兵力强盛，部署严密，但后方力量却十分薄弱，秦日纲不敢主动攻击，只是一味地消极防御，处境十分尴尬。
综合双方势力以及形势发展情况，曾国藩做出了先以主力部队进攻兵力较少的半壁山的决定。在上次防御中，太平军利用地形的险峻以及防御工事的坚固来对付清军，但这次他们变通了策略，转而采取在营垒之外进行野战的方法。十月一日，当罗泽南率领的军队行到半壁山前二三里处时，太平军便前去主动迎击，驻扎在田家镇的大营也派军队渡江前去援助。经过一天大战，太平军死伤无数。而罗泽南率领的湘军却注意审时度势，虽太平军多次来营前求战，罗泽南却命令全军休整，第四天才与太平军开战。秦日纲虽然亲自率领军队，但并不能挽回败局，反而死伤更多，以致于丢掉了半壁山大营。罗泽南与已攻占昌池口的塔齐布军联合起来，收复了南岸；接着湘军水师又在十三日向太平军大举进攻，使太平军的江边防守被击破，焚毁了数千艘船只。
半壁山被破、江心铁链也被清军给摧毁了，驻扎在田家镇的太平军一下子就失去了战斗的勇气，加上蕲州的太平军也听到消息而撤退了军队，于是，太平军只好将田家镇主动放弃，沿江下撤。
攻克城陵矶、平定湖北以后，曾国藩在以后的日子里感到无限风光，自此以后，屡攻屡克、屡战屡胜的他大有一鼓作气将金陵拿下的攻势。
第二部分：骂名留世九江危机
九江是长江上的重镇，在保护南京方面的作用非同小可，因此，洪秀全非常重视保卫九江的工作。当时林启容是九江的守将，领有一万人马，严密把守九江。为了确保在战斗中不把九江丢掉，洪秀全又命令翼王石达开带领四万人马奔赴九江增援。而当时的湘军是在九江上游驻扎。离九江十里远的竹林店，一共驻扎有两万人马的水陆两师。一是因为前一时期屡屡在战争中取胜，二是湘军水师装备精良，所以虽然湘军的兵力并不如太平军，曾国藩也并不怯阵。
但是，由于林启容守御得法，湘军在很长时间内没有攻下九江，并且伤亡严重。因此，曾国藩急于摆脱目前的困境。当时的水师统领彭玉麟给曾国藩献上一计，提出以小股部队继续攻战九江，大股部队则从九江绕过去，以湖口和梅家洲为攻击目标，为湘军东进打通道路。
湖口是长江中的一个码头，鄱阳湖在它的南边，长江在北边，梅家洲是一个江心沙洲，它正对湖口，梅家洲与湖口之间的江面是一般船只通行的地方。
曾国藩认为彭玉麟的建议比较符合时宜。然而，令曾国藩遗憾的是，石达开对湘军此举也并不是没有料到。当时有一万名太平军驻守在梅家洲，而湖口周围有大批太平军水师埋伏在那里。咸丰四年十二月十二日，湘军水师与太平军水师在湖口江面开始了一场搏斗，太平军水师在遭受一些损失后，掉转船头驶向鄱阳湖。当时湘军水师的二百艘舢板便全数出动，在太平军水师的后面进到了湖中。正在此时，只听一阵炮声，在鄱阳湖口的太平军船队便将鄱阳湖进入长江的出口给封锁住了，同时许多炮弹也一齐轰向湘军水师的船队。至此，湘军水师才知上了太平军的当，但是既然已经被断绝了回路，便索性将船划向鄱阳湖的湖心。于是，湘军水师便被截为内湖和外江两股，而这给湘军水师造成了致命伤。因为由长龙、快蟹与舢板两部分组合起来才是湘军水师的原貌，当这两部分合在一起时，笨重的长龙、快蟹的作用和躯体一样，起着基地的作用，而快捷灵活的舢板则好比触须，它的作用在于攻击和护卫，而如今，舢板失去了躯体，长龙、快蟹失去了护翼，这意味着一场灭顶之灾即将降临到他们头上。
果然，曾国藩很快就遇到了灾难。就在因为田家镇取得胜利而奉到上谕“着赏穿黄马褂”的当天晚上，即咸丰四年十二月二十五日晚，湘军在长江水面上吃了一计大败仗。三更，太平军在九江林启容与小池口罗大纲的带领之下，各抬数十只小船入江，趁着昏暗的夜色，冲入湘军船帮，进行火攻。阵脚大乱的湘军纷纷悬上船帆向上游驶去，自九江以上到隆坪、武穴、田家镇，直至蕲州，处处皆有战船，甚至还有人弃船而逃，水手都从船上逃走了。曾国藩坐上舢板督阵，号令不可开船，可是根本没有人听他的命令。仓猝之中有数百条来不及逃亡的战船被烧毁，曾国藩的坐船也被俘虏，所有的文案全部丢失了，皇帝奖赏他的黄马褂、白玉四喜扳指、白玉巴图鲁翎管、玉靶小刀、火镰等物件，全都落入了太平军之手。曾国藩见自己手中的赌注消失殆尽，感到非常痛心，于是，他又重演了靖港之战失败后的一幕。只见曾国藩冲出船舱，便向江中跳去。
然而，上天却又为他创造了一次奇迹：正当曾国藩于绝望中跳入长江时，恰逢水师统领彭玉麟驾驶舢板路过这里，于是就救他上船。
在被送到罗泽南统率的陆军营内之后，一心想寻死的他还想仿效春秋时晋国的先轸，骑上马追赶敌人，以死赴敌，在罗泽南、刘蓉等人的努力劝告下才没这么做。事隔四年，至咸丰八年十二月，他还感到心有余悸，感叹人世间事往往是吉凶同在，喜忧掺半，真是让人难以理解！
第二部分：骂名留世九江战败
关于九江之败的具体情形，曾国藩在给皇帝的两封奏折中做了具体的阐述，它们是：《内河水师三获胜仗折》及《水师三胜两挫外江老营被袭文案全失自请严处折》。从这两份奏折的内容看，一是曾国藩已经不再像靖港之战以后的他那样畏惧失败；二是在奏折中很巧妙地交替描写胜败的场景，让咸丰帝无法对此次战役的实际情况和失败的严重程度有很好的把握。
正因为曾国藩这两份极有水平的奏稿，所以他文中请求皇帝把他交给刑部严加处理的要求并未让咸丰帝多加重视，咸丰帝的上谕中就明确表示了这一点：“水师锐气过甚，由湖口驶至姑塘以上，长龙、舢板各船与外江师船隔绝，以致逆氛顿炽，两次被贼袭营，办理未为得手。曾国藩自出岳州以后，与塔齐布等协力同心，扫除群丑，此时偶有小挫，尚于大局无损。曾国藩自请严议之处，着加恩宽免。”
在此，我们不难发现，曾国藩在战场中“长于策略，短于指挥”，也正因为如此，他的两次亲自指挥均以失败告终，尤其以靖港之败与九江之败最为深刻，而且两次都差点让他送了命。但是，九江之败是发生在湘军为朝廷立下赫赫战功，取得了一系列军事胜利之后，因此，它对曾国藩来说影响并不是特别大。但是，从另一个角度来说，九江之败却破坏了曾国藩夺取南京的计划，而且，自此之后，曾国藩坐困江西，他的军事生涯也大不如前，这对他来说可谓是深刻的教训。
第三部分：官场失意官场失意
咸丰四年十二月，在取得了许多显赫战绩之后，曾国藩在九江城外却惨败于太平军，他投水自杀，却又被人救起，之后率领湘军与太平军在江西展开苦苦的周旋。在咸丰五、六两年中，没有取得任何可以炫耀的战功。而同时，他却因为官场中的明争暗斗而与江西官员结怨极深。
1。与陈启迈结怨
当时陈启迈是江西巡抚。陈启迈字子皋，他和曾国藩曾一起在翰林院做事。陈启迈曾经做过国史馆总纂、庶常馆提调、江西按察使、直隶和江苏布政使这些官职。湘军进入江西后，虽然缓和了江西的局势，但给江西带来的负担却极为沉重。因为当时湘军水陆两师每月粮饷竟达九万两银子之多，而湘军又不属朝廷正式编制，军饷的来源则全部由地方自筹。此前湘军的粮饷由湖南省供给，但进入江西后，因为交通运输不便利，许多支出均由江西地方政府供给。陈启迈与曾国藩虽然从关系上来说是同乡，但利益不同。作为江西巡抚的陈启迈，考虑最多的是江西的地方利益，而给湘军提供军饷，会损害到江西的利益。正是由于这一不可避免的原因，曾国藩与陈启迈两人不断产生摩擦，直至达到水火不容的地步。
曾国藩此时所处的艰危的环境以及所受的窘辱，大多都来自陈启迈，具体说来，主要有：曾国藩要在江西重新对水师加以建设，陈启迈却说在江西省根本没有建设的必要；曾国藩请河南候补知府刘于浔设立船厂，陈启迈一会儿写信说，要求把厂内的若干船只给江西，一会儿又写信说，不再需要那些船了。曾国藩调罗泽南部攻湖口，陈启迈却把他调来守卫景德镇，旋又调他西往义宁，回头又把他调到湖口去。曾国藩无奈，只好几次都回信答应了他。当时太平军已占领义宁，江西官军去增援，被太平军打败。知州叶济英、粮储道邓仁坤请求罗泽南率众援助，却遭到陈启迈的屡屡禁止。事实上，曾国藩与陈启迈之间冲突的主要内容还是军饷。
而导致曾陈二人彻底势不两立的最终原因，则是因为两人对待举人彭寿颐的不同态度。
彭寿颐是万载县举人，接到了朝廷允许各地办团练的命令，他便在县内办团练。但彭寿颐因与县官李山告有着极深的仇怨，李山告便派人捉拿彭寿颐，彭寿颐被逼逃命去了。后在曾国藩幕僚刘蓉的帮助下，彭寿颐谒见了曾国藩。曾国藩在与他长谈后，认为他这个人才实在不可多得，决定给他用武之地，并把此事通报给了陈启迈。陈启迈表面上答应得非常爽快，暗中却叫按察使恽光宸捉拿彭寿颐。至此，曾国藩对陈启迈已经无法再容忍，便于咸丰五年六月十一日给朝廷的奏折中，参劾了陈启迈。
到了七月初二日，朝廷专门就曾国藩的奏折下了谕旨，决定将陈启迈革职。
曾国藩参劾陈启迈一事，虽然结果是胜利的，但是他却没有过久地享受此事带给他的喜悦。因为他在此后的江西官场更难活动，处处受到掣肘。而咸丰七年二月曾国藩得知父亲去世时，不待朝廷恩准，便为了奔丧而离开队伍回家了，这也正说明了他与江西官场的格格不入。应该说，这时的曾国藩还是不很精通为官之道的，尤其是比起后期官场中的他，所用的手段也过于简单。
第三部分：官场失意南昌城死里逃生
湘军自九江失败后，便将九江的防卫撤了去，回护南昌。咸丰六年正月初二日，太平军大举进攻樟树镇，刘于浔水师把他们击退了。周凤山从新淦赶回来增援樟树镇，在瓦山遇到了太平军，并将太平军打败。初七日，彭玉麟在樟树镇大败太平军。
二月初八九日，曾国藩听说石达开由吉安回到了临江，带领着几千名太平军，二百多艘战船，屯踞在永泰一带。十一二日又打听到，太平军欲由沙湖渡到东岸，兵分三路来袭击清军。永泰、沙湖距樟树镇都只有三四十里，易进难退。这个地方东面挨着荷湖大桥，前面的新淦县又是太平军的据点，又可由小路绕到丰城，来袭击清军的后路。曾国藩探听到在横梁、荷湖两边，各有三四千名太平军驻守。到了十三日，太平军到樟树镇堤上、河边，分两路探听清军的动向。彭玉麟率水兵，击退了河边的太平军。陆军赶到后，又击退了堤上的陆军。十四日卯刻，曾国藩派四成的军队驻扎在大桥上，以防守荷湖的太平军。并派水师战船驻扎在临江的河口，以防止贼船下窜，影响大本营的安全。周凤山亲自率领五营的陆军并让水师进军横梁。黎明时分，清军行过樟树镇数里，到达了狗颈堤，在那里看见太平军兵分四路，约有五千多人，一路驻扎在河桥，一路驻扎在堤左，两路驻扎在河边沙洲，严阵以待。周凤山急忙调来大桥上的士兵，迎击左路，然后亲自率领军队，去堵击桥上的那路太平军。彭玉麟见没有太平军的战船出得河来，便考虑到河边的那路太平军可能会包抄堤上，使陆军腹背受敌，便命令水师登岸一同来剿灭太平军，一时间炮火连天。都司毕金科、李新华各自带着士兵，袭击了沙洲里面的两路太平军。太平军合为一路，奋勇激战，虽清军多次�