最后，刘伯承要求从基本科做起，来一场思想革命，人人都用三个条令对照检查自己，制订出整改措施。他把这种做法叫作“结旧账开新支，割下麦子种晚稻”。
全院结合学习讨论三个条令，进行了一场严肃认真的关于作风纪律的检查与整顿。
在此基础上，刘伯承因势利导，领导建立了军事学院的队列生活、行政工作和训练工作制度。
队列生活制度包括早操制度、内务卫生制度、交接班仪式、升降国旗仪式和典礼阅兵仪式等。刘伯承强调，从军事学院毕业的学员，应该具有良好的军人仪表和军人举止。他经常在起床号刚刚吹响的时候就来到操场，检查学员的队列训练。发现无故不出操者，马上命令值班员去找，及时进行批评教育。
刘伯承还深入到学员宿舍，检查内务卫生，教育学员要爱清洁、讲卫生，做到工作有定时，生活有秩序，着装整齐干净，军人仪表良好。为此，他指尔院务部建立了一个洗衣房，专门为学员拆洗被服，受到了学员们的欢迎。
除此之外，还建立健全了其他一些队列生活制度。每天清晨和傍晚时，交班和接班人员要按一定的仪式和程序，严肃认真地交接工作。每当新的学员科成立，新学员入学或老学员毕业时，都要举行盛大的典礼和阅兵，请中央军委代表或由院领导检阅并讲话。
从1951年秋开始，军事学院每年都要选派一批学员参加首都的国庆阅兵。当这些学员赴京训练前，刘伯承总要先检阅一次，检查他们的训练情况，要求他们以雄伟气概走出国威军威，作正规化的表率。1951年的首都国庆阅兵，就是由高级速成科班主任杨勇高举着军事学院的校旗，带领军事学院的方队，走在整个阅兵队伍的最前列。他们以整齐划一的动作，雄健有力的步伐通过天安门广场，受到全国人民的交口称赞。
行政工作制度包括会议制度、请示报告制度和分工负责的岗位负责制等。刘伯承强调建立健全各级领导机关的工作职责，充分发挥机关工作人员的作用，改变战争年代一切由领导者“包打包唱”的现象。为此，他提出了“统一集中领导，单刀直入基层”；“集中领导，分工负责”；“共同学习政治，各自钻研业务”三个口号。这三个口号概括了他对于机关建设的三个基本思想：机构要精干，职责要分明，业务要精通。
建院之初，有的领导干部片面强调“大而全”，在机关“三部一处”（即训练部、政治部、院务部和干部管理处）下面设二级部，二级部下面设科，有的科下面还设股。另外，由于缺乏经验，各学员科也照搬机关的编制，设立相应的机构，使得一个学员科就有行政管理人员20多人。造成机构庞大，层次过多，学员与教职员比例严重失调。
刘伯承对这种状况作了尖锐的批评，把它称作“叠床架屋，骈枝丛生”，好比人的手上长了6个手指头。遇有问题时，参谋、干事靠科长，科长靠部长，部长又靠院领导。就象京剧《法门寺》里告状一样。状纸一层一层往上递，官司总也打不了。他多次强调：我们现在是在城市环境中办学校，不是战争年代在农村分片办学。领导方法要适应这一变化，要学会“弹钢琴”，克服“单打一”的现象。
为此，刘伯承采取了有力的措施——
裁并编制，砍掉多余的“一指”。把重叠的组织机构合并，把不必要的中间层次裁去，精简各级行政管理人员。首先，将机关“三部一处”改为训练、军事科学研究、政治、干部管理、队列、物资保障六部和秘书、保密、财务三处。这“六部三处”下面一般都不再设第二层的机构。同时，裁减各学员科的行政管理人员，改设协理员协助科主任工作。并撤销了专供演习使用的教导团。这样，使得学员与教职员的比例由最初的1：8下降到l：2。3，而领导作风进一步深入，工作效率进一步提高了。
制定各级干部的工作范围和工作职责，使他们在各自的岗位上有职、有权、有责，使整个机关在统一集中领导之下，经纬交织，协同动作。刘伯承把这种做法叫作“执事者各司其事”。他说：我们四川有一种风俗，办婿丧嫁娶等红白大事的时候，总要找一个聪明能干的人当司仪，统管各项事务。
每当举行仪式，司仪照例高喊一声：“执事者各司其事”。于是，奏乐的奏乐，摆宴的摆宴，接待的接待。因事设人，各尽其责，有条不紊，忙而不乱。
要求机关工作人员努力学习与本职工作有关的各种知识，成为精通业务的专门家。刘伯承指示有关部门开办文化夜校、理论学习班、俄语集训班，举办各种讲座、报告会，让机关工作人员学文化、学政治、学科学、学管理，“钻研业务，精通一门，向专门家方向发展，不能满足于‘万金油’式的项项都懂一点，而项项不精通的现象。”
对于院校来说，最重要的是训练制度。训练制度包括训练部组织系统、各教授会的工作、训练时间的配当，以及在施训受训中的纪律与秩序等。刘伯承强调“以教学为中心”，围绕教学活动对整个训练工作做出科学合理的安排。既注意全面、系统，又注意重点突出、中心明确，做到有主有从、穿插配当、纵横连贯、密切协同，使教、学、保障工作三个方面构成行动的统一，克服“单打一”和紊乱无章的现象。
刘伯承领导制订了《训练组织及其工作暂行规定》，以此作为军事学院建立正规的教学制度的依据。
这个暂行规定，严格规定了学院训练系统各个部门的工作纪律和各级干部的工作职责；规定了教员在编写讲义、想定，组织课堂教学、课题讨论和作业讲评等方面应注意的事项；也规定了学员在课堂、现地作业和野外演习中应该遵守的各项纪律。
暂行规定中关于学员的学习时间，尊重苏联顾问的意见，规定每天授课6小时，即连续上6节课，每节课50分钟，休息10分钟。另外，还要进行3小时的自学。共为9小时。
关于考试问题，规定每一主要课程学完之后都要进行考试，还有学期考试、学年考试和毕业考试。考试时要成立各级考试委员会。学制两年以上的完成科毕业考试，要成立国家考试委员会。考试方法有笔试和口试两种：笔试闭卷答题，口试抽签答题。由一个主考官和两个陪考官主持进行。
对这种课业制度和考试制度，有人赞成，有人反对。这就是军事学院成立后，院内院外议论纷纷、莫衷一是的所谓“6小时一贯制”和“三堂会审”问题。
尽管如此，暂行规定作为军事学院训练制度的一个雏型，在当时还是起了很重要的作用的。以后，院党委在总结创建初期的工作时，刘伯承曾经形象地说：1951年1月15日以前，一切均无基础，好比是“气体时代”；自1月15日到3月底，有是有了一些，但尚不健全，未走上正规，好比是“液体时代”；到了4月，《训练组织及其工作暂行规定》颁布之后，组织才渐趋健全，训练才走上正规，才成了型，才进入初具规模的阶段，气体变成液体又凝固成固体了。
在建立与改进行政工作制度的实践中，刘伯承深深感到，院校编制的最大特点是“横宽纵短”。因此，领导院校工作就要实行团一级的、面对面的、单刀直入基层的领导方法。
有人对刘伯承说：“团一级的领导方法太低了，与最高学府的地位不相称。”
刘伯承幽默地回答：“团的领导方法有什么不好？周总理出国访问，不就是代表团的团长嘛！”
第二节学习新兵种学术
各项正规制度的不断建立与完善，使军事学院象一部庞大的机器一样，和谐地、有规律地运转起来。
与此同时，刘伯承领导全院学员努力学习军事、政治和科学文化知识，掌握诸兵种协同作战的指挥本领，向现代军事科学的各个领域进军。
教育训练，必须与科研相结合。1951年2月，为了给教员、学员搞学术研究提供一个阵地，刘伯承决定在军事学院创办一个刊物——《八一杂志》。
他将此事向毛泽东作了书面报告。
不久，毛泽东在刘伯承的报告上批复：中央军委准备出版一个刊物，已定名为《八一杂志》。你们的刊物就叫《军学》好了。并题写了“军学”二字。于是，军事学院的院刊就定名为《军学生活》报。后来，“军学”就成了军事学院的代名词和显著标志而一直沿用下来。
有了学术研究的阵地，还需要建立学术研究的组织与机构。在刘伯承的倡议下，学院成立了学术研究会和学术研究室。前者是由全院教员、学员参加的群众性的学术研究组织，后者是院长领导训练部长、各教授会主任进行学术研究的工作机构。
在学术研究会和学术研究室成立会上，刘伯承提出了军事学术研究的方向是：一、以毛泽东理论与实际结合的思想方法去学习斯大林的军事科学，并先从条令着手，有步骤地使学员学会现代诸兵种协同作战；二、以毛泽东历来的几个时期的著作，去帮助学员搜集自己的经验，加以研究整理而作出经验总结；三、研究中国人民志愿军在朝鲜作战的经验以及美军的作战方法，用以教育学员。
这三条，不仅是军事学术研究工作的方向，也是学院训练工作的方向。
根据这三条，刘伯承首先组织学员以马列主义、毛泽东军事思想为指南，认真学习研究苏联红军各兵种的战斗条令。刘伯承认为，由于现代诸军兵种装备众多，技术复杂，要想协同动作，必须要有条令、条例。条令、条例是军队行动组织性、准确性的具体体现。否则，无组织、不准确，就无正规可言，更无诸兵种的协同动作可言。因此，学习新兵种学术，就要结合我军的实际情况，从学习研究条令、条例入手。这是部队教育与训练的要项之一。
当时，人民解放军的一些技术兵种刚刚建立，全军上下还没有一本诸兵种协同动作的战斗条令。于是，中央军委军训部把校译《苏联红军野战条令》的任务交给了军事学院。刘伯承对此事非常重视。他让科研部组织专门班子，把这本条令的1948、1952、1953年三个版本全部译出来。并多次对参与这项工作的人指出：现代战争是诸兵种的合同战争，这就要求各兵种在战争中应有严格的、和谐一致的协同动作。因为只有各兵种和谐一致的努力，才能达到胜利。由此可知在集中统一指挥之下各兵种协同动作的组织工作，是何等繁剧，何等紧张，却又不能不落在指挥员的肩头之上。所以有人说，指挥员的组织能力，就是军事学术。这句话是有道理的。我让你们仔细地准确地翻译这本野战条令，其意就在于此。
一个月之后，《苏联红军野战条令》译出来了，并据此编写了相应的教材供学员学习。科研部领导感到这项工作总算比较圆满了，可以向院长交差了。可刘伯承仔细地看了译稿，并不满意，嫌它粗糙。他对科研部领导说：“这本野战条令是学院最基本的教材，一定要译得十分准确才行，不能有丝毫差错，不能有任何含糊其辞的地方。现在全军正在进行正规训练，武器装备也大大改善了。如何使用这本条令，结合我军的现实情况来学习新兵种及其学术，这是解决教育与训练理论联系实际的一个重要问题。这件事还没有结束，我还要亲自校正译稿。将来你们还要帮助我做好这件事！”
经过一段时间条令、条例的学习，学员们初步掌握了诸兵种协同作战的一般理论概则。这时，刘伯承又带领他们到海军、空军和其他技术兵种部队参观见学，了解这些军兵种的技术与战术，为下一步组织实施协同作战的野外作业和实兵演习打下基矗刘伯承不辞辛苦，和学员们一起，到南京大校场空军机场参观飞行训练；到驻长江口的海军部队学习舰艇知识；到驻徐州的装甲部队观摩坦克打靶。
从坦克的履带、舰艇的舵轮和飞机的引擎学起，熟悉它们的技术性能和战术动作。
在海军部队参观见学时，刘伯承对海军术语“破雷卫”的确切内容搞不大清楚。于是，他就请教海军的一位干部，这位干部告诉他，由两艘军舰拖索破雷的工具叫做“破雷卫”。他听完之后非常高兴地说：“你是专家。我从你这里学到了知识，以后还要向你请教。”
在空军部队参观见学时，刘伯承却遇到了一件很不愉快的事。当他提出让学员看看进口的苏制米格战斗机时，空军部队的负责人支支吾吾地说，这件事他作不了主，需要征求苏联顾问的意见。结果，苏联顾问不同意，飞机没有看成。
这件事使刘伯承很气愤。了解他的人都知道，他是不爱发脾气的。但是，这一次，他却真火了，非要把这位负责人找来当面质问不可。
这位负责人自知理亏，不敢再见刘伯承，让一位副手去。
刘伯承毫不客气，严肃地批评说：“你们空军究竟是中国人当家，还是外国人当家？飞机我们已经花钱买来了，已经是我们自己的了，为什么组织学员参观还要外国人批准呢？”
参观见学活动，使学员们初步了解了海、空军等军兵种的技术与战术知识。为了在人民解放军作战经验的基础上，学习现代诸兵种联合作战的组织与指挥，刘伯承又召开了战例编写会议，决定以各军区和各野战军为单位，把学员组织起来，成立战例编写小组，由战史教授会和学术研究室派人辅导，以个人写作和集体写作相结合的方式，首先编写第三次国内革命战争时期的战例。他要求全体学员积极行动起来，人人动笔动口，参加编写工作。
在刘伯承的发动下，编写战例的活动蓬勃开展起来。许多学员利用课外时间，废寝忘食地工作。他们找资料、绘地图，座谈讨论，反复修改。经过5个多月的努力，共有100多人编写出了82个战例。从类型上，有运动战、攻坚战、阻击战，以及渡海登陆作战等。从内容上，有著名的三大战役中的一些战斗，还有石家庄战役、太原战役、兰州战役、上海战役、粤桂边追击战斗和海南岛登陆战斗等一系列战役战斗。
当这些战例汇集起来送给刘伯承审阅的时候，他非常高兴地对训练部的干部说：“我们要从原有基础上学习现代军事科学，学习诸兵种协同作战，就必须珍惜我们过去流血的经验与创造，发挥战例的积极作用，把它用到训练中去。”他指示训练部赶快汇编成册，铅印出版，发给全院学习。并挥笔写下了“战例汇集——刘伯承题”八个字，作为封面。
第三次国内革命战争时期的《战例汇集》，一共分4集陆续出版，它的意义是很大的。对于教员来说，给他们提供了许多生动的实战经验，充实了教学内容，提高了教学质量；对于学员来说，使他们注重理论与实际结合的学习方法，有利于在总结自己作战经验的基础上去学习现代军学科学和指挥艺术；而对于刘伯承来说，这只是他理论联系实际领导教学的开始。下一步，他又在考虑如何学习与总结正在战斗着的志愿军的作战经验，并把它运用到军事学院的教学之中去。
第三节来自朝鲜前线的汇报
从志愿军一入朝，刘伯承就密切注视着抗美援朝战争的每一步发展。他指示宣传部门利用多种形式宣传抗美援朝的伟大意义，指示训练部门认真收集整理、学习研究志愿军的战役和战斗经验