件导致尼克松辞职。这种形势适合克里。他曾经是个不停歇的公诉人，喜欢被公开赞扬；他也是一位雄心勃勃的政治家，被托付给爱德华·肯尼迪（Edward Kennedy）——一个通过法律、支持同事的影子。肯尼迪在总结克里在参议院的首要作用时说：“他本质上是一个好调查的人。你可以调查，然后制定法律。他已经调查了。”
那时，诺思是一个默默无闻的白宫助理，留着短发，性格严厉刚直，充满爱国热情，并且对里根总统十分忠诚。诺思曾经秘密地开始组织一项复杂的计划，想要从富有的保守派、其他国家以及秘密的武器销售的盈利中募捐钱财，用以绕过法律来援助尼加拉瓜反政府军。
事情正在准备当中，这个消息进入了克里在国会山的办公室。他的办公室已经成了一块磁铁，从左派记者、活动家以及阴谋理论家们来的秘密消息都被吸引到这位参议员的反战历史和对里根的中美政策的批评上来。“我组织的活动的中心思想，就是要将越战期间的经验教训带到参议院。这提醒我，要反对那种非法活动，它正在进行，我们听说了这件事。”克里回忆时说，“从严格意义上讲，我的确在进行一次特殊的调查。”这位越战时期的船长曾经指挥着快艇前进杀敌，现在，他又召集了一支有战斗性的队伍，众志成城地在拉塞尔参议院办公大楼（Russell Senate Office Building）里工作。克里这支斗志旺盛的队伍在华盛顿并没有什么经验。像克里一样，这支队伍也不太想融入美国参议院的上流模式中去。在选择助理上，克里是个折衷主义者，这和他选择参议院搭档的时候是一样的。前参谋长弗朗西斯·兹文尼格（Frances Zwenig）说：“约翰组成的是一个非传统型的联盟。”“不可能将他归入某一类。他所喜欢的是那些像他一样的战士，那些活跃的人。”另一位前参谋长罗纳德·罗森布里斯（Ronald Rosenblith）说。他同时还讲出了自己的性格特点：“我惹人讨厌，我就只知道讲实话。”
给和平一个机会给和平一个机会（5）
1985年年末，克里的同伴们收到了一份有趣的报告。这份报告来自约翰·马提斯（John Mattes），一位迈阿密的公设辩护律师，他的姐姐是马萨诸塞州的和平拥护者。马提斯有一位顾客，声称对于反政府军的秘密支援网络十分了解。克里的同伴采访了马提斯和他的顾客，并且飞往哥斯达黎加去询问其他年轻人，这些人涉嫌曾经为美国所支持的援助反政府军的网络而工作。
克里当时的顾问瓦纳说：“那就像是一部侦探小说。”调查出的线索说明“里根政府违反了美国法律，奥利弗·诺思涉嫌其中，我对这个人完全不了解”。克里的同伴们向他报告了得出的令人难以接受的判断——这可能是走私和暗杀事件。当听到这些的时候，他总是苦着脸叹道：“这不是真的，不可能发生。”
但他给别人留了余地。克里得到了参议员理查德·路加（Richard Lugar）的信任，后者是受人尊敬的共和党人，参议院外交关系委员会的主席。在监察1986年菲律宾选举时，克里曾经和他共事。
路加回忆说：“他明白，对于我们正在做的事情我是严肃而雄心勃勃的，这项工作很庞大，但他在工作中总是很公平。他不是那种持不同政见者的典型。我觉得，他并没有像有些人那样，只是苛求里根总统，苛求一位共和党总统。”
但诺思却一直认为，克里就是里根总统的一大威胁。他多次谢绝了采访要求。后来国会得到了他的笔记本，其中记录了很多关于克里、他的同伴们以及他们的自由调查的事情。1986年4月18日，诺思写道：“参议员克里想要得到证据，将RR（罗纳德·里根〔Ronald Reagan〕）和La Penca联系到一起。”运动中的不妥协者曾试图暗杀一位反政府军的领袖，La Penca就是那次暗杀事件的发生地。不久之后，克里遇到了阻力。国会调查员们后来说出实情，政府胁迫克里的那些证人，其中包括一位名叫杰克·特雷尔（Jack Terrell）的神秘人物，他声称曾经是反政府军的顾问，以化名“法拉科上校（Colonel Flaco）”来工作。
特雷尔对克里以及少数几个调查员说，诺思的援助网络曾被用来走私军火和毒品。克里的同伴们在新奥尔良采访了特雷尔，然后带他到了华盛顿，将他安置在一个安全的房子里，并获得了自由派智囊团，即国际发展政策中心（International Center for Development Policy）的资助。在后来被伊朗反政府军委员会得到的一份递交给里根的备忘录中，诺思警告说：“特雷尔的指控是参议员克里所作的调查的核心。”诺思将特雷尔标注为尼加拉瓜间谍、潜在的总统暗杀者和“恐怖主义威胁”。
情报机关改变了方向，FBI开始监视特雷尔。密探们跟踪他，调查他的电话记录，检查他的垃圾，强迫他接受测谎仪测试。他们最终发现，这个人对总统毫无威胁。但是他的热情消失了，没有再去作证。
此外，外交关系委员会中的共和党人泄露了克里对政府的调查的细节。倾向于保守派的《华盛顿时报》（Washington Times）发表了几篇文章，声称克里的同伴们正在诱导证人作伪证。在诺思的坚持下，FBI开始收集关于克里的调查的信息。
尽管有克里和国会调查员的工作，诺思的活动还是在秘密地进行。但是在1986年10月5日，一架C123飞机在尼加拉瓜被击落。在残骸中发现的文件，将这架飞机和CIA所有的南方运输航线联系起来。一位幸存的机组成员尤金·哈森福（Eugene Hasenfus）说，他和武装反政府军的工作有关。对于克里的调查员们来说，这次事件像是CIA的一次秘密行动。他们都怀疑诺思也与之有关。到此为止，在克里的要求下，全体委员会成员开始了调查。1986年10月10日，克里利用这一天来听取对助理国务卿艾略特·阿布拉姆斯（Elliott Abrams）的询问，是关于里根政府是否曾经牵涉到外国政府和武装反政府军。
阿布拉姆斯：“可以说，在我担当助理国务卿的15个月里，我们没有从任何外国政府那儿收到过一分钱，一分钱也没有。”
克里：“我们是谁？”
阿布拉姆斯：“美国政府。”
克里：“那反政府军呢？”
阿布拉姆斯：“我不知道。但并不是说，我知道这件事而它没有通过我们来做。事实是，我认为我会知道这件事，因为如果他们跑到外国政府那里，该国政府就会想得到我们的赞同去帮助反政府军。然后他们就会对我们说，你们想让我们这样做，是吧。这样的话，我就会知道这件事的。”
这份证词以及其他对国会委员会的类似陈述，后来导致了阿布拉姆斯不得不承认他犯了错误，对国会隐瞒了事实。（1992年，他由老布什总统赦免，现在则在小布什的白宫供职。）
10月15日，在参议院外交关系委员会的询问五天之后，诺思对克里的工作又一次感到恼怒。他在笔记本中写道：“约翰·克里——有八票。”克里的名字被加上了下划线。
之后，在1986年11月初，黎巴嫩的《帆船》周刊披露了一份震撼国会山的爆炸性消息，说美国向伊拉克秘密出售武器。几周之后，白宫透露说，武器销售所得的资金已被转往援助反政府军。突然之间，克里的理论看起来并不是很牵强。他希望可以借此将调查引导到这一非同一般的事件中来。违反法律向交战国一方出售武器（当时伊朗正与伊拉克交战）是当时的全国头条话题，在国会大厅里，有人担心，美国恐怕将会遭遇另一次总统任期中断（即伊朗门事件）。
但是，国会领袖们选择伊朗反政府军调查委员会的中坚分子的时候，克里没有被选中。这些被选中的人是一些同意大多数人意见的政治家，而不是反对者。处于失望中的克里和他的同伴们感到，选中这些人作为委员会成员是为了掩盖事情的真相。瓦纳回忆道：“他早就被通知，他们不会选中他，他资历不足，并且引起争议他们考虑的是共和政体的生存。”甚至一些民主党人也“认为约翰比他们想要的更加激烈”，罗森布里斯说。
给和平一个机会给和平一个机会（6）
作为安慰，民主党领袖让克里做小组委员会的主席，这个小组委员会是关于恐怖主义、麻醉品、国际联合行动和一个建立反贩毒联盟的宪章的。在失望之中，克里用他的调查来反击。这个小组委员会于1989年发布了一份报告，得出的结论是，CIA和其他美国探员无视在反政府军网络的边缘上发生的毒品走私。在许多情况下，毒品走私贩正使用着和反政府军所用的一样的飞机、机场以及其他资源。
让阴谋理论家失望的是，克里和他的同伴们没有发现证据，能证明美国偷运毒品或支持反政府军的毒品团伙。
在调查中，一位俄勒冈州的商人理查德·布兰尼克（Richard Brenneke）声称与CIA有联系。克里的小组委员会取得了他的证词。他控告副总统乔治·布什的办公人员曾支持了反政府军的毒品走私活动。这个控告是耸人听闻而没有事实依据的。布什质问克里，让他“拿出证据，不要再透露不公正或不真实的信息”。克里否认泄密，而小组委员会放弃了布兰尼克的观点。
共和党参议员们怀疑克里的动机。克里的调查——在1988年总统竞选中开始实施，当时是布什和马萨诸塞州州长迈克尔·杜卡齐斯竞争——“好像是杜卡齐斯竞选活动的一部分”，肯塔基州参议员米奇·迈克康奈尔（Mitch McConnell）回忆说。他是小组委员会中的资深共和党参议员。该项调查“退化为有偏见的党派性议事日程”，迈克康奈尔认为，克里就是想要制造言论来损害布什的声誉和成为总统的可能。
最终，小组委员会在反政府军的贩毒联盟上的发现被后来的两次联邦调查所证实。CIA的监察长和司法部发现，这些探员很少或没有对那些数以百计的指控作出反应。这些指控说明，反政府军和他们的援助网络及毒品有关。
直到20世纪80年代晚期，克里以这种方式带领他的参议员同伴们集中于调查、取证和证词。这和他在十年前做米德尔塞克斯县的助理检察官时的方式一样。但是现在，他所协助调查的对象不再是本地的贼或罪犯，而是毒品、间谍和洗黑钱的全球地下网络。在对反政府军毒品走私的调查的一个分支中，克里研究了一些报告，这些报告说明巴拿马独裁者曼纽尔·诺列加（Manuel Noriega）和毒品走私有关。但调查显示，诺列加是在一家国际商业信贷银行（The Bank of Credit and merce International）的帮助下将钱运出巴拿马的——这又激起了克里的进一步调查。
国际商业信贷银行（BCCI）是一个源自中东的机构，其雇员很少对那些富有而强大的顾客提问题，这一点深受军火商、毒品贩子、像诺列加一样的专制君主以及情报局的欢迎。在CIA，它被称为“贼和罪犯的银行”。CIA有时也利用这家银行来洗钱。
1988年，克里开始调查。这惊动了华盛顿的一些民主党组织。BCCI有名望的朋友包括前国防部部长克拉克·克利福德（Clark Clifford）、前总统吉米·卡特（Jimmy Carter）以及前总统的预算总监伯特·兰斯（Bert Lance）。当新闻透露说，克利福德在华盛顿的银行是BCCI的后台时——以及那位银发的民主党人曾经在这项活动中受益良多——克里的那些参议院同僚顿时变得冰冷。
不止一位民主党参议员问克里：“你在对我的朋友克拉克·克利福德做什么？”克里的助理们还记得，帕米拉·哈里曼（Pamela Harriman），一位著名的政党资金资助人，她曾经在乔治敦她的家里为克里举办宴会，她和杰奎琳·肯尼迪·奥金克洛斯（前总统肯尼迪的遗孀，后来嫁给希腊船王奥纳西斯——译者注）拜访了克里，要求他不要追踪克利福德。克里和他的同伴们处于极端的压力下。外交关系委员会主席、罗得岛的民主党参议员克莱本·佩尔（Claiborne Pell），开始要求克里结束调查。布卢姆将反对BCCI的证据递交给司法部，但被回绝了。在克里的祝福下，布卢姆离开同伴，将案件转呈给纽约区检察官罗伯特·默根萨（Robert Morgenthau），他受审了案件。结果，1991年夏，距克里调查三年后，这家有大人物做幕后主使的银行倒闭了。
在那年秋天的参议院听证会上，当他最终让84岁的克利福德出现在证人席上的时候，可以看得出克里的心里在挣扎，他没有故意刁难这位老政治家，允许后者说自己已经忘记了。在休息的时候，他的助理们催促他。他对助理吼道：“他是位老人，他不记得了，我不会去羞辱一位老人。”大卫·麦肯（David McKean）还记得他说过的这句话。他是克里的表兄，也是克里的同伴之一，他后来写了一本关于克利福德的书。
几年之后，克里说，当他发现克利福德以及其他有名望的民主党人和BCCI有关时，他感到“震惊惊讶”，但是“只能听天由命，继续调查，不管后果如何”。
克里是带着敬意来对待克利福德的，对于这一点，他辩解说：“我认为，羞耻要有一个平衡。很多人是看着约瑟夫·威奇（Joseph Welch）回应乔·麦卡锡（Joe McCarthy）长大的，我也是其中之一，我还记得他关于羞耻感的词句。”1954年，随军顾问威奇在回应参议员约瑟夫·麦卡锡（Joseph McCarthy）指控他为“赤色分子”时说：“先生，你最终还是没有羞耻感吗？你没剩下些羞耻感吗？”（“Have you no sense of decency， sir， at long last？ Have you left no sense of decency？”）
克里在谈到质询克利福德时说：“我认为我们已经证明了我们想要证明的，我们得到了证词，这很重要。但我觉得，没有任何理由去跨越那条必要的界线。”
漂泊年代漂泊年代（1）
1987年初，只当过两年参议员的约翰·克里就已经成为政治舞台上一位不可多得的人才。由于他的反战活动尤其是对伊朗门事件的穷追不舍，克里已经上了保守派的黑名单。奥尔特加的苏联之行和对里根军火政策所投的反对票，更使他日益成为右派发言人和评论员攻击的对象。
1988年，伊朗门事件导致共和党继续入主白宫的希望岌岌可危，作为调查人的克里遭到了保守派更多的攻击。1987年初，《华盛顿时报》谴责他在山地尼斯毒品走私案件中掩盖了事实。 《保守党文摘》的发行人则谴责他“亲山地组织，亲共”的立场，说他在很多年前就是一个“为越共成员打抱不平的老兵”。3月，《华尔街日报》报道说克里可能将取代泰德·肯尼迪和蒂普·奥尼尔成为对右派最具威胁的人物。
“我的爱国心总是受到这伙人的打击，我真的受够了。” 克里说道。他不断重申自己支持中美洲摆脱苏联和古巴军事控制的立场。他还说：“我曾经为这个国家战斗，为它流血，而且去年我还投票赞成了一项3000亿美元的国防预算。”