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从此，明兵情势急转直下。本来十万明兵从辽东赶往济南想与铁铉合军，走到直沽就被燕军截杀，主师杨文被擒，没有一个人能到济南（辽东明军之所以迟迟赶到，主要是朱棣约好鞑靼兵不断骚扰边境，牵制了辽东的明军，可见朱棣还是个有“卖国”嫌疑的反贼）。
1402年6月，燕兵至泗州，守军不战而降。
朱棣列大兵于淮河北岸，明将盛庸拥数万兵于南岸。未几，燕兵又施奇袭计，这群惯于骑马的北方兵竟能先派数百人乘小舟先入南军舰队中放炮，屡战屡败的南军惊骇至极，弃舰而逃。
燕军乘胜，当天就攻克盱眙，直趋扬州。
扬州守将王礼等人暗中通款燕王，把主管江淮的监察御史王彬捆住，大开城门投降。
接着，燕兵又降高邮、克仪真。此时，长江之上，遍插燕王大旗的巨舟往来穿梭，旗鼓蔽天。
金陵城内，大臣们见势头已变，各自心怀鬼胎，都以守城为名求出，致使都城更加空虚。
情急之下，建文帝派燕王堂姐庆城郡主入燕营请和，答应割地，与燕王中分南北，划江而治。
事已至此，朱棣当然不干，婉言拒绝。
建文帝惶急，忙问方孝孺：“今奈何？”
孝孺书生，只能回言：“长江可当百万兵，江北船已遣人烧尽，北师岂能飞渡？”
七月，燕军大集合，于浦子口向明军发起攻击。明将盛庸与诸将逆战，竟也击退燕军，又赢得一次暂时的胜利。
至此，朱棣想与侄子议和北还。估计天气溽热，朱棣自己也有些顶不住，毕竟已得到一半国家，想先回北平休整一下再图后举。
假如此次朱棣回北平，后来的事情还真难以预料。大胜大败，谁也说不清楚，况且建文嫡孙嗣位，正朔所宗，军心民心，道德的力量无比巨大，会在一夜之间可能突然令燕军兵败如山倒。
节骨眼上，朱棣能战惯战的儿子朱高煦率生力军赶来，见此，不由不使朱棣大喜过望。他一跃而起，全身贯甲，抚着朱高煦后背说：“勉之！世子多疾。”
言外之意上要把继承权传给朱高煦。有这一句话，朱高煦活人被打强心针一样，铁了心死战。
建文帝本来派都督佥事陈喧率军增援盛庸，不料陈喧径直坐船过江投降了朱棣。
于是，朱棣装神弄鬼，祭大江之神，誓师渡江。燕军舳舻相衔，旌旗蔽空，金鼓大震。当日天气万里无云，水平如镜，虽然盛庸水军沿江列舰二百余里，但明军看见燕军如此盛势，皆大为惊愕。仗未开打，明军心理上已经输掉。
燕军乘船迫岸，首先直冲盛庸主营。盛庸师溃，燕军追奔数十里。最后，杀得盛庸单骑遁，其余将士皆解甲投降。
明军舟师如此之众，竟不战而降，至此可见燕军的兵威已经非同一般。（盛庸逃跑后，朱棣不久即攻下金陵称帝。盛庸以余众降，守命驻守淮安。不久，建文帝的兵部尚书铁铉被擒获，朱棣马上命盛庸退休。很快，朱棣就派人诬告盛庸“怨望有异图”，逼迫盛庸自杀。朱棣起兵后屡战屡捷，但多次败在盛庸和平安两将之手，因此一直记恨在心。）
抢渡长江后，燕军攻下镇江咽喉要地，直奔金陵杀来。
当时，本来凤阳还有留守军队数万，但守将认为中都不能轻弃，死心眼固守中都。驸马梅殷在淮安也有数万兵，也因消息隔绝，不知所为。
建文帝到了这个地步，惊惶忧郁，天天徘徊殿庭间。无奈，他招方孝孺问计。
方孝孺只是一大儒，兵事根本非其所长。他只能在朝班上抓住李景隆，说：“坏陛下事者，此贼也。”请建文帝下令杀掉他。群臣班中共冲出十八人，都咬牙切齿，愤怒之下，争相上去拳打脚踢，差点把李景隆当众打死。
把李景隆暴打一顿，火气稍消，方孝孺出主意说：“城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足。应把城外居民尽驱入城，并把城外木材全部抢运入城，使得燕兵无攻城之具，日久就会自行撤离。”
建文帝从之。这一来，盛暑季节，老百姓毒日头下搬运巨木，饥渴劳苦，死者无数。大家为躲避拆毁自家房屋后运送房梁入城的苦差，许多人自己纵火烧屋，大火连日不息。
“屋漏偏逢连夜雨，船漏又遭顶头风。”好好的金陵城，东北角和西南角又无故崩塌，朝廷下忙派兵民抢修，怨天愁地，上下官民都昼夜不得休息。
惶急无计之下，建文帝一拨又一拨地派李景隆和诸位王爷出城，乞求燕王朱棣退兵，答应割地中分天下。
朱棣当然不会退兵，一口咬定要逮捕“奸臣”，诸王个个碰了软钉子而回。
建文帝会群臣，当众恸哭。有人劝建文帝逃往蜀地，有人劝逃往浙江，有人劝逃往湖湘，意见纷纷，莫知所之。最早立议削藩的齐泰、黄子澄都早先出外“募兵”。至此，建文帝一筹莫展，天天长吁短叹，恨恨道：“事出汝辈，而今皆弃我去乎！”
燕王朱棣害怕四方勤王兵至，便派军队诸将日夜研究攻城计略，想尽快结束战斗。
哨探侦知金川门是李景隆把守，朱棣便率先派军攻打。燕军一到，李景隆与谷王朱橞马上大开城门投降。以兵部尚书茹瑺为首的数十个望风使舵的建文帝臣子也都纷纷投奔，叩请朱棣称帝。
李景隆是朱元璋重臣李文忠之子。李文忠是朱元璋亲外甥，连李景隆的名字都是朱元璋所起。此人相貌堂堂，但其实是个绣花枕头美男子。他先前丢盔卸甲亡掉八十万军队，建文帝也没有诛杀他。危难关头，他不仅不以死报，反而首先开城门投降朱棣，此人品性也真是至差至衰。朱棣即位后，李景隆得授“奉天辅运推诚宣力武臣”，增岁禄千石。朝廷每有大事，他还站在班首主持政议。为此，诸功臣皆不平。永乐二年，朱棣的兄弟周王告发李景隆在建文朝时强向自己索贿一事，不久，又有人告发他“蓄养亡命，谋为不轨”。毕竟姑表亲，朱棣不忍加罪，只是削夺他的勋号，以公爵身份归家停职。又过些时日，有大臣弹劾“李景隆在家坐受阁人伏谒如君臣礼，大不道；〔李〕增枝〔景隆子〕多立庄田，蓄童仆成千，意叵测。”朱棣这才下旨把李景隆父子连同家眷全部软禁，没收全部家财。老哥们耍赖皮闹绝食，十几天不死，也就又继续苟延残喘下去。寂寞荒凉之下，直到永乐末年才病死。
建文帝惶急，史载，他是“逊国而去”。
建文帝逊国，乃中国历史一大谜团。官方所修正史也讲“宫中火起，帝不知所终”。但朱棣“遣中使出帝后尸于火中，越八日葬之”，自己单方面宣布建文帝已被烧死。但他称帝后，仍然不放心建文帝，怕这位侄子日后东山再起，派人四处寻找。大太监郑和自永乐三年起〔公元1405年〕数次下西洋，表面上是宣示大明国威，一路挥霍金银无数，实际上最重要的目的只有一个，就是为了探访建文帝下落。当然，七下西洋，诚为我中华征服海洋的壮举，据说美洲也是三宝太监首先发现，比哥伦布还要早。估计朱棣和臣下谁也没想到，为了寻访一个小皇帝下落的航海“壮举”，会带出日后那么多大动静来。
建文帝嫡孙袭统，居正朔之位，竟败于起兵反叛的藩王之手，实是中国历史上一个非常出人意料的结局。总结起来，建文帝失败原因不外如下：
第一，建文柔仁。燕兵将皆勇战骁勇之辈，建文帝竟于大战前下明诏“莫伤害朕之叔父”，不明之至，致使朱棣多次绝处逢生，假使明军在战场上能“擒贼先杀王”，燕军早就冰销败亡。
第二，黄子澄、齐泰、方孝孺皆书生，仓猝行削藩之计，不知兵事，没有什么大的战略眼光，以致于误己误国，最后招致灭族惨祸。
第三，单用一将统帅军队。耿炳文一人统三十万军；李景隆两次败北，一战统五十万，一战统三十万；盛庸一人统二十万。明军“合天下之兵，握一人之手”。反观朱棣，单旅孤城，利于战不利于守，利于合不利于分。如果当初下令山东、河北诸将各拥众数万，凭城坚守，年深日久，以叛臣贼子起兵的朱棣胜一仗败两仗，又一直逡巡在河北、山西狭窄地带，熬过一阵熬不过两阵，军队人心最终会轰然瓦解。
第四，建文帝彷徨不决，总在关键时刻犯致命错误。如果当时朝廷不招徐辉祖回金陵，而是让他留在原地与徐福合击燕军，很可能挽转整个战场形势，给已经是强弩之末的燕军以致命的最后打击。
另外，纵观整个龙虎斗过程，建文帝一方除盛庸、平安外有些智勇外，似乎没有什么特别突出的大帅之才。这也要“归功”于朱元璋，因为所有有智有勇有力的名将早已连子孙都被诛除干净，留下的全是三四流将领，自然不是燕王朱棣的对手。
壬申殉难——朱棣残杀建文臣子的倒行逆施
朱棣入京后，立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只留下一帮曾向他通过风报过信的太监。
他又迁建文帝母亲于懿文陵幽禁，杀掉建文帝三个兄弟。建文帝七岁太子朱文奎于乱中“不知所终”，肯定是被朱棣杀掉。另外的小儿子朱文圭当时才两岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来不知所终，想必也是被朱棣派人弄死以绝后患。（也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经五十七岁，尚不能分辨马牛，完全被禁锢成一个痴呆。）
朱棣派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书（朱棣的谋士姚广孝曾在北平时对他讲，方孝孺是天下“读书种子”，绝不可杀）。
方孝孺乃建文帝耿耿忠臣，身穿缞绖白衣大哭于阙下。朱棣召其入殿，方孝孺也不施礼，依旧嚎哭不已。
朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”
方孝孺止住哭声，厉声反问：“成王安在？”
“他自焚而死！”朱棣答道。
方孝孺又问：“何不立成王之子？”
朱棣回答：“国赖长君。”（意指他自己）
方孝孺咄咄逼人，“何不立成王之弟？”（意思是建文帝几个弟弟都已成年）。
朱棣不得已，亲自下殿走到方孝孺面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”
左右递过纸笔，朱棣说：“诏告天下，非先生不可。”
方孝孺夺过诏纸，在上乱批数字，掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，即死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大喝：“便诛十族又奈我何！”
此时，朱棣已皇位在座，顿呈残暴本性。他命卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，凑成十族，共八百七十三人，依次碎剐杀戮于方孝孺面前。
方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年四十六。
方孝孺临刑前做绝命诗，曰：“天降乱离兮孰知其尤，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉，庶不我尤！”
时至今日，几个号称笃信基督的“智识分子”肆口狂骂方孝儒的选择是漠视他人生命，这种歪论，真是歪曲时代和生命的价值观念，唐突古代仁人烈士。
建文帝兵部尚书铁铉被逮至京。朱棣坐于御座，铁铉背立殿廷，至死不转身面对朱棣。
朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”
铁铉厉声回答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”
于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。
怨恨之下，朱棣又把铁铉八十多岁的老父老母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。
对建文帝刑部尚书暴昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
对礼部尚书陈迪，由于责问不屈，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里逼他下咽。陈迪虽为文士，至死不屈，怒骂而死。
对建文帝右副御史练子宁，也因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者一百五十一人。
对建文帝兵部尚书齐泰，也是因其不屈，送刑场凌迟。
对太常卿黄子澄，也诛其三族，凌迟处死。
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。
对建文帝监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、监察御史巨敬，朱棣皆施以族诛之刑。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
除了多位建文帝忠臣自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应泰这样叹道：
“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
话说回来，对建文忠臣杀则杀耳，杀之可成其千秋万世之名。王朝皇族更迭，诛杀前臣也不算太过分的罪行。“古者但有刑诛，从无玷染。”而朱棣秉承朱元璋老混蛋血脉中淫暴凶残的因子，把多位忠臣孝子的大好清白妻女送入教坊司（公家妓院）做性奴，每天受二十多精壮汉子轮奸，生下男丁当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便下旨“着抬出城门喂狗吃了”……“此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”（谷应泰语）
直到二十二年后，朱棣儿子明仁宗朱高炽继位，才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。”
建文帝忠臣惟一善终者，只有魏国公徐辉祖一人。朱棣召见，徐辉祖不出一语。由于他是功臣徐达之子，家有免死的丹书铁券，其弟徐增寿又因想投降朱棣被建文帝杀掉，朱棣才免其一死，革其禄米，把他一直软禁在家。
残暴如此，坐稳龙椅后的朱棣很想又换张脸皮以“仁德”形象留诸后世。特别可笑的是，永乐二十二年的甲辰科举考试，本来第一名状元是孙日恭。考试官员最后把录取名单呈给朱棣过目，这位流氓皇帝一反常态，细细研读，竟咬文嚼字起来：“孙日恭第一名，不行！日恭两字合起来就是‘暴’。（古文是竖版，所以两个字看上去就是“暴”字）朕一向以仁心为本，平生最恶残暴苛刑，隐暴于名的人断断不能为我大明状元。”
老混蛋批来批去，