穆宗是一个宽厚的君主，这是他和世宗绝对不同的地方。他即位的初年，诏令户部购买珠宝，户部尚书马森执奏，不听；给事中、御史们进谏，不听。最后激怒了御史詹仰庇，他上疏说：“陛下玩好之端渐启，弼违之谏恶闻，群小乘隙，百方诱惑，害有不可胜言者。”这是直接攻击皇帝了，穆宗只给他一个不答复。穆宗对陈皇后日渐疏远，皇后迁居别宫，慢慢地郁出病来，仰庇又上疏道：
先帝慎择贤淑，作配陛下，为宗庙社稷内主，陛下宜遵先帝命，笃宫闱之好。近闻皇后移居别宫，已近一载，抑郁成疾，陛下略不省视。万一不讳，如圣德何！臣下莫不忧惶，徒以事涉宫禁，不敢颂言。臣谓人臣之义，知而不言，当死，言而触讳，亦当死。臣今日固不惜死，愿陛下采听臣言，立复皇后中宫，时加慰问，臣虽死，贤于生。
这样地切直，在世宗的时候，久已应当受到廷杖的处分了，穆宗只批着，“后无子多病，移居别宫，聊自适以冀却疾。尔何知内庭事，顾妄言！”在明代，这真是难得了，一切看出穆宗是一个平庸的，然而宽厚的君主。
穆宗即位的时候，内阁大学士是徐阶、李春芳、郭朴、高拱四人。徐阶是首辅，内阁中最不平静的分子是高拱。
短短的十二月过去了，第二年便是穆宗隆庆元年。开了新年，居正由翰林院侍读学士，进礼部右侍郎，兼翰林院学士。侍郎是正三品，这已是进官了，但是只是一个阶梯。二月居正晋吏部左传郎兼东阁大学士，入阁。同时人阁的还有他底房师陈以勤。二人入阁，当然都是因为曾为裕邸讲官的原故。
这一年居正四十三岁了，也许他还记得荆州张秀才那两句诗，“凤毛丛劲节，只上尽头竿”。努力，努力！在三十年以后的今日，他已经直上尽头竿了，但是他还得努力，他要一直赶上尽头竿的顶点。
奉诏入阁以后，他有《辞免恩命疏》，这是一篇可以纪念的文章，全录于次：
奏为辞免恩命事，隆庆元年二月初九日，准吏部咨，节奉敕谕：“原讲官、今礼部右侍郎、兼翰林院学士张居正，升吏部左侍郎兼东阁大学士，著入内阁，同徐阶等办事，如敕奉行。钦此。”非常之命，特出宸衷，不次之恩，滥及庸品，臣不胜感激，不胜惶悚。窃以内阁之职，几务是司，以代王言，以熙帝载，必有宏深奥衍之学，蕴经纶康济之才，然后足以协赞皇猷，弼成圣化。臣学不足以造古人之微，识不足以通当世之务，既无才望，又鲜旧劳，徒以东朝劝讲之微勤，幸逢圣主龙飞之景运，因缘机遇，骤被恩慈，擢贰铨衡，晋参密勿，力微于蚊蝝，任重于丘山，退自省循，若为堪受。昔唐李泌、陆贽，遇代、德二主于藩邸；先臣杨溥、刘健，事仁、孝两庙于青宫：咸以旧劳，遂跻台席。然当时不以为幸得，后世咸仰其休声者，盖以四臣闻望素隆，勋庸茂著故也。臣之谫劣，何足以远企前贤，近希先哲，而一旦以后进之士，厕迹于老成耆旧之间，以庸众之流，滥竽于俊乂英贤之列，将何以致物情之允协，昭天鉴之无私？即微人言，能不自愧？况圣明临御之始，正海内观听之时，倘举措不惬于公评，则激劝有亏于国典，隮颠之咎，宁独在臣！伏愿皇上察臣悃诚，非由矫饰，特停成命，改授时贤，俾臣仍以旧官，勉图自效。庶程才量力，在微臣免餗复之忧，为官择人，在国家有栋隆之吉。臣无任战栗郧越俟命之至。（奏疏十二）
当然地，这是一篇例行的文章。明代关于大臣的任命，到了中叶以后，演成会推的制度。《明会典》：“阁臣，吏、兵二部尚书，会大九卿、五品以上官及科、道，廷推上二人，或再上三、四人，皆请自上裁。”（万历重修本卷五）就是指的此事。廷推便有些议会选举制底意味了。不过名为会推，其实主持者自有其人，其余的只有承认，未必公开地取决于多数底赞同。所以后来颜继祖论为“会推但六科掌篆者为主，卿贰台臣罕至，且九卿台谏，止选郎传语，有唯诺，无翻异，何名会推！”（《明史》卷二四八颜继祖传）这是指的主持之权落在六科都给事中（明代六部皆有都给事中掌科印故日掌篆又称科长。〕以后的情形。但是万历以来，大权只在吏部尚书和文选司郎中之手，廷推只是一个形式。（《明史》卷二四《陈有年传》）其实即在西方议会制盛行的国家，选举也只是公开的形式，一切的决定，还是由一、二人主持。所以大体方面，本来有不少的类似。
但是会推的制度以外，还有特简。任用大臣的时候，会推和特简，是两种迭用的方式。有时大臣认为特简是一种偏私的恩典，甚至拒绝皇上底荣命。孝宗用中旨改徐恪为南京工部右侍郎，恪疏称“大臣进用，宜出廷推，未闻有传奉得者。臣生平不敢由他途进，请赐罢黜。”（《明史》卷一八五《徐恪传》）这是一个好例。可是特简底制度，永远和会推底制度并存。干练的君主，用人行政的时候，甚至大都出于特简。在宽厚平庸的君主手里，特简底大权依然存在，但是简用的大臣，不是出于首辅底推荐，便是出于近幸底引进。居正这次入阁，全是徐阶底力量。居正自言“圣主念甘盘之旧，不弃簪履；元翁垂接引之慈，无遗管蒯”，（书牍一《答中丞洪芳洲》）所谓“元翁”，即指徐阶。
入阁以后，便有入阁以后的措施。无疑地，居正是热恋政权的。自隆庆元年入阁以后，直到万历十年身死为止，在这长长的十六年之中，他没有一天不在积极地巩固他底政权，也没有一天曾经放弃他底政权。政权在手中了，他要有一番作为。隆庆元年，他还只是一个新进，阁中充满他底老师和前辈，只有李春芳是他底同年，但是在他入阁以前，春芳已经是二年大学士了。可是居正既经入阁，便有一番抱负。也许在做翰林学士的时候，他还预备做一个文人，现在事情不同了，一切都看在他底眼里。入阁之初，他有这样的几封信：
仆以浅薄，骤冒非分，日夕惶惶，罔知攸措。思所以酬主恩而慰知己者，惟虚平此心，不敢向人间作好恶耳。至于转旋之机，未免有迹非心是之判，士大夫责望素深，或不能尽如其意，然亦不暇顾矣。（书牍一《答南中提学御史耿楚侗》）
深惟谫薄，任过其才，夙夜念之，若为称塞。惟当坚平生硁硁之节，竭一念缕缕之忠，期不愧于名教，不负于知己耳。（同卷《答中丞洪芳洲》）
仆以谫薄，获依日月之末光，猥从末阶，骤跻三事，束栌作柱，用荷为梁，庸愚之人犹将嗤之，况高明耆硕如翁者乎？乃辱不鄙，远赐问贺，奖借过情，重增其愧。至勉仆以作者之事，尤不敢当。古人以行谊文章兼显于时者，世不多见。明兴二百余年，名世之辅，专门之彦，凡几作矣，而一代文章，犹未能追踪古昔，乃欲责之于椎鲁人，讵能耶？若使以其硁硁小人之守，倦倦纳诲之心，朝夕俟衮职有缺，时用一缕补之，以仰答隆遇而免于罪戾，或庶几耳。（同卷《答宗伯董浔阳》）
关于居正入阁之初，还有一段记载，应当辨正的。王世贞《张居正传》，称“当居正之进阁，阁臣凡六人，……居正最后拜，独谓辅相体当尊重，于朝堂倨见九卿，他亦无所延纳；而间出一语，辄中的，人以是愈畏惮之，重于他相矣”。其后《明史》居正本传亦称“时徐阶以宿老居首辅，与李春芳皆折节礼士，居正最后入，独引相体，倨见九卿，无所延纳，间出一语，辄中肯，人以是严惮之，重于他相。”《明史》本传底记载，完全根据王传，连字句方面，都可以指出雷同的地方。其实两传都是错误的。
这段记载的错误，是时间的错误。居正倨见九卿，为众严惮的时候，是有的，但是这是万历以后的事了。万历元年九月，吏部尚书杨博致仕，十二月礼部尚书陆树声致仕，三年六月左都御史葛守礼致仕，老成人退休了，九卿之中，不是居正所汲引，便是他底亲戚，居正身为首辅，连带阁中的吕调阳、张四维，都几乎成为他底僚属，何况九卿！“倨”是诚然有的，“惮”也理有固然。但是隆庆元年，居正入阁之初，杨博为吏部尚书，葛守礼为户部尚书，都是居正平时严惮的人物，在官阶方面，都在居正之上，本来谈不到“倨”。隆庆六年六月，神宗即位，居正当国，七月用陆树声为礼部尚书。树声是嘉靖二十年进士，比居正前两科，居正见树声，用后辈见先辈礼。有一次树声到内阁拜访居正，因为客坐稍偏，简直不肯入坐，直待居正亲自改正席次以后，方肯接谈。这里固然看到树声底严正，但是同样也看出居正底礼遇。居正当然有居正底气魄，但是要说入阁之初“倨见九卿”，这是时间的错误。
隆庆元年四月，居正进礼部尚书，兼武英殿大学士。据《文忠公行实》，这次进官，因为“永乐大典成”底原故，当然这是指重修《永乐大典》底故事。
就在这短短的时期里，内阁里发生一次阁潮。隆庆初年的内阁，实际是三个名臣底内阁，——徐阶、高拱、张居正。居正和徐阶、高拱，都有相当的关系，现在还没有到他出露头角的时机，但是徐阶、高拱底对立，正在逐日地尖锐。
第一个攻击高拱的，是吏科给事中胡应嘉。世宗病重的时候，高拱从直庐里，偷偷地回去，准备搬家。应嘉知道了，提出弹劾，世宗在昏眩的当中，一切不问，但是高拱认为胡应嘉和徐阶同乡，一定受了徐阶底指使，事态便扩大了。高拱有仇必报，本来谈不上容忍，一切正在等待机会。隆庆元年，吏部尚书杨博主持京察。京察是明代的制度，宪宗成化四年，奏准，京官五品以下，吏部会同都察院及各堂上掌印官共同考察。孝宗弘治十七年奏准，每六年一次举行。六年京察的制度确定了，但是万历以前，有时还
来一个特别考察．这便是所谓“闰察”。本来明朝底文官制度．是终身制，象那些“改组”、“裁员”，以及“手谕”开除这一类的制度，都还没有发明。在大臣手里的威柄，只是“京察”。这个威柄，照理握在礼部尚书手中，除了都御史可以随时过问外，不受任何的干涉。现在权柄在杨博手中了，这一次的京察，连御史、给事中都降黜了，算得雷厉风行。偏偏杨博底同乡，山西人没有一个降黜的。这一来动了御史和给事中底公愤。第一个攻击杨博的，又是胡应嘉。
应嘉弹劾杨搏挟私愤，庇乡里，错是没有说错，可是恰恰错在应嘉底吏科给事中上面。在吏部办理京察的时候，吏科给事中应当参加，事前没有提出异议，事后偏要提出弹劾。连宽厚的穆宗也认为抵牾，下令内阁商量处罚。这一来高拱报复的机会到了。
内阁当中，郭朴和高拱同乡，这一次首先发言的是郭朴。他毅然地说：“胡应嘉出尔反尔，全不是人臣事君的道理，应当革职。”
“应当革职为民，”高拱也说。
徐阶看了郭朴，再看高拱，两位阁老都紧张的了不得，没奈何，只得点点头。胡应嘉底革职，算是革定了。
明朝的言官，真是了不得。他们是一窝胡蜂，你动了一个，他们会来一群。都察院有的是御史，六科里有的是给事中，你瞧罢！京察的时候，吏部尚书对于言官，照例谈不到降黜。偏偏杨博给他们一次降黜，偏偏郭朴、高拱又主张胡应嘉革职为民，胡蜂窝惊动了，兵科给事中欧阳一敬先劾高拱“奸险横恶，无异蔡京”。给事中辛自修、御史陈联芳上疏再劾高拱，御史郝杰直攻高拱“无宰辅器”。事态更加严重了。一切的责任都在徐阶身上。徐阶拟旨调胡应嘉为建宁推官，处分减轻了，但是一般的言官们还不满意。欧阳一敬再劾高拱“威制朝绅，专柄擅国，亟宜罢”。高拱当然不能承认，便来一次答辩。事情又到徐阶手里了。徐阶拟旨一边慰留高拱，一边斥责言官：他满心以为从此结束了一件公案。
可是高拱没有满意。高拱希望徐阶拟旨，给言官们一次廷杖。杖，杖，杖！高拱记得世宗的时候，言官们弹劾大学士以后，通常是一次廷杖，说不定还有更坏的在后面，杖一下，算什么？徐阶也记得这是严嵩掌握政权的故事；他知道穆宗不是世宗，自己也不是严嵩，至于为了高拱，再和言官们结怨，那更犯不着；他再三考虑，只是摇摇头。徐阶决定不和言官们结怨，但是高拱却决定和徐阶结怨了。“你手下有言官”，高拱想，“我手下也有一两个”。
高拱手下的御史是齐康。在应嘉事后不久，齐康便对徐阶提出一次弹劾。可是这一次却犯了言官们底众怒，大众聚齐了，痛痛快快地先给他一次唾骂。一敬劾齐康，齐康也劾一敬。“你说我是高党，我便说你是徐党。”北京城里有的是纸张，弹劾，弹劾！但是齐康这一边人数太少了，究竟抵不上欧阳一敬底气势。从此高拱成为众矢之的。但是最后的一枝箭，却从南京放过来。
京察底大权操在吏部和都察院手里，在京察的时候，得到贬黜处分的，连皇帝也留不得，神宗万历以后，偶然还留几个，这真是偶然了。隆庆以前，京察是无上的威权，五品以下的官吏，一经“察典”，便是终身的耻辱。这是“上剋下”。但是明朝的制度，一切都有个平衡，有了“上剋下”，当然便有“下剋上”。四品以上的官，是京察管不了的，他们在京察这一年，每人照例“遵诏自陈”。自陈便是陈述个人的阙失，听候皇帝底处分。当然这是一种形式，自己不妨来一个“学疏才浅”，用不到直抉隐微，自行攻击。但是给事中、御史们，可以提出“京察拾遗”；经过“京察抬遗”的，没有幸免底机会。这一次高拱和北京的言官闹翻了，因为要顾全身分，北京的言官到底不好提出拾遗。拾遗底责任，落在南京的给事中和御史肩上。就在隆庆元年五月，高拱致仕。高拱去了以后，言官对于郭朴还是不断地攻击，到九月间，郭朴也致仕。这一次阁潮里，徐阶又得了决定性的胜利。
当然这是一个严重的阁潮，然而居正毕竟度过了，在左右为难的当中，总算没有得罪老师，也没有得罪朋友，但是他对于言官们底嚣张，留下一个不可磨灭的印象。他认为“士习人情，渐落晚宋窠臼”，（书牍一《答少司马杨二山》）正在计较怎样地给他们一个处分。言官们得到徐阶底保障，议论逐日地激昂起来，穆宗感觉厌倦，吩咐徐阶惩诫，徐阶只是传谕言官，自行省改，事情又平息下去了。这样度过隆庆元年。
二年正月，居正加少保兼太子太保。
这一年的上半年，政局又发生了一些波浪。内阁里面，除了徐阶、居正，只有李春芳、陈以勤，都是忠厚长者，本来不会有什么波浪的。波浪却发生在皇帝底宫中。穆宗是一个宽厚的人，但是他爱玩好，爱游幸。这算得什么呢？但是古代的大臣，对于皇上私人的行为，负有政治上的责任。徐阶一再谏阻，免不了皇帝左右底厌恶。六月间，穆宗又要幸南海子，而徐阶再来一次切谏。也许穆宗委实有些厌倦了，也许他还不十分清楚，他毕竟往南海子去了。七月间，给事中张齐又给徐阶提出一次弹劾。终于徐阶也致仕了，十七年的大学士，七年的首辅，就在隆庆二年七月间舍弃了北京的政治生活，回到江南的故乡。临行的时候，徐阶把朝廷大事和个人家事，一切都托付给居正。朝廷大事，居正当然应当担当的。徐家的事，也许还有一些曲折。徐阶三个儿子，当徐阶在朝的时候，在家乡委实有些作威作福。尽