底援助，十一月间由穆宗特旨入阁了。高拱厌恶士儋，士儋也怨恨高拱，隆庆五年的内阁，仍旧充满不平静的气氛。
隆庆四年的成功，完全出于意外。把汉那吉底投降是意外，俺答承认以赵全这一群人交换把汉那吉，也是意外，然而意外的终于实现了。把汉那吉经过方巡抚底款待以后，穿着特制的【纟宁】丝大红袍，再回到鞑靼的帐幕。祖父、祖母都感动的了不得。三娘子久已是祖父底人了，现在不管她。俺答底眼角，挂着感激的眼泪。他派人谢谢王崇古，他说从此以后，不再侵犯大同了。居正、崇古本来不曾希望讲和，居正还和崇古说过：“彼亦人也，能不怀感，他日有事，卒相遇于疆場，知军中有‘王太师’，（鞑靼人称明代临边大臣为太师，不必其人官为太师也。）亦必避公三舍矣。”（书牍二《与王鉴川计送归那吉事》）俺答立誓不侵大同，当然又是一个大意外。一切都走上了崇古底计划，他只是踹稳一步，再踹上第二步。他派人和俺答说，要他请求入贡，重行开市。打仗，有什么好处呢？虏掠底好处，是部下的，不是俺答的；失败底危险，是俺答的，不是部下的。那么为什么要冒极大的危险，替部下争取一些与己无关的好处呢？一切的主张，都是替俺答打算。俺答也明白崇古是好人，不然，他会让孙儿穿着簇鲜的红袍回来吗？他决定入贡了。崇古要他和土蛮、昆都力哈、吉能一齐入贡，士蛮是自己底主人，原谈不得；昆都力哈是弟弟，吉能是侄儿，俺答都代他们承认了。
意外当然是意外，然而也何尝不是意内？朝廷和鞑靼，永远是对立的：鞑靼强了，可以进攻中原；朝廷强了，也可以胁制鞑靼。这是实力的问题。其次，我们不要以为俺答屡次进攻北边，有什么极大的野心。他和英宗时代的也先一样，他有武力，他可以屡次进攻北边，但是他只是鞑靼中的一个首领。也先上边有脱脱不花，俺答上边也有土蛮小王子。假如他们底野心太大了，野心便应当先从鞑靼部落以内发展。但是他们所争并不在此。他们只要保全自己底利益，不妨承认主人底存在。那么，赵全不曾尊俺答为帝吗？其实这只是赵全底一种作法，俺答并没有因此要取消小王子。俺答既然承认主人底存在，王崇古、张居正底主张便容易实现了，他们要俺答请求入贡，只是要他承认明朝是他底主人。也许有一些不舒服吗？但是，不妨事，主人换了姓名，关系原属不大，而且还有重行开市底好处在后面。只要值得，俺答当然愿意。
困难不在鞑靼而在朝廷。正在王崇古诱令俺答入贡的时候，朝廷方面的议论一齐发动。他们认为封贡不便，他们记得仇鸾开马市的故事，他们要做杨继盛，他们也提起世宗最后曾经禁开马市，最后的最后，他们要主张封贡的人，担保百年之内，边境不至生事。然而他们却忘去现在不是世宗的时代，高拱、张居正不是严嵩，王崇古不是仇鸾。至于担保百年以内，不至生事，那么世界上除去不负责任的预言家，谁能保证呢？居正真激动了，他两次和王崇古说；
仆窃禄无补，滥被恩私，夙夜省循，颠跻是惧，乃辱华翰遣贺，益增其愧耳，感谢感谢。封贡事乃制虏安边大机大略，时人以娼嫉之心，持庸众之议，计目前之害，忘久远之利，遂欲摇乱而阻坏之。国家以高爵厚禄，畜养此辈，真犬马之不如也。仆受国厚恩，死无以报，况处降纳叛，既以身任之，今日之事，敢复他诿！待大疏至，仍当极力赞成，但许贡之后，当更有一番措画。金湖既去，代者恐未必相成，须借公威望，屈留数月，庶可免事后之虑耳。（书牍二《与王鉴川议坚封贡之事》）
金湖是方逢时，在把汉那吉回去以后，逢时因为丁忧回里了，沿边的责任都落到王崇古身上，在言官们众议纷坛的时候，崇古也感觉棘手，但是居正一力挽留，直到万历元年，居正当国，才把他调回北京为戎政大臣，担负一个更重要的责任。逢时离任以后，继任者是刘应箕，巡抚都带都察院职衔，或是副都御史，或是佥都御史，下文称刘院者指此。
今之议者皆谓讲和示弱，马市起衅，为此言者，不惟不忠，盖亦不智甚矣。夫所谓和者，谓两敌相角，智丑力均，自度未足以胜之，故不得已而求和，如汉之和亲，宋之献纳，是制和者，在夷狄而不在中国，故贾谊以为倒悬，寇公不肯主议。今则彼称臣纳款，效顺乞封，制和者在中国而不在夷狄，比之汉、宋之事，万万不侔，独可谓之通贡，而不可谓之讲和也。至于昔年奏开马市，官给马价，市易胡马，彼拥兵压境，恃强求市，以款段驽罢，索我数倍之利，市易未终，遂行抢掠，故先帝禁不复行。今则因其入贡之便，官为开集市场，使与边民贸易有无，稍为之约束，毋得阑出中国财物及应禁者，其期或三日、或二日而止，如辽开原事例耳，又岂马市可同语乎？……至于桑土之防，戒备之虞，此自吾之常事，不容一日少懈者，岂以虏之贡不贡，而有加损乎？今吾中国亲父子兄弟相约也，而犹不能保其不背，况夷狄乎？但在我制御之策，自合如是耳，岂能必虏之不吾背乎？数十年无岁不掠，无地不入，岂皆以背盟之故乎？即将来背盟之祸，又岂有加于此者乎？利害之归较若黑白，而议者犹呶呶以此为言，故仆又以为不智甚矣。刘院既知此事颠末，又与公同心，必能共襄大事，幸采取其议，及镇守、兵备以下所呈，折以高见，并图上贡额、贡期、市易事宜，仆与元老，当备闻于上，请旨行之，浮议虽多，不足恤也。（同卷《答王鉴川计贡市利害》）
朝廷和鞑靼的关系到了现阶段，共有三个关键：（一）是封，指封俺答为王及其昆弟子侄为官之事；（二）是贡，指俺答及其部下入贡之事；（三）是互市，指封贡以后，明代北边和俺答所属诸部在限定的日期，指定的货物以内，实行择地通商之事。这三个关键，又有当前种种不同的难题。俺答只是一个首领，固然不能指挥土蛮，就是对于自己底子弟，也不一定都能绝对指挥。假如一部通市，一部不通市，那么因为鞑靼是整个的，难免以交易所得的资源，供给尚在敌对状态中的部落。而且即是对于俺答直接的部下，谁也不能担保将来不发生意外的变化，所以互市以后的困难，还是不少。从好的方面讲，要顾虑到封贡、互市成立以后，中国的边防，不至因此颓废，以致引起后来的外侮。从坏的方面讲，也还有一部分边将，指望每年秋天向鞑靼方面抄掠，以饱私人底欲壑。顾虑愈多，障碍愈多，事情困难了。但是为整个国家的利害计算，不能不有一个切实的决定。兵部尚书郭乾指出世宗禁止马市的故事，反对互市；给事中章端甫指摘王崇古“邀近功，忽远虑”。但是居正在内策动，再由崇古上疏。崇古说：“朝廷若允俺答封贡，诸边有数年之安，可乘时修备。设敌背盟，吾以数年蓄养之财力，从事战守，愈于终岁奔命，自救不暇者矣。”又说：“夫先帝禁开马市，未禁北敌之纳款。今敌求贡市，不过如辽东开原、广宁之规，商人自以有无贸易，非请复开马市也。俺答父子兄弟，横行四、五十年，震惊宸严，流毒畿辅，莫收遏刘功者，缘议论太多，文网牵制，使边臣无所措手足耳。昨俺答东行，京师戒严，至倡运砖聚灰，塞门乘城之计。今纳款求贡，又必责以久要，欲保百年无事，否则治首事之罪。岂惟臣等不能逆料他时，虽俺答亦恐能保其身，不能制诸部于身后也。……夫投之时势，既当俯从，考之典故，非今创始，堂堂天朝，容荒服之来王，昭圣图之广大，以示东西诸部，传天下万世，诸臣何疑惮而不为耶？”崇古这一次上疏，和居正平时的主张相同的太多了。他同样地要省议论，（参居正《陈六事疏》）同样地指摘隆庆四年的守城之策。（参居正《答蓟镇吴环洲书》）是居正底手笔吗？我们不敢说，但是不免给我们一种曾经商讨的印象。
崇古底奏疏里，又议封贡八事：（一）议封号，（二）定贡额，（三）议贡期，（四）立互市，（五）议抚赏，（六）议归降，（七）审经权，（八）戒狡饰。内阁方面，李春芳、高拱、张居正赞同了，殷士儋不反对。兵部尚书郭乾认识有关国防的事，都是兵部底事，但是没有方法解决，最后还是由皇帝下诏，召集廷议。廷议是当时的大臣会议，每人都有发言权，但是决定权却属于皇帝。这一次的大臣会议当中，定国公徐文璧、吏部右侍郎张四维等二十二人以为封贡、互市可许；英国公张溶、户部尚书张守直等十七人以为不可许；工部尚书朱衡等五人以为封贡可许，互市不可许。用现在的术语说，封贡是多数通过了，但是互市还是不能通过，一切又成了僵局。郭乾把会议底结果奏明皇上，只候皇帝底决定。
这是穆宗裁决底时候了。他和大学士商量：居正是策动人，当然认为可许；高拱也在后边策动；通过封贡，全是高拱指挥，张四维四处活动底结果。在这几个人底怂恿之下，穆宗决定“外示羁縻，内修守备”，——便是一面诏许封贡、互市，一面整顿国防的政策。政府底大政方针决定了：诏封俺答为顺义王，赐红蟒衣一袭；昆都力哈、黄台吉授都督同知，各赐红狮子衣一袭；其余授官的，一共六十一人，把汉那吉封昭勇将军，指挥使如故。都督同知是现代的中将，指挥使是现在的上校。从此以后，鞑靼骑士都成为中国的贵族和军官，有王，有中将，有上校。他们底铁蹄，不再践踏中国底田野；他们底刀枪，不再濡染中国底膏血。当然，朝廷谈不到使用鞑靼作战，但是朝廷也用不到对于鞑靼作成。高拱、王崇古、方逢时是嘉靖二十年的进士；谭纶是嘉靖二十三年的进土；李春芳、张居正是嘉靖二十六年的进土。他们回想到在自己出身的时代，正是俺答屡次南下，北京屡次戒严的时代：京师九门被围，侥幸没有失守；如今的国家，在他们手里苏醒过来了，整个的北边，解除了敌人底威胁，而且在人力和物力不再感受压迫的时候，可以从容布置。他们感觉到一种特有的愉快。朝廷方面，所费的只是几十件红袍；让红蟒、红狮子安慰鞑靼罢，当时所得的是北方底安全。
隆庆五年辛未会试，居正为主考，吏部左侍郎翰林学士吕调阳为副主考。居正嘉靖三十二年曾为同考官，那一次的进士如庞尚鹏、梁梦龙、陈瑞、曾省吾都是居正底门生，以后成为有名的人物。辛未科第一名进士张元汴，和第三名进士邓以讚同入《明史·儒林传》，但在事功方面，同样没有什么表现。同科惟有徐贞明留下一部有名的著作和一件伟大而始终没有完成的事业。他认定北方只知水害，不知水利。他也认定水害未除，正由于水利未兴。在他谪居潞河的时候，著《潞水客谈》，列举修北方水利十四利。万历十三年，贞明迁尚宝司丞，兼监察御史，奉诏垦田永平，于是招南人，大兴水利，次年垦田三万九千余亩。一切计划，正在逐步完成，但是北方人惟恐水田成功以后，江南的漕粮，必定派到北方，于是御史王之栋奏称水田必不可行，又称开滹沱河不便者十二事。经过这一个打击，贞明底计划，终于功败垂成，但是他不能不算是辛未科杰出的人才。最有表见的是刘台、傅应祯、吴中行、赵用贤。他们都是隆庆五年进士，都是居正底门生，其后对于居正，都曾经提出弹劾，因此在历史上都留下不朽的盛名。居正底不树立党羽，和刘台等底不阿附座主，都是可以称道的事件。不过从大体讲起，辛未一科的人才，还是贫乏；这一科里，任何方面，都没有第一流的人物。
俺答封贡的决策中，兵部尚书郭乾底表现太差了；没有办法，没有决断。五年三月，郭乾免职。高拱想起第一流的军事专家杨博，但是杨博曾经做过吏部尚书，他已经是六部底领袖，也许不愿意回兵部。不妨事，官衔仍是吏部尚书，由他管理兵部的事。整个的政局，因为高拱以大学士管理吏部事，杨博以吏部尚书管理兵部事，显见得畸形，但是高拱和杨博都算是用当其才。
政权是高拱的了，首辅李春芳一切放任，自己既不眷恋政权，为什么要争权呢？而且春芳也明白，大学士只是皇帝底私人秘书，首辅底地位，在政治制度上，没有明显的规定，一切都是演变底结果，既然是演变，根本就说不上固定，那吗，由他去罢。但是高拱决定不能容许春芳底存在。高拱想起自己和徐阶的夙仇，正要报复，都被春芳挡住了，因此决定攻击春芳。春芳也看见了，认得高拱不能相容，索性上疏请求致仕，一次不行，再来一次。穆宗还在留他，经不起南京给事中王祯又提出一次弹劾，五月间，春芳终于致仕而去，他从隆庆二年七月至五年五月，一共做了二年十一个月的首辅。据说王祯这次的弹劾，完全是仰承高拱底意旨。从此高拱是首辅兼管吏部尚书事。凭着穆宗底信任，和他自己底才具，以及那有仇必报的气度，他已经成为事实的独裁者。
在封贡、互市的争论中，居正占据主要的地位。这次决策的大功，当然应由高拱、王崇古，和居正平分，但是居正却尽了最大的努力。在郭乾徬徨歧路的时间，向皇帝请旨召集廷议的是他。封俺答一事尚未决定的时间，检出成祖敕封和宁、太平、贤义三王的故事以为前例的是他。决定以后，拟旨敕行的也是他。他正在和王崇古计议四件事：（一）开市之初，民间不愿和鞑靼交易，所以最初必须由官中布置，使人知有利，自易乐从。（二）鞑靼要求买锅，锅是铁铸的，日后便是武器底来源，轻易卖不得。广锅不能铸造兵器，不妨出卖广锅，但是买的时候要拿破旧的铁锅掉换。（三）鞑靼使者一概不许入朝，也不许入城，只许在边堡逗留。（四）朝廷和鞑靼休战，沿边将士失去掳掠的机会，不免生怨，应当加意防备。种种方面，他都顾虑到了。讲和也罢，封贡也罢，这是一个名称；居正只认为是停战。停战是继续战争的准备，他要修城堡，开边荒；他要消灭赵全这一群汉奸底余党，他要训练将士以防鞑靼底进攻。（参书牍三《与王鉴川计四事四要》）
居正对于国事的筹措，没有使他忘去对于老师的维护。徐阶是一位有能力，有办法的首辅，但是对于自己的三个儿子，竟是毫无办法。隆庆三年应天巡抚海瑞到了，这是有名的铁面御史，他对于属内的大绅巨室，一概不买账。最先感觉威胁的便是徐阶底三位少君。他们写信给居正，居正一边诰诫，一边安慰他们说：
辱翰贶，深荷远情。近来人情风俗，诚为可骇，俟海公人至，当作一书善譬之。太翁老师年高，恐不能堪此，望公朝夕保护。事有可了者，宜即自了之，勿致贻戚可也。恃在通家，敢尔妄及。（书读十四《与符卿徐仰斋》）
这一阵风波过去以后，高拱再相，徐阶更感觉不安，居正和应天巡抚朱大器说：
存斋老先生，以故相家居，近闻中翁再相，意颇不安，愿公一慰藉之。至于海刚峰（瑞）之在吴，其施虽若过当，而心则出于为民。霜雪之后，少加和煦，人即怀春，亦不必尽变其法以徇人也。惟公虚心剂量之，地方幸甚。（同卷《答应天巡抚朱东园》）
隆庆五年，事态更加严重。这年，徐阶生日，居正去信，自称“不敢走介，畏行多露”。又说，“鄙怀种种，亦噤不敢言，临楮惆怅而已。