爸爸，你一个人骑着马，摔下来怎么办？
穆宗看见儿子底关心，真愉快，连忙下马，着实抚慰一下。这时期陈皇后因为多病，住在别宫里，每天早晨，李贵妃挈带太子，到皇后宫中请安，皇后听到小靴子在阶道上橐、橐、橐！便连忙起来。自己没有儿子，但是看见这样聪明的孩子，也实在高兴。皇后把经书取出来，一句一句地问他，太子对答如流，因此更加讨得皇后底欢心。皇后和贵妃中间，尽管有一些利害冲突，但是当陈皇后看到李贵妃底知礼，和皇太子底聪明，心地也平静下来。皇太子底稚弱的心理，正在逐渐意识到政治底作用。
隆庆六年四月，高拱推荐前礼部尚书高仪入阁。是月穆宗命仪为文华殿大学士，入阁办事。一切都很正常。
最大的祸变来了，五月的一天，穆宗在坐朝的时候，突然站起来，走了几步，不知说了什么，只是嘴上不断地歪动，（见敬修《文忠公行实》。《明史》不载穆宗病状。）显然地这是中风，内监冯保在旁，赶上扶住，居正也抢前去扶。在大众诚惶诚恐的当中，穆宗入宫。随即召大学士高拱、张居正、高仪至乾清宫，穆宗斜倚在御榻上，皇后、皇贵妃都在，皇太子立在御榻底左边。三位大学士跪在御榻前面。穆宗困乏了，由内监冯保宣诏：
朕嗣统方六年，如今病重，行将不起，有负先帝付托。太子还小，一切付托卿等。要辅助嗣皇，遵守祖制，才是对于国家的大功。
真是一幅惨淡的景象。看见朋友托孤，尚且目不忍睹，何况他们是裕王府中的讲官，六年以来的内阁大臣！但是乾清宫不是他们痛哭的地方。高拱、张居正含了满眶的热泪，和正在呜咽的高仪，叩了头，回到内阁，这是五月己酉。次日庚戌，穆宗皇帝逝世。大臣们在内阁里痛哭。高拱嚎啕地嚷着：“十岁的太子，怎样治天下啊！”他益发感觉到责任底严重。
穆宗逝世以后，政治上跃起一个新兴的势力。这是冯保。冯保在世宗朝已经是司礼秉笔太监，穆宗登极，冯保屡次想升掌印太监，但是因为高拱反对，始终没有达到目的，所以他和高拱，结下了不解之仇。明朝底政治，本来充满了弹性，因此司礼监底职权，没有确定的范围。名义上司礼掌印太监是“掌理内外章奏及御前勘合”，秉笔太监“掌章奏文书，照阁票批硃”。事实上他们底职权，可以无限地扩大。掌理章奏是一个“上下其手”的机会。照阁票批硃，是对于内阁票拟的谕旨，用硃笔加以最后的判定。这本是皇帝自己的事，（参奏疏五《进世宗御笔疏》）后来皇帝不负责任，“批硃”的事落到司礼秉笔太监手里，于是大学士虽是皇帝底私人秘书，而秉笔太监成为皇帝底机要秘书。《明史·职官志》（卷七十二）称“内阁之拟票，不得不决于内监之批红，而相权转归之寺人”，在明代政制里，这正是变态中之常态。武宗时候，司礼监刘瑾甚至把章奏带回私宅，和妹婿孙聪。食客张文冕共同批答。皇帝底机要秘书，可以随时邀集亲友，同参国政，更是变态中的大变。武宗正德二年到五年间，刘瑾成为事实上的皇帝，五年八月，刘瑾失败以后，武宗下诏自正德二年后，所更政令，一概如旧；其实只是对于这三年中刘瑾底地位，加以实际的认识。
从五月庚戌穆宗逝世，到六月初十甲于神宗即位，这十五天中，是冯保活跃的时期。冯保底策划，是驱逐司礼掌印太监孟冲，夺取他底位置：因为皇后、皇贵妃底同情，这一个策划实现了。（《明史》卷三〇五《冯保传》）但是实现的时期却不能确定。《冯保传》称为刚刚在穆宗逝世以后，（传称穆宗“甫崩”）胡涍传（《明史》卷—一五《陈吾德传》附）称为在神宗即位的第六天，中间有二十天的距离。其实神宗即位以前，执行诏旨的机构，尚未完成；至于神宗即位的第六天，这是大政变的一日，没有冯保事前底活跃，根本不会发生政变。所以我们不妨假定冯保升掌印太监在神宗即位之日，或其后，至迟必早于第六日。（参后）这个策划底完成，大致在神宗即位以前，只待神宗即位，履行发表底手续。
《明史·冯保传》称：“保又矫遗诏，令与阁臣同受顾命”，《明史纪事本末》则称冯保矫传大行遗诏云，“阁臣与司礼监同受顾命。”这也是一个骇人的记载。内监和大臣同受顾命，在明代本来不是一件没有的事。嘉宗天启中，御史王允成劾魏进忠疏：“内廷顾命之铛，犬食其余，不蒙帷盖之泽；外廷顾命之老，中旨趣出，立见田里之收”，（《明史》卷二四六《王允成传》）确实指出大臣、内监同受顾命的故事。但是高拱、居正、高仪同受顾命，并无他人在内，这是事实。穆宗逝世的时候，孟冲尚为掌印太监，亦无越过孟冲、托孤冯保的理由。所以冯保矫遗诏是有的，但是只是矫遗诏用为司礼掌印太监，并不是矫遗诏同受顾命。最切实的证据见居正文集：
公昔以勤诚敏练，早受知于肃祖，（世宗）常呼为“大写字”而不名。无何，即超拜司礼，关内政。嘉靖丙寅，迎立穆宗皇帝，以功荫其弟、侄数辈。穆宗不豫，召辅臣至御榻前，受顾命。公宣遗诏，音旨悲怆。今上践祚，奉先帝遗命，以公掌司礼监事。（文集九《司礼监太监冯公豫作寿藏记》）
这一篇文章，作于万历二年，正在居正掌握政权，结好冯保的时候，假如冯保曾经矫诏同受顾命，记中何以不把他底地位提清；而且后段又称冯保掌司礼监，“宫中府中，事无大小，悉谘于余而后行，未尝内出一旨，外干一事”，更和同受顾命的身分，完全不合。所以根据居正底记载，可以证实冯保没有矫遗诏同受顾命，同时也可以证实冯保为掌印太监，在神宗即位以后。《冯保传》又称：“穆宗得疾，保密嘱居正豫草遗诏，为拱所见，面责居正日：‘我当国，奈何独与中人具遗诏？’居正面赤谢过。”（《明史》卷二一三《高拱传》及《居正传》皆不载。）显然也是一件莫须有的故事。穆宗突然中风以后，随即召大臣入宫，面授顾命。（《文忠公行实》记扶持还宫以后，即言“坐稍定，先帝召太师榻前，执太师手，嘱托甚至”。）第二天随即逝世，其间更无犹豫的时期，可以给冯保密嘱居正豫草遗诏的机会。而且以居正那样地精细，决无密草遗诏，更容高拱看见的道理；同样地，以高拱那样地强干，也不会在揭破居正勾结冯保的秘密以后，随即把自己推翻冯保的计划，更和居正商榷。（参《明史·高拱传》）处处都露出矛盾。本来这一次政变，是一件突如其来的大事，以后居正当权，不免引起一部分人底反感，冯保更加是众矢之的，于是以讹传讹，发明成为发见，传说成为事实。到了清初修史，没有整理史实的决心，所以在记载里，不但充满许多矛盾，而且描写高拱、居正，有时竟至忘去本来的面目。
从隆庆六年六月初十日甲子起到十六日庚午止，这七天之中，整个朝廷，沈没在滔天的波浪之中。在政治机构方面，是司礼监和内阁的对立，在人的方面，是冯保和高拱的对立。冯保底后盾，是皇后、皇贵妃，尤其是皇贵妃，神宗只有十岁，当然和母亲站在一面。高拱底后盾，是六科给事中，和十三道监察御史。高拱是政治界的老斗士了，他战胜了几位元老，当然看不上一个新进的掌印太监。他后面有的是舆论和群众；内阁的内部，他知道除了自己，只有高仪和张居正。高仪是自己引进的，入相仅仅两月，当然惟自己“马首是瞻”，至于居正，高拱认定这是十几年以来的同僚，而且和自己志同道合。“‘周、召夹辅’，居正不是曾经说过吗？”高拱想着。后方的布置，没有任何的缺隙，高拱正准备和冯保作一次生死的决战。
最使高拱痛恨的，便是中旨。中旨是皇上底手谕。在现代的立宪君主国，一切的诏令要经过内阁底副署。中国古代也是如此。有中书省等的时代，诏令要经过中书省等，明代改为内阁，诏令便要经过内阁。唐朝武后在位，政治算是混乱了，但是当时人还能提出“不经凤阁鸾台，何名为诏’的口号。（武后元宅元年，改中书省为凤阁，门下省为鸾台。）明代在内阁以外，有通政司和六科，对于皇帝底诏令，都有随时复奏封驳之权，因此皇帝随时颁布手谕的自由，更受到重重的约束。不过法制是法制，事实是事实，在不上轨道的政治状况中，手谕仍旧不免出来，成为史册所记的“斜封墨敕”和“中旨”。这正是负责任的大臣所最痛恨的事。
神宗一经即位，中旨随即颁到内阁，其中的一件，便是引用穆宗遗诏，授冯保为司礼掌印太监。高拱痛恨极了，对传旨的太监说：
“中旨是谁底旨意？皇上底年龄小得很呢！一切都是你们做的，早迟要把你们赶走。”一番声色俱厉的言论，小内监都传达给冯保。这可使冯保怔住了。他到皇后、皇贵妃那里去撺掇。他指出穆宗逝世那一天，高拱在内阁里嚷着：“十岁的孩子，怎样做皇帝啊！”
“这是什么意思？”冯保把高拱底语句改造以后，又提出质问。皇后、皇贵妃都吟味着“这是什么意思？”她们感到悚惕，连十岁的皇帝，也突然变色。在这方面，冯保正在布置他底阵线。
高拱取的攻势，当然一刻也不懈怠。他认定自己和居正、高仪，是顾命大臣，他要报答穆宗皇帝，也要辅佐神宗皇帝；自己是首辅，更加责无旁贷。冯保底气焰一天大似一天，他是司礼掌印太监，现在又用中旨提督东厂。司礼掌印管的宫内，提督东厂便管到宫外来了。特务工作又落到他手里，冯保不是成为独裁吗？高拱容不得，他决定进攻了。第一道火线由六科给事中程文，十三道御史刘良弼等一齐向前。他们底奏疏和排炮一样地发出了，共同的目标只是一个冯保。第二道火线是礼科都给事中陆树德，吏部都给事中雒遵。树德攻击冯保掌司礼监一事，他底奏疏说：
先帝甫崩，忽传冯保掌司礼监。果先帝意，何不传示数日前，乃在弥留后？果陛下意，则哀痛方深，万几未御，何暇念中官？
这是用的最合逻辑的论法。惟一的答案，当然是既非穆宗，又非神宗，而只是冯保矫诏。矫诏便有矫诏的处分，高拱正准备着。雒遵是高拱底门生，更是一员大将，他看到神宗坐朝的时候，冯保站在御座旁边，于是提出攻击。
保一侍从之仆，乃敢立天子宝座。文武群工拜天子邪？抑拜中官邪？欺陛下幼冲，无礼至此。
两道奏疏又一齐发出了，共同的目标也只是冯保。这时已经是六月十五日己巳，是神宗即位的第六日。奏疏接二连三地发出了，冯保是司礼掌印太监，掌理内外章奏，没有不知道。不关事，战争是战争，用不到秘密。一切的计划，是高拱发动的，给事中和御史们，也受高拱主使，这也用不到秘密。隆庆四年以来，高拱和言官们打成一片，久已是公开的事实，何况冯保提督东厂，侦缉底特权和机构，都在他手里，那还有什么秘密？高拱只准备用“堂堂之阵，正正之旗”，打倒一个横行跋扈的内监。他晓得奏疏上去了，皇上便会发交内阁拟旨，权柄在自己手里，不愁冯保有什么办法。他自己也曾上疏，请把司礼监掌理章奏的大权，交还内阁。他准备负全责，当然他可以要求揽全权。他认定在缜密的布置之下，这一来可把冯保打倒了。
他所顾虑的还是内阁的同僚。四月中高仪入阁的时候，他就称病，再三推阻。居正也曾给他去信：“辱教，知东山情切，高驾夷犹，殊失朝野之望。兹温綍再颁，敦劝愈笃，恐上命不可屡抗，物望不可终孤。”（书牍三《答宗伯高南宇》）后来高仪果然来了，然而他也果然病了。在同受顾命的时候，高仪曾经豫闻，但是现在他确是病倒了，在这一方面，高拱看不到什么援助。还有张居正呢！在皇上即位以后，他奉诏到大峪岭视察葬地，这是准备穆宗皇帝底葬事，当然应由一位得力大臣去的。天又热，路上又辛苦，据说他回来以后又病倒了，这几天正在请病假，没有到内阁。高拱看到两位同僚都病倒了，一切的责任都在自己肩上。不要紧，他准备一个人担负着。
居正这几年以来，逐渐地感到岌岌不安的情况。内阁中的同僚都去了，这是为的什么？六年三月间，礼部尚书潘晟又去了，又是为的什么？潘晟去位以后，曾经来一封信，居正答复道：
辱别谕，一一领悉。白首相知，犹按剑也，况他人乎？然义命之学，窃尝闻之矣。自检平生，不敢有一事负国家，不敢有一念负于天下贤士大夫，至于去就，有命存焉，惟静以俟之而已。猥辱至爱，中心藏之。（书牍四《答宗伯潘水帘》居正有《义命说》，见文集六。）
那时他认为高拱底目标，只是自己，斗争没有把握，刘奋庸、曹大埜又去了，所以只得静以俟命。他底心绪正从烦闷转为恬淡。万想不到穆宗逝世以后，政治方面又跃起新兴的势力，演成内阁和司礼监的决斗。“什么内阁？”居正想到，“只是高拱一人！”他明白冯保和自己没有什么渊源，高拱底策略，冯保不是没有耳目，自己也犯不着去告密。（《明史·高拱传》称拱使人报居正，居正阳诺之而私以语保。《冯保传》称保与居正定谋逐拱。）他采取的方式，只是坐观成败。高拱胜了，居正自然还有他底“义命之学”；冯保胜了，居正明白收拾政局，便非自己不可，而且对于冯保，居正也自信还有对付的本领。穆宗逝世只有二十天，神宗即位只有五、六天，空气已经紧张的了不得，暴风雨就要发作了，等着罢。在这个情况之下，居正只说是受了暑，在内阁请假几天。
六月十六日庚午，天还未明，神宗召集大臣到会极门。高拱去了，满心以为这一次就是驱逐冯保的机会。居正还在假中，没有去。（《明史纪事本末》言“促居正至。”《明史·高拱传》言‘拱伏地不能起，居正掖之出”，似居正是日曾至会极门。以周圣楷《张居正传》考之，则言居正卜视陵寝，“比归而拱已去位矣，”又似居正是日尚在大峪岭未回。周《传》作于崇祯间，应可信。再考居正奏疏二《谢召见疏》则言“祗役山陵回还，中暑致病，具奏请假调理。本月十九日辰刻，忽闻中使传奉圣旨，宣召臣入”，是十六日居正实已还京，尚在假中。）高拱向上一看，少年的皇帝旁边，正立着自己底敌人冯保。这一刹那的注视，高拱知道已经失败了。冯保传皇后、皇贵妃和皇帝底谕旨道：
告尔内阁、五府、六部诸臣：大行皇帝宾天先一日，召内阁三臣御榻前，同我母子三人，亲受遗嘱日，“东宫年少，赖尔辅导。”大学士拱揽权擅政，夺威福自专，通不许皇帝主管，我母子日夕惊惧。便令回籍闲住，不许停留。尔等大臣受国厚恩，如何阿附权臣，蔑视幼主！自今宜洗涤忠报，有蹈往辙，典刑处之。（《明史纪事本末》卷六一原文）
高拱果然失败了。高拱底后盾是外庭，冯保底后盾是深宫；高拱只能主使言官，直攻冯保底罪恶，冯保便能撺掇后妃，怀疑高拱底忠诚。高拱这一次失败，深深地给居正一个教训，以后居正当国，在主持国政以外，对于奉承后宫和联络内监两件事，都化费不少的工夫。
明朝大臣解职回里的时候，有给驿的故事；所谓“给驿”，便是在驿站里支使车马人夫，由国家供给。这本来是特许，但是后来慢慢成为常例了。偏偏这次高拱卸任，限定立刻回籍