在这个情形之下，居正没有再辞的理由，他只有重行出来辅理国事。居正对于政治，有自己底理想和抱负；政权是贯彻这个理想和抱负的工具，他决不轻易放弃政权。在他认定神宗对于自己的信任，不但没有动摇，而且更加坚定的时候，他慨然地说；
夫事推求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特孚于昭鉴，则诸呶呶之口，诚无足为重轻。谨当仰体圣怀，益殚赤悃，冰霜自保，虽嫌怨以奚辞，社稷是图，何发肤之敢惜。（奏疏四《谢恩疏》）
政权在自己手中，居正准备继续贯彻自己底主张。“你们谅解也好，不谅解也好，我底行为，自然有我底标准，”他想。
神宗说起对于刘台，自有祖宗法度，果然派文书官邱得用，口传圣旨：“刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”拟旨是内阁底职务，但是交付廷杖，究竟有些困难。居正具疏论救，其结果刘台免去廷杖，只得“除名为民”的处分。这一点，当时颇有人认为是居正底宽宏。但是居正却坚决地否认，他说：
古之圣贤所遇之时不同，而处之之道亦异。《易大过》栋桡。《彖》曰，“刚过乎中。”当大过之时，为大过之事，未免有刚过之病；然不如是，不足以定倾而安国，栋桡而本末弱矣。伊、周当大过之时，为大过之事，而商、周之业赖之以存，虽刚而不失为中也。仆以一竖儒，拥十余龄幼主，而立于天下臣民之上，威德未建，人有玩心。况自嘉、隆以来，议论滋多，国事靡定，纪纲倒植，名实混淆。自仆当事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，开众正之路，杜群枉之门，一切以尊主庇民，振举颓废为务，天下始知有君也。而疾之者乃倡为异说，欲以抑损主威，摇乱朝政，故不得不重处一、二人，以定国是，以一人心，盖所谓刚过乎中，处大过之时者也。而丈乃以为失士心，误矣。吾但欲安国家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……仆今所处何时也？主上举艰巨之任，付之于眇然之身，今权珰贵戚，奉法遵令，俯首贴耳而不敢肆，狡夷强虏，献琛修贡，厥角稽首而惟恐后者，独以仆摄持之耳，其出处去就，所系岂浅浅哉？彼谗人者不畏不愧，职为乱阶，且其蓄意甚深，为谋甚狡，上不及主上，旁不及中贵，而独剚刃于仆之身，又无所污蔑，而独曰“专擅，专擅”云云，欲以竦动幼主，阴间左右，而疑我于上耳。赖天地宗庙之灵，默启高衷，益坚信任。不然，天下之事，岂不为之寒心哉！自有此事，主上食不甘味，寝不安席，以痛恨于忌者，盖大舜疾谗说之殄行，孔子恶利口之复邦，故去此人以安仆也，以安社稷也。离明允断，诚理法之正，而仆所以恳恳救之者，盖以仰答圣恩，下明臣节耳，非欲为沽名之事也。（书牍八《答奉常陆五台论治体用刚》）
同期中，居正又有上徐阶书，（书牍十五《上师相徐存斋十九》）答胡邦奇书；（书牍八《答廉宪胡公邦奇》）他说：“颛蒙之见，果于自信，但知竭忠捐躯，可以报国，更不思身。”（《上存斋》）他又说：“盖仆素以至诚待人，绝不虞人之伤己：至于近日之事，则反噬出于门墙，怨敌发于知厚，又适出常理之外。”（《答胡邦奇》）经过三四年的政局，居正对于自己，充满了自信，他认定惟有自己，才能担当国家底大任。因此从居正看来：攻击居正，便是攻击国家；摧毁居正，便是摧毁国家。这是必然的逻辑。居正说：“其出处去就，所系岂浅浅哉？”自信力底扩大，已经到达惊人的地位，但是倘使把居正当国十年的政局，和万历十年以后直到明末的政局比较，我们不能不承认居正见地底正确。
居正对于刘台的怨愤，真是深刻万分。救止廷杖的事，只是政治手腕的运用。他不愿意给一般人以强烈的刺激，所以刘台幸免廷杖底处分。万历八年，张学颜为户部尚书，揭发刘台在辽东受贿的事实，再经过辽东巡按于应昌，江西巡抚王宗载底彻查，刘台终于得到流戍浔州的处分。嫌疑底阴影，又投射到居正身上。居正说：“古云，‘宁人负我，无我负人’，况冤亲平等，悉归幻妄，今转盼之间，已成陈迹矣，何足挂之怀抱乎？”（《答胡邦奇》）话虽说得淡泊，但是事实上居正不是一个淡泊的人。孔子说过：“以直报怨。”什么是“以直报怨”呢？《礼记·表记》又记孔子之说：“以德报德，则民有所劝；以怨报怨，则民有所惩”。“直”只是应得的价值，因此“以怨报怨”和“以直报怨”，适成为同义的语句。也许居正认为刘台只得到他应得的价值罢！从近代的政治风度看来；不能不算是可以惋惜的事。
刘台攻击居正底贪污，不是没有根据的诬蔑。居正当国以后，曾说：“仆自当事以来，闭门却扫，士大夫公言之外，不交一谈。”（书牍五《答司马王继津》）又说：“仆近来用人处事，一秉公心，谬持愚见，旁人无所关其说，士大夫公见之外，不延一客，公谈之外，不交一语，即有一、二亲故，间一过从，不过相与道旧故，遣客怀而已，无一语及于时政。”（同卷《答工部郎中刘公伯燮言用人毁誉》）居正对于自己底生活，不算没有把握。在操守方面，正因为居正对于政权的热中，我们更可想象他对于货利的淡泊。在言论自由的时期，一旦贪污有据，经人指摘，往往不但成为终身的沾辱，而且会引起政权的动摇。这是一个热中政权的人所不愿意的。然而明代腐化的空气，已经弥漫了，腐化的势力，侵蚀一切，笼罩一切，何况一个全权在握的首辅，更易成为腐化势力底对象。北京只是居正底寓所，他底家在江陵；居正可以洁身自好，但是居正有仆役，有同族，有儿子，有弟弟，还有父亲。腐化的势力，在北京找不到对象，便会找到江陵。居正也许还能管束子弟，他能管束父亲吗？尤其张文明那一副放荡不羁的形态，更不会给一个十几年不曾见面的儿子以说话的机会。
明朝的政治，充满无数腐化的因素。现代认为不应存在的事实，在当时只是一种习惯。最痛苦的是在未经指摘的时候，尽管认为习惯，但是一经指摘以后，立刻又成为贪污。因此从事政治生活的人，随时随地，都受着物质底诱惑，也就随时随地，会蒙到仇敌底指摘。这是政治生活底创伤。隆庆六年，湖广巡抚、巡按提议为居正建坊。大学士建坊，在明代只是一个寻常的事，但是建坊底工料，一切又落到湖广民众身上。居正极力辞免，他说：“敝郡连年水旱，民不聊生，乃又重之以工役，使万姓睊睊，口诅祝而心咨怨，将使仆为荣乎？辱乎？”不建坊也可以，他们便准备照工料折价，送给张家，这可算是异想天开，不过居正并不觉得离奇，他只说：
若欲给与折价，尤不敢当。家有薄田数亩，足为俯仰之资，仆又时时以其禄入，奉上老亲，击鲜为宾客费，家不患贫。而诸公所馈，铢两皆民膏也，仆何功以堪之，何德以享之？顷已有书恳控二公，恐未见谅。愿公再以鄙意固请，必望停寝，乃见真爱。若不可止．如向者面凟云云，准作废府纳价，贮库作数，仆亦受惠多矣。仆虽无德于乡人，而亦惧丛怨以重吾过。诸公诚爱我者，宜视其所无者而与之，奈何益其所有以滋毒于仆。恃公道谊骨肉之爱，故敢沥竭肝胆，直露其愚。若谓仆心或欲之，而姑饰辞以沽名，则所谓穿窬之徒，不可以列于君子之林矣。（书牍四《答荆州道府辞两院建坊》）
我们不能认居正为“穿窬之徒”，但是我们也没有看到坚决的拒绝。他只是不要建坊，不要折价，而希望以建坊之费，准作废府纳价。在运用的方面，纵使不同，但是接受只是接受，还不是同样的民脂民膏？废府即辽王府，隆庆二年辽王宪【火节】被废以后，张家据为己有，直到隆庆六年，才想起纳价的事。《明史纪事本末》卷六十一，和《明史》原本，称“居正攘以为第”，指此。居正曾孙张同奎对于此事的否认（见《张文忠公全集》附录二《上六部禀帖》）只是没有根据的说话，其后《明史》根据同奎底言论，重行删订，便上了一次大当。
建坊不仅是建坊，坊价送到张家，立刻修建第宅，建筑工人，由锦衣卫军士包办。这个原是明代的敝风，但是在这一点，似乎居正也不觉得离奇。他说；
新构蜗居，三院会计欲有所助。诸公厚意，岂不知感，但仆本心，原不敢以一椽一瓦劳费有司，故虽督造锦衣，亦止便差用借，诚恐惊扰地方也。今堤工方兴，疲民无措，公私嗷嗷，困敝至此，岂复有余羡为仆营私第乎？仆虽无德于乡人，实不敢贻累以贾怨。且去岁诸公所赐坊价，已即给付工匠，即有不足，以后逐年赐责，及俸入田租，陆续凑办。需以二、三年，可得苟完矣。若诸公创行此意，则官于楚者，必慕为之，是仆营私第以开贿门，其罪愈重。万望俯谅鄙衷，亟停前命，俾仆无恶于乡人，无累于清议，则百朋不为重，广厦不为安也。（书牍五《与楚中抚台辞建第助工》）
这是万历元年的事。这一座第宅底规模，着实不小。居正自言：“小宅，原拟赐金构一书舍耳。不意锦衣庞君遂摹京师第宅，大事兴作，费至不赀。屡屡垂念，给与频蕃，既乖本图，复益罪过，赧怍之衷，口不能悉。”（书牍五《与楚抚赵汝泉言严家范禁请托》）第宅之中，有堂有楼，神宗赐名为纯忠堂、捧日楼，又颁御笔大字二幅，对句一联，御前银一千两。（奏疏三《谢堂楼额名并赐金疏》大字二幅：一曰社稷之臣，一曰股肱之佐，联曰正气万世，休光百年。见王世贞《首辅传》卷七。）这次建坊、建第底计划，发动的是湖广巡抚汪道昆，（书牍四《答楚抚院汪南明辞建坊》）完成的是继任巡抚赵贤，（即汝泉）恰恰做到“官于楚者，必慕为之”的地步。“给与频蕃”，适成为“营私第以开贿门”的注脚。以后万历六年，有人提议替张家创山胜；（书牍十《答棘卿刘小鲁言止创山胜事》）万历八年，提议建三诏亭；（书牍十二《答湖广巡按朱谨吾辞建亭》）万历九年，提议重行建坊表宅，（书牍十三《答郧阳巡抚杨本庵》）而且一切动工进行，都不待居正底同意。所以无论居正是否默认，这一个贿门，在他当国的时期，永远没有关上。
贿门当然不仅在此。荆州江滨的沙滩出水，荆州府落得做人情，便撺掇张家出来报领。居正自己说起：“又昨王太常言，府中有一淤洲，公欲寒家人领，极知公厚意，但利之所在，人争欲之，擅众所利，则怨必丛积，家有薄田数亩，可免饥寒，老亲高年，子弟驽劣，诚不愿广地积财以益其过也。”（书牍六《与荆南道府二公》）居正底话没有说错，但是广地积财底事，仍是不断地进行。居正身后，福王常洵奏乞居正所没产，（《明史》卷一二〇《福王常洵传》）恰恰证实居正积产底成绩。
最直接的办法，是把贿赂一直送到江陵张家。居正书牍里，屡次提到。（书牍六《答总宪刘紫山》、书牍七《答刘虹川总宪》、书牍九《答向台长》、《答四川总兵刘草塘》、《答吴总宪》。）最阔绰的是两广的长官。万历七年，居正曾说：“自不谷待罪政府以至于今，所却两广诸公之馈，宁止万金，若只照常领纳，亦可作富家翁矣。”（书牍十一《答两广刘凝斋论严取与》）大致古来两广一带，腐化的空气，特别浓厚，所以岑参看到朋友往广东做官，仔细吩咐他，“此乡多宝玉，慎勿厌清贫。”（《送张子尉南海》）明朝的腐化空气，本来很盛，最盛的还是广东，（见《答刘凝斋书》）吏治底腐化，当然影响到人民底生活，和地方底治安。两广动乱最多，这是一个最大的原因。
在贿赂底进行中，也有几次特别的趣事。一位知县底贿赂送来，居正拒绝了，知县认为嫌少，便设法加添。经不起再来一次拒绝，他索性借上一条玉带，一并献上。居正复信说：
往者别时曾以守己爱民四字相规，故屡辱厚惠，俱不敢受，盖恐自背平日相规之言，有亏执事守己之节。而执事乃屡却不已，愈至愈厚，岂以区区为嫌少而加益耶？至于腰间之白，尤为殊异，顾此宝物，何处得来，恐非县令所宜有也。谨仍璧诸使者。若假之他人，可令返赵。执事从此，亦宜思所以自励焉。（书牍七《答傅谏议》）
这仅是小小的诰诫。还不严重。最离奇的是一位郧阳巡抚。他在解任以后，到处活动，声名已经不佳，偏偏又活动到居正门上来了。这是一件笨手笨脚的事，居正怎样提出呢？他只有开一次顽笑，说道已经给吏部提起，但是吏部因为空气不利，只有极力避嫌，不敢起用。说过以后。居正更重重地教训一顿：
仆之求士，甚于士之求己，虽越在万里，沈于下僚，或身蒙訾垢，众所指嫉，其人果贤，亦皆剔涤而简拔之，其为贤者谋也，又工于自为谋。公闻之往来之人，岂不诚然乎哉？胡乃不以贤者自处，以待仆之求，而用市道相与，馈之以厚仪，要之以必从，而又委之于私家，陷之以难却，则不知仆亦甚矣。古人言。非其义而与之，如寘之壑中，诚不意公之以仆为壑也！以公夙所抱负，又当盛年，固时所当用者，此后阖门养重，静以俟之，弓旌之召，将不求而自至。若必欲如流俗所为，舍大道而由曲径，弃道谊而用厚贿，仆不得已，必将言扬于廷，以明己之无私，则仆既陷于薄德，而公亦永绝向用之路矣，是彼此俱损也。恃在夙昔至契，敢直露其愚，惟公亮而宥之，幸甚。（书牍七《答刘虹川总宪》）
这次居正底地位真是尴尬，所以只有痛快地数责。所谓“委之于私家，陷之以难却”，也许是指送到江陵张文明底手里，但是这只是悬想，没有证明。
文明是一个放浪不羁的人，居正当国以后，当然增加文明底威风。万历初年御史李颐前往广西，路过江陵，看见文明气焰太大了，和他顶撞一下，居正便取消李颐底御史。居正不是不晓得文明底放恣。他说过：“老父高年，素怀坦率，家人仆辈，颇闻有凭势凌铄乡里、混扰有司者，皆不能制。”（书牍五《与楚抚赵汝泉言严家范禁情托》）在“子为父隐”的社会中，居正只能这样说，但是文明底放恣，已经显然。参与这一切的有居正底弟弟，有他底儿子敬修，也有他底族人子弟。万历二年，居正说过；“敝族家人，虽颇知奉法，然小小扰混，未必尽无，衔勒钤制，不敢一日释也。”（书牍六《答总宪廖春泉》）这里透露族中底情态。至于仆役底横肆，在书牍中看到的更不只一处。
从这许多方面看来，刘台所称“居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙”，又称居正“辅政未几，即富甲全楚”，不是没有根据的。但是这是明代的风气。在腐化的空气中，居正曾经和两广总督刘尧诲谈起：
尊示谓稽察吏治，贵清其本源，诚为要论，顾积习之弊．亦有难变者。一方之本在抚按，天下之本在政府。不谷当事以来，私宅不见一客，非公事不通私书，门巷阒然，殆同僧舍，虽亲戚故旧，交际常礼，一切屏绝，此四方之人所共见闻，非矫伪也。屡拟严旨，奖廉饬贪，欲庶几以身帅众，共成羔羊素丝之风，而终不可易。乃苞苴之使，未尝绝也；钻刺之门，未尝墐也，虽飨荼茹堇，徒自苦耳，何裨于治理耶？虽然，不谷固不敢以人之难化，而遂懈其率之之心也，早夜检点，惟以正己格物之道，有所未尽是惧，亦望