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在这个情形之下，才提到改革。第一个提倡的是浙江巡按御史庞尚鹏。他主张把往年编某为某役的办法，完全停止：重行核定有丁无粮者，编为下户；有丁有粮者，编为中户；粮多丁少，和丁粮俱多者，编为上户。在这个计划下面，一县差役，完全由州、县官募人充当。力差按照工食之费，量为增减；银差按照交纳之费，略加银耗，一县的总数决定以后，按照丁、粮比例，完全派到丁、粮里面，随同完纳。这就是一条编法。嘉靖四十五年，尚鹏在浙江曾经推行过这个办法。周如斗在江西巡抚任内，也奏请推行条编，但是不久如斗死了，到隆庆初年，由继任江西巡抚刘光济再行奏请，隆庆四年，在江西全省推行。（万历本《明会典》卷二十）是年十月，庞尚鹏为福建巡抚，奏请推行一条编法。（《明纪》卷三十九）所以条编法底推行，是从南方的浙江、江西、福建开始的。
条编当然有条编底利弊。隆庆元年户部尚书葛守礼便曾经揭出“吏书夤缘为奸，增减洒派，弊端百出。”守礼是当时有名的大臣，他底议论，当然有相当的价值，但是他只看到条编底阴影。从大体方面讲，条编是一个极大的进步。徐希明曾经说起：“丁粮差重者派银亦重，差轻者派银亦轻，轻重均派于众，未尝独利独累于一人，虽善于规避者无所用其计，巧于营为者无所施其术。”（《平赋役序》见《图书集成·食货典》一五一卷）因此条编底推行，固然由于官吏底提倡，同时也出于当时人民底要求。徐希明看到湖广茶陵推行条编以后，攸县人民便要求推行条编，正是一个实例。不过我们应当记得，条编于小民有利，便不免损害许多人既得的权利。希明不曾说过吗？“大抵此法至公至平，但便于小民而不便于贪墨之官府，便于贫乏而不便于作奸之富家，便于里递而不便于造弊之吏胥。”希明亲眼看到隆庆、万历间的情形，这是他底结论。
居正不是条编底发明者，对于条编底推行，他不会感到发明家底那种母爱的热忱。而且实行条编，对于居正个人，也许未必有什么利益。他是当时的首辅，即使不实行，谁能把力差、银差派到首辅家中吗？徭役派入丁粮，只增加居正私人底负担。但是居正代表当时的最高统治者，他必须从统治阶级的整体利益出发。为了维护统治阶级的长远利益，必须设法缓和阶级矛盾，因此，条编法的推行，正与统治阶级有利，所以万历四年，居正推行条编，当然有他底理论根据。
庞尚鹏、刘光济在浙江、福建、江西推行条编了，居正底计划，要把它推行到全国。这便有些和王安石推行青苗相似，但是居正只是慢慢地推行，从容地解释，他一步一步地前进，不象安石那样的急迫。让我重说一遍罢，居正不是王安石，他只是一个现实的大臣。
万历四年，居正先把条编推行到湖广。他和湖广巡按说起：
辱示江陵尹朱正色均差之议，其中综理，精当详密。此君初任，人皆以为刻核，仆独爱其明作，今观其所建立，必为良吏无疑矣。慰甚慰甚。一条编之法，近亦有称其不便者，然仆以为行法在人，又贵因地，此法在南方颇便，既与民宜，因之可也。但须得良有司行之耳。（书牍八《答楚按院向明台》）
果然有人提到条编底不便，他们甚至说条编便于士大夫而不便于小民。怎么辩论呢？居正只有由他；居正说：
条编之法，有极言其不便者，有极言其便者，有言利害半者。仆思政以人举，法贵宜民，执此例彼，俱非通论，故近拟旨云，“果宜于此，任从其便，如有不便，不必强行。”朝廷之意，但欲爱养元元，使之省便耳，未尝为一切之政以困民也。若如公言，“徒利于士大夫而害于小民’，是岂上所以恤下厚民者乎？公既灼知其不便，自宜告于抚、按当事者，遵奉近旨罢之。若仆之于天下事，则不敢有一毫成心，可否兴革，顺天下之公而已。（书牍九《答少宰杨二山言条编》）
这是万历五年的事。经过一年底推行，居正对于条编，更加感到兴趣。万历五年，他不再说“法贵因地”，只是说：“条编之法，近旨已尽事理，其中言不便，十之一、二耳。法当宜民，政以人举，民苟宜之，何分南北。”（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》）以后经过几年的推行，到万历九年正月，再用诏旨通行全国，一条编法，遂成为通行的法制。
居正六个儿子，敬修、嗣修、懋修、简修、允修、静修：尤其是敬修、嗣修、懋修这三个，居正对于他们盼望更切。懋修底天资最好，居正曾和他说：“汝少而颖异，初学作文，便知门路，吾尝以汝为千里驹。”（书牍十五《示季子懋修》）居正看到当时有才学的人，便罗致给儿子们做朋友，他认为只有这样，才可以敦促他们上进。第一个罗致的是沈懋学，后来万历五年丁丑科进土第一人；其次便是《牡丹亭》底作者汤显祖，不料显祖却拒绝了，居正死后万历十一年癸未，显祖才成进士。敬修是万历元年癸酉科举人，次年甲戌科会试下第。据说居正因此大为生气，甲戌科不选庶吉士，便是敬修下第底结果。万历四年丙子科乡试，懋修失败，（见《示季子懋修》）所以五年丁丑科会试，只有敬修、嗣修同到北京就试。这次敬修依旧落第，嗣修原定二甲第一人，神宗拔为一甲第二人及第。
嗣修登第的事，对于居正，当然是一种快慰。他在这一年和王之诰说起：“豚儿寡学，谬窃科名，其躐登上第，则出主上亲拔，非仆庶几所敢望也。”（书牍九《答司寇王西石》）大致他对于敬修、懋修的希望，还很热切；对于第四子简修，便冷淡了。以后简修由武职出身，所以居正在给之诰信上又说：“简儿叨授一职，遣归完娶。”信上又提及他底父母，和继配王夫人，这时都在江陵。居正曾说“门巷阒然，殆同僧舍”；他在北京的寓居，真有些僧舍底意味。
嗣修登第，毕竟是一件不厌众望的事。明代辅臣在位的时候，儿子会试及第的，不止一次，但是除杨廷和当国，其于杨慎以会试第一人及第，群情翕服以外，其余没有一次不发生许多非议。尤其在居正当国十年之中，万历五年会试，嗣修第二人及第，万历八年会试，懋修第一人及第，敬修同时及第：兄弟三人先后及第，更引起不少的责难。万历十六年顺天乡试，辅臣王锡爵之子王衡第一名中式，当时的风波又来了，大家指摘锡爵，锡爵恨极，次年会试，不许王衡就试，直到锡爵去位多年以后，万历二十九年会试，王衡始以第二人及第，这才证实王衡底才学，同时也表明锡爵底坦白。自此以后，辅臣当国的时候，其子不应会试，成为科举制度底故事。
这里的是非，本来一言难尽。明代的制度，对于大臣底儿于，有文荫或武荫。在大臣建功或是几年任满以后，照例可以荫字。文荫从荫一子入国子监读书起，以后补尚宝司丞，尚宝司卿，这算是一条路。武荫从锦衣卫百户、千户起，以后补指挥同知、指挥佥事，这也是一条路。这两条是怎样的路呢？大学士底儿子不能补大学士，尚书底儿子不能补尚书。由荫生升到大学土、尚书的，没有看见一个。明朝一代，父、子大学士惟有陈以勤、于陛父子二人，但是于陛底大学士，是从乡试、会试挣扎出来的，井不靠以勤底庇荫。惟有乡试、会试才是出身底大路，荫生不但不是大路，甚至反是一件障碍。这是居正始终迫促敬修、嗣修、懋修由乡试、会试出身的原因。居正自己曾经说过：
或言大臣子弟应举，不当与寒士争进取者，此论非也。自晋、唐以来，士人咸重门第，王、谢子孙，与六朝相终始，至隋、唐设科取士，寒素乃得登用，而建官要职，仍多用世家，大臣恩荫，皆得至将相，如唐萧、卢、崔、郑，累世宰相，有至八、九人者。中唐以后，进士一科，最为荣重，而李德裕以其父荫，为备身千牛；或劝之应举，德裕言好驴马不入行，后亦为宰相。盖世家子弟，自有登用之路，不借科目而后显，是科举大臣子弟一人，则退寒士一人矣。若本朝则立贤无方，惟才是用。高皇帝时，用人之途最广，僧、道、皂隶，咸得至九卿、牧、守，大臣荫子，至八座、九卿者，不可缕数。宣德以后，独重进士一科，虽乡举岁贡，莫敢与之抗衡，而大臣恩荫，高者不过授五府幕僚，出典远方郡守而止，即有卓荦奇伟之才，若不从科目出身，终不得登【月无】仕，为国家展采宣猷矣。岂古人所谓乔木世臣之义乎？故大臣子弟，不宜与寒士争进之说，在前代则可，非所以论当今之务也。（文集十一《杂著》）
《杂著》是居正随时的杂录，其中所载的事实，有年、月可稽者，最后为万历七年赐广寒殿镇殿金钱四枚之事。因此不妨假定论世家子弟应举一节，正为嗣修等诸人登第而作。居正《西陵何氏族谱序》（文集八）曾言“采灵菌于粪壤，拔姬、姜于憔悴”，大致是仕宦未遂之作，现在他说“乔木世臣”，显然是仕宦已遂之后的言论。居正对于国家是大臣，对于嗣修等是父亲。是大臣便应当为国家求人才，是父亲便只能为儿子谋出路。也许在嗣修等几次会试的时候，他把父子底关系看得太重一点罢。但是我们眼前看到有些国家，当国的人物正在不断地替儿子争取地位，那么即是居正不免有一些舐犊之情，我们不妨认为这只是人类社会共有的弱点。
万历五年五月，总督两广军务右佥都御史凌云翼进攻罗旁瑶，对于少数民族，又来一次压迫。罗旁在德庆底南面，东西数百里，都是瑶山。宪宗成化年间，韩雍经略两广的时候，曾经讨平一部分，但是后来瑶人不断起兵，成为两广的祸患。殷正茂提督两广军务，又提议讨伐罗旁。万历三年，正茂去职，云翼继任，于是这个责任，落到云翼身上。万历四年，居正去言说：
罗盘、渌水之事，石汀公在任不能处，乃诿难于后人，诚为不恕。然此地不沾王化数十百年，义所当讨，在公诚不宜使之跳梁于卧榻之前也。但须审图而后动，动而必胜，胜而无损，乃为万全。不然，又不如姑置之之为便也。（书牍八《答两广凌洋山计剿罗盘寇》）
云翼到任以后，从容布置，广西总兵李锡，广东总兵张元勋底军队都调齐了，万历五年进攻，不久就打一个胜仗，居正再去一信说到：
罗旁之役，闻已获功万余，计所卤获，又当称是，即有伏逸，谅亦无多。宜乘此势，多方招部，开其生路，随宜处置，务绝后患，则一劳永逸之策也。（书牍九《答两广凌洋山》）
这年五月，“大功告成”，云翼在这次“战功”里，俘斩招降四万二千八百余人，确实是一个大役。云翼上疏，主张开辟州、县，招徐农垦，经过一度迟疑以后，居正接受这个建议。他说：
罗旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未尽，姑少迟建设，以俟人心之定，会新司马（兵部尚书王崇古）亦以此为言，遂从再议。近来彼中人来，皆言此地在四府之中，素称沃壤，与广右边徼不同，且远近之民，愿受廛者众，不设官建治，何以统之？是以知再议之为迂谬也。伫俟大疏至，即属铨部选除矣。但闻愿附籍者，多系远县之民，其中或有来历不明，流浪无根，或贼党诡名伪姓，若但务招徕，不加审别，兰、棘并植，狼、羊同饲，将复为昔日之罗旁矣。窃以四方邻近之人，亦自有就招者，彼风土既习，板籍有据，环数百里之内，封壤相接，迁徙无难，且彼素被贼患，茹苦日久，今界之以沃土，与之以安乐，亦所以偿之也。其中徭赋务从轻省，法令不宜烦苛，使人怀定居，远迩争附，数年之后，可尽化为乐国矣。夫戡乱非难，已乱为难，当此重开再辟之时，即宜为长治久安之计，惟高明择焉。（同卷《答两广凌洋山计罗旁善后》）
这是广东罗定州（本为泷水县、万历五年升为罗定州、今罗定县。）底来历。罗定州新开二县，东为东安县，（今云浮县）西为西宁县。（今郁南县）从此广州、高州、肇庆、梧州四府交界的原野，又添了国家的新壤。
万历五年五月宫内文书官邱得用口传圣旨，“慈庆、慈宁两宫，著该衙门修理见新，只做迎面。”这只是一件不重要的工程，而且是仁圣皇太后、慈圣皇太后底住所，谈不到驳回，但是居正认为这是不急之务，立刻拒绝。在神宗尚在冲龄的时侯，实际的政权，在皇太后手里，然而居正顾不得，他认定大臣有大臣底身分。居正疏称：
臣等再三商榷，未敢即便传行。窃惟治国之道，节用为先，耗财之原，工作为大。然亦有不容已者：或居处未宁，规制当备，或历岁已久，敝壤当新，此事之不容已者也。于不容已者而已之，谓之陋，于其可已而不已，谓之侈，二者皆非也。恭惟慈庆、慈宁，乃两宫圣母常御之所，若果规制有未备，敝壤所当新，则臣等仰体皇上竭情尽物之孝，不待圣谕之及，已即请旨修建矣。今查慈庆、慈宁，俱以万历二年兴工，本年告完。当其落成之日，臣等尝恭偕阅视，伏睹其巍崇隆固之规，彩绚辉煌之状，窃谓天宫月宇，不是过矣！今未逾三年，壮丽如故，乃欲坏其已成，更加藻饰，是岂规制有未备乎？抑亦败坏所当新乎？此事之可已者也。况昨该部、该科，屡以工役繁兴，用度不给为言，已奉明旨，“以后不急工程，一切停止。”今无端又兴此役，是明旨不信于人，而该部、科，必且纷纷执奏，徒彰朝廷之过举，滋臣下之烦言耳。方今天下民穷财尽，国用屡空，加意撙节，犹恐不足，若浪费无已，后将何以继之？臣等灼知两宫圣母，欲皇上祈天永命，积福爱民，亦必不以此为孝也。臣等备员辅导，凡可将顺，岂敢抗违，但今事在可已，因此省一分，则百姓受一分之赐，使天下黎民，万口同声，祝圣母之万寿，亦所以成皇上之大孝也。伏望圣慈，俯鉴愚忠，将前项工程，暂行停止，俟数年之后，稍有敝坏，然后重修未晚。臣等干冒宸严，无任悚栗之至。（奏疏五《请停止内工疏》）
这一个奏疏上去，文书官随即口传圣旨，“先生忠言，已奏上圣母，停止了。”皇太后和神宗对于居正，到了言听计从的时候，居正认定自己底责任，所以不得不说。万历五年，整个国家的财政，已经有了良好的基础，但是居正认为国防民生，都需要很大的经费，在有余的时候，还要计划怎样轻徭薄赋，使百姓们得到实在的利益。他舍不得把铢积寸累的资财，浪费在琼楼玉宇上面。他知道这次修理两宫，是皇太后底意思，但是为了国家着想，他决定在皇太后面前顶一下。
万历二年，《穆宗实录》修完，神宗加恩居正，荫一子做中书舍人，居正两疏辞免。万历五年，《世宗实录》修完，神宗因为居正是实录馆总裁，再行加恩，吩咐内阁拟敕，居正把加恩同官的敕书拟定奏上，但是没有提到自己。神宗随即着文书官邱得用口传圣旨：
皇祖四十五年《实录》，字字句句都是先生费心看改几次，我尽知道，先生恩该首加，却怎的不拟这敕？着令改拟了才行。
这一次居正在复疏里，痛切地把自己底心境说清。他说：
臣以羁单寒士，致位台鼎，先帝不知臣不肖，临终亲握臣手，属以大事。及遭遇圣明，眷倚弥笃�