初九日黎明，居正至文华殿伺候。神宗召见，居正叩头称贺道：“恭惟圣躬康豫，福寿无疆，臣犬马微衷，不胜欣庆。”
神宗说：“朕久未视朝，国家事多，劳先生费心。”
“臣久不睹圣颜，朝夕仰念，今蒙特赐召见，下情无任欢忻，但圣体虽安，还宜保重。至于国家事务，臣当尽忠干理，皇上免劳挂怀。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说，一面吩咐赐银五十两、彩币六表里、烧割一分、酒饭一桌。
居正俯服在下面叩头。
神宗又说：“先生近前，看朕容色。”
居正奉命，在晨光嘉微的中间，向前挪了几步，又跪下了。神宗握着居正的手，居正这才抬头仰看，见得神宗气色甚好，声调也很清亮，心里不由地感觉快乐。
“朕日进膳四次，每次俱两碗，但不用荤，”神宗告诉他。
“病后加餐，诚为可喜，但元气初复，亦宜节调，过多恐伤脾胃，”居正说。这位老臣底态度越发严肃了，他郑重地说，“然不但饮食宜节，臣前奏‘疹后最患风寒与房事’，尤望圣明加慎。”
“今圣母朝夕视朕起居，未尝暂离，”神宗说，“三宫俱未宣召。先生忠爱，朕悉知。”
殿上又是一度沉寂。
神宗吩咐道，“十二日经筵，其日讲且待五月初旬行。”居正叩头以后，退出。（奏疏八《召见纪事》。对话用原文。）
神宗和居正的关系，真是密切。居正是皇上底臣仆，同时也是皇上底监护人。平时对于年轻的朋友和晚辈所不便说的话，居正都说了。“先生忠爱，朕悉知，”这七个字出口的时候，神宗也是十分地感动。君臣间这样深切的情感，谁会想到还有变动的一日！
万历七年，宫中的用度，又开始增加。本来宫中金花银，按年由户部送进一百万两，自六年起，已经增为一百二十万了，七年以后，神宗又开始需索。居正看到户部尚书张学颜感觉困难，便毅然地把责任负起，疏称：
臣等看得国家财赋正供之数，总计一岁输之太仓银库者，不过四百三十余万两，而细至吏承纳班，僧道度牒等项，毫厘丝忽，皆在其中矣。嘉、隆之间，海内虚耗，公私贮蓄，可为寒心。自皇上临御以来，躬行俭德，核实考成，有司催征以待，逋负者少；奸贪犯赃之人，严治不贷；加以北虏款贡，边费省减，又适有天幸，岁比丰登，故得仓库积贮，稍有赢余，然闾阎之间，已不胜其诛求之扰矣。臣等方欲俟国用少裕，请皇上特下蠲租之诏，以慰安元元之心。今查万历五年，岁入四百三十五万九千四百余两，而六年所入，仅三百五十五万九千八百余两，是比旧少进八十余万两矣。五年岁出，三百四十九万四千二百余两，而六年所出，乃至三百八十八万八千四百余两，是比旧多用四十万余矣。问之该部云，“因各处奏留蠲免数多，及节年追赃人犯，财产已尽，无可完纳，故入数顿少，又两次奉旨取用，及凑补金花拖欠银两，计三十余万，皆额外之需，故出数反多也。”夫古者王制，以岁终计国用，量入以为出。计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞。乃今一岁所出，反多于所入，如此年复一年，旧积者日渐销磨，新收者日渐短少，目前支持已觉费力，脱一旦有四方水旱之灾，疆場意外之变，何以给之？此皆事之不可知，而势之所必至者也。比时欲取之于官，则仓廪所在皆虚，无可措处；欲取之于民，则百姓膏血已竭，难以复支：而民穷势蹙，计乃无聊，天下之患，有不可胜讳者，此臣等所深优也！夫天地生财，止有此数，设法巧取，不能增多，惟加意撙节，则其用自足。伏望皇上将该部所进揭帖，置之座隅，时赐省览。总计内外用度，一切无益之费，可省者省之，无功之赏，可罢者罢之，务使岁入之数，常多于所出，以渐复祖宗之旧，庶国用可裕，而民力亦赖以少宽也。鄙谚云，“常将有日思无日，莫待无时想有时。”此言虽小，可以喻大，伏惟圣明留意。（奏疏八《看详户部进呈揭帖疏》）
万历六年还朝以后，居正在对内对外方面，都有相当的把握。北边的敌人分散了，俺答只是一个降王，替明朝约束鞑靼的部落。东北边也许还有一点问题，但是仗着李成梁底朝气，和辽东十几万大军，一切都有办法。整个的内政，已上轨道，只待清丈完毕，把人民底负担，重新调整。内外的困难已经没有，但是居正底困难，正在不知不觉地加强。问题只在神宗身上。
做父母的常说：“小的子女好养，大的子女难教。”为什么？小的时候，子女底个性还没有发展，原谈不上独立生存的能力，因此他们听从父母底指挥，驯伏得和羔羊一样，引起父母的怜爱。等到大了以后，他们底个性发展了，他们开始发现自己，在生活上，也许需要父母底维持，但是他们尽有独力生存的能力，为了这一点维持的力量，当然不愿接受太大的委屈。于是家庭之内，父母底意志和子女底意志并存，有时从并存进到对立，甚至从对立进到斗争。假如一家之中，父母底意志不一致，子女又不只一人，小小的家庭，无形中会成为多角形的战场。
不过亲子之间，究竟有亲子之间的天性，而且经过几千百年以来的礼教，子女或多或少地总觉得在父母面前有屈服的必要。尽管家庭之中，有不断的斗争，但是亲子之间，不一定会决裂，这是一个理由。
但是居正和神宗的关系，究竟不是亲子的关系。在十岁的时候，小小的神宗，对于居正，只看到一位长须玉立的大臣，这是自己底监护人和老师。神宗觉得他可敬，有时不免有点畏惧，但是在大半的时候，居然觉得他可爱。天热了，看见老师在讲书的时候，汗流满面，神宗吩咐太监们替他掌扇；天冷了，看见老师立在文华殿的方砖上，寒气森肃，神宗便吩咐太监们拿毡片把方砖遮上，免得老师受寒。有一次，居正在上直的时候，忽然发寒热，神宗赶忙自己凋好椒汤，送给老师。神宗是一个好孩子，待老师真是非常殷勤。
然而现在他已经十七岁了，在早熟的环境里，他已经娶了亲，而且不久以后，他便要做父亲。他久已是皇帝，现在更开始发现自己。他有他底意志，这个意志，必然地有和居正底意志斗争的一日。关于这一点，姑且不论，而且因为居正垂死的时候，神宗底意志，还没有达到十分坚强的程度，他们两人，没有经过实际斗争的阶段，所以也可置之不论。但是在神宗发现自己以后，他底意志已经存在，不久以后，逐渐形成和居正对立的地位。这个神宗没有觉到，居正没有觉到，但是两个意志底形成对立，是无法否认的现实。
从明太祖到神宗，这一个血脉里，充满偏执和高傲，这是无可讳言的。孝宗有一些柔和，武宗有一些妄诞，但是这一枝中断，皇位落在世宗手里。世宗还是偏执，高傲；中年以后，有些颓废，不过颓废的中间，常时露出高傲的本色。穆宗看到父亲底模范，更加颓废，不过他还有些高傲。到了神宗，又在这高傲的血液里，增加新的成分。他底母亲是山西一个小农底女儿。小农有那一股贪利务得的气息，在一升麦种下土以后，他长日巴巴地在那里计算要长成一斛，一石又硬又好的小麦。成日的精神，集中在这一点上面。经过几世几年的熏陶，小农底气息养成了。慈圣皇太后把这一股气息带进北京皇宫里面，再把这成斛成石的观念，灌输到神宗底血液里。明朝底皇帝，只有神宗嗜利，出于天性，也许只可这样地解释。以后传到熹宗、思宗，嗜利的血液，经过几度的冲淡，已经不十分显著，但是国事已到不可收拾的地步，加上熹宗底昏愦，思宗底操切，明朝底覆亡，成为必然的形势，而一切的祸根，都在神宗好利的时期，已经种下。神宗中年以后，大理寺评事雒于仁疏献酒、色、财、气四箴，曾说：
竞彼镠镣，锱铢必尽，公帑称盈，私家悬馨。武散鹿台，八百归心，隋炀剥利，天命难谌。进药陛下，货贿勿侵。（财箴）
御史马经纶也曾上疏神宗，直言“陛下好货成癖”。万历三十年的时候，神宗病重，看看死日已近，这才下诏把自己发明的那些剥削人民，无补国用的商税、矿税，一概取消，召首辅沈一贯入宫，亲自把手诏交付他。一贯出宫以后，大臣们一面悲痛皇上底病危，一面也不免庆幸民生底复苏。第二天神宗突然好了，还是舍不得这一大注民财，再派太监们到内阁追还圣旨。大学士方在设法挣扎，太监们来了一个又一个，最后连来二十位，拼命坐索。神宗派司礼太监田义去，田义不肯，神宗从床上爬起来，拿刀子戳上去。内阁里这二十位太监，磕头恳求，额角都磕破了，血流满面，沈一贯无法，只有把圣旨缴进，一切矿税、商税照旧征收，银两不断地向宫中流进，才能满足这位小农底外孙。
在万历七年的时候，这粒嗜利的种子，虽然没有成长，但已经在那里萌芽。金花银增加了，这是一笔收入。其余的需索，经过张居正、张学颜底谏阻，受到一些挫折。不要紧，神宗底心灵，想到办法了。他吩咐文书官姚秀到内阁传谕拟旨，着户部铸钱，供给内库使用。谁能禁止皇帝使钱呢？明朝的货币制度，本是一言难尽的事。大体讲来，银两是当时的本位硬币，铜钱是辅币，钞是纸币。从洪武以来，新钞不断地增发，纸币和硬币久已脱离联系，成为不换纸币，只有在颁赏的时候，数量激增，成为意外的壮观。铜钱和银两，虽然多少有些本位币和辅币底关系，但是中间并没有固定的兑换率，钱少了，钱和银两的比率便提高，钱多了，钱和银两的比率便降低。所以实际上钱和银两的关系，不是辅币和本位币的关系。洪武年间，每钱千文换银一两；到了嘉靖年间，钱太多了，且私铸盛行，形式薄劣，落到六、七千文换银一两。在钱法既坏已后，于是通令对于钱的行使，分出等级来；嘉靖钱七百文换银一两，洪武以来诸朝的钱千文换银一两，古钱三千文换银一两，一切滥恶小钱禁止行使。法律虽然有了明文的规定，市场上还是无从整顿。钱法混乱，事态已经非常严重。偏偏神宗传旨铸钱行使，他看到化费工部底工本，而增加内库底储藏，真是一件便宜的事。但是他却没有晓得通货的滥发，只能增加市场的混乱。四月十九日居正上疏道；
臣等查得万历四年二月，奉圣旨：“万历通宝制钱，著铸二万锭，与嘉靖、隆庆等钱相兼行使，户、工二部知道。钦此。”本月又该工部题铸造事宜，节奉圣旨：“钱式照嘉靖通宝，铸金背一万四千锭，火漆六千锭，著以一千万文进库使用。钦此。”万历五年二月内，该户部进新铸制钱，又奉圣旨：“这钱锭还查原定二万之数，以一半进内库应用，一半收贮太仓。钦此。”及查工部题议，制钱二万锭，该钱一万万文，用工本银十四万九千两，大半取之太仓银库，此奉旨铸钱之大略也。臣等看得先朝铸造制钱，原以通货便民，用存一代之制，铸成之后，量进少许呈样，非以进供上用者也。今若以赏用缺钱，径行铸造进用，则是以外府之储，取充内库，大失旧制矣。且京师民间，嘉靖钱最多，自铸行万历制钱之后，愚民讹言，便谓止行万历新钱，不行嘉靖旧钱，小民甚以为苦。近该五城榜示晓谕，民情少定。今若又广铸新钱，则嘉靖等项旧钱，必致阻滞不行，于小民甚为不便。又与原奉圣旨，与嘉靖、隆庆等钱，相兼行使之意相背。臣等措度事体，似为未便。伏望圣明裁审，暂停铸造进用之旨，待二、三年后，如果民间钱少，再行铸造，亦未为晚。仍乞皇上曲纳臣等节次所陈狂愚之言，敦尚俭德，撙节财用，诸凡无益之费，无名之赏，一切裁省，庶国用可充，民生有赖。不然，以有限之财，供无穷之用，将来必有大可忧者。臣等备员，敢不尽其愚，伏惟圣明亮察。（奏疏八《请停止输钱内库供赏疏》）
神宗得疏以后，传旨停铸。是月，居正上雝肃殿箴：
北极紫宫，惟皇宅中，身为民表，心与天通。斯须不和则乖戾起，斯须不敬则傲慢丛，念常生于所忽，祸乃发于无穷。是以圣人事心，天命是敕；钦厥止，日谨万几；处深宫，心周八极；不以嗜欲滑和，不以逸豫灭德。无作好，无作恶，蔼蔼熙熙，如春斯煦；无荒色，无荒禽，兢兢惕惕，如渊斯临。勿谓燕间，人莫与观？一喜一怒，作人燠寒。弦急者绝，器平者安，优优和衷，为君实难。勿谓宥密，人莫与弼？一动一言，恒为度律，危惧则存，骄泰则失，昭昭神明，相在尔室。在昔成周，宇内太和，由雝雝其在宫，友琴瑟而不颇。亦曰懿恭，小民怀保，由肃肃其在庙，克对扬于祖考。我皇睿哲，是谓智临，匪高明之不足，贵育德于静深。我皇抚运，是谓开泰，匪丰亨之丕臻，惧此心之或佚。乐以平其情，虽钟簴不设，而若闻希声，然后心和气和而天下平。礼以饬其志，虽升降未施，而若持重器，斯谓无逸乃逸而天下治。故曰，冲和者养威，淡泊者养禄，惕励者养安，优勤者养乐。以古为师，于何不仪？平平周道，惟皇建之。以心为鉴，于何不见？穆穆文王，惟皇所宪。朽索在手，勿谓无伤！覆车在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎终如始，万寿无疆。（文集二）
万历七年四五月间，发生两次封爵的问题：一次是皇亲王伟封永年伯，（《明史·外戚恩泽侯表》作万历五年封，误）一次是辽东总兵李成梁封宁远伯。王伟是王皇后底父亲，神宗底岳父。神宗大婚，授王伟都督同知，现在命文书官邱得用，口传圣旨，王伟著进封怕爵，吩咐内阁拟旨。神宗连正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陈万言封爵的故事，都送来了。居正无从拒绝，他说：“但既有正德以后事例，王伟系中宫至亲，臣等不敢抗违。”但是他也指出：
臣等恭照圣祖定制，公、侯、伯爵非有军功，不得滥封。国初如魏、定两公；自以佐命元勋，连姻帝室，彭城、惠安，虽托籍戚里，然亦半有军功，昨上剖符，皆无容议。宣德中季，始有恩泽之封，宏治以来，遂为故事，然实非高皇帝之旧制也。（奏疏八《论外戚封爵疏》）
他又提到嘉靖八年，世宗曾诏各府、部衙门会议封拜事体的结果，彼时诸臣公疏：
祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所待以励世之具也。今使椒房之属，与有大勋劳之人，并享茅土，非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇亲、驸马，俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。其有出自特恩，一时赏赉者，亦止照祖宗朝故事，量授指挥、千百户等官，以荣终身。敢有违例奏请，希图恩泽，妄引洪熙以后事例比乞者，听本部及科、道官，即时举劾，以为贪冒不知止足者之戒。（同前）
嘉靖八年奉旨批准。以后嘉靖、隆庆两朝外戚封爵，只能及身为止，不准世袭，便是嘉靖八年会议的结果。现在居正重新提出，对于王伟的封爵，给与应有的限制。直到居正身后，这个限制才行撤消。
但是居正对于边功，便是另外一个看法。万历六年三月长定堡之捷，固然是一幕闹剧，但是十二月东昌堡之捷，却是一个大胜。这一次泰宁部长速把亥、炒花、连同土蛮、黄台吉、暖兔拱兔、大小委正、卜儿亥、慌忽台等，带领三万余扬规武士向辽东东昌堡进攻，前锋一直打到耀州。辽东总兵李成梁一面吩咐诸将各守要害，一面