年任故宫博物院文献馆馆长。1949年，护送故宫第三批文物到台湾，任台湾大学教授。1958年，膺选为中央研究院院士。
李敖从中学就知道姚从吾的名字，但直到1956年大学二年级时选了《辽金元史》，才算正式结识姚从吾老师。
姚从吾老师亲切和蔼，生动风趣，当然这不但指他讲课风趣，也包括他的长相和方法风趣。上课时他虽然年纪一大把，但却总是谦称“兄弟”如何如何，搞得堂上一班毛头小伙子心里直发毛，而一般妙龄少女更难接受，笑谓：“他怎么跟我们称兄道弟呀？他那么老，被他称兄弟，多倒霉呀！”
姚从吾讲课的另一个特色是喜欢边讲边用手去揉搓他那挺着的大肚子。他拙于口才，讲话时先是张开奇厚的嘴唇，下腭乱动，满口乱牙翻滚，然后发音，让人替他着急，所以给人的感觉就好象那些话不是说出来的，而是他揉肚皮揉出来的，但这也有好处，因为声音的共鸣腔加大了，所以声音中气十足，道地是河南男低音，配合上他那厚实朴拙的造型，俨然一副中原老农相。他冬天穿两种衣服，一件是灰色西装上衣，衣奇大，是从估衣市场买来的旧货；一件是阴丹士林长袍，长袍内有白衫裤，白衫裤与短袜子间，永远露出一截小腿。
姚从吾因为人长得土，所以他虽然喝过洋墨水，仍不改一副中原老农像，同学们背后戏称其为“姚土鳖”，深为他所忌。李敖也未能免俗，一次两人一起照相，洗好后，李敖送他一张，背面题“土鳌老师惠存”，后来一个偶然机会，李敖又看到这张照片，发现背后“土鳌”两字已被他悄悄涂去，改为“从吾”了。
姚从吾的学问来自“皓首穷经”的苦读，李敖对这样的死读书的教授历来就没有好印象，他总觉得姚从吾老师一生的学术成就与他的际遇和努力不太相称，所以在学问上姚从吾对李敖的影响是极有限的。李敖曾这样说过：“尤其大四写论文，他对我实在没有什么指导可说（为了跑图书馆，他倒给我写了不少名片）。我敢说，他对我的论文——《夫妻同体主义下的宋代婚姻的无效撤消解消及其效力与及其效力与手续），全无研究。他只能给我改一处笔误而已。”
但姚从吾老师诲人不倦的精神和人格却对李敖产生了很大影响，令李敖“一生感恩难忘”。
姚从吾在大陆时本是铁杆国民党，并曾奉命组建中国西南联大中国国民党国民党部，但到了台湾，居然拒绝办国民党归队登记，“他的国民党性，却全然不见”，但内心显然有了一定程度的觉悟，李敖对此很表敬佩。
1957年7月23日，李敖与姚从吾老师小谈，姚从吾劝李敖不要多发表文字，李敖以为然，乃作诗一首：“鱼倦低游每返渊，鸟倦高飞总知还，摒情专心穷文史，隐姓埋名二十年！”看到姚从吾老师那苍苍的白发，李敖深深感到青春的可贵与珍惜青春的迫切。同时他也得到了一种时间的透视，使他深信每天都有“一夫不耕，或受其饥；一女不织，或受其寒”的重要性，“急求早成”的心理对他说来是益发炽烈了，发展到今天，这已变成无时不在他意识中的一件大负担，是鞭策他不停地努力、不停地紧张的最好力量。
李敖与姚从吾的关系，一直与一个人牵连，这个人就是姚从吾的老师胡适。
李敖对胡适的兴趣，由来已久。早在小学时他就已知道胡适的大名，在初中时，李敖从陈正澄那儿借到《胡适文选》，从此才深受胡适的影响。一九五二年十月一日，李敖在台中车站递了一封两千字的长信给他，那时他才十七岁。一九五四年，陈世熙在台大办《这一代》杂志，拉李敖写稿，那时李敖还在念高二，就写了一篇论《胡适文存》的文章《从读〈胡适文存〉说起》。文章写好后，不想他们有所顾忌，没有用，就还给了李敖。过了两年，陆啸钊创办《大学杂志》，他不在乎，就把稿子拿去刊登了，刊登后近一年，有一天李敖的女朋友罗君若忽然提议，说：“何不寄《自由中国》？他们一定登！”于是李敖删了一部分，她抄好，遂改登《自由中国》，刊出的时间是一九五七年三月一日，而在这前后李敖已在《中央日报》等发表过一些有关胡适的文章。
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4．李敖……姚从吾……胡适（2）
李敖的这篇文章颇有功力，引起了海外的胡适和台湾的北大系教授的注意。
文章发表后一年一个月，胡适从美国回来，4月26日在台北中国地质学会年会发表演说记录，李敖去听了，这也是他在大学第一次听胡适演说。演说后，姚从吾特别向胡适介绍了李敖，胡适立约李敖去聊聊。当天他们就在钱思亮家里大聊一阵。胡适对李敖就说：“呵！李先生！连我自己都忘记了、丢光了的著作，你居然都能找得到：你简直比我胡适之还了解胡适之！”
李敖后来回忆说：
“此后胡适一直把姚从吾老师视为‘胡适——姚从吾——李敖’的关系。姚从吾老师也有视一同。我相信胡适以下，显然把我看做北大系的一个传人，姚从吾老师跟我的交情，也是在这一基线上发展的。”
从李敖的《大学后期日记》甲集乙集中，我们不难看到胡适——姚从吾——李敖这条线的发展线索：
1958年11月4日，李敖赴松山机场迎胡适，12时飞机抵达，李敖站在舷梯旁，此时人潮拥挤，胡适看见李敖，喊了一声“李敖”，随即被人海卷去。姚从吾这时谈起李敖的论文一事，说想请胡先生协助，并问李敖萧启庆是否告诉过他？第二天早晨，萧启庆告诉李敖：关于李敖论文一事，姚从吾先生说自己对这类题目没有研究，而胡适对此种题目有兴趣，于是欲退居助教地位，请胡适为李敖出题，指导作论文，并鼓励李敖“好好干”，其意甚殷。胡适与记者见面后后与李敖握手，称“李先生”。
1958年11月17日下午萧启庆告诉李敖：姚老师把他的地址抄下来了，准备找李敖，傍晚，李敖恰巧遇见姚老师，遂一同返家。姚老师说曾和胡适论及到他，胡适对李敖的印象很 好，也很清楚，并问李敖已否毕业了。他说自己在二三十年前的一篇英文论文中曾论及中国的婚姻现象，姚老师担心材料恐怕不太好找。他的意思是希望李敖换题，专搞一家之言，一人一书深入研究。
1958年11月24日上午十时，李敖正在文学院草地上小坐，见胡适乘车而来，于是就和胡适在文学院的拱门上谈天。胡适说：“李先生，你那封长信收到了，因为忙着搬家，所以没来得及回。”接着问李敖籍贯，李敖说自己一直住在北平我府上，胡适说：“你的北平话有一点儿山东口音”。告辞的时候，胡适约李敖星期天去他那儿，晚一点最好。并说吴相湘、姚先生已告诉他，知道李敖正在研究贞操观念。说话的时候，他手中拿着两本伪组织时期杂志（《中和》杂志）。李敖由衷地说：“您气色比以前好多了！”
1958年11月28日，李敖赴姚从吾处登记论文，姚搞不懂李敖的题意，要李敖改题目，最后经过商量，订名为《末宋代婚姻解消及其社会约制的初探》。他让李敖再写一份目次，由他送给胡适，问问胡先生的意见。两人还谈到故宫监守自盗事，“一笑缘”与欧美变相之妾（私通之盛）。姚从吾劝李敖入研究院，并去中研院做事。
1959年2月23日，李敖接到姚从吾信，约他去听2月24日胡适在中央研究院的演讲， 讲题是《真的历史和假的历史》。
1959年4月1日，午前李敖与姚老师闲谈，姚老师鼓励李敖努力干，说有胡适指导，机会难得，他还说胡适一见他就问：“你们那‘胡适迷’怎样了？”
1959年4月8日，李敖又和姚老师谈起论文之事，姚又要他去看胡适，并写一介绍信如下：胡颂平先生（中央研究院秘书）颂平兄：兹介绍台大历史系四年级同学李敖谒见，祈赐接谈。李君素钦敬适之先生，收集胡先生著作亦最全。胡先生待之如罗尔纲，惟尚未念完大学耳。彼欲谒见适之先生，请兄代为安排为感！祝近好！ 弟 姚从吾敬上，四月八日
1959年4月18日清晨，李敖又与姚老谈起论文事，姚又劝李敖去看胡适，他的意思当然是想让李敖加深与胡适的关系。
1959年4月30日上午十时后，李敖去台大医院四楼特别病房找胡适谈，先经与胡颂平秘书谈，时胡适正有客人，见李敖来大呼“李先生”，忙请李敖坐下，李敖忙说：“你们先谈，我等一下，”于是李敖出去再与胡颂平谈。待客人走后，胡适与李敖大聊一阵，两人谈到《名公书判清明集》的时代时，甚至起了小小的争执。
1959年7月13日晨，李敖与姚先生谈到文人性情问题，姚先生说王曾才等都说李敖个性太强，一决定，任何人的话皆不听，此北方之强。个性强者皆易过度而流于不听人言。又言文人方能治史。谈话中，李敖感到姚老似有延他做胡适秘书之意。
在李敖的日记中，记载了很多与胡适、姚从吾交往的逸事与感想，且摘录几段，看李敖在这个拜师求教的过程中，思想是如何受到震动和变化的：
1958年6月8日：赴南港见胡适。
附札记一则——再访胡适……十时半抵南港，在参观民族学研究所的展览后，我到礼堂找胡先生，推门进去，室中坐着六七位客人，胡先生立刻走过来，一面伸过手来一面叫“李先生”，我说：“我拿来点纸，请您替我写些字。”胡先生满口答应，我接着说：“您忙吧，我走了。’刚要走出来，他叫住我道：“Mr．李，我送你一个小玩意。”我随他进了卧室，他从书架上取出一本《易林断归崔篆的判决书》（此文原载《史语所集刊》第二十本上册）给我，我说：“不忙，这些字您什么时候有空什么时候写。”胡先生说：“好，好。”我走出后，他又道“再见”。此君真是礼貌周到，亲切可人。”
4．李敖……姚从吾……胡适（3）
6月14日：“胡适先生派人送来字，午睡醒来（二时前）看到。
9月19日，给胡适一信，四页，十六元寄出。
11月22日，吴相湘上午叫住我，言与胡适谈及我等事，力劝我勿做此题。另外，姚渔湘等皆不明吾题。
12月6日：《好事近》：
哈哈笑声里，
六十八岁来到，
看你白头少年，
一点都不老。
寿星说话不妨多，
喝酒可要少，
不然太太晓得，
那可不得了。
（适之先生曾提倡“不老”哲学，又是美国怕太太协会的会员，用这两点意思成此小词，敬贺他六十八岁生辰。）
附录：胡适回信
谢谢你送我的生日诗！（你把“喝酒”写成“渴酒”了。）我常说，凡能做打油诗的，才可以做好诗。你这首诗可以算是成功的打油诗，可以预测你做白话诗的前途。
谢谢你送我的书！
胡 适 一九五八年十二月二十八日
12月17日：赴南港、送胡适旧版《四十自述》及《胡适的时论一集》各一册，胡适送我《师门五年记》一册。
12月31日：“晚饭前收到胡适寄来的贺年卡（我还没有给他）及《师门五年记》校正本。
1959年1月7日：夜赴国际学舍听胡适讲演，胡适似没有他老师杜威那种宁等一下，想好一句完妥的话再说的做法。
4月13日：晨赴台大医院看胡适病于二O三室。
4月18日：晨与姚老谈，又劝我看胡适，意谓胡颇欲使关系深切也。
7月3日：胡适今午飞美。
在李敖日记中还记载了很多他对胡适的看法，其中明显表现出对胡适态度的变化。最初胡适在他眼中是完美无缺的学者典型，因而他立志要向胡适学习，但很快他就有点看不起胡适了，但言谈间仍对胡适充满敬重之情，到1959年胡适生病以后，两人的关系就开始疏远了，就远不像开始时那样亲密了。且看下面几则日记：
1958年6月13日：夜在新兴给昭先讲史学史，我想到胡适说话演说时的态度。我甚受影响，我真的开始做一个最有飓风型的人（我在说话的神情与技术上，最近因他而有大转变……我近来一是肯努力，二是有担当，胡适这次回国来给我的影响甚大，因为看到他，使我决心想做成像他这样的一个人。
6月15日：国实无人，如胡适之老是卖老货，殷海光也老是那一套，即可受欢迎，但他们又何其狭窄。
我现在已经是一个唯美主义者了呵。唯美主义的李敖，岂胡适、殷海光等无艺术人生者可及！
对胡适有些反感，过去吾之态度不正常。
6月18日：老马此生与人关系上必将窄而狷，重质不重量，交际等比我差远了，他不能成为一popular式的学者。popular式学者，只胡适一人而已，唯吾能学及之。
11月6日：前晚迎胡适以来，油然于努力一途，“出山要比在山清”之自勉殊殷，对与女人为伍事颇厌。吾当脱尘缘而上升为胡适等第一等之人耳。
12月20日：胡适的拔尖心与首席心太重。
1959年1月2日，借他人之口，说“胡适已不能领导李敖了。”“胡适等安足以为吾师哉”。
1月14日记：“深觉鼓舞一时风潮当从马戈采罗曼罗兰等著书之法，胡适等法不行也。
2月24日：赴南港，听胡适讲演《真历史与假历史》——用四百年的水经注研究史做例子。……叹众老之中，竟无一可为吾师者！
3月1日：傍晚复徐高阮一长信攻击胡适以下的老朽们。我对胡适那种“好话说三遍”的态度越来越不满意。
5月9日——读胡适、罗隆基、梁实秋合著《人权论集》，深感吾之方向在此不在史也。
4月13日、李敖到台大医院看望胡适，又看望了光宗。
4月23日，李敖到台大医院看望光宗，却没去顺道看胡适。
4月25日，李敖再次到医院看望光宗，“并花十八元送炼乳二听”，但他仍旧末去看望胡适。4月30日，他才到医院看胡适，此后再也没有两人见面的记载；7月3日胡适“飞美”，李敖也没去送行。
显然，李敖此时对胡适的态度已经变得有些冷淡了。李敖下面一段话或许能够说明这种改变的原因：“这些日记表示的是，我虽然不以‘胡适——姚从吾’他们的水平为己足，也不以做学者，终老于文学学术研究为己足，我的目的是超越他们，是我经世致用，为人权战
斗的方向。虽然做学者我也蛮在行，可是，这又怎么够呢？”
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5．李敖……殷海光……台静农（1）
当殷海光约见李敖时，李敖曾很激动，并因此想转哲学系；他很喜欢殷海光的文章，但对他为人的软弱却无法接受，于是他又将这个老师“抛弃”了。
当他精心统计出台静农每天只写十九个字就在台湾通吃四十年后，他真的对大学完全失望了。
李敖在“叹众老之中，竟无一可为吾师者！”时，他心中的这个老师名单中就包括殷海光和台静农。
李敖与殷海光结识，源于他在《自由中国》发表那篇论胡适发文章，当时《自由中国》的主编是雷震，但杂志的真正灵魂人物是殷海光。李敖的文章发表后，一天张灏跑来找到李敖，对他说：“段海光看了你的文章，想见见你。”当时殷海光是台大哲学系教授，张灏在历史系比李敖高两班，是殷海光吸收的及门弟子的前期人物。在李敖看来，当时陷在台湾岛上的“蛟龙”人物，一是胡适，二就是殷海光，虽然他�