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尽管如此，约瑟夫还是会资助耶路撒冷的犹太学者。在耶路撒冷，苏莱曼强化了伊斯兰的至高无上，同时谨慎地贬低其他两种宗教的地位，而这两种宗教至今仍指引着耶路撒冷。苏莱曼现在正与查理五世皇帝作战，所以他对基督徒的态度某种程度上因与欧洲进行外交的现实需求有所缓和。而犹太人对他而言则可以说是无足轻重。
犹太人仍旧在圣殿山城墙周围祈祷，也在橄榄山的山坡上以及他们的主要会堂即拉姆班会堂里祈祷，但苏丹喜欢对所有事情都发号施令。为避免任何削弱伊斯兰教在圣殿山上独尊地位的事情发生，他将希律王宫主体围墙外一段9英尺（约2。7米）长的街划给犹太人，以供犹太人祈祷。这样会方便一些，因为它邻近犹太人的老山洞会堂，挨着犹太居住区。14世纪时犹太人便已在这一居住区定居，并逐步将之发展为今天的犹太聚居区。但与周围的伊斯兰马格里布社区比起来，这一地区相形见绌；犹太人的祈祷活动得到了严格管理；后来犹太人被要求必须得到允许才能在那儿祈祷。不久之后，犹太人开始用“ha…Kotel”（意为“墙”）指称此地，其他人则叫它“西墙”或“哭墙”。从此，墙上的金石和方石就变成了耶路撒冷的象征和神圣的焦点所在。
苏莱曼通过将方济各会修士驱逐出大卫墓以减少基督徒的数量，他在那里刻下的文字宣称：“苏莱曼皇帝命令此地应清除异教徒，将其建造成清真寺。”尽管是三种宗教的圣地，但现在这个拜占庭…十字军大本营、早期的犹太会堂和基督教的最后晚餐室，现在成了先知达乌德即先知大卫的伊斯兰圣地，苏莱曼任命一户叫达贾尼的苏菲派领袖家族世世代代守卫在那里，直到1948年。
外部世界的政治局势总会映射到耶路撒冷的宗教生活领域：苏莱曼很快就不得不去亲近方济各会。在夺取中欧的战役中，他发现自己需要基督盟友——法国人——去对抗哈布斯堡家族，而方济各会也得到了法国国王的支持。1535年，苏丹赐予法国人以贸易特权，并首肯方济各会为基督教圣地的看管人。这是第一次所谓的妥协让步——向欧洲列强让步——这一让步逐渐削弱了奥斯曼帝国。
方济各会在圣救世主修道院（St Saviour's）建立了大本营，紧挨着最终会成为庞大的天主教城中城的圣墓大教堂，但方济各会的兴起打搅了东正教。天主教和东正教已不共戴天，二者都宣称对圣地拥有至高无上的所有权，即最高守护权。现在圣墓大教堂由八个教派所有，他们处于一种达尔文式的物竞天择斗争中，只有最强者才能生存。有些教派蒸蒸日上，有些则每况愈下：亚美尼亚人仍强而有力，因为他们的利益在伊斯坦布尔得到了很好的体现，而塞尔维亚人和天主教马龙派则处于衰落中，格鲁吉亚人失去了他们的马木鲁克靠山，变得一败涂地。＇2＇
伊斯兰和基督教王国之间史诗般的斗争、西班牙天主教势力的咄咄逼人以及犹太人被驱逐，这一切激发起一种令人不安的感受。这个世界上有些事情并不合理：人们质疑自己的信仰，探求新的神秘方式以更接近上帝，而且他们期盼末日降临。1517年，马丁·路德——威登堡的一个神学教授，驳斥了天主教会所谓购买“赎罪券”可以减少经受炼狱时间的说法，他坚持说上帝只存在于《圣经》中，并不借助教士或教皇的宗教仪式。路德勇敢的抗议激起了对教会的广泛仇恨，人们相信教会已背弃了耶稣的教诲。新教徒希望得到原始的、没有经过改造的教义，而且他们现在无须经过教会，就能找到自己的信教方式。新教主义非常灵活，这样一系列新的教派——路德派、改革派、长老会、加尔文教派，再洗礼派——很快便蓬勃发展起来，而此时对英王亨利八世来说，英国的清教主义可以帮助自己维护政治独立。但有一件东西将他们所有人联系在一起：他们对《圣经》的崇奉意味着要恢复耶路撒冷为自身信仰的正中心。＇3＇
在位四十五年后，苏莱曼死在了行军打仗途中，大臣们在他的马车里像蜡像一样将他的身体直立起来，并让士兵们看，直到塞利姆安全继承王位。塞利姆是苏莱曼的一个儿子，为罗克塞拉娜所生。塞利姆二世，人称酒鬼，“伟大的犹太人约瑟夫·纳西”是他的朋友，纳西的政治手腕令他获益颇深。现在纳西正住在他那富丽豪华的美景宫里，他从对波兰蜂蜡和摩尔达维亚葡萄酒的垄断经营中获利丰厚，后被擢升为纳克索斯公爵。纳西差点成为塞浦路斯国王。他竭力维护欧洲和耶路撒冷那些受到迫害的及贫穷的犹太人，所以在他死前不久，有传言说这位犹太公爵一定就是弥赛亚。但他的计划收效甚微，在塞利姆及其继任者的统治下，奥斯曼帝国仍在不断扩张，借助于丰富的资源和卓越有效的官僚体制，奥斯曼帝国又维持了一个世纪的强盛与威慑力——但很快，奥斯曼帝国便开始无力控制那些封疆大吏所管辖的偏远省份，而耶路撒冷的平静也经常为一阵阵暴力骚乱所打破。
1590年，一支当地的阿拉伯叛乱武装攻进耶路撒冷，占领了全城，杀死了耶路撒冷总督。叛军后被击败，被逐出耶路撒冷。耶路撒冷落入巴尔干兄弟里德万和拜拉姆帕夏（Ridwan and Bairam Pasha）的手中，兄弟二人是改宗伊斯兰教的基督徒男奴，曾在苏莱曼的宫廷训练，和他们一起统治耶路撒冷的还有他们的切尔克斯亲信法鲁克（Farrukh），他们的家族统治并摧残巴勒斯坦将近一个世纪。1625年，当法鲁克的儿子穆罕默德发现自己被锁在耶路撒冷城外时，他率领三百名雇佣兵突袭城墙，随后关上城门，接着他严刑拷打犹太人、基督徒还有阿拉伯人，以勒索钱财。
这些暴行却鼓舞了基督教派中最为强大的亚美尼亚人，他们游说并贿赂苏丹，还在耶路撒冷的教堂里闹事，只为彻底打败天主教会，赢得圣地的最高守护权。那个世纪的头二十年，苏丹颁布了三十三道法令来保护境况堪忧的天主教会，短短七年间，圣地的最高守护权就易手六次。然而，基督徒成了巴勒斯坦获利最多的生意来源：每天，教堂的管理人，即努赛贝家族的首领就坐在院子里的宝座上，旁边有武装的亲信们帮助向来者收钱——数千朝圣者带来的收入数额巨大。穆斯林称复活节为“红蛋节”，这一天，耶路撒冷总督搬来他的宝座，侍立两边的有法官、看管人和整个全副武装的卫戍部队，他向两万名“注定要入地狱”的异教徒每人收十个金币，这些钱财被奥斯曼人和伊斯兰学者瓜分。
这一时期，在犹太人中间有些事情正在发生改变。一个犹太人朝圣者写道：“自从第一次流散后，耶路撒冷人口比其他任何时候都要繁盛，随着耶路撒冷声名远扬，大家都知道我们生活在和平中。学者们蜂拥来到城门口。”每年逾越节都会有一支埃及犹太人车队抵达这里。大多数是说拉迪诺语的塞法尔迪犹太人，他们有足够的把握建设“四座犹太会堂”，让会堂成为犹太居住区的生活中心，但有些是来自波兰…立陶宛公国的东欧人，即阿什肯纳兹犹太人（由“阿什肯纳兹”这一名称而来，“阿什肯纳兹”是《圣经·创世记》中挪亚（Noah）的后代，据说是“北方民族”的始祖）。外部世界的动荡激发了他们的神秘主义倾向：一个名叫伊萨克·卢里（Isaac Luri）的拉比正在教授喀巴拉（Kabbala），喀巴拉通过研读《摩西五经》的神秘符号使自己能更加接近上帝。卢里出生在耶路撒冷，但他将自己的大本营设在位于加利利的迷人的山城萨费德。在西班牙受迫害的惨痛经历迫使很多人表面上改宗基督教，暗地里却过着另一种生活——包括研读喀巴拉的神圣著作《光辉之书》，此书写于13世纪时的卡斯蒂利亚。喀巴拉主义者追寻庄严、敬畏和惊颤：“狂热的体验，灵魂的强烈喷涌和升华达到了最高的境界，与上帝连为一体”。星期五这天，喀巴拉主义者穿着白色礼袍出城来迎接“上帝的新娘”，即舍金纳，随后护卫着神迹返回他们的家。但喀巴拉主义者也不免会对犹太人的苦难，连同神秘符号和魔法进行推测，认为其中包含了救赎的关键：弥赛亚肯定会很快降临耶路撒冷吗？
尽管不时会发生反基督徒的骚乱、贝都因人的伏击和奥斯曼官员的敲诈勒索，耶路撒冷还是保留了自身的习俗。而在奥斯曼帝国这块落后的土地上，东正教、亚美尼亚人和天主教的长期争斗只是强化了偏见情绪——对新一代的访问者、非严格朝圣者和业余商人冒险家的偏见：新教徒已来到这里。他们倾向于英国贸易商，对天主教则怀有强烈敌意，并经常和美洲的新殖民地有联系。
当英国海军上校和商人亨利·汀布莱克（Henry Timberlake）抵达这里时，奥斯曼帝国官员们从未听说过新教主义，也不知道他的女王伊丽莎白。汀布莱克被扔进圣墓旁边的监狱，在缴纳了罚金后才被释放。记录他冒险经历的那本饶有趣味的回忆录《一场真实奇特的经历》（A True and Stranger Discourse），成为詹姆斯一世时期伦敦的畅销书。还有一个勇于冒险的英国人名叫约翰·桑德森（John Sanderson），是黎凡特公司的职员，他掏钱给土耳其人以进入圣墓大教堂，但受到方济各会修士的袭击，方济各会中的随军教士“指控我是犹太人”。随后，土耳其人逮捕了他，想让他改宗伊斯兰教，并将其带至法官面前，法官对他进行了盘查，就当他是个基督徒释放了他。
基督徒和穆斯林那狂热的行为、突然的暴力暴露出被大肆吹嘘的奥斯曼帝国的宽容政策的局限性：在伊斯兰学者的要求下，奥斯曼帝国总督强行关闭了为人钟爱的拉姆班犹太会堂。伊斯兰学者要求犹太人不得在此祈祷，拉姆班犹太会堂被改造成了仓库。当方济各会不动声色地扩大他们在锡安山的地盘时，谣言开始流传说，他们要挖地道到马耳他以引来基督教军队：方济各会受到法官和暴民的袭击，还是奥斯曼帝国卫戍部队帮他们解了围。一个葡萄牙修女为穆斯林儿童施洗，并抨击伊斯兰，结果在圣墓大教堂的院子里被烧死在柴火堆上。＇4＇
1610年复活节，一个英国年轻人来到这里，他不仅代表了新兴的新教，也代表着新世界。
乔治·桑迪斯：第一个英裔美洲人
乔治·桑迪斯（George Sandys）是约克大主教的儿子，还是个学者，曾将维吉尔的作品翻译成英文。桑迪斯为耶路撒冷的衰败感到惊骇。“很多地方都被废弃，老的建筑全被毁掉，新的却粗俗可鄙”。在西墙看到说着拉迪诺语的塞法尔迪犹太人，他既反感又很感兴趣：“他们夸张的姿势加上荒唐的点头举止，使所有的野蛮都相形见绌”，他认为“这让人不发笑是不可能的”。这位虔诚的新教徒认为，东正教和天主教的强行传教行为粗俗不堪，令人十分厌恶。耶路撒冷“曾经神圣而荣耀，被上帝选中为他的居所”，但眼下只不过是“一个充满神秘和故弄玄虚的剧院”。
那年的复活节，不管是基督徒还是穆斯林都让桑迪斯感到震颤：他看到耶路撒冷帕夏坐在圣墓大教堂外的王座上，而数千朝圣者，每人带着枕头和地毯，涌入圣墓大教堂过夜。耶稣受难节这天，他跟在游行的方济各会随军教士后面，教士们抬着木板上一尊真人大小的蜡制耶稣像沿苦路行进，随后将蜡像钉在了十字架上。数千人挤在圣墓大教堂，并在教堂院子里架设起营帐。桑迪斯观看了圣火仪式：“野蛮的喧闹声”，铙钹的敲击声，“女人的尖叫声”——看起来“很适合用在酒神祭典中”。当圣火出现时，朝圣者围着圣火奔跑起来，“就像疯子把火苗弄到衣服和胸膛上，他们还对新来者解释说这不会烧到自己”。
这位许多圣歌的创作人是一个狂热的新教徒，他像天主教徒和东正教徒一样虔诚地敬拜耶路撒冷。他把《圣经》本身视作信仰的基石，在圣墓和十字军列王墓前情绪高昂地祈祷着。回到故土后，他将自己的书《1610年开始的旅程》（A Relation of a Journey begun AD1610）献给年轻的威尔士王子查理，而查理的父亲詹姆斯一世刚刚授意五十四名学者编写可供所有人阅读的英文版《圣经》。1611年，学者们公布了钦定《圣经》英译本，它融合了威廉·廷代尔（William Tyndale）和其他人的早期译本。这是翻译中的杰作，充满着富有诗意的英语，使神圣的经典更加生动。这部《圣经》遂成为英国国教（Anglicanism）的精神和文学核心所在——安立甘教是英国独有的新教派别。有位作家称这部《圣经》是“不列颠民族史诗”，它将犹太人和耶路撒冷置于英国人以及后来的美国人生活的中心。
桑迪斯是现实中的耶路撒冷与“新世界”的耶路撒冷之间的一条纽带。1621年，桑迪斯前往美洲做弗吉尼亚公司的会计，他在詹姆斯敦待了十年，其间带头劫掠美洲土著阿尔冈昆人，并对他们大肆屠杀：新教徒比17世纪的其他宗教信徒都更能杀害那些反抗的异教徒。桑迪斯并非美洲唯一一个到过耶路撒冷朝圣的冒险家：亨利·汀布莱克这时候正在弗吉尼亚。他们到美洲这块新的“应许之地”进行朝圣之旅，至少部分是因为新教徒所谓耶路撒冷宛若天国的观念的启迪。
桑迪斯和汀布莱克所在的弗吉尼亚的居民属于保守的英国国教会，这一派得到詹姆斯一世及其子查理的赞赏。然而，国王们无法抑制对一种新的热诚且激进的新教主义的期许：清教徒信奉《圣经》的根本真理，同时也期盼弥赛亚立即降临。天主教徒和新教徒之间爆发的“三十年战争”只是强化了这一感觉，即末日审判正在临近。这是个不寻常的时代，三种宗教都出现了那种既狂野又神秘的躁动。此时庄稼歉收。那些举着大镰刀的收割者借着瘟疫、饥馑和宗教战争的机会，在欧洲大肆杀戮，数百万人因此丧命。
数千名清教徒逃脱了查理一世的宗教控制，到美洲去建立新的殖民地。在横渡大西洋追寻宗教自由时，他们在《圣经》中读到了耶路撒冷和以色列人，便把自己视为受上帝庇佑的选民，要在这块荒原建设一座新锡安。“来吧，让我们在锡安宣布上帝之道。”威廉·布拉德福德（William Bradford）从“五月花”号下来时这样祈祷着。约翰·温斯罗普是马萨诸塞湾殖民地的第一位总督，他相信“以色列的上帝就在我们中间”，他引述耶利米和马太的话，颂扬他们的定居点是“山巅之城”——意指美洲是新的耶路撒冷。很快，美洲就会出现十八个约旦、十二个迦南、三十五个伯特利和六十六个耶路撒冷或萨勒姆。
对灾难的恐惧和对赎罪的期盼相伴相随：内战使得法国和英格兰心有余悸，而此时在东欧，成千上万的波兰和乌克兰犹太人被赫梅利尼茨基（Hetman Khmelnytsky）率领的四处劫掠的哥萨克人所屠杀。1649年，查理一世被砍头，奥利弗·克伦威尔当上了护国公。克伦威尔是个信奉千禧年的军人，他确信他们清教徒和在新英格兰的同胞一样，都是新的选民：“你们真的就像被上帝召唤的犹大一样，与他共治，为他统治，”克伦威尔说，“你们处在应许与预言的边缘。”克伦威尔是一个希伯来主义者，他认为除非犹太人返回锡安然后改宗为基督�