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苏巴托向总统作了汇报后，苏加诺当时也弄不清那一方已控制局势，于是决定去哈利姆。
当苏加诺坐着直升飞机来到哈利姆时，他得到了空军少将奥马尔·达尼和空军准将雷奥·瓦蒂梅纳的欢迎。政变的领导人达尼和苏巴佐准将向总统报告了已经发生的事件。
苏巴佐曾经作为政变一方的代表在上午6时左右到达独立宫，试图会见苏加诺总统，但他没有如愿，两手空空地回到哈利姆。直到上午9时过后不久，他才有机会向总统报告情况。当苏巴佐谈到国防和统筹部长、武装部队参谋长已经逃走时，苏加诺总统的反应是要求弄清情况。苏加诺总统十分同情政变的左翼势力，因为长期以来陆军势力已成尾大不掉的局势，直接威胁苏加诺总统的地位。苏加诺总统对绑架将领的评论是：“在革命过程中发生这样的事情是很自然的。”
同时提醒政变参加者，纳苏蒂安的逃脱可能会产生的影响和后果。
总统的出现对政变者以很大的精神鼓舞，但苏加诺犹豫不决，避免明确表态，这使当时的局势更加混乱。政变者由于准备不足，难以对付苏哈托的攻势。在政变部队即将陷入困境的时候，苏加诺派出第二个使者到达陆军战略司令部。使者在下午7时30分到达，这时苏哈托忙于组织一支特遣部队，准备给空军基地的政变部队以致命的打击。苏哈托和陆军战略司令部仔细研究后，决定继续进行军事准备，同时派遣自己的使者到哈利姆劝总统尽快离开空军基地，因为攻击即将开始。苏加诺由于在国内外享有极高的威望，使苏哈托难以对他下手，也不可能一脚把他踢开。所以他还是作为最高统帅的忠实军官的面目出现。由于作战的需要，陆军战略司令部迁到史纳延体育馆。
苏加诺的到达和派出的使者，并没有能挽救政变失败的命运，因为苏哈托将军牢牢地掌握了军权，他指挥的部队在进一步缩小包围圈。政变的领导人劝苏加诺总统乘飞机到日惹去，总统没有接受，而是听从第二副总理莱梅纳的劝告，在几乎不被人发现的情况下，当晚10点乘小车到达雅加达以南40英里的茂物总统行宫。这时，空军基地便成为政变部队与苏哈托部队冲突的战常进攻哈利姆的特遣部队在陆军伞兵突击团团长沙尔沃·艾狄上校率领下，于10月2日凌晨3时到达空军基地的外围。陆军伞兵突击团的部队、第328古羌营、一个装甲车连和一个坦克连已经作好了进攻的准备。但在冲突前敌对双方用印度尼西亚人传统的方法进行协商。
哈利姆空军基地负责防御的德宛托空军准将和他的对手沙尔沃·艾狄上校，尽力避免在武装部队之间发生流血事件。
德宛托说服沙尔沃·艾狄，前往茂物进行一次最高级协商，因为几小时前苏加诺总统已经离开空军基地到他的茂物行宫去了。当这两位司令官去茂物时，他们的军队继续面对面地对峙着，准备战斗。
在茂物行宫，总统命令在印尼士兵之间避免发生流血冲突。当艾狄带着总统命令回到陆军战略司令部时，苏哈托已完成了他的军事部署。因此他能在下午1时左右离开史纳延陆军战略司令部到茂物去会见总统。苏加诺、苏哈托和武装部队的其他司令官在行宫停留了5个小时。会议期间潜伏着紧张局面，但始终没有发生直接对抗。总统宣布，陆军领导权现在由他掌握。他指定陆军部长第三助理普拉诺托少将临时主持陆军日常工作；同时委任陆军战略司令部司令苏哈托将军“按照我提出的政策负责恢复治安和秩序。”
苏哈托毫无表情地接受了总统以坚定语气表达的意志。
雅加达的许多晨报早已发表了分散陆军领导权的总统命令。
这项消息和陆军情报中心发布的消息互相矛盾。陆军情报中心发布的消息说，“苏哈托少将暂时掌握陆军领导权。”这两项公告的日期都是10月1日。
苏哈托与总统的会谈，越来越陷入困境，尤其反对苏加诺总统分散陆军领导权。他气冲冲地说：“在军队生活中，同时正式任命两个指挥官是从来没有的事。”于是他决定撇开普拉诺托将军，自行其事，牢牢掌握陆军的领导权，使苏加诺分散陆军领导权的命令变得毫无作用。
苏哈托回到陆军司令部时，用武力夺取哈利姆空军基地已不成问题。因为翁东中校已乘坐空军达哥打飞机去日惹的艾地主席那里。苏加诺总统让空军少将奥马尔·达尼及其家属在他的茂物行宫避难。次日凌晨，苏哈托的部队占领了哈利姆，政变完全失败。
10月5日，苏哈托为被害的陆军将领举行葬礼。葬礼在庄严肃穆的气氛中进行。灵枢用装甲车运到加里巴达英雄公墓。参加葬礼的多是军人，也有不少围观的群众。苏加诺总统没有参加葬礼。
虽然政变已经平息，但苏哈托与苏加诺之间的权力斗争并没有结束。显然，通过这次政变，苏哈托将军实权在握，苏加诺总统大权旁落。但苏加诺总统尽力挽回，力图重振雄威。
苏加诺在茂物行宫召集了两次“两项人民命令”内阁的会议，他邀请了著名的共产党部长，如鲁克曼和约多。10月6日，在谈笑声中举行了第一次会议。苏加诺宣布，“九·三0运动”应被看作是印尼革命的一部分。“革命委员会将自行解散。11月6日，在茂物举行了第二次内阁会议。苏加诺在苏哈托实权在握的情况下，不得不任命苏哈托为部长、陆军总司令，结束了普拉诺托的插曲。但两人的关系疏远了。这在两个人的脸上反映出来，当时独立宫的气氛是冷冰冰的。在这次会议上，总统仍然认为印尼共产党是印尼革命的主要支柱之一，他力图撤销冻结共产党在各地区活动的命令。这一命令是军事行动最高指挥部苏吉普托少将于10月4日颁布的，苏加诺与苏吉普托之间发生了激烈的争论。苏吉普托是苏哈托的坚强支持者。当苏加诺缩小杀害将领事件，而苏吉普托却要求对共产党人采取强烈行动时，苏加诺毫不让步地说：”你懂啥！这是高级政治。“苏吉普托反唇相讥：”总统大人，你靠边站吧！“
1。4 巨鲸与鲨鱼的殊死较量
苏哈托用武力镇压了共产党和左翼势力的政变，实权在握，在全国实行白色恐怖，大肆屠杀共产党人，苏加诺总统因包庇和支持政变而大权旁落。为了对付政变失败后的局势，重新掌握政权，苏加诺命令组织苏加诺阵线。
1966年1月15日，苏加诺总统在茂物发表演说，第一次提出成立苏加诺阵线。第二天，第一副总理苏班德里约号召组织一个应包括城市和农村，农民、青年和妇女的苏加诺阵线，“以反恐怖对付恐怖”。他通过印度尼西亚共和国电台向全国呼吁，强调成立一个更加忠于领袖的团体、以增强现有组织的忠诚。苏班德里约主张把纳苏蒂安、苏哈托和沙尔沃·艾狄提交特别军事法庭，“因为他们要对杀害25万共产党人负责。”
既然苏加诺总统和第一副总理苏班德里约已宣布成立苏加诺阵线，苏哈托明知这是冲着他来的，然而他不能公开加以反对。于是苏哈托指示手下的人建立“建国五原则阵线”，并说苏加诺阵线是建国五原则阵线的一部分。这样就把苏加诺阵线纳入了建国五原则阵线。任何想要表示同“伟大的革命领袖”团结一致的个人和团体，都必须向军事当局登记。任何人都不得比其他人更忠于苏加诺。苏加诺阵线被如此紧紧地包围，以致毫无生存的气息，最后各地区司令官终于宣布没有必要成立苏加诺阵线，并加以禁止。
苏加诺企图以苏加诺阵线来组成另一个有群众基础的组织的努力失败了。苏加诺在这一回合中输给了掌握侧攻这一卓越斗争艺术的对手，但这还不是斗争的最后一个回合。苏加诺在建立群众基础失败后，集中全力搞上层组织。从1966年1月到3月这段时间，苏加诺总统不断努力加强他在最高指挥机构，特别是在内阁和军事行动最高指挥部的权力。
1966年2月21日，苏加诺总统宣布组成“改组后的两项人民命令内阁”。当时，以苏哈托为首的陆军势力和拥护苏加诺的左翼势力都很强大，双方势均力敌。苏加诺不能不确认苏哈托将军行使部长、陆军参谋长的职权，但他“体面地免除”了一些著名的高级将领、坚定的反共人士如部长、武装部队参谋长纳苏蒂安将军和部长、海军司令马塔迪纳将军的职务。然而，这一行动更刺激了苏哈托势力采取更为激烈的对抗行动。
2月24日，苏加诺在国家官主持新部长的宣誓就职时，苏哈托指派青年学生示威进行抗议，苏加诺不得不宣布在国家宫门前实行戒严。2月26日，苏加诺正式下令取缔受苏哈托支持的学生组织“卡米”，同时暂时关闭了印度尼西亚大学，在雅加达实行戒严，并派出好几营突击部队和装甲车，异乎寻常地显示了军事力量。苏加诺命令他的扎克拉比拉哇警卫营镇压受苏哈托支持的青年学生和袭击其总指挥部。这个行动遭到了苏哈托将军的还击，他命令陆军战略司令部的军队保护印度尼西亚大学不受袭击。
卡米被取缔后，2月27日，苏哈托又组织了中学生行动阵线“卡比”。继续以学生为枪炮反对苏加诺。总统和苏哈托将军之间不断发生冲突。3月11日事态发展到高峰。
当时，国家宫正在举行内阁全体会议。会上，苏加诺发表了措辞强硬的讲话，他谴责帝国主义，同时也指责一些立场不够坚定的部长。他以坚定的口吻说：“你们必须接受我的领导，听从我的指示。你们之中如果有人不能跟随我，好吧，那就老实说吧。我非常乐意接受辞职报告，并任命别人来接替你……”苏加诺刚要求动摇不定的部长离职时，他的一位侍从武官庞邦·威查纳尔哥上校走进会议厅，交给总统一张便条，告诉他“一支来历不明的军队”（据后来泄漏的消息说，这支军队是由沙沃·埃迪率领的陆军伞兵突击团的士兵，他们摘掉徽章，执行苏哈托交给的“显示自己力量”的特殊任务。）正逼近国家宫，包围会议大厅。苏加诺马上站起来，借口发生“重大事态”，直奔他的直升飞机，后面跟着没穿鞋子的第一副总理苏班德里约和第三副总理哈鲁尔·萨勒两人。3人匆忙乘直升飞机回到茂物行宫。
当时苏哈托借口扁桃腺发炎没有参加这次内阁会议。这实际上是耍外交手腕。在苏加诺召开内阁会议的同时，苏哈托、已苏基·拉赫马特少将、M·优素福准将以及大雅加达军区司令阿·马赫茂德准将一起举行紧急会议，商讨对苏加诺采取行动。
在苏加诺回到茂物后，由3名将领巴苏基，拉赫马将军、M·优素福将军和阿·马赫茂德将军组成的代表团找上门来。他们是从雅加达跟踪而来的，乘的是汽车；比飞机慢。到达茂物已是3月11日下午2时。他们奉苏哈托派遣，带来了一份最后通牒性质的信件。他们要求把总统的一部分权力移交给苏哈托。苏加诺怒气冲冲，这次谈判直到下午7时30分。
虽然他最亲密的助手苏班德里约和哈鲁尔·萨勒极力反对，但苏加诺还是慑于对手的强大压力屈服了。他签署了所谓的“指示信”，把行政权力移交给了苏哈托将军。它责成苏哈托将军保证治安和秩序，以及保卫“伟大的革命领袖”的人身安全和权力。
根据“三月十一日命令”，苏哈托将军以总统的名义签发了第1／3／1966号总统法令，宣布在共和国全部领土上正式解散共产党。尽管文件还有含糊不清的地方，但苏哈托势力认为，颁布这个文件就是一个巨大的胜利。3月12日，在沙尔沃·艾狄上校的领导下，军队在雅加达举行了显示力量的示威。同一天，由3月11日担任使者的3位将军率领的代表团前往茂物保卫总统的人身安全。3月15日，在苏哈托将军的邀请下，苏加诺回到首都。在当天下午的会谈中，苏哈托汇报了总统命令的执行情况。他极力渲染雅加达的恐怖气氛，并告诫苏加诺不要过低估计示威者的决心。第二天，会谈继续进行，主要议题是内阁的改组问题。
苏哈托提出，苏班德里约和其他内阁成员令他和军部不能容忍，希望苏加诺取消他的内阁。他以为苏加诺会自动放弃自己的内阁，甘当一个傀儡。出乎苏哈托的意料之外，苏加诺总统为了恢复其领导权，再一次作拼死的努力。由4位副总理和鲁斯兰·阿卜杜干尼部长协助制定并在3月16日发布的总统第一号通告中，苏加诺坚定地宣布：“根据印度尼西亚具有的民主和‘黎索宾’（指革命、社会主义和领导权）的精神，我提醒全体印度尼西亚人民，贯彻伟大领袖朋加诺（印度尼西亚语”朋“bung意即兄弟或同志，苏加诺喜欢被称为朋加诺。）的所有教导乃是他们的绝对责任。”同时，苏加诺严厉警告，有人想“把自己的意志强加给总统，甚至最后干预总统的助理班子。各部部长唯有总统才能任命，任何其他人不得过问。”
苏加诺的通告使苏哈托和军事司令官感到吃惊。没想到总统到了这个地步还敢反抗。软的不行就上硬的。苏哈托立即采取行动，决定逮捕15名内阁部长。苏哈托再次以总统的名义于3月18日颁布这项逮捕令。18日，15名内阁成员全部被逮捕，无一人漏网。当时苏班德里约还在苏加诺保护下，呆在总统府。一名记者曾目睹了总统卑躬屈膝的情况。说当他被迫离开总统府以便逮捕苏班德里约时，他低声下气地哀求雅加达警备司令阿米尔·马哈茂德：“阿米尔，不要杀他。”
与此同时，苏哈托将军任命了一批临时部长以填补内阁的空却。
在逮捕了苏加诺的内阁部长之后，苏哈托着手重建临时人民协商会议、国会、最高咨询委员会和其他中央政府机构。
这时重建的机构完全由苏哈托把持，苏哈托要求苏加诺总统“遵守宪法。”
1945年宪法既然授权总统任免部长，苏哈托认为苏加诺总统应组织一个新内阁以更换临时部长。3月27日，一个新内阁宣告成立。6名副总理中包括苏哈托、亚当·马利克和日惹的素丹哈孟库·布沃诺，几乎全是拥护苏哈托的人及其亲信。3月30日，新内阁宣誓就职。由苏加诺总统在国家宫宣读新部长名单，这使他感到难堪。他读了单子上前几个人名之后，他感到无法忍受，因为这些人全是拥护苏哈托的人。他突然宣布他有紧急的事情要处理。他转身就走，把这张名单交给了第一副总理莱梅纳，让他把名单念完，自己径直离开了大厅。
1966年6月20日至7月6日，在史纳延体育馆召开了印尼临时人民协商会议。这次会议开幕时，气氛仍很紧张。学生和其它行动阵线的人员不断出现在雅加达街头。拥护苏加诺和反对苏加诺的人截然对立。
苏加诺总统6月22日在临时人民协商会议上出现的情景，与往日在政治舞台上的样子大不相同。没有拿鲜花的姑娘，也没有雷鸣般的“朋加诺万岁？的欢呼声。只有装甲车和一个态度生硬的武装警卫。这个警卫与其说是保卫他的安全，不如说是防止他和人民接触，监视他的行动。
这次会议颁布了几项重要决定：其一是由苏哈托将军担任总统职务，其原因是苏加诺身体不适；其二苏加诺“伟大的革命领袖”这一头衔仍保留，�