尼采在精神病院可以认出母亲弗兰齐斯卡（Franziska），她与奥弗贝克安排尼采从维勒的诊所转到耶拿大学的心理诊所，以便就近照顾。诊所的主管施图茨医生（Dr。 Stutz）的结论是“资料显示进行性麻痹是正确的诊断。几乎没有可疑之处。”＇16＇最初的检验是由住院主治医师齐恩医生（Dr。 Ziehen）执行。在耶拿大学进行的检验发现###有个疤，可能是以前梅毒下疳所留下的。斯托克斯说，下疳消退“大多只在表面上留下很小的疤痕”。＇17＇这个疤痕可能是另一种性病软性下疳造成的。尼采心烦意乱时字迹会颤抖，说话时不断用手势表达以及做出奇怪表情。前五个月，他仍然很激动，经常没有条理──用粪便弄脏自己、喝自己的尿、尖叫，其他时候看起来非常正常。他接受水银药剂治疗。根据当时的观念，家人只会更刺激脑梅毒患者，因此尼采的母亲有六个月不能探望他，就像克拉拉·舒曼不能到精神病院探望罗伯特·舒曼一样。
尼采住进耶拿诊所，住院单是这么写的：“疾病名称：瘫痪性心理疾病。”耶拿诊所的主管奥托·宾斯万格（Otto Binswanger）是全身性瘫痪精神错乱的专家，发表的论文有“进行性麻痹的病情与差别诊断”（Contributions to the Pathogenesis and Differential Diagnosis of Progressive Paralysis），以及“脑梅毒与麻痹性痴呆，临床与统计的研究”（Brain Syphilis and Dementia Paralytica； Clinical and Statistical Studies）。宾斯万格教授曾经在课堂上以尼采做为麻痹性痴呆的案例研究。宾斯万格经常通知奥弗贝克病人的状况。他写道，尼采讲话条理较清楚，较少突然尖叫，有一些妄想症和幻听。复原的机会不大。
第二年的3月，尼采获准出院，此后一直由母亲照顾，直到1897年母亲过世。他的妹妹伊莉莎白（Elisabeth）在母亲女佣艾文（Alwine）的协助下，接手照顾，直到最后。从1894年年初起，尼采就被关在家里。1895年，他开始出现身体瘫痪的迹象。奥弗贝克回忆他最后一次探望尼采时，见到朋友半蹲在角落，只希望不受打搅，而刚才他还相当兴奋，又吵又叫的。
尼采（3）
反对尼采患有神经系统梅毒的人所持的论点，是认为他在麻痹性痴呆发作之后，有11年的时间处于精神错乱的模糊地带。不过，梅毒教科书也告诉我们，麻痹性神经梅毒的病程为三至六个月，如果是缓慢恶化的状况，最长可能到30年以上。＇18＇这种缓慢进展或是“滞留型麻痹性痴呆”（statio…nary paresis），与症状明显的“急性麻痹性痴呆”（galloping paresis）不一样。斯托克斯写道，心理创伤的刺激可能引起脑梅毒患者的脑梅毒发作，其他时间脑梅毒则保持非活动性，尼采那次抱马事件就是受到刺激。＇19＇
1900年8月25日，尼采死于中风。他被以传统路德教派的仪式安葬，而那正是他哲学所嘲笑的对象。他没有被解剖检验。伊莉莎白承认，在哥哥死亡的时候，她从来没有想到要解剖，事实上也没有医生建议过。她又说，此外，当时还没有人“可憎地怀疑”尼采染患梅毒。当然，在他的病历上有梅毒，但是很可能诊断结果没有告诉家属，而且医生认为没有理由要公开。
没有一位档案保管员，像尼采的妹妹伊莉莎白那样做了那么多评论。她是崇拜哥哥的小妹妹，从小就开始搜集尼采的手稿，将哥哥最早的文献资料都收藏在柜子里。这份收藏后来发展成为“魏玛档案馆”（Weimar Archive），这是伊莉莎白所建的一栋可爱房子，存放她哥哥的文件，也安置了她哥哥；尼采在这房子的楼上度过他最后精神错乱的日子。伊莉莎白筹钱，谈出版合约，并且管理一群员工将尼采的作品分类（希特勒掌权后，这些人大都成为纳粹党徒）。她从1892年开始出版尼采所有的作品，还有81篇文章和3本传记。她以女文学家和尼采遗产监护人，在欧洲甚有名气，跟科西马·瓦格纳（Cosima Wagner）不相上下，后者监管丈夫理查德·瓦格纳的创作。伊莉莎白曾经被提名三次角逐诺贝尔奖。
但是奥弗贝克警告说，伊莉莎白是个不一样的妹妹，颇具危险性。奥弗贝克的评论直到今天还是没错。为什么学者一致批评和非难伊莉莎白？她是虔诚的路德教派，反闪族的激进分子，崇拜希特勒的民族主义者，因此不适合代表一个反反闪族和反爱国主义的人。尼采曾经写过上帝的讣闻，尼采的著述都是要推翻她所虔诚相信的事物。尼采一直不想让母亲和妹妹知道，他与家乡的基督宗教美德已经有多大差距，最后还是让她们知道了。多年来，伊莉莎白为了避免她与哥哥的道德观产生可怕的矛盾，每个步骤都扭曲真相，以配合她自己的希望。
诺贝尔委员会如果颁奖给她，将造成一大遗憾，因为她以自己的喜好编辑尼采著作，以自己的意思窜改书信，甚至毫不掩饰她窜改的痕迹。传记作家现在礼貌上称她是不可靠的见证人，有些人就不客气地说她是强制性病态的说谎家、非常令人受不了、偏执固执以及故意刁难作对。她汇整编辑尼采的著作，尤其是《权力意志》（The Will to Power），包括从他笔记里抽出的段落，这些段落可能尼采根本不想出版。尼采在瑞士西尔斯玛丽亚（Sils Maria）所住的房间里，被他扔到垃圾桶的只字词组，也都被捡起来任意编排出版。伊莉莎白最严重的错误，就是将档案交给希特勒使用。
1932年2月，伊莉莎白在魏玛的国家剧院第一次与希特勒会面。当时正上演贝尼托·墨索里尼（Benito Mussolini）（后来他也捐款给尼采魏玛档案馆）与别人合写的有关拿破仑的戏剧，这次会面部分是伊莉莎白策划的。希特勒在大批军警护卫下来到魏玛，听说尼采的妹妹也在戏院里，便捧着一大把玫瑰到她的包厢。她本来对他很冷淡，因为她认为希特勒参选总统应该会输给兴登堡（果然如此）。但是，一年后希特勒掌权，她就开始赞美希特勒：“我们陶醉在热情之中，因为我们政府的领导者是一位神奇杰出的人物，那就是我们伟大的希特勒总理。”＇20＇她回忆说，希特勒迷人的眼睛似乎可以把人看穿。她过世时，希特勒在她的棺木上放置一顶桂冠。
伊莉莎白所创造出来的尼采传奇故事，当然不会提到梅毒。若非她要刻意隐瞒，尼采的病也许不会公诸于世，说起来还真是讽刺。她犯的第一个错误，就是让莱比锡著名的神经学家和精神病学家默比乌斯取得尼采在巴塞尔和耶拿的病历。如果伊莉莎白想借着默比乌斯塑造出众人对于尼采生病的同情，那么她被骗了。1902年，默比乌斯出版《病理学的尼采》（On the Pathological in Nietzsche），虽以影射方式而非直言不讳，但是不仅泄漏诊断结果，更糟的是还暗示，心理不稳定现象早在1881年就出现，而且“激发”《查拉图斯特拉如是说》（Thus Spake Zarathustra）的灵感。
伊莉莎白可能不知道当时的诊断结果；如果她知道，就不会给默比乌斯病历。维勒医生准许尼采住进巴塞尔医院，但可能没有告诉忧伤的母亲，她儿子真正得的是什么病，耶拿的医生也一样。不过，秘密泄漏之后，伊莉莎白尽全力补救。默比乌斯是很有干劲的病理学家，他警告大众小心病态的哲学家，说只有心智被蒙蔽的人才看不出《查拉图斯特拉如是说》含有潜在的进行性麻痹。“如果你发现一颗珍珠，不要以为一整串都是珍珠。要有怀疑的心，因为这个人脑子生病了。”＇21＇默比乌斯宣称，尼采的心理状态本来就已经有病，后期梅毒的症状又渐渐侵袭加重。伊莉莎白大发雷霆，指控他“恶意诽谤”，不只是因为他泄漏她哥哥的疾病，也因为他暗示尼采被妓女所传染。哲学家和心理学家雅斯贝尔斯称许默比乌斯，首先发现尼采早在1880年代就有明显的改变，但是他的结论是，默比乌斯的洞察没有得到认同，因为过程充满荒谬。
尼采（4）
默比乌斯访问许多尼采学生时代的朋友，想要追溯尼采的性活动，但是没有收获。他的结论相当站不住脚，他认为，虽然性对尼采没有什么吸引力，“而且他缺少对性的强烈欲望——一个健康的男人有这种正常需求，才会愿意将自己奉献给一位女性。”＇22＇但是尼采一定对性相当好奇，至少会去尝试一次。传记作家霍林代尔（）持相反的意见：尼采“性欲很强，并且对女人非常有兴趣”，只是没有任何记录，甚至没有任何暗示，他曾经和同班任何女生（或任何女人）上过床。尼采对女人很有兴趣，这与所有已知的证据相违背。
伊莉莎白没有放弃，她努力要洗清这可耻的诊断，以及可能的不名誉后果。如果无法阻止梅毒的传言，至少可以平息嫖妓的谣言。1923年，她请尼采的一位医生——即健康委员会的武尔皮乌斯（Vulpius）——来处理这件事，他曾经是宾斯万格在耶拿的助手。武尔皮乌斯发现左眼虹膜肿胀，确定是进行性麻痹：“右眼瞳孔比左眼张开得相当大，这是很不正常的，但都显示对光线没有反应。左眼虹膜有点变色，轻轻附着在水晶体前的被膜上，以阿托品滴几滴在眼睛一角，虹膜大部分就消失。”＇23＇
武尔皮乌斯回忆说：“我当学生时，曾经很热中研究这个人的著作，遇见他的影子也让我深深感动。”“所以我着手处理我的病人，不仅是因为医学，也有心理上的兴趣，因此弗尔斯特—尼采博士（名誉学位）夫人（Frau 歳ster…Nietzsche）信任我，要我对她哥哥的病历以及相关的恶意争论写一篇评论。”＇24＇武尔皮乌斯的合作和富于幻想的理论，转移性交染患的传言，至少可以满足伊莉莎白：
这个毒素偶然进入尼采的体内，也就是说他自己根本不知道。最明显以及最有可能的，是1870年战役中他担任志愿陆军医护兵时，尤其是在卫生条件恶劣下搬运得了流行性感冒和白喉的患者。为了克服恶心，也可能是他以为有一点消毒保护作用，所以他在救护车里抽烟。如果他在拥挤的车里，为了协助患者而放下雪茄，很容易因此感染毒素。＇25＇
这听起来好像是嘴巴内粘膜的螺旋体可经由雪茄传染。里昂一位医生约瑟夫·洛勒特（Joseph Rollet），证实第二期梅毒除了性交传染之外，其他接触途径也能传染，他发现有位吹玻璃工人嘴里粘膜有感染病菌，他将吹玻璃管子给一位同事吹，结果传染梅毒给同事。1864年，洛勒特有15个这样的研究个案，因此确定第二期梅毒有接触传染力。但是，武尔皮乌斯没有理由认为尼采是这样被传染的（也许他只是跟伊莉莎白开玩笑），而且有个很充分的理由说明尼采根本不是这样被传染的。尼采只在1870年担任志愿医护兵，但是默比乌斯宣称拥有两位莱比锡医生的信件，他们曾经在1867年为尼采治疗过梅毒。莱比锡信件的资料，是精神医师威廉·朗热·艾克包姆（Wilhelm Lange…Eichbaum）在1946年发表的一篇专题论文中提供（他在1931年写过“尼采的精神病问题”）的。在这篇专题论文中，他说柏林有位精神医师告诉他有关这些名医的治疗内容。瓦尔特·考夫曼（Walter Kaufmann）在《哲学百科全书》（Encyclopedia of Philosophy）＇26＇的尼采条目内加上这资料，不过他指出无法证明这些信件存在。根据霍林代尔所言，里夏德·布隆克（Richard Blunck）研究年轻时的尼采，“找出证据，1867年有两名莱比锡医生为尼采治疗梅毒，这是毫无疑问的。”＇27＇尼采的临床记录说他1866年有两次感染，所以第二年的治疗符合第二期梅毒的时间。虽然莱比锡治疗之事无法证实，但是没有理由怀疑默比乌斯说他有这些信件。
伊莉莎白指出，尼采于1867年得过两次“霍乱”，那两次很可能就是第二期梅毒的发烧症状。另一种可能性是他更早之前就感染梅毒，但到这时候才首次治疗。1861年至1866年，他自诉头痛，颈部、胸口、喉咙都痛，声音嘶哑，风湿病，咳嗽；推测可能是梅毒感染之后的初期脑膜炎。
伊莉莎白的第二个计谋，就是让梅毒诊断失去公信力。1905年5月，她指派在档案馆工作的加斯特，写信给卧病在床的奥弗贝克，请他承认在耶拿的病历上记录梅毒，是他根据尼采登记住院时的注明所写的。奥弗贝克生气地回答说，宾斯万格教授于1890年2月告诉过他，事先还要他发誓保密，宾斯万格认为尼采的瘫痪无疑是梅毒引起的。“我已经保守宾斯万格告诉我的秘密，除了你的之外，加斯特先生。”＇28＇这次书信往来又是伊莉莎白的一大失算。她想要掩饰诊断，却很不聪明地留下证实的文件。她要求伊达·奥弗贝克（Ida Overbeck）取得临终前的供认，伊达拒绝并且控告伊莉莎白诽谤，因为伊莉莎白指控她丈夫在都灵遗失《权力意志》的部分手稿。1922年，宾斯万格指称，虽然尼采的病源无从得知，但是进行性麻痹的诊断是不容怀疑的。根据目前的科学，尼采感染的是中枢神经系统的梅毒。＇29＇
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尼采（5）
不屈不挠的伊莉莎白也企图将尼采的麻痹解释成药物造成的结果。1881年夏天，一位荷兰人给尼采一种“爪哇催眠剂”——这是印度大麻花及叶制成的液体麻醉药，告诉尼采说一杯水只要加几滴即可，千万不可太多。伊莉莎白尝试过，有令人振奋的效果，但是她不喜欢这种感觉，并且恳求哥哥使用时要节制。1885年，尼采承认他多服用了几滴就倒在地上，狂喜过后便痉挛地大笑。伊莉莎白说巴塞尔的维勒教授告诉她，尼采所用的催眠剂没有经过科学实验。所有这些都是在默比乌斯的书出版之后，伊莉莎白才透露出来，目的在说明尼采的瘫痪是“麻醉剂造成的瘫痪”。＇30＇她还暗示说，尼采所服用的安眠药，让他到第二天早上还很兴奋。虽然伊莉莎白尽了全力，梅毒诊断还是没有消失。
关于尼采在哪里感染梅毒，最常被引用的说法，其实也是最不可能的。1865年2月，尼采还是波恩大学的学生，自己到科隆旅游。他请门房带他去餐厅，结果被带去妓院。尼采和朋友保罗·多伊森（Paul Deussen）谈及这次探险的故事：“我突然发现自己被六个戴着亮光饰片和穿着薄纱的幽灵包围，她们渴望地看着我。我顿时哑口无言，然后我弹奏钢琴，好像这是我惟一能够展现灵魂的事情。我弹奏几个和弦，让我不至于瘫痪，然后我就逃走了。”＇31＇
多伊森写道：“根据这个故事以及我所了解的尼采，我倾向认为史坦哈特（Steinhart）以拉丁文对我们提到的柏拉图传记，里面有一句话可以用在尼采身上，那就是：mulierem nunquam attingit（他从来没有碰过女人）。”＇32＇尼采对于这些妓女很清楚地表现出反感，因此得到的结论是，在科隆的那次可能就是他最后一次上妓院，也使得他感染梅毒。许多传记作家都提到这件事，这家妓院在一般文献中成为尼采最可能感染梅毒的地方。
托马斯·曼的小说《浮士德博士》中的主角阿德里安·莱韦尔金（Adrian Leverkuhn），就是以尼采为雏形，也可以看出这种曲解的理由。尼采向多伊森提到的妓院，应该是关键的地点。叙述者说：“到这时候他从来没有碰过女人，对我