刘少奇还将新四军的一些情况向黄克诚作了介绍：项英不积极执行中央指示，坚持留在皖南；陈毅坚决服从中央指示，但过江有些困难。后来，有个叫管文蔚的，在沿江一带有抗日武装，他积极配合陈毅，使得粟裕率领的一支部队胜利过江。刘少奇用充满信任的目光看着黄克诚，最后总结说：“现在要赶快整编好队伍，开辟苏北淮海、盐阜地区，把南下主力转过去，支持北上的新四军，打击顽军，你的担子很重啊。”两人又进一步商讨了如何开辟苏北淮海、盐阜地区的工作。最后商定，黄克诚立即赶往皖东北组建苏皖党政军委员会，由他担任书记，将所有在这一地区活动的部队改编为八路军第五纵队，下辖三个支队。同时，成立苏皖区委和行署。
接着，黄克诚率部来到皖东北，统一安排部署工作，开始了开辟苏北淮海、盐阜地区的艰苦斗争。
部队整编完毕，刘少奇给黄克诚发来电报：“四纵队政委仍由黄克诚兼任，如需变更，待中央有干部来时，再重新配备”。这样，黄克诚继续兼任四纵队政委，但是鞭长莫及，无法顾及四纵队的工作，只是挂了政治委员的名而已。
8月底，黄克诚命令第二支队一部留守皖东北，坚持斗争，其余各部相继挺进淮海、盐阜地区。
淮海、盐阜地区地处苏北，陇海路以南、运河以东、大海以西的广大地区，皆属其范围。
这里日军、国民党顽军控制各自地盘，情况较为复杂。
黄克诚率领八路军第五纵队，兢兢业业开展工作，随时准备支援北上新四军，打击顽军。
金秋十月。
黄克诚接到北上新四军领导人陈毅的急电，称国民党顽军韩德勤正向新四军进驻的黄桥地区猛力进攻，要黄克诚迅速抽调一部主力南下支援。
军情紧急！黄克诚一面回电，一面亲自率领五个主力团的兵力即刻出发，连夜东进。
部队过盐河，沿河而下，日夜兼程，径奔盐城地区、增援北上新四军。
对于韩德勤这个人，黄克诚早有了解，此人在内战时期曾任国民党第五十二师师长，率部参加对中央苏区“围剿”时，黄克诚率部将其打得落花流水，会同兄弟部队，全歼他的五十二师，韩德勤本人也被红军俘虏，后来此人化装成伙夫，混在被俘士兵中，才侥幸逃脱。如今听说，他任国民党江苏省主席兼苏皖战区副总司令，拥兵苏北，不但不思抗日，反而积极反共，千方百计想要消灭新四军，人称“磨擦专家”。
这个反共顽固派，手下败将，何足言勇！黄克诚想到这里，不禁微微一笑。
中央10月4日发来的电示又在黄克诚耳边响起：“黄克诚部主力决心于本月4日开始行动，南下阜宁，并拟继续向盐城推进，增援陈毅。大概韩（德勤）之主力与陈毅冲突后，八路军即渡过旧黄河，抵阜宁，望你们注意。如国民党责问，即以韩德勤屡次围攻新四军，不得不增援作答。韩德勤现又大举压迫陈毅。据陈毅称，战事不可避免，要求黄克诚增援。因此我们部署方针：韩不攻陈，黄不攻韩；韩若攻陈，黄必攻韩……”黄克诚对于中央电示反复思考：“有理、有利、有节”：“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”。这就是中央电示的精神。
部队如一支离弦之箭，在茫茫夜色中，直插盐城。
盐城。
一艘小汽艇从海安方向飞速驶来，停靠在串场河边。一行新四军走下小汽艇，往盐城县走去。
盐城县城，黄克诚率干部战士迎接。
远远望见这一行人马走来，黄克诚赶忙迎上前去。
对面一行人里，为首的一位气宇轩昂，也急步走来。他看见黄克诚，几步上前，与黄克诚那双大手有力地握在了一起。
“陈毅同志，别来无恙？”黄克诚紧握着对方的手，激动地高声问道。
“八载未见，你也好吧？”对方也激动地问。
原来，黄克诚率部行至途中，忽闻黄桥决战，陈毅指挥新四军将韩德勤打得一败涂地，取得黄桥大捷。黄克诚闻讯大喜，遂率部转进盐阜区。
这时，新四军一部乘黄桥大捷之威，分兵北上，一直打到东台白驹，恰好与黄克诚部南下队伍会师于狮子口。新四军与八路军五纵队会师后，陈毅即从海安司令部出发，乘小汽艇赶往盐城，携带十万元法币，慰问南下八路军。黄克诚遂前往盐城县城，迎接陈毅一行。
自1932年一别，黄克诚与陈毅有整整八年未见了，黄克诚对陈毅十分想念，如今故人相见，高兴之情，难以言表。陈毅看到黄克诚等故旧，更是分外欣喜，当即感怀赋诗一首：与八路军南下部队会师，同志中有十年不见者十年征战几人回，又见同侪并马归。
江淮河汉今谁属？
红旗十月满天飞。
老友相见，黄克诚与陈毅彻夜长谈，阔叙旧情。
黄克诚严守八路军十分简朴的生活作风，没有设宴，甚至连小酒馆也没去，就同陈毅清水代酒，畅谈起来。
“在你陈毅领导下作战，这比什么酒席都更醉人。”黄克诚笑着对陈毅说道。
陈毅只顾同久别重逢的老战友、老部下谈这问那，谈笑风生，哪里顾得上什么设宴款待之类的俗套。他真诚地对黄克诚说：“你一路又打仗，又急行军，辛苦了，我带你们去海安散散心。”
在盐城与陈毅相见后不久，黄克诚返回纵队司令部驻地阜宁，立即向刘少奇发报，请他率中原局移驻盐城。
接着，根据中央指示精神，黄克诚率部在阜宁、淮安、盐城以北的广大地区，放手发动群众，实行减租减息，壮大自己的力量，建立抗日民族统一战线性质的民主政权。
同时，针对这一地区土匪众多，封建会道门武装组织众多，广大农村多为国民党特务、反动地主武装把持等实际情况，黄克诚率部着手清剿土匪，消灭反动地主武装叛乱，反击国民党顽军的“磨擦”进攻，进而粉粹日军“扫荡”，巩固新生的抗日民主政权。
11月下旬，刘少奇率中原局机关，陈毅率华中新四军、八路军总指挥部先后进驻盐城。
苏北地区，出现了抗日武装斗争的新局面。
1940年11月底。苏北曹甸。
黄桥决战后，国民党顽军韩德勤部不甘心失败，再次纠集余部两万余人退守曹甸地区，并依据坚固据点，继续制造“磨擦”，狂妄叫嚣要恢复黄桥决战前的状态。
面对韩德勤的疯狂挑衅，中原局与华中总指挥部征得中央同意后，调集新四军一、二纵队，会同黄克诚率领的八路军第五纵队，发起曹甸战役，准备一举消灭韩德勤顽军。
八路军五纵队司令部。
曹甸前线不断传来激烈的枪声。
黄克诚时刻关注着曹甸战役的进展情况，并在思考彻底击溃顽军的具体打法。
说实在的，黄克诚是不同意攻打曹甸的。
当中原局及华中指挥部提出攻打曹甸的意图时，黄克诚提出异议，认为暂时不宜攻打，并且详细陈述了自己的理由：首先，从整个苏北斗争形势上看，我们刚刚来到淮海、盐阜地区，这一地区情况十分复杂，土匪众多，顽军残部、伪军、特务、反动地主武装等到处进行骚扰和暴乱，我们根据地内部很不稳定。所以，当务之急，应是剿灭匪顽，发动群众，建立起巩固的根据地。先把脚跟立稳，即固本为先，再相机解决韩德勤顽军。其次，这次打曹甸与黄桥决战有很大的不同。黄桥决战，韩德勤犯我在先。此次韩德勤战败，退守老巢，基于抗日民族统一战线的原则，同顽固派斗争，我应站在自卫立场，不宜主动进攻。况且，9月10日中央来电中说，对友军则不论如何，即使是最反动最顽固者，在目前时期中，在彼军未向我进攻或其进攻已为我击破时，均应采缓和态度。击敌和友，是我目前军事行动总方针。此后，中央又明确电示，“我们应准备对付最黑暗的局面。我们的对策是稳健地对付国民党的进攻，军事上采取防御立场，他不进攻，我不乱动。政治上强调团结抗日。”最后，从军事上来看，曹甸地区属水网地带，如果进行攻坚作战，于我十分不利。
客观地说，黄克诚的一番分析是关照全局，而又掌握关节的。
但是，他的意见没有被采纳。
在中原局和华中总指挥部的一再坚持之下，中央终于同意了攻打曹甸的计划。
黄克诚一贯恪守党的原则，异议归异议，中央既然同意，黄克诚遂坚决服从组织决定，执行华中总指挥部的命令，开赴曹甸前线迎敌。
不过，近几天来曹甸战役的进展情况不容乐观，黄克诚未雨绸缪，心中等划对敌之策。
经过慎重思考，12月1日，黄克诚致电华中总指挥部，详细提出了曹甸战役的具体对敌之策：我军无攻坚武器，历史上用速战速决、猛打猛冲战法攻击巩固据点，极少成功（乐安、宜黄、南丰，……直至会理、甘泉等战役，均如此证明）。曹甸、车桥等处工事较前坚固，兵力更多，如猛打猛冲，不但胜利把握不大，且有招致重大消耗伤亡可能。
我的意见是用持久作战的方法攻击。
其战法：（1）首先在四个据点（指曹甸、安丰、车桥、泾口）间构筑据点，截断其联系与增援。
（2）肃清四据点周围之敌据点及附近村落中敌人，将其完全逼入四据点内。
（3）逐步筑垒掘沟推进。
（4）用小部队不断接近，消耗其弹药，增加其疲劳。
（5）派小组潜入，放火烧其房屋。
（6）探悉到有弱点可乘时，即以主力猛击而消灭之。我如决强攻，请集中新四军、五纵全部迫击炮、小炮轰击之。黄克诚的建议再次被否决。
12月13日，华中总指挥部下令发起总攻。结果，黄克诚所陈果被言中。
新四军、八路军发动总攻后，采取猛打猛冲战法，直扑国民党顽军。
12月15日，一度突破了顽军前沿阵地。
但是，敌人依托坚固工事顽强抵抗，八路军、新四军久战不下，被迫撤出战斗。
这次战役，历经十八天，歼敌八千余人，而我新四军、八路军也伤亡二千余人。
曹甸战役失利，上级领导认为黄克诚“右倾”，作战指挥不力，遂撤消了他的第五纵队司令员一职，改由陈毅兼任。
陈毅时为华中新四军、八路军总指挥，统管全局，工作繁忙，因而无暇顾及五纵队，所以黄克诚以政治委员之职，实际上又行司令员之事。
后来，陈毅总结曹甸战役的经验教训时，坦率承认：“曹甸战斗是我去攻人家，缺少理由的。我很轻敌，仓促作战，准备不够，变成浪战。我们的战斗手段是攻坚，这就要有很好的准备和按攻坚战的原则作战才行。当时我们这方面就差了。光是猛扑是解决不了问题的。如果我们采取了坑道作业，就有可能成功。”
陈毅的这番话，从一个侧面证明，黄克诚审时度势，提出的一系列建议是符合客观实际的，表现了他作为一名军事指挥家的远见卓识。
1941年1月下旬。
寒冷的西北风挟裹着尘土在盐城上空漫天飞舞。
乌云密布，接连数日凝集不去。
从1月6日开始，新四军军部在皖南遭国民党优势兵力的伏击并全军覆见《黄克诚回忆录》（上），解放军出版社，第309、310页。
没的消息，陆续传到了盐城以及整个华中地区。
这一消息，无异于一声惊雷，砸在每一个新四军、八路军指战员的心坎上！
就在大家沉浸在悲痛中，为罹难烈士哀悼之时，又传来蒋介石取消新四军番号的通令！
接着，新四军将永远退出抗日的战场等谣言四起；韩德勤不思抗日，再一次将兵力集结苏北，磨刀霍霍，寒光直逼苏北新四军、八路军；汪精卫南京伪政权也不甘寂寞，派出汉奸特务四处游说，大肆鼓吹和平建国，中日一家；日本侵略军更是趁火打劫，加紧部署对我华中抗日根据地的大“扫荡”。
一时间，苏北乃至华中阴霆密布，华中新四军、八路军面临严峻考验。
盐城。华中新四军、八路军总指挥部。
新四军、八路军中高级指挥员聚集一堂，连续几天通宵达旦，商讨目前局势与对策。
“皖南事变”新四军军部覆没的消息，使大家同仇敌忾，悲愤填膺。
连续几天的会议，使大家统一了思想，一个思路越来越清晰并趋于一致：对于国民党顽固派不能抱有任何幻想，新四军的存亡掌握在共产党自己手中，我们要让倒下的新四军军旗重新飘扬。
l月20日，刘少奇代表华中指挥部向中央提议：重建新四军军部。
当日，中央复电表示完全同意。
黄克诚与大家一样，闻听“皖南事变”的消息无比悲愤，于是，1月25日，由他领衔，率华中八路军将领十八人，向八路军总部和中共中央发出了一份情真意切的电报，表达华中全体八路军悲愤之情：江南新四军遵令北移，惨遭当局下令围歼。消息传来，全军震愤！此次惨变，实系亲日派阴谋家、反共顽固派有计划地制造内战，实行卖国罪行之开端。阴谋家不仅欲置我共产党、八路军、新四军于死地，且欲将全国一切抗日爱国军民一并出卖，以求得他随时向敌人作投降之勾当。阴谋险恶，罪恶滔天！民族生存危如垒卵，克诚等为国家生存、民族解放计，特提出下列七项建议，请鉴核示遵：（一）迅（速）撤回八路军、新四军在大后方各地之办事处。
（二）撤回我党在国民参政会之参政员。
（三）调必要的武装加强陕甘宁地区，保卫陕甘宁边区。
（四）我全党全军应紧急动员起来，以应付事变的继续发展。
（五）八路军、新四军全部开回大后方去肃清内奸。
（六）联合抗日党派及军队，准备成立新中央政府来坚持抗战大业。
（七）立即布置全国性的清除年奸的计划。
克诚谨率全华中八路军，随时准备待命行动，誓在我党中央领导之下奋斗到底。临电悲愤，立候明令。
同日，盐城游艺园……
新四军举行重建军部大会。
一块不大的土台子作为主席台，正上方悬挂着一条红色横幅“新四军军部重建大会”。
“拥护新四军”、“义旗高举”、“指挥若定”等旌旗标语口号张贴会场四周。
一千多新四军干部战士和地方干部群众聚集在游艺园会场。新四军新军部领导人陈毅、刘少奇、张云逸、邓子恢、赖传珠等登上主席台。
刘少奇代表新四军军部宣读了中央革命军事委员会关于重建新四军军部的命令后，全场掌声雷动。
新军部成立的消息传来，黄克诚与同志们欢欣鼓舞。2月2日，毛泽东、朱德、王稼祥致电黄克诚：克诚部队须改为新四军番号。
2月下旬，新四军各师干部人选确定，并向外公布。显然，取消新四军番号，是违背民族大义的，愚蠢的！重建的新四军由遍布大江南北的华中新四军、八路军九万余抗日将士改编而成：新四军军长由陈毅代理，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，邓子恢为政治部主任，赖传珠为参谋长。
统编后的新四军下辖七个师和一个独立旅。
黄克诚率领的八路军第五纵队改编为新四军第三师。黄克诚担任三师师长兼政委，彭雄任参谋长。其原一、二、三支队奉命改编为新四军第三师之第七、八、九旅。
同时，第三师兼辖苏皖军区，因而黄克诚又兼任苏�