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1999年6月，听到中纪委要查处厦门走私案后，赖昌星、侯小虎均分别要陈燕新把“新大地”做油的资料销毁。8月14日，杨前线被“两规”后，陈燕新销毁了远华大酒店5％股权转让承诺书。
1999年9月27日，厦门市检察院批捕陈燕新。赖昌星与陈燕新的“狼狈新传”从此画上句号。
赖昌星走私，招数之一是把众多的国有企业推到进出口的第一线，用金钱收买这些国企的董事长、总经理。专案组在“围攻”博坦油库时还发现了赖昌星另一招数，即是利用军队企业的招牌，掩护其走私犯罪活动，这次被他收买的人物叫做王燕棣。线索最初是在博坦油库租金收入账中发现的，有个称作“象屿新大地进出口公司”的单位，不但自家付了几十万美金的租金，而且还代其他租罐客户支付租罐费。
另一个线索，是赖昌星与陈燕新谈妥转租油罐以后，是让一个叫王燕棣的人到陈燕新办公室里签了一份“转租协议”。而自1997年2月，油罐转租协议签订以后，赖昌星实际操纵的走私油品的前台角色（所有单证上的经营单位）均是新大地公司。据博坦涉案人员交待，以“新大地”名义进口的油，装卸指令却是一个叫邱允强的发出的，从未见过叫王燕棣的人。专案组领导果断决定：对王燕棣立案调查！调查人员先对“新大地公司”进行摸底。
王燕棣，户籍地南京，1998年前身份是军人，有特殊的社会和家庭背景。工商资料显示，他曾是华东实业总公司（军队企业）贸易二部的副经理，象屿新中原有限公司、象屿新大地进出口公司的总经理。此人1995年就有在厦门从事走私活动的记录。1998年后已转业地方。
专案组派员赴南京执行抓捕王燕棣的任务。南京海关走私犯罪侦查分局奉命予以配合。最后摸清王当时不在南京，其行踪出现在厦门市内。抓捕组的警察立即在厦门王燕棣可能落脚的几个点搜捕。王燕棣终在厦门落网。
专案组领导考虑其身份的特殊背景，将其转移至深圳某地，并派出预审人员前往深圳进行审讯，弄清楚王燕棣成为赖昌星合作走私伙伴的历程。王的三家公司皆为空壳公司，实际走私活动的运作全由赖昌星走私集团控制和操纵，1997年以前主要走私香烟。经查，“新大地公司”的办公用房产权是远华公司的，搜查王燕棣办公室，找到了“新大地”与厦门石油公司签订的油罐转租协议。
王燕棣归案后供认，他1997年还掌握公司印章，后来就把印章交给侯小虎，看来，赖昌星花钱买断了利用王燕棣任职的三个公司的经营权，先后进行香烟和油品走私。王仅充当傀儡而已，赖昌星看中的是他的公司的军队背景！
24 “东方”卖权
以东方公司名义走私的成品油数量达百万吨以上，举报信列举赖昌星走私网络中的重要人物中，就有东方公司总经理曹星海，且明确指出赖昌星利用东方公司的保税库走私成品油。但是，8月20日专案组来到东方公司，一天下来工作收获是5个小组中最小的。
该公司已基本停止营运，办案人员找到副总赵晓辉和一个财务。1997至1998年的财务账册不知下落。东方有两个有进出口权的公司，各有自己的账册。初步翻阅发现，同安公司的业务量较大，但负责人不知去向。
对负责保税业务的副总赵晓辉实行海关24小时留置。赵交待的最重要内容是公司将同安保税库、刘王店的保税油库及两库的大保税手册以1000万元的代价出租给赖昌星使用。从1995年起，公司也做过油品生意，但总数加起来不超过3万吨。那100万吨的成品油是谁做的呢？赵推说只有总经理曹星海清楚，而且保税公司经理是马金森，具体的事只有马明白。
东方公司的业务员提供了不少有用情况，其中有在同安海关以假转口报关进行核销、东方公司进口彩色显像管、原油、钢材等物品核销不了，由远华摆平等问题。
报关员连惠山是个重要人物，被海关留置。
曹星海在莆田被侦查人员拿获归案。
几个重要嫌疑人先后归案后，赖昌星利用东方名义走私的问题很快被查清。
1988年，东方科技发展公司更名为厦门东方发展公司，全民所有制，曹星海一直是法人代表。1995年东方公司以保税手续进口9000余只彩色显像管和1万多吨成品油。1995年底海关催核，还有半数以上数量核销不了。保税油库经理李宝民找赖昌星帮忙核销，赖昌星开价300万。曹星海与公司人员核算一下，彩管与成品油未核部分要补交税款600万元左右，支付赖昌星300万元的核销费用可节省下来300万元。于是曹拍板成交。曹与赖第一次交易做成，双方收获。
1996年初，李宝民牵线搭桥，曹与赖互请饭局，熟悉起来。其实，赖早有自己的打算。到1996年3月，同安海关办事处主任谢东风打电话约曹星海到远华会面。赖昌星、侯小虎赴会，东方公司曹带了马金森，谢是中介，一共5人。
谢东风像是会议主持人，又像是说客，他首先开场，远华希望能与东方合作。远华实力很强，并且在各方面都有很过硬的关系。东方与远华合作将获益不浅。
曹：“如何合作？”
赖：“你公司同安的保税库和刘王店的保税油库一年赢利能有多少？”
曹：“年收入光靠仓储收费约500万元；如果自己再做一点，收入会更大一些！”
赖：“远华付你1000万元一年，租用你两个库，如何？”
曹怦然心动。东方公司领导与财务测算后，觉得划算。曹星海定下同意与远华合作，打电话告诉谢东风，建议签个合同，并告知东方公司负责此事的是保税公司经理马金森和同安分公司经理郭振钦。谢东风说：赖昌星从来一言九鼎，人很义气，无需合同约束。谈妥后，两个保税库的两本大保税手册也就归远华使用起来。
1996年4月、12月，曹因公司资金紧张，主动向赖要了350万元，划在保税公司账上200万元，直接划到东方欠款客户账上150万元。春节前，赖昌星又主动给了100万元现金，由赵晓辉开车亲自取回。
25 蚁穴毁堤
1997年，东方公司被香港一家公司、南京一家公司诉上法庭，都说发了3万吨原油，东方公司收到货竟不付款。曹星海被弄得莫名其妙，应诉时发现东方公司的印章是伪刻的。东方公司要求移送公安侦查，但过后不久两案再无声息，也无原告找东方公司了。原来，赖昌星私下出面把两个案子都给摆平了。
曹星海据此判断，赖昌星私刻了东方的印章。赖的不择手段由此可见一斑。赖昌星利用东方公司走私的内幕，后经涉案人员的供述和各环节获取的资料相互印证后被彻底查清。
赖昌星走私，在口岸各环节均是一路绿灯过关，因为他在所有环节都留下了买路钱，各关节点自有其网中人员站岗放哨，保驾护航。
商检局是一处重要环节点。
《中华人民共和国商检法》规定，进口的成品油和植物油属法定检验商品，必须由货主向商检局的检务处申报品质检验和重量鉴定；申报后由检务处通知鉴定处检验。鉴定结果报检务处，由检务处以商检局的名义出具商检证书。
因此，全面出击的5发箭中，有一箭射向厦门市商检局。8月20日当天，取证小组在商检局调阅资料，发现举报信所列37条船舶都有下落，工作日记中有简略记录，植物油都卸在博坦油库，成品油卸下地点的情况比较复杂。调查人员让商检局列表整理1996年以来所有成品油、植物油进口报检记录。然而，检务处却找不到两油报检的记录。最后在鉴定处找到100多条船的工作底档及商检报告的原始记录。经统计，食用油计34．2万吨，成品油计150余万吨，那为什么不向检务处报检？鉴定处副处长陈东林、该处公估科魏或展科长的违法情况露馅。两人在8月20日当日由海关留置。
在公务员队伍中，他们两人是最先落马的！
赖昌星在口岸各环节重要岗位物色了一个又一个为他所用的人员，改变岗位职能为护私放私提供方便。形成蚁穴终至毁堤的另一个不为人重视的原因则是：所有环节的运行机制、监督制约效能存在重大障碍。专案组在前期10天全面出击过程中，在外代、外运、港务、港监等口岸进出口的重要环节，都找到了毁堤的“蚁穴”。
8月20日，取证小组的调查人员分别到厦门外代、外运两单位调取1996年以来油轮进出口岸的资料。敏感的调查人员当即发现，两单位的船务部各藏匿着一个“蚁穴”，稍经拨弄，“蚁穴”便出现在调查人员视线之内。
专案组在前期暗查中已经查明“红宝石”、“蓝宝石”油轮的船务代理是厦门外运。然而，外运船务部却调不出这两艘油轮资料！外运的资料管理人员、电脑操作人员向调查人员反映：1998年11月，船务经理张北辰让资料员调出两油轮的预申报资料销毁，让电脑操作员将两油轮的电子数据删除！
张北辰当天被海关留置：他就是“筑穴”在船务代理的“蚁王”！据船代员反映和张北辰自己交待：赖昌星让侯小虎收买张北辰，指使张在船代员办理完联检手续后，将涉及开元公司、东方发展公司进口的由海关船管部门出具的“关封”截留，不送交联检数据中心，使船舶舱单无法进入海关数据库。这样，海关就不知晓有哪条轮船进口了什么货物，当然无法进行监管。“红宝石”、“蓝宝石”油轮的资料也是张北辰受侯小虎指使予以销毁的！
这就是“报船不报货”的走私手法！这就是厦门海关、总署数据库中调不出进口两油资料的原因所在！这就是能在中国外轮代理总公司电子库调出所有进口油轮资料的原因！暗查中的谜团一一被解开了！
26 查封远华
赖昌星亡逃境外，但“住持”跑了庙还在。在8月20日，5箭齐发，取得相当多的证据后，专案组领导决策：端掉远华这个走私指挥中心，查封远华所有办公场所，控制远华的不动产，彻底摧毁依然留在厦门各个角落，还不时窥测风向的远华走私分子的侥幸心理，迫使他们丢掉幻想，向人民投诚，提供破案有用的证据和线索。
据侦查人员侦查到的信息，在专案组进驻厦门前后，远华的留守人员一刻也没有停止过他们的活动。
8月23日，从各取证组抽调人员，加上一部分缉私警察和纪委干部，组成一支30余人的查封远华的队伍。现场指挥是北京关的傅处，查封的法律手续由厦门海关走私犯罪侦查分局办理。这支队伍事先分成几个行动小组，目标分别是远华集团总部“红楼”、大华景园别墅、塘边电子城、88层远华国际大厦筹备处等场所。
时近中午，各组人员均聚集到国际大厦筹备处二层小楼里。远华的留守人员基本集中在这儿，其他各处均人去楼空，只留下保安看守。
傅处指令大家分头行动，一要搜集所有账册资料，二要搜集所有印章，三要将远华工作人员一一询问登记，弄清各人身份。
其实，留下的只是一些负责日常工作的人员，其中身份最重要的是一个办公室主任。当然，由于专案人员不熟悉情况，也有几个撞入网内的重要人物让其蒙混过关，例如，赖的老婆曾明娜的秘书，当时就被放跑了！几天后，此人被侦查小组“请”到专案组。
据带回万寿宾馆被采取海关留置措施的远华部分工作人员提供的情况，赖昌星在香港一直密切关注专案组的一举一动，并不时遥控留守人员的行动。侦查人员根据掌握的情况，分别找到远华公司发展部经理王某、车队队长许某、财务部负责人饶某，还有办公室副主任吴某，曾明娜的秘书陶某，这些知情人提供了许多有价值的情况：赖昌星自从北京方面了解了中央“4·20”批示的内容以后，立即着手公司的善后事宜。他让妻弟曾明育布置财务部经理饶际云，把1995至1998年的所有会计凭证整理出来，曾明育全部收走了这些凭证。
从5月份以后，只要远华账上有钱，就被提走，转移资金达1000余万元人民币。赖昌星8月11日出逃之前，已将公司事务托付给大哥赖水强。赖水强分别于8月12日在远华国际大厦筹建处、8月14日在悦华大酒店、8月16日在烧厝赖水强家中3次召开“留守内阁”会议，主要议题是布置留守人员坚守阵地、转移资产、将资产变现等。8月12日，赖昌星指示陶某从原会展中心预付地价款的700万元中提走350万元。
8月24日，专案组查封远华后第二天，赖水强打电话到北京找“中央法院”（归案人员交待用语）咨询，又打电话给厦门大学一名法律顾问，询问办案人员查封远华是否合法。该顾问问了办案人员是否出示法律手续等问题后，指教赖派人将查封现场情况拍照取证。赖水强当晚派人照办。
8月24日以后，赖昌星先后4次打电话询问：调查组负责人是谁，驻地何处，由谁带头，专案组人员分布情况等等（第一次）；公司还有什么人没出走，调查组调查的情况（第二次）；现在形势如何？杨前线有没有交待问题？（第三次）；远华目前被查的情况（第四次）。
事实教育了专案组人员：赖昌星从未终止过和专案组的对抗活动！
27 “一班人”尽数落网
第二阶段是查私的主战役阶段，时间一直延续到春节前夕。
这阶段的工作异常艰辛，查私组人员最多时增加到106人。全体人员不分昼夜核实单证，落实走私证据。办案人员到10余个进出口管理部门查阅，调取了大量的档案、单证、票据，查阅了数百万条的电脑数据，先后对200余家涉嫌走私和购买私货的企业进行调查，搜寻走私证据，140多人次赴外地取证，足迹遍及全国10多个省市，获取数百卷的笔录和书证材料。
在此阶段内，植物油、成品油、西药、香烟走私案查结移交审理组，查实的走私案值已达230亿元人民币，查明的厦门地区走私案值已逾400亿元人民币。“查明”走私情况和“查实”走私情况要求的内容完全不一样。湛江走私大案查明的走私案值高达110亿元人民币，但在法庭审判中依据查实的走私罪追究刑事责任，公布的数字是29亿走私案值。因为走私犯罪情况复杂。“查明”的要求是，只要认定进出口货物逃避了海关监管，就可基本判定这就是走私，但是“查实”的要求就严格多了：必须搞清谁走私，走私什么，数量多少，价值多大，怎样走私，走私的结果怎样，走私货物的走向，赢利多少等等。不然，你跟谁去算法律账？怎样认定他有罪，且罪行大小？
查案过程中，建议专案组并按法律程序对32人采取“两规”措施，对18人采取刑事拘留措施，对21人采取监视居住措施，对23人采取取保候审措施。赖昌星集团的走私网络和相互交织的人际关系被查清。随着专案查处工作不断向前推进，抓捕案犯的任务越来越重。侦捕组的职能范围不断扩大，通缉、边（境）（布）控、抓捕、技侦、协查、预审等等工作，所需人员越来越多。侦捕组最多时有89人。由查私组、内查组提请抓捕对象最多时竟达数百人之众。被抓捕归案的先后有215人，捕获率达52％，也算创下了该项记录。
到案人员越来越多，只进不出，给专案组造成巨大压力。