慈安太后既然更多的专注于宫廷内家庭生活，理政之事自然就多数交给了慈禧太后。随着时间的推移，慈禧太后的权力越来越大，胆量越来越大，对于如何运用权术也越来越谙熟。
云南人何桂清第一个撞到慈禧手里。咸丰十一年（公元1860）五月十九日，太平天国将领李秀成攻克丹阳，身在常州的清军大将何桂清大惊失色，以筹饷的名义弃城出逃苏州。常州士绅挡路顶香跪请何桂清留守，何竟命亲兵开枪，当场致死士绅十九人。几天后常州失陷，生灵涂炭。激起公愤的何桂清逃往苏州，江苏巡抚徐有壬拒其入城并向清廷上书弹劾何桂清，何又逃往上海。此后苏州失陷。徐有壬跳水自尽，死前留下遗折，仍然请求严惩何桂清。江苏绅民对何桂清尤为痛恨，都要求处死。尽管如此，何桂清仍然在朝廷中有盘根错节的关系网，他的生死也关系着朝政大局，关系着各支兵马彼此牵制抗衡的局面。于是，何桂清之事一搁置就是两年。同治元年，何桂清终于入狱，然而也惹来了以大学士祁俊藻为首的十七人上疏搭救。然而慈禧太后并没有就此收手。当年冬天，何桂清问斩。慈禧太后一举立威并兼收民心。
另一件立威之事发生在同治二年。在“辛酉政变”中立下大功的胜保由于擅自调兵，不再完全驯服，尽管他“有无敌御侮之功，无失地丧师之罪”，慈禧太后仍然颁下了赐死胜保的诏令。
随着慈禧太后在权力和权力各方面的成熟，两宫太后与恭亲王奕䜣之间的关系也发生了微妙的变化。同治四年（公元1865）春天，奕䜣终于败下阵来，被两宫太后以“信任亲戚，内廷召对，时有不检”的罪名，一道谕旨罢免了所有职务。
这当然只是个显露手段的花招而已。谕旨下过之后，以西太后妹夫醇郡王为首的王公大臣们就象约好了似的纷纷上书请饶，几天后，两宫太后终于发了慈悲，命奕䜣“仍在内廷行走，管理总理各国事务衙门。”奕䜣终于尝到了慈禧太后的厉害，知道自己旧日的权力地盘已经失守，立即进宫痛哭请罪，并且主动要求将女儿荣寿公主的封号降级。两宫太后对奕䜣的态度表示满意，又降旨说“王亲信重臣，相关休戚，期望既厚，责备不得不严。仍在军机大臣上行走。”——经此一役，奕䜣老实了很多，同时也意识到慈禧在其中起的作用，遂着意保持与慈安太后的关系，希望能够与慈安、以及慈安一边的同治帝联手制服慈禧。
作为深居后宫的太后，慈禧权力虽大，接触得最多的人却无非是太监宫女，而在“辛酉政变”中立下汗马功劳的太监安德海当然首屈一指。由于立下如此大功，安德海极得慈禧信任，地位也扶摇直上，成了六品蓝翎大太监。但这位大太监与后来的李莲英不同，过于小人得志，凡事都不知道要留有余地，他借着慈禧太后的光儿，将慈安太后、恭亲王，乃至小皇帝载淳都不放在眼里。慈安太后与慈禧太后之间的关系也因此逐渐紧张起来。恭亲王奕䜣更是对安德海痛恨之至，认为他一介太监时有干政，违背了祖制，早想除之而后快。
清宫向有制度，太监不得干政，更不得擅自出宫。然而年轻识浅得意忘开的安德海却打算借太后之威挑战制度。同治八年（公元1869）七月，安德海觉得在皇宫内炫耀得还不够，想要到外头去威风威风，便向慈禧提出请求，想要亲自出马到江南去督办同治帝的龙衣。慈禧太后开始倒也对安德海做了些劝阻，但终于禁不住安德海的巧辩，答应了下来，征得了同治帝的口头应允之后，安德海便以“钦差大臣”的名义浩浩荡荡地顺水路出京了。安德海前脚刚出京，同治帝后脚便将此事告诉了东太后慈安及恭亲王奕䜣，决定借此机会除掉安德海。遂将一道密诏发至与奕䜣关系密切的山东巡抚丁葆桢处。
安德海一入山东境内，就进入了丁葆桢的监控之中。安德海却茫然不知，一路骚扰百姓，索取贿赂，七月二十一日这天还在山东德州境内大摆寿宴。察勘明白之后，丁葆桢立即将安德海在泰安地方捉住。安德海被抓时仍然嚣张无比地对丁葆桢说：“汝辈自速辜耳！”丁葆桢答曰：“宦竖私出，非制。且大臣未闻有命，必诈无疑。”丁葆桢随后上奏，奏章也恰到好处地先被恭亲王看见。于是此事便被公开举发。慈禧太后闻讯后非常惊慌，害怕此事会烧至自身。她很快就看清了形势，决定丢卒保车，遂与东太后恭亲王及军机大臣们一起商议定了诛杀“安姓太监”的主张。对于处死安德海，慈禧太后是很不情愿的。谕旨拖了两天，才在醇亲王的当面请求下从宫中发出。
数日后谕旨到达济南，二十六岁的安德海及其随从二十余人被斩。安德海的后台是慈禧太后乃路人皆知之事，他的死震惊朝野，丁葆桢因此赢得一致好评，正患眼病的曾国藩更称其为“豪杰士”，说这消息使自己眼目都为之清楚。
关于安德海之死的过程，野史演义说法不一，流传最广的一种是安德海是假太监，与慈禧太后关系非常并私自出京，在山东被丁葆桢发觉并上奏，同治帝及慈安太后恭亲王则背着慈禧太后下了诛杀密旨，丁葆桢嗣后受到打击免官云云。这说法当然香艳惊险，但是细考却站不住脚：
第一，清宫对太监“验身”极其严苛，除入宫时要验证外，每年还要查察，安德海当初是咸丰帝身边的太监，有甚么不同之处就更瞒不了人。
第二，慈禧太后非常清楚自己当时并非一头独大的情形，何况安德海在宫中红极一时，同治帝与慈安太后也与他日日可见，他离开宫廷之事也普不可能背着同治帝去做。
第三，丁葆桢并未因此免官，这位以“严刚有威”、清正廉明闻名的贵州人此后的官运虽不是最为兴旺，却也中规中矩。同治十年（1871年），仍任山东巡抚的他主持了山东境内河道工程，1875年，他上书朝廷请建山东机器局也得到了批准。1876年，在做了近十年山东巡抚后，丁葆桢升任四川总督，接了慈禧太后大红人吴棠的缺，而且在这个惹人眼热的肥缺上一干就是十年。光绪十一年，丁葆祯逝于成都，当时慈安太后及同治帝都早已不在人世，实权都掌握在慈禧太后的手里。丁葆桢一生清苦为公，性情刚猛，在官场上得罪的人很多，死后有很多实权人士追着告他的状，慈禧太后却统统不予理睬，将丁葆桢追赠为太子太保、上美谥“文诚”，准许山东、四川、贵州等地为其建忠良祠。——从丁葆桢与安德海截然不同的人生结局，不难看出慈禧太后的政治才干，更深地了解她能够令大臣信服，从而掌控朝政几十年的原因。
诛杀安德海，是慈安太后唯一一次正面在政治舞台上出现的记录，此后她的生活重心完全转向了后宫。这位似乎不问世事的东太后一直平淡地过着寡居生活，而且在绝大多数情况下，慈禧虽然在政治上掌握实权，仍然在家庭关系上遵守自己的妾室地位，表现得从属于慈安太后这位嫡妻。但是政见与生活细节上的参差，也势必加重两宫太后之间潜在的矛盾。同治帝选后之事就是一例。
在同治帝结婚的事情上，慈禧太后与急着抱孙子的慈安太后不同，而是一直在找各种借口拖延。同治十一年（公元1872），同治帝载淳已经十七岁了。照说这在当时早已经是可以当爹的年纪了，同治帝却还没有成婚。背后的原因当然是做为生母的慈禧太后不愿承认儿子已到成家年纪，不愿在儿子成婚后撤帘归政所致。然而皇帝一天天长大，没法再拖下去，慈禧太后也终于同意为儿子筹办婚事，在大婚后撤帘了。
经过层层遴选，五名秀女成为同治帝后妃的候选人。在秀女中，呼声最高的是蒙古族正蓝旗人阿鲁特氏。阿鲁特氏比同治帝大两岁，生于咸丰四年（1854）七月初一，是四人中最年长稳重的，虽然相貌不够美，家世却非常显赫，自己也满腹诗书。因此得到了慈安太后的喜欢。但是慈禧太后却对阿鲁特氏异常反感，她中意的是江西司员外郎凤秀之女富察氏。
野史说，慈禧太后反对阿鲁特氏的原因是她迷信无比，认为阿鲁特氏属虎，做儿媳妇肯定不利于自己这个属羊的婆婆。当然这个原因也未尝不是一种可能，却应该不是主要原因。阿鲁特氏在慈禧太后面前大大失分的原因，跟她的家世和她本人的脾性更有关系。
说起来阿鲁特氏的家世真是一笔复杂的帐。她的祖父名赛尚阿，是咸丰帝初年的首辅大臣。赛尚阿本人后来虽失宠遭贬，却生了一个读得书的儿子崇绮，同治四年四月二十一日，崇绮一举成名，竟成为有清一朝唯一的一位旗人状元，当上了户部侍郎。崇绮前后娶了两房妻室，第一任妻子爱新觉罗氏是郑亲王端华的女儿，为崇绮生下的长女便是如今进入皇后候选名单的阿鲁特氏。这位妻子死得很早，她死后崇绮便迎娶了第二任妻子瓜尔佳氏，瓜尔佳氏的胞兄正是慈禧太后面前的大红人荣禄。阿鲁特氏的亲外祖父郑亲王端华正是咸丰帝遗诏确定的顾命八大臣之一。端华本人虽然在“辛酉政变”中失败被杀，但他做为曾经凌辱过慈禧太后的人，慈禧太后对他的敌意却并不能人死债消。崇绮虽是端华的女婿，却也是荣禄的妹夫，荣禄的这个胞妹在慈禧太后面前很有脸面，崇绮沾继弦老婆的光也颇得慈禧太后眷顾。然而崇绮的长女阿鲁特氏身上却流着端华的血，是绝对不可能得到与父亲同样待遇的。
除了先天血脉的因素，阿鲁特氏本人也让慈禧太后不满。除了野史所持的生肖之说，她较长的年纪、一看就很有主见很有个性的外表，也不可能过得了慈禧太后的关。慈禧太后怎么会愿意让一个有个人见解的人做儿媳，影响自己在同治帝大婚后继续执掌朝政？她所满意的皇后人选是富察氏，因为富察氏不但家世较低，而且年龄也是五位秀女中最小的，年仅十四岁，她如果当了皇后，自然要比一个年纪又大家世又显赫的皇后要听话得多，也更易控制，最大限度地满足慈禧太后继续插手朝政的愿望。
然而，在皇后人选方面，慈禧太后的意见却并没有得到慈安太后与同治帝本人的认可。他们都认为“选后取德，选妃取色”。
谁是皇后谁是妃嫔，一切在二月初二这天揭晓。同治帝手中那枚象征皇后之位的信物玉如意最终还是交到了阿鲁特氏的手里。大局定下之后，慈安太后为免慈禧太后过于难堪，命同治帝将象征皇妃身份的信物荷包交给了富察氏，她成了慧妃。还有三名秀女，分别是皇后的亲姑姑、赛尚阿十六岁的庶出女儿阿鲁特氏；知府崇龄十八岁的女儿赫舍里氏；主事罗霖的女儿西林觉罗氏。小阿鲁特氏被封为珣嫔，赫舍里氏被封为瑜嫔，西林觉罗氏被封为瑨贵人。
在这场两宫太后凭借家族身份以及对儿皇帝影响力进行的竞争中，慈禧太后输了。然而这一场令慈禧太后大失颜面的选秀，却最终导致了同治帝及其后妃惨淡的未来和结局。
这场选秀之后，慈安太后的人生又归于沉寂。直到十二年后她去世那时为止。
光绪七年三月九日，两宫太后齐赴早朝，此后慈安太后还召见了军机大臣，当时大臣们都看见慈安太后面色红润谈吐自如，晚间却传来了她“不豫”的消息，仅仅过了一天，三月初十戌时（19…21点），慈安太后便在钟粹宫中去世了，年四十五岁。慈安太后从起病到弃世，前后仅两天时间，这使得关于她的死在野史中也被说得甚是热闹。在所有的传说中，两种说法最为卖座。
第一种说法：咸丰帝临终之时曾经留下一道密诏给慈安，说是假如慈禧本分就罢，若是仗着儿子掌权违制，慈安可凭此诏诛杀慈禧。因为有此诏的缘故，慈禧一直对慈安毕恭毕敬，蒙在鼓里的慈安却对她毫无防范，认为丈夫待慈禧太过严厉，遂将此诏当着慈禧的面烧毁。谁知意欲独揽大权的慈禧却在随后向慈安下了杀手。
第二种说法：光绪七年初，慈禧太后难耐后宫寂寞，与宫外男子（此男子为何人，说法不一）来往并怀上身孕，又因打胎而长期卧病。消息走漏后慈安太后打算惩办，却被慈禧先下了毒手。
至于慈禧太后下毒手的方法，说法也多姿多彩。最盛行的一种，是慈禧先让慈安吃自己的点心使其麻痹大意后，再将毒放在点心中送往其宫里。还有说是派太监在慈安太后饮食中下毒的。总之都是毒药在起作用。
然而这些说法也都有些值得推敲之处。
首先说遗诏。慈安太后死时，已经是光绪七年，在此之前，慈禧太后不但掌权，而且还背得有逼死同治皇后阿鲁特氏的嫌疑，此后光绪幼冲即位，恢复了两宫太后垂帘听政制度，然而在长达七年的时间里，多数时候都是慈禧一人理政，多数事情也都是由慈禧一人独裁。假如世上真有这样一道遗诏，假如慈安太后当真要执行，早就该用上一百回都不止了。何况如此隐秘的遗诏内容及烧诏现场，太监宫女或大臣们再得两宫太后宠信，也绝无让他们当场见证的可能，除非——慈安太后不怕担烧毁先帝遗诏的罪名，慈禧太后不怕被人知道死鬼老公猜忌自己——那……就是两宫太后都疯癫了。
再说慈禧太后私孕的传说。慈禧太后确实有不符皇族寡妇的举动，比如她嗜好看“粉戏”，也就是不庄重的戏剧，然而此人好排场，虽然看的是粉戏，也总是要招一大帮子贵妇人陪着一起看，陪看的人从儿皇帝媳皇后直到王爷福晋公主，总是一大帮一大帮的，能有什么时间和戏子眉来眼去？至于宫外男子由李莲英领进宫去偷情之说，更有些平头老百姓臆想的味道，简直是将深宫大院当成了土财主的浅门小屋。关于这一点，《红楼梦》中贾母掰谎一篇中有精彩的陈述，在此就不再重复了。而在光绪七年（公元1881）时候，慈禧太后已经是四十七岁绝经期的妇人，竟还能老蚌生珠，也可算是奇事一件。至于说到她光绪七年三月，即慈安太后崩逝的时候，慈禧太后确实在卧病期间。然而她的这场病却是从光绪六年害起，直到光绪八年才告痊愈，当其病愈时，慈安太后早就死了一年多了，由于害病时间太长，光绪皇帝甚至还曾经下诏要各地督抚举荐良医。
但是这并不是说慈安太后之死这件事上，慈禧太后毫无可疑之处。在正式记录的史料中，以慈禧太后的权力，当然不会留下任何不利于自己的记载，但对于慈安死后其所居钟粹宫的情形，当时的大学士翁同龠在日记中却有提及。据他说慈安向有头疼之疾。三月九日这天感觉身体不适，十日头疼也异常剧烈，随后便在当夜去世了。她去世次日，翁同龠在钟粹宫中看到了九日十日两天共计五张药方。奇怪的是这些药方都没有拿去抓药。据说是因为她头疼后不久便已经神智不清牙关不开无法喝药，但是真相如何，深宫隐晦，仍然令人极费猜疑。
慈安太后的另两种死法，传播较少，不过也值得注意
一种是说她被娘家家务事气急或因政事繁亢疲劳，于是诱发旧病而死，据她生前药方来看，她后来有较严重的高血压，常用天麻。光绪年间较少上朝理政，恐怕也有这个原因在内。不过慈禧太后虽然独自理政，但大事都要经过她，疲累恐怕也难免。
另一种说法是说她自杀，原因那就说啥都有，主要当然还是说是给慈禧逼的……
三、倒霉的亲生子夫妇——同治帝及其后妃
说到慈禧太后的一生，就不能不说她与两位儿皇帝的关系。
用民间的话来说，两宫皇太后（包括慈安慈禧）不但克夫，而且绝不�