上跪拜念咒，还说神仙已经借给他好多神兵，把各处要塞都守得固若金汤。
但神仙却没有保佑他。孙恩的军队打来，会稽很快陷落，王凝之和几个儿子都被杀死，倒是谢道蕴在面不改色地砍杀了几个敌兵之后反被释放。会稽、吴郡、吴兴等八个郡的民众正在为朝廷的政策愤怒，这一下干脆杀了地方官，群起响应，没几天的时间孙恩的部众就扩充到几十万人。战乱迅速影响到江浙的大部分地区，这一带承平日久，人们早已经生疏了战事，如今大难临头，太守和官兵们望风而逃，繁华的三吴地区陷入一片混乱。
勇武名将
孙恩起兵是在公元399年的10月。此时的刘裕已经渡过了荒唐的青年时代，加入了北府兵的阵营，并曾在将领孙无终手下担任过司马的职务。孙恩起兵后，朝廷调卫将军谢琰和前将军刘牢之前往征讨，刘裕也以刘牢之参军的身份随同出征，正式开始了他富有传奇色彩的戎马生涯。
在讨伐孙恩的战斗中，刘裕的战绩极为辉煌。刚一到战场，他就奉了刘牢之的命令带几十个人去勘探敌情。没想到迎面遇上一支几千人的队伍，他知道已经来不及撤退，干脆挥着长刀冲进敌阵去一通厮杀。没多久和他一起的人就死伤殆尽，他也摔到了河岸下面。敌军冲到岸边，他又挥舞着手里的长刀，仰面向上奋力砍倒了好几个敌人，重新又跳上岸来，大吼着继续向敌人砍去。这些人本来就是宗教徒，看到刘裕这么勇猛，不禁恐慌起来，转身落荒而逃，一时间兵败如山倒，刘裕又追上去继续砍杀。
刘牢之的儿子刘敬宣看到刘裕总也不回来，就带人去找，没想到却看见刘裕一个人正在和几千人纠缠，不禁惊叹不已。这是刘裕生命中的第一次成功亮相，他因此赢得了勇武的名声，也赢得了刘牢之的重视。
刘裕具备的并不仅仅是勇武。他曾经坚守力量薄弱的小城海盐，用一连串计谋把敌人打得晕头转向。在第一阶段里，面对频繁攻来的军队，他率领数百人组成的敢死队，脱了盔甲，手持短兵器一路大喊着冲出城来，敌人全都被他们的气势镇住，丢盔弃甲四散奔逃，连大帅姚盛都丢了性命。
虽然暂时打了个胜仗，但手中毕竟没有多少兵力，刘裕又想出了新的计谋。这天晚上，他让士兵们偃旗息鼓，全都躲藏起来，做出已经退兵的假象。第二天清晨，敌人发现城头只剩下几个老弱病残，远远地问去，城头上的人说刘裕在夜间就已经离开，敌军果然相信，一拥而上准备攻城，没想到这时刘裕却率军猛冲出来，敌人措手不及，又被杀得大败。
最后，在城外进行的一场战斗中，刘裕的智勇双全更是淋漓尽致地体现出来。起先他设下多处伏兵，每个地点只埋伏几个人，等敌人冲过来的时候各处一起摇旗呐喊，鼓声大作，敌人以为已经被四面包围，连忙撤退。但此时东晋的另一支先头部队作战失利，敌人又掉头追击过来，由于兵力悬殊，刘裕的部队几乎死伤殆尽。为了麻痹敌人以求脱身，刘裕干脆停下来不再撤退，让士兵们闲散地清理战场。看到本应该撤退却停止不动的刘裕，敌人们疑惑起来，猜测前面已经设好了圈套在等他们上钩。正在犹豫的时候，刘裕又大声呼喊着带兵冲杀过来，气势比刚才更猛，敌人更加确信前面有伏兵在等着他们，连忙全军撤退。
在与孙恩部的交战过程中，刘裕协同其他部队连破敌军，取得了几次重大胜利，也积累下更丰富的实战经验，很快成为北府兵中第一流的主力名将。中国历代的许多开国皇帝都是卓越的军事家，以刘裕这样出色的战绩，与他们并肩而立也毫不会逊色。
孙恩的失败
虽然在三吴地区造成了很大的影响，但孙恩除了会用宗教迷惑人以外，并没有多少才能和远见。他带领的军队一派流寇作风，到了一个地方，除了杀死地方官之外，就只会劫掠财物，烧毁仓库房屋，甚至于砍伐树木，填埋水井，完全是一个疯狂的破坏者形象。他出身于次等士族之家，本来就恨世家大族占据着高位，让他们难有机会进阶，所以对他们的屠戮也格外严重。王家和谢家首当其冲，除了王凝之以外，包括谢安的两个侄子在内的许多王谢子弟都被杀死。
如果孙恩的政治才能再高一些，他本来会有更大的作为。但他缺乏政治远见，也没有坚定的意志，这些都注定了他的事业不可能长久。在起兵的初期，他听说有八个郡的民众起来响应他，不禁喜形于色，对属下说：“天下没大事了，过几天咱们就穿着朝廷的官服到建康去。”后来听说刘牢之来了，他又立即改变了远大目标，转而说：“就算我只割据浙东这块地方，总也能做个勾践！”又过了几天，听说刘牢之已经带着军队渡江，他又放低了目标，说：“就算逃走，也没什么丢人的！”
于是孙恩带着二十多万百姓向东逃去。在逃跑的路上，他总算展现出了一些智慧，一路上丢下许多财物妇孺，等随后赶来的官军们看到了，沿途竟相抢夺，这一下给孙恩争取到了时间，他终于顺利逃走了。
此后孙恩的事业有起有落，返回海岛又重登陆地，但终因能力有限，错过了许多大好机会。当桓玄起兵讨伐司马道子时，官军本来已经无暇再来和他打仗，但孙恩却没能及时整顿队伍再反攻回去，直到桓玄掌握了朝政，政局稳定下来，朝廷又能腾出手对付他的时候，孙恩才觉得已经无力回天，干脆投水自尽，一些家属和信徒也跟着投水自杀。但事后仍然有很多人迷信他，不相信他会这么容易就死去，称这些投水的人为“水仙”。
这次孙恩事件给了朝廷很大的打击。其间都督军事的谢氏家族成员谢琰因骄傲大意而兵败被杀，从此门阀士族彻底退出重要的军事职位，给刘牢之、刘裕等次等士族出身的将领提供了机会。动乱之后，地方上的百姓都盼着官军早点过来收复失地，但没想到刘牢之的军队来了以后和孙恩一样大肆抢掠，百姓们失望至极，纷纷躲藏在外，各地郡县城中都见不到人影，过了一个多月才渐渐有人回来。一片兵荒马乱中，只有刘裕的部队军纪严明，秋毫无犯，一路上都受到百姓的欢迎。如今的刘裕战功和名望都蒸蒸日上，成了孙恩事件中最大的受益者。
桓玄：门阀势力的回光返照
孙恩事件冲击了东晋的根基，但这个日薄西山的朝廷并没有彻底倒下，还要等桓玄再来一次篡位，才会让它变得更加残破。桓玄是东晋名臣桓温的儿子，桓温晚年的时候野心勃勃，颇有代晋自立的野心，虽然至死也未能实现心愿，但桓玄后来却因此受到朝廷的猜疑，一直郁郁不得志。许多宗亲朝臣经常有意无意地对他提起桓温当年的野心，其中琅琊王司马道子的讽刺尤其让桓玄感到惶恐。后来司马道子成了控制朝政的权臣，桓玄也在荆州培植起了自己的势力，由于对朝廷多年来的排挤和闲置感到不满，也为了满足父亲当年未竟的愿望，桓玄制造了一场叛乱，攻入京城建康，诛杀司马元显和司马道子，自己掌握了朝政大权。
笑祖俭德宋史纪：宋主骏大修宫室，土木披锦绣。坏高祖所居阴室，起玉烛殿，与群臣观之：床头有土障，壁上挂葛灯笼，麻蝇拂。袁以盛称高祖俭德。宋主曰：田舍翁得此，已为过矣。
桓玄之所以能够顺利进军，刘牢之的投降起到了很大作用。虽然他是北府兵的将领，但毕竟不是世家大族出身，因此许多年来经历了不少冷落与嘲讽。他手握重兵，却又无所适从，不知道怎样才能建立起自己的势力，一心只想着依附一个能够重视他的强大后台，才能巩固自己的地位。在这种想法的左右下，他先是被司马元显收买，倒戈攻打与自己共事的王恭，后来又背叛司马元显，转而投降桓玄。但桓玄进了建康以后，刘牢之却发现他想要夺自己的兵权，又打算起兵反对。可是为时已晚，这种朝秦暮楚的行为已经彻底毁了刘牢之的前程，他得不到将士们的支持，没多久就在败逃的路上自杀身亡。
桓玄的目标并不仅限于掌握朝政，他更大的愿望是代晋自立。为了这个目标，他需要更多的人才为自己所用，于是战功赫赫的刘裕就进入了他的视线。刘裕比刘牢之清醒得多，他早就提醒过刘牢之不要频繁改换门庭，但后者却没有听从，直到即将身败名裂时，才后悔当初没有听从劝告。而对于刘裕来说，刘牢之的教训也给了他警示，让他必须更小心地对待每一个人生选择。
桓玄的从兄桓谦曾经私下里向刘裕打听他对桓玄代晋的态度，这时的刘裕已经看出桓玄没有前途，正打算找一个时机起兵。但为了避免打草惊蛇，他还是故意把桓玄大大夸赞了一番，说他代晋自立是天意所归，民意所向，让桓谦听了非常满意。到了十二月间，已经登上帝位的桓玄见到刘裕，对他大加优宠，常召他一同出游集会，但这些只是增加了刘裕对他的反感。虽然桓玄身边有人觉得刘裕恐怕不会久居人下，劝桓玄尽早除掉他，但桓玄对自己的军事才能很没有信心，还想要让刘裕帮他平定了关陇地区以后再作打算，只能继续拉拢刘裕。
桓玄所缺乏的不仅仅是军事才能，他的政治才能和治国经验也很一般。刚到建康的时候，他罢黜奸佞之臣，提拔有才能的贤人，还曾让厌倦了战乱的东晋士民们为之振奋，但没多久他就显露出志大才疏的真面目来，频繁游猎，大兴土木，朝令夕改，以致政治混乱，结党营私者层出不穷。再加上他有意冷落朝廷，有意降低皇室待遇，甚至让皇帝挨饿受冻，更让人们大失所望。这时又恰好赶上三吴地区爆发饥荒，许多地方人烟绝迹，朝廷内外人心惶惶，怨声载道，一片末世来临的惨淡景象。
公元404年二月，刘裕觉得时机到了，就与刘牢之的外甥何无忌等人共同起兵反对桓玄。自从刘牢之死后，许多人都把刘裕当成了最有希望的政治新星，他因此受到了广泛的支持。现在刘裕又拿出和孙恩作战时的劲头，每次都披甲执兵冲在最前面，一路冲锋陷阵，战无不胜，桓玄的军队在他的冲击下土崩瓦解，桓玄也于当年五月间在逃亡的路上被杀。
建立权威
赶走了桓玄之后，刘裕的威望越来越高。东晋朝廷也当他是救世主，尚书王嘏带领百官奉迎他的车驾，当年曾经替他还过赌债的司徒王谧等人推举他领扬州，他却觉得权力还不够大，假意推辞，于是这职位就节节上升，一直到了“使持节、都督扬、徐、兗、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史”才接受。但没过多久他又做出谦让姿态，执意说官职太高了不敢担当，最后连皇帝都亲自到他家里做工作，他才领下一大堆头衔。
刘裕发达了，关于他的一些龙蛇附翼的传说也渐渐多起来。最有名的一个故事，是说他小时候在外面砍柴，射伤了一条几丈长的大蛇。第二天再去老地方，却看到几个青衣童子在那里捣药。问起原因时，那几个小孩子回答说自己的大王被刘寄奴射伤了，又说刘寄奴是真命天子，他们的大王也不能报复他。寄奴正是刘裕的小名，有意思的是，这些传说的情节和风格与刘邦当年斩白蛇的传说很相似。在刘裕的面前，通往帝位的路也越来越短了。
经过一番动荡后，东晋朝廷名存实亡，作乱的桓氏家族已经覆灭，王、谢等家族元气大伤，门阀世家的时代实际上已经结束。但想要趁乱世捞一把好处的并不只有刘裕，孙恩的妹夫卢循也是一个。卢循和孙恩一样，也是次等士族家的子弟，他容貌清秀，气雅神闲，颇有名士之风。但在小时候，曾经有个名叫惠远的僧人却对他说：
“你虽然长相文静，但心里却藏着不轨之志，对不对？”
惠远看得果然没错。卢循确实不是个甘于寂寞的人，孙恩死后，余下的几千部众共推他为主，他也就趁着这个机会和姐夫徐道覆共同起兵。本来他也算赶上了好时机，朝廷内部因为桓玄的事情正乱成一锅粥，徐道覆也很有远见谋略，只可惜他们遇上了刘裕，几次都被打得大败。后来卢循感到不忿，给刘裕送去了“益智粽”，不怀好意地讽刺他心志愚笨，刘裕也针锋相对，回赠给他“续命汤”，算是一个警告。
在刘裕面前，卢循占不到上风。更糟糕的是他缺乏雄心壮志，贪图享乐，只想割据一方。在刘裕离开京城北伐后燕的情况下，他本有机会攻打建康，夺取政权，但不论徐道覆怎么劝他，他却总是迟疑不决，错过良机。徐道覆看到自己的建议不能被采纳，也非常痛苦，仰天长叹说：
“遇上卢循这样的人，我是成不了大事了。如果能够和英雄合作，夺取天下还不简单！”
就这样，在浪费了许多机会之后，卢循和徐道覆的势力终于被刘裕消灭。但仅有平定国内叛乱的功劳还不够，刘裕想到了北伐，如果能在和其他国家作战的过程中再立下大功，自己当皇帝就更有说服力了。
刘裕北伐
在东晋的历史上，曾经有许多人率军北伐，但并非人人都像他们声称的那样要收复失地，光复中原。除了在长江中流击水，毫无私心的祖逖之外，像桓温、刘裕等人实际上都是把北伐当成了扩大自己势力、趁机获取政治资本的途径。早在公元409年二月，南燕军队侵扰淮北，就正好给了刘裕一个机会。他上书皇帝，要求北伐，获得朝廷批准后，他迅速出兵，五月就到了下邳。
南燕是慕容垂的弟弟慕容德建立的国家。他的才能比慕容垂的儿子们强得多，但自己后继乏人，最后把王位传给了侄子慕容超。慕容超是个昏君，虽然人很聪明，但脑筋都用在了游猎征税上，根本不知道怎样跟东晋打仗。大臣公孙五楼向他提出了对付刘裕的上中下三策，上策是避开锋芒拖延时间，派小股精骑兵截断晋军的粮道，然后腹背夹击；中策是坚壁清野，让刘裕的军队不战而溃；下策是无所作为，只等着刘裕来攻城的时候出城迎战。结果慕容超信心十足地选了一个下策，刚一交锋就被刘裕打得一败涂地，此后他连战连败。第二年南燕灭亡，慕容超也被送到建康斩首。
当刘裕的大军攻来时，南燕也曾经与后秦的姚兴联络寻求帮助，但姚兴一时派不出兵来，就派使者送信去威胁刘裕，说如果晋军不退，就要发骑兵十万来攻打他。刘裕明白这只是虚张声势，就很不客气地回口信说等着他们过来。别人都担心姚兴一怒之下真会发兵，但刘裕却说如果姚兴真要动手，就会以迅雷不及掩耳之势出奇兵攻击，现在却故意把计划透露出来，显然只是在吓唬他们。
刘裕看得没错，后秦果然是在虚张声势。这个国家很不幸，遇上正打算建功立业的刘裕，很快就成了他称帝的牺牲品。公元416年，刘裕再一次率军北伐，此时姚兴已经病逝，太子姚泓刚即位，政权还处于不稳定期。刘裕出征很顺利，第二年八月就攻进长安，姚泓投降，和慕容超一样被送到建康处斩，百余名归降的宗室成员也都被刘裕杀掉。九月，刘裕进入长安，很是志得意满，他在长安拜谒汉高祖刘邦的陵墓，又在未央殿召见文武大臣，一时间风光无限。
自从匈奴刘曜占领长安，到现在已经有一个世纪了。长安的百姓们又一次看到晋军，都非常激动，欣喜不已。他们希望刘裕能长驻下来，更希望他能乘胜前进，收复北方的广大领土。但就在这时，刘裕却惦记起皇帝的宝座，打算结束北伐，离开长安回建康了。
刘裕回建康的原因，是他留在朝中的盟友刘穆之去世了。而刘穆之去世的原因，正是由于刘裕的急于称帝。当晋军