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1648年（顺治五年，永历二年）四月，李成栋变易冠服，拜永历正朔，发兵逮捕佟养甲辽籍亲兵一千多人，“屠之”。总督佟养甲仓皇失措，被迫剪辫，违心地附和反正。由此，广东十郡七十余县共十多万兵士归附南明，李成栋获封惠国公，李元胤获封锦衣卫指挥使，袁彭年为都御史，连迫不得已投降的佟养甲也被封为“襄平伯”。
『注：袁彭年名士之子，文人习气不轻。他于崇祯甲戌年中进士，年青有才名。弘光帝立，袁彭年得封礼部给事中，由于生性亢直，上疏揭发马士英、阮大铖罪恶，被弘光帝罢官。隆武帝立，诏复原官。清军入福建，袁彭年降清。“（彭年）以伉直鸷击，负时重望，然挟谋数，工揣持，不能淡于权势，故死生大节无足取者”（王夫之语）听说金、王两人江西反正，何腾蛟等明将连胜湖南湖北，家乡在湖北公安的袁彭年自然心动，与李承胤一起鼓励李成栋反清。入永历朝后，袁彭年又卷入与马吉翔等人的争权夺利之中，后被冷淡，出居肇庆。清军再次攻陷广东后，袁彭年又去官署自首，声言当初李成栋逼自己反清。估计他的名气大，又是文人，没有大威胁，清政府竟又饶他一命。“归里，挟策游潜、沔，以诗自鸣。未已，病死。”袁公子性情反复，也是明末无行文人的一个典型。』
两广提督李成栋的反清复明是继金声桓、王得仁江西反清之后又一件震动全国的大事。广东全省都在李成栋的部将控制之下，各州县官员望风归附。
李成栋开始使用明两广总督的印信，又派人从梧州去南宁迎接永历皇帝还都肇庆。当时，永历朝廷正处于艰难窘迫之中，谁也没想到金声桓和李成栋能如此明显地扭转了永历朝廷的命运。广东全省和广西已失府州的突然反正简直是喜从天降，开始永历君臣都没有人敢相信，经过几天的探听，永历君臣才解除了疑虑，顿时一片欢腾，收拾逃难行装，准备重整河山了。
否极泰来。广东、江西、湖南、湖北等大片地区一时又遍树明朝旗帜，尽复明朝衣冠，“乌纱吉服，腰金象简满堂，如汉宫春晓”。不久，靖州、沅州、梧州、金川、宝庆等地也相继入明，真正“形势一派大好”。
“重新做人”之后，李成栋真有刮骨洗肠之效，忠心耿耿，一心事明。他不仅派人把桂林永历帝父亲的陵寝整修一新，又派兵迎永历帝移跸肇庆。
鉴于刘承胤挟帝自重的前鉴，瞿式耜上书请永历帝到桂林。不过，瞿式耜这份担心纯属多余，李成栋对永历帝确实一份纯诚之心。他在肇庆修治宫殿，重建官署，修复城防，填充仪卫，使得“朝廷始有章纪”。1648年八月，永历帝驾临肇庆。李成栋郊迎朝见，在行宫中预先准备白银一万两，供永历帝赏赐之用。
李成栋本是“贼”军出身，复与高杰为明军招安，接着又降清军，只见过隆武帝的尸身和那个登基不一个多月即成擒的绍武帝。现在奉永历为正朔，他还真没有足够的心理准备面见明朝新君。虽见进之前，他还向一帮儒臣宾客练习面君时的进退礼节和应对之语。“及见，上（永历）温颜接之，赐坐，慰问再四。”李成栋只是跪伏在地上浑身乱颤，没有一句答言，最后“叩头趋出”。
出殿后，他的参谋很奇怪他为何没有与皇上对话。李成栋回答说：“吾是武将出身，容止声音，虽禁抑内敛，犹觉勃勃高声，恐怕回言时惊动皇上，有失人臣礼节。”从前杀人如麻，嗜血成性的李将军，这一番真心剖白，真令我们刮目相看。
不过，据说这位永历帝确实有人君之威仪。永历十六年（公元1662年）他最后被吴三桂抓住，关进监狱后，清军各级官将出于好奇参观这位爷，都不自觉地“或拜或叩首而退”。吴三桂本人前往，永历帝问“来人为谁？”吴三桂竟然双腿打晃，伏地不能起，“色如死灰，流汗浃背”。虽然其中有皇家嫡系、九五之尊的伦威所致，但他的堂皇仪表，大概也真有九五人君的样子。
为了表示对李成栋的尊宠，永历帝特敕拜李成栋大将军、大司马，并效刘邦拜韩信故事，封坛拜将，殊荣无比。为报知遇信赖之恩，李成栋马上返回广州，募兵治军，准备入江西声援金声桓等人，恢复大明江山。
在肇庆时，李成栋对永历宠臣马吉翔的权势已有所见，回到广州，出于耿耿忠心，他上疏永历帝，说：“恩威不出陛下而出旁门，匪人滥进，货贿公行……社稷存亡之大，非细故也，臣不敢不言。”马吉翔见此疏，深恨李成栋。不久，李成栋已经集结兵马准备北上南雄进入江西抗清，临行前想入肇庆与永历帝临别。马吉翔闻讯，连忙于宫中造谣，说李成栋想仿效董卓和朱温，想趁入见时解散皇帝亲兵，以他的旧部替代，把皇上当傀儡。
由于李成栋昔日疯狂屠杀明军的表现仍历历在目，永历帝不能不疑。他派遣鸿胪卿吴侯去安抚李成栋，告诉他不必面君。李成栋一片赤诚，对此一无所知，直到他见到在朝中任官的义子李元胤，才知道自己被马吉翔冤枉的实情，他叹息说：“我初归附国家，诣阙面君是正常的礼节。此次出行，誓死岭北，只想与皇上辞别，交付公卿大臣后事，不想小人辈汹汹如此，恨吾不能剖心示诚，坐受无君之谤，徒以血肉付岭表耳！”行至三水，永历使臣驰至，仍敕其不得入朝。李成栋“望阙大恸”，从清远顺流而去，临行之时，他长叹道：“吾不及更下此峡矣！”
清军方面，在中原聚集满、蒙、汉大军数万人，一支军由孔有德、济尔哈朗指挥，逼向湖广。另一支军由谭泰、尚可喜、耿仲明率领，直扑江西南昌。1649年三月一日（永历三年），南昌陷落，金声桓杀妻子，焚厩舍，自刎而死。王得仁与清兵巷战，死于战场。湖南的明将何腾蛟也被清军俘获，于湘潭就义。
李成栋提兵北上，屡战屡北。也真是天不祚明，他为清朝从北往南打杀时，一路势如破竹。反正以后，他由南往北打，连连败绩，十多万大军沿路伤亡殆尽。
1649年四月，南昌金、王两人败亡后，赣州的清将高进库再无北顾之忧，聚集全部精锐部队在信丰进攻李成栋。鏖战一天，李成栋部下大将多死，士卒溃逃，粮食又吃完。部下将领请李成栋退师，寻找机会再图重兴。已经绝望的李成栋索酒痛饮，投杯于地，大言道：“吾举千里效忠迎主，天子筑坛以大将拜我，今出师无功，何面目见天子耶！”言毕，竟不带随从，控马持弓渡水，直冲清兵大营，“不择津涘，乱流趋敌”，估计加上饮酒过量，伤心欲绝，竟于中途摔入水中，遇溺而亡，结束了他令人费解、充满杀戮、反反复复、又不失波澜壮阔的一生。
李成栋淹死的消息传到肇庆，明廷震悼，赠太傅、宁夏王，谥忠烈。永历帝设坛于天宁寺，亲临祭之。
这样，三个几乎奇迹般地恢复了明朝的整个南方的人——金声桓、何腾蛟和李成栋，在1649年春一个月的时间之内，又奇迹般地从历史舞台上消失了。
值得交待的还有李成栋养子李元胤。
李元胤，字元伯，河南南阳人，原本是儒家子弟，李成栋为盗时掠良家子，养以为子。自少年时代起，李元胤一直跟随李成栋出生入死，“稍读书，知大义”，而且“心计密赡，有器量”。其义父降清时，李元胤怏怏不乐。日后李成栋反正，李元胤绝对是劝成首功之人。
佟养甲的参与反正本来就是被迫的，永历朝廷虽然封他为襄平伯，挂了一个管理中军都督府事的空衔，实权完全落入李成栋的手里。他不甘寂寞，上疏永历朝廷说：“疑臣则杀之，不疑则任之，何能郁郁居此？”朝廷只是“优诏”应付，不给他任何实际职务。佟养甲既怀念清廷的宠信，又明知在永历朝廷内备受猜忌，就暗中派人递表给清廷说明两广事变的情况，同时请派兵南下，自己充当内应。不料使者在路上被李成栋部卒查获。李元胤当时担任锦衣卫都督同知提督禁旅，密奏永历帝以祭祀兴陵（即朱由榔之父老桂王朱常瀛墓）为名派佟养甲前往梧州，预先在佟的座船必经之处设下伏兵，擒杀养甲。随即把佟养甲的亲信全部处斩，以清内患。
李成栋死后，永历仍旧信任李元胤。明将杨大甫屯居梧州，常常劫掠行舟，杀戮往来军使抢夺贡物。李元胤上疏，请永历帝召杨大甫入见趁机诛杀。君臣饮酒之间，永历诘责杨大甫，这位桀骜的武将竟想趁势劫持永历帝。一旁侍饮的马吉翔等人失声跑掉，李元胤在后一脚把杨大甫踹个大马趴，把他逮住缢杀于船外。
永历四年，清军攻梅岭，明将罗成耀弃南雄逃跑。见时势已去，罗成耀暗中约降清军，想攻取肇庆先立个功。永历帝知悉此情，忙派李元胤乘间杀掉这个国贼。李元胤平时和罗成耀关系不错，就相约游船饮酒。舟泛中流，李元胤忽然把正在绳床上忽悠的罗成耀掀翻在地，以利刃一刀结果了这个叛贼。众人大惊，李元胤不慌不忙，以敕示众人：“有诏斩成耀”。“移尸涤血，行酒歌吹如故”，“元胤三斩叛将，决机俄倾，而皆先清敕行事，不自专也”，有忠有智有勇，确是一个人才。不久，永历朝内元胤孤军守肇庆，并独军于西南驿击败清军。由于永历帝及一帮臣下各自鼠窜，李元胤孤军不支，被清军重围于郁林。绝望之下，李元胤穿上大明朝服，登城四拜，哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下”，言毕自刎而死。广东重又尽陷于清军之手。
至此，诸师沦亡，南明昙花一现的大好时光终于过去。1650年年底，桂林城陷，瞿式耜殉国。永历逃至南宁后，受制于权臣孙可望，而后，虽有李定国等忠臣义士相拥，仍因朝中奸臣当道，四面交困，虽然又苟延残喘了十二年之久，历尽艰辛，逃过百死，永历最终为缅甸人出卖，交给了大汉奸吴三桂。永历十六年阴历四月十五日（康熙元年，公元1662年）永历帝朱由榔被吴三桂以弓弦绞死于昆明箅子坡，时年四十岁。南明灭亡。
八旗满州在入关时只有不到十万兵丁，到顺治五年才不过十万余丁，而竟以区区十多万丁最终灭亡二百七十多年拥兵数百万人口近三亿的大明朝，着实发人深省。在王朝摇摇欲坠之时，“数十万人齐解甲，更无一个是男儿”！反而是被圣人归为“难养”之类的女子义薄霄汉，挺身而出，出现了赵氏姑娘（或张玉乔）以及众位反清英雄烈母贤妻的动人场面，她们或以义激，或以身殉，令中国历史凭添了奇丽的动人风景。封建史家对女子总是吝于笔墨，对这样一个刚烈红颜忍辱偷生、义激枭雄乃至最后舍身成仁的原因和过程更乏深入细致的剖析，扼腕叹息之余，使人想起美国作家米勒对妇女的评价——“女人看似柔弱、沉默，其实她们比男人更加坚韧，道德和良知更加坚定，能够面对人生巨大的变迁和伴侣的兴衰浮沉，并能在关键时刻比男人更果决、更富有远见……”
【六 张献忠的遗产】
1644年，没有被李自成吞并的张献忠率部入川，建立了大西国，定都成都。张献忠控制了四川绝大部分地区，进行了两年的恐怖统治，由于他的嗜杀，使四川人口和资源锐减。
尽管四川与外界相对来说是隔绝的，但张献忠并不安全。顺治三年（1646年），满清肃亲王豪格和吴三桂率清军由陕南入川，攻打张献忠的大西军。顺治四年（1647年）七月，张献忠撤离成都，向陕西进发，此时李自成的西安已经沦入清军之手，张献忠企图与清军争夺西安。同年十一月，大西军在西充凤凰山被清军包围，张献忠被清军射中，“痛极而亡”。
但是，谁也没有想到的是，农民军领袖张献忠死后留下的遗产，直接影响到南明永历朝廷最后10年的进程。
“献忠死后，各营大乱”，大西军顿时惊溃，伤亡惨重。孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军在危难中收集残部数千、家口万余人，由顺庆（今南充市）急速南下，一昼夜驰数百里，急速南撤，才保存下部分有生力量。此时他们面临着严峻的考验，后面是穷追而来的强劲清军，前面又有南明军队凭借长江扼守，几乎已经到了山穷水尽的境地。然而，在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇的领导下，大西军余部一举击破据守重庆的南明总兵曾英，曾英落水淹死，部众溃逃。大西军渡过长江天险，打开了南进的通途。
张献忠有四名养子——孙可望、李定国、刘文秀和艾能奇。四人中孙可望原来的地位和威信比较高，年纪稍大，又读书识字，张献忠死后，领导大西军的重任很自然地落到了孙可望的肩上。孙可望掌握政权后，立即整肃军队，改变张献忠以往滥杀无辜的过火行动。但此时张献忠的妻子和亲信宰相汪兆龄仍然高踞诸将之上，主张照旧行事，即继续推行献忠在世时的过激政策。
孙可望与李定国、刘文秀、艾能奇商议后，一致决定把“皇后”和汪兆龄处死。张献忠的亲信倒台后，大西军内部就形成了四将军领导的体制。
大西军进入贵州以后，豪格统率的清军已经由四川撤回北京，南明杂牌官军又不足以同大西军相抗衡，孙可望等人本来可以把贵州作为基地，休整士马，建立政权。
此时云南正值阿迷州土司沙定洲叛乱，明黔国公沐天波逃离昆明。由于沐天波的副将龙在田早在张献忠谷城诈降时与孙可望相识，便派人向孙可望求援，告知：“假大义来讨，全省可定也。”四将军认为这是扩大农民军辖地的好机会，便以为黔国公复仇的名义出兵云南。
有明朝一代，云南的治理很特殊。像西南其他省份一样，云南采用通常的省、府和州县等明朝政府任命的机构与世袭的土司和宣威司（通常是在土著居民地区）相结合的治理办法。另外，在军事体制上，云南则由沐氏黔国公镇守。沐英是明朝开国功臣，明太祖朱元璋的义子，世封于云南。沐氏家族镇守云南两百多年，在当地声望很高，历代黔国公也是明朝唯一持续掌握实际领土权力的勋臣。
然而，云南本身并不平静。云南东南部的土司沙定洲发生了叛乱，并击溃了沐天波的军队，在1646年一月攻占了云南府（今昆明），沐天波率领残部退往云南西北部。
孙可望等率部进入云南时，为了减少进军的阻力，事先派出间谍前往云南，利用汉族官绅、部分土司对沙定洲的不满情绪和黔国公在云南长期享有的威望，散布假情报，说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南为沐氏复仇。这一策略果然收到奇效，大西军所到之处，不但畅通无阻，还有云贵百姓主动提供粮饷。
因为孙可望先派人佯攻沙定洲的老家，沙定洲主动放弃昆明，逃回故里。此刻留在昆明城内的明朝巡抚吴兆元等人已经弄明白了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，但是他们手头无兵，只有听任绅民投降。大西军顺利地进入昆明。“孙、李诸军入城，秋毫无犯”。
随即，孙可望平定了沐天波据