堑一两丈，濠内又筑羊马墙，多穿炮穴；城门安大炮数三座。日夜施工，忙了一个多月方才大功告成。
闲山既败，南原民众闻倭兵水陆并至，汹汹逃散，只留下杨元所统领的三千辽东骑兵静守孤城。杨元见势孤力薄，先遣家丁将行李二箱押回平壤，一面檄召朝鲜全罗兵使李福男同守。李福男迁延不至，杨元连遣夜不收前往催促。李福男不得已，只得率数百名士卒前来助守。光阳县监李春元、助防将金敬老也先后率部赶到。朝鲜军合起来也有三千余。两军合势，士气略振。
八月十三日，倭军先锋百余人来到城下。纷纷朝着城上放鸟铳，放了一会就停下，然后散伏田间。守城将士便以胜字小炮还击。而城下游兵三三五五，来来往往，放几铳就跑。阵脚疏阔，目标分散，大炮根本难以命中。倭军大队则列阵于远处，处于射击范围之外。
第二天，倭兵环城三面结阵，仍旧以铳炮轮番进攻。依伏在南门外民居墙壁间，持着鸟铳，瞄准目标就发，不断有守军中丸而死。
倭军使鸟铳，多击中城上人。而城上人大炮又轰不到，只能是跺脚干着急，任他们像跳蚤一样地骚扰了。
第三天，倭军攻势稍缓，却又在濠外穿木栅三层以阻止明军突围冲出。守军远远望见倭兵在城外往来匆匆，忙着收割杂草及水田中的稻禾，大束无数堆积在墙壁间，人人莫测其意。
当时游击陈愚衷领三千兵马在全州，南原军日夜企望他们来援。然而久候不至，军心更加不安。不过毕竟敌军攻势稍缓，明军困倦已极，得以稍稍松口气了。
这天晩上，守堞军卒忽然听到倭兵阵中嚣声大起，略相应和，好像在运输什么东西的样子。众军抬头想窥探个究竟，而城外却铳炮乱发，飞丸如雨雹般射向城上。大家遂缩颈而伏，不敢稍动。
如此过了一两个时辰，嚣声停止。大家这才记得将脖子伸出到城下一看，不由得大吃一惊：但见城外草束堆积，已填平深壕。倭军又堆羊马墙内外，顷刻间已与城齐。顿时大队大队的倭兵蜂拥而来，步伐杂沓，喊声震天，由南门蹂躏登城。
不久，但听得城中大乱，到处传来惊叫：“倭兵入城了！”
传报官宁国胤慌里慌张地跑入报信。杨元方在帐中，闻报惊起，来不及披衣，散发跣足跑出厅上。情急之下，将宁国胤的衣靴脱下穿上，急急上马，仅带着家丁十八人从西门逃出。
骚乱声中，南原城内处处火起。拨守南门外羊马墙的守军迷迷糊糊间尽数入城，城头上早已无人把守。走至北门，明军全部上马，准备夺门而出。而城门坚闭不开，马足如缚，施展不开，街道充塞，到处闹哄哄成一片。过了一会儿，城门终于被打开了，军马顿时争先恐后如潮水般地涌出。
倭兵在城外，围匝数三重，各守要路，鸟铳乱发，奋长刀乱斫马足。皎洁的月色下，到处人喊马嘶。纷乱中，明骑兵纷纷滚落马下为倭军所杀。
杨元突围带伤而逃，狂奔三日，往西直至恩肆馆方得以喘口气。查点人马时，所率辽东营兵及家丁杂流兵三千一百一十七员，至此仅剩一百十七人跟随左右。朝鲜军也损失近半，李福男、金敬老、李春元及朝鲜南原府使任铉、接伴使郑期远等皆死于城中。
乘胜入城的倭军，也付出了损失数千的代价，于是他们屠城一日以泄其愤。结果众多来不及走避的朝鲜老百姓，不分男女老少皆成了刀下之鬼。
南原之失虽在于敌我寡众悬殊，但也在于守将缺乏谋略。从杨元一到南原，深濠高墙，就可看出他早存守计，缺乏战争的主动性；从他战前先送行李二箱回平壤的举动，也可看出他虽有意固守，但毕竟缺乏破釜沉舟决一死战的决心。杨元也是抗倭数年的战将了，岂有不知其长技之理？如果他事先夷平路障杂草，坚壁清野，倭军伏墙射击及填濠为梯所资者何来？跳蚤般的零星散兵，即以箭手射之；潮水般的大军到来，则以大炮轰之，铁骑蹙之。岂可被动挨打，坐待其亡？即使战败，也不应该输得那么惨。
（七）王京再濒险境
南原告急，离此仅百余里的全州难道没听到半点风声吗？
不是，其实陈愚衷早就收到杨元的急报了，除了中国人“各人自扫门前雪、休管他人瓦上霜”的思想在作怪外，还有其它方面的一些因素。
陈愚衷奉调于七月内抵达王京，我先是命令他守公州。总督持重，恐南原有失，特将他调守全州，以与南原成掎角之势。
陈愚衷初到全州，要求地方供粮，朝鲜州官却称城中并无斗粮。及至他们踏勘地势时，发现离城十里外山寨中贮藏米、豆、盔、炮、铅弹、弓、矢、枪、刀、筅、牌等物各以千万计。陈愚衷十分不悦，传令搬运入城，不料州官执意不肯。原来朝鲜虽然依赖明朝出援，但目前正当困厄，并无多少余粮接济。地方官民将粮米藏匿在十里外山谷间，无非是想保全自己的一些家底，同时也怕万一倭兵入城反为寇助而已。而陈愚衷不悟，最终不听朝鲜州官劝阻，令人连夜尽数输运入城，分派各兵防御。而明军自思冒着生命危险千里迢迢前来赴援，反遭如此待遇，情绪上多少会受到些影响了。
及至南原被困，杨元星火差人求救，陈愚衷又为倭将岛津义弘、加藤嘉明所阻截，怯懦而不敢发兵。先是回复称“恐顾彼失此”，后又具禀道：“非不欲救，信地难以轻离。”
结果，唇亡齿寒。南原既陷，全州以北随即瓦解而不可为了。
当南原城破的消息传来时，全州百姓争相逃避。尽烧积聚，乘夜撞出城门。明军前往阻拦，反而多为朝鲜人所伤。陈愚衷见状不由更加心冷，自忖区区二千兵马，如何能敌数万倭兵？到了二十日寅时，哨探报倭兵将到二十里外的任实，他便率所部弃城北走。于是，加藤清正所率右路倭军兵不血刃地进入了全州城。
我初闻南原被围，急派游击牛伯英提兵火速赴援。而牛伯英南下时，南原、全州已陷，于是与陈愚衷合兵一处，暂屯公州，以张声势。
公州渐近王京，其北有江，王京也有汉江。我恐兵马回师不便，责令朝鲜多备船只，速搭浮桥，以便过往。然而数日之后，江口只有小船三十只。当我质问时，他们答道：“并无大船。”我便随唤朝鲜兵曹官员道：“我军数千里远来，专为你国。今如此推诿，南原覆辙，可以为鉴。”官员答道：“向来本国粮饷只靠全罗。今全罗残破，运道已绝，无可奈何。”及至严加切责，他便只是嘴里唯唯诺诺，实际根本没有照办。
江口既无浮桥，也无大船只。我军前有大敌，后有长江，进退维谷，已经犯了兵家大忌。而王京水路，正西为江华，西北为平壤之黄州，再北则为嘉山、安州，再西北则为义州之鸭绿，这些都是紧要水口。倭军如果以一半兵力从陆路牵制于南，一半循海路往北占据各地，王京一带的明军反而成了孤军。而他们自此倏忽往取旅顺、天津、登莱，大明屏障已失，顺帆无不可到。倭将久驻朝鲜，岂不知道这些道理？这时的我可以说是心急如焚，想到二城既失，倭兵已犯全罗，忠州腹背受敌。吴惟忠独守鸟岭，兵微势孤，守也无益，徒伤良将，不如撤回。当即传令吴惟忠将兵撤回，相机战堵。
八月末，加藤清正又向公州推进，陈愚衷则又丢弃公州撤回王京。于是右路倭军又占公州，与左路军合势北向。这时庆尚地方大半已陷，全罗之南倭兵横行，不日进逼王京。
王京为朝鲜八道之中，东隘为鸟岭、忠州，西隘为南原、全州，道路相通。自二城失守，屏障尽去，东西皆有倭兵，王京再一次濒临险境。
急报日报，人心汹惧，城中士庶纷纷逃散，渐遗空城。朝鲜王闻水陆军败，便道鸟岭之守无益，也思避难远方。朝臣争献出避之策，有的主张避往宁边，有的则埋怨“车驾不合遽还都城。当留住西方，以观贼势如何”。朝鲜王便和我商议，将城中老弱妇女不堪留在军中者，暂许出城避贼。
这时朝鲜的明军兵力不多，面对十数万倭军，显得极为单弱，只得汇聚退守王京，依凭汉江据守。而将士连遭失败，士气不振，纷纷要求撤离王京，甚至连我也只好向邢玠请愿：要求放弃王京、退守鸭绿江了。
（八）石星的下场
倭军既定全罗、庆尚，进逼王京。这时我军尚未调集，而他们准备皆已充足，本可乘势深入，但他们反而逗留不进。主要是吸取了壬辰战争中的兵力分散易被击破的教训，再加上沈惟敬被俘后向导已绝，他们只能是采取步步为营的策略。所以他们虽一再战胜，然而只在全罗道分散抢掠，修筑营垒，掘地成窖，意在久住，为蟠据侵犯之计，未敢轻师直入。朝鲜君臣得以整兵督饷，颇有次第。明军也有时间调整力量，组织反击。
在明军反攻之前，朝廷内部这时开始讨论石星诸人的定罪问题了。朝臣们开始前赴后继地上疏弹劾石星，有的指责他“媚倭辱国”，有的指责他“误国欺君”，有的则直斥他和赵志皋等“党同欺罔”。措辞也越来越严厉，先前还只要求“速赐罢斥”，到后来竟主张予以“正法”。
对于石星这个一向顺着他意志行事的臣子，如果说万历帝先前还是抱着“轻听误国，情有可原”的想法的话，至此随着朝鲜局势的不断恶化，石星成为众矢之的，万历帝的态度也开始来了个一百八十度的转弯。
八月，万历帝下诏道：“倭奴狂逞，掠占属国，窥犯内地，皆前兵部尚书石星谄贼酿患，欺君误国，以致今日，戕我将士，扰我武臣，好生可恶不忠。着锦衣卫拿去法司，从重议罪来说。”
九月初四日，逮捕石星下于刑部狱，随后开始讨论罪状。九月十三日，依《大明律》定“隐匿军情失误律”论死，其妻子与儿子并发烟瘴地面永远充军。
这个决定对于石星来说无异于是一个晴天霹雳。与石星关系较好的刑部尚书萧大亨开始极力营救。万历帝不悦，切责镌官秩。萧大亨终究还是不肯奉诏。于是只好将他长期关押在狱中，直到第二次朝鲜战争胜利后病死，这是后话。其妻高氏则直到万历三十一年（1603）方才得以赦免返乡。
石星自隆庆初以给事中上疏直谏，劾内臣恣肆威福，遭到廷杖，削职为民，直声震天下。万历初起自废籍，十九年（1591）升任兵部尚书，居官有重望，朝野想望其风采。然而他本一介书生，素无谋略。不论宁夏啺葜浠故浅寿谅遥际粲谥鞲苫蚍夤迸伞Ｊ澜缟厦挥忻夥训奈绮停瞧笸计救绮焕弥嗉椿暧谖扌危馓趼纷幼⒍ㄊ亲卟煌ǖ摹Ｈ沙侥旰笏跃芍疵圆晃颍笥谏蛭┚囱裕χ鞣夤保幌崆樵福圃曝钪詹业粘 Ｊ俏惶尽�
万历帝终究还是兑现了当初的声明：“事成，功有所归；不成，责亦难诿”。
（九）稷山大捷
这时总督尚未出关，军机调度皆暂由经理杨镐负责，我则是前线总指挥。
杨镐方驻扎在平壤，闻倭兵已逼王京，急召集将吏商议对策。朝鲜接伴使李德馨道：“现在倭贼又逼畿甸。若一渡汉江，则汉江以西无复着手处。及今驰往，则犹可为呵。”杨镐点头称是，决定亲赴王京督战。
监军按察使萧应宫以为不可，军吏也谏勿轻进。杨镐不听，由平壤日夜兼程疾趋王京。
九月初三日，杨镐抵达王京，跃马谕以死守。又招我以下诸将，责备不战之状，大家唯唯谢罪。杨镐便和诸将登王京南山，张军布告，号令严密，至此人心始稍定。
这时倭兵尾随着陈愚衷已经渡过了锦江。朝鲜王日夜泣诉于杨镐面前，杨镐慰解道：“倘若官军不利，主君宫眷可相救活。”令他设浮桥铜雀津。一面参劾杨元、陈愚衷弃师，革职查勘。杨元先被系辽阳，后枭示军前；陈愚衷则杖打军棍一百，减死充军。
兵科给事中侯庆远因论朝鲜君臣无斗志，疏令总督移咨朝鲜王，责问他们道：
“我之大兵迭出，以助声势。倭虽强，其如朝鲜何奈？何国王思奔，大臣逃窜，总兵卖国而泄机，庶民望风而降虏？即如昨者，南原之陷，全州之失，朝鲜官兵，竟不闻何在，而且倒戈反向者有之，乘机内乱者有之，是明甘心于倭矣。今咨该国痛自警省，若果上下交勉，力图死守，奖率三军，有进无退，中国即当大发兵饷，助尔讨贼。若自轻社稷，窜伏草莽，求援须臾，中国岂得代为尔戍？即当还师境上，自固封疆，尔东西南北自在也。”
朝鲜王得咨，随答前后情节，万非得已，诚无甘心为倭。当将金应瑞革秩废为卒伍，戴罪自效，附报中国。因此，他又策励国内诸将，将所征平安、黄海、京畿、咸镜四道军万余人，一听杨镐和我分付，协同明军分守汉江诸滩。又以汉江上流龙津等处系紧要，发遣京畿都体察使柳成龙巡历沿江一带，检察守御形势。朝鲜王本人则披挂上阵，追随戎马，亲出城西，阅视军兵。又出城东慰问守滩将士，奔走效力。一切都朝着有利于振作士气的方向发展。
此时倭兵已经抵达离王京百里之内的安城之境，形势越来越严竣。我和杨镐日夜提防，不由不急。
九月初六日，杨镐和我商议道：“贼势方锐，先摧其前锋，然后可以大军继之。”我深表赞同，便议定抄拨精勇马兵迎击于湖西之境，以阻其直犯王京。
当夜，我挑选各营精壮二千骑，骁将十五人，由解生、牛伯英、杨登山、颇贵四将统领，驰往稷山北部的天安。由于行动秘密，诸将皆不知道。
随后我和杨镐亲率大军启行，至水原下寨。朝鲜王也调都体察使李元翼督率将官高参等由鸟岭出忠清道，以进前遮拦敌锋。
而这时倭军陆路第三队主力一万四千人，在主将毛利秀元、先锋黑田长政的率领下已经赶到稷城和舒川，驻军距王京一百五十里的全义馆。京城闻讯，再次发生骚乱，人户尽夜惊走殆尽。
初七日黎明，解生等四将疾驰至稷山、天安之间，而黑田长政部倭兵也赶到此处。明军遥见倭军皆着白衣，遍野而前，约有数万之众。初时还以为是朝鲜军，不作防备。及至倭军放炮，这才发觉。
于是我军左协出柳浦，右协发令通。乘其未及列阵，直从坦途，纵骑突击，当场砍死倭兵二名，跑马陷阵。但听锣响三成，喊声四合，我军连放大炮，万旗齐颤，铁骑纵横，枪剑奋飞，驰突乱砍，倭兵尸横遍野。一日六合，敌军披靡而走，中箭被棍死者甚众。我兵则乘势杀出十里之外。
后两哨山倭各执打旗号拥众而出，抵达抚院下。千总李益乔、把总刘愚节引兵突然杀到，灰尘大起，并力协攻。相持良久，倭兵方才大败退去。
明军正在追击间，忽然有一倭军持着白旗在山上指挥，倭军大阵应时云合。解生见敌众我寡，于是敛骑回师振威。倭军见讨不到便宜，也退守稷山，闭门不出。杨镐闻捷，继发各营兵出来，列阵于江上。
次日平旦，再战于素沙坪。明军先派杨登山设伏于水原，然后以解生率主力迎战。
倭军齐放连炮，呈鹤翼阵形前进。一时白刃交挥，杀气连天，奇形异状，惊惑人眼。解生率明军应炮突起，以铁骑席卷而来。倭军均为步兵，顿被骑兵冲得七零八落。解生手使铁鞭，长四尺余，铜节铁柄，沉重非常。恃勇力陷阵，叱咤挥击。倭兵措手不及，无不披靡。战不多时，杨登山率部从倭军阵后杀出。前后夹击，倭军败遁。
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