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倭军的战船主要是安宅船和关船。倭船块头不大，构造简单，性能较差，遇到明军战舰或朝鲜龟船，往往一撞即破。其主要武器是大筒和鸟铳，火力远逊于明军的大炮。但近距离作战，鸟铳则优于箭矢，往往能命中目标，甚至能准确击中暴露在外的明、朝联军将领。
原先自元均覆亡，倭军得势，泛海出没。明、朝水军船只缺乏，力量薄弱，因此倭军得志，所向横冲直撞，畅通无阻。至此官军实力剧增，船只往来海上不绝。由陈璘、李舜臣统帅的明、朝水军联师随即进入对马海峡，控制了整个海面。
当下陈璘见制海权已在我方，便对诸将道：“我等专事水路，倭军今盘据山城，勇力何施？须当养精蓄锐，伺机邀击。”于是分散各兵停泊加德、巨济、古今诸岛，互为声援，昼夜巡警，灯火相望。倭兵势缩，自夏至秋，不敢横行海上。
陈璘性格暴躁威猛，人多畏惧。当初将离王京，朝鲜王饯送于青坡野。察访李尚规不知何故得罪他们，被一军士以绳子系在脖子上拖拽而走，一时血流满面。柳成龙令译官劝解不得，便对同僚道：“可惜李舜臣军，又将败矣。与陈璘同在军中，动辄掣肘，萌生矛盾，必将侵夺将权，纵暴军士。逆之则增怒，顺之则无厌，军队何由不败？”众皆以为然，相与嗟叹而已。
不料情况恰恰相反。陈璘早闻李舜臣威名，颇有惺惺相惜之意。而李舜臣闻陈璘将到，则事先命令军中大佃，渔猎大量山珍海味，盛备酒醪而待。陈璘船入海，李舜臣整备军仪远出相迎。既到，大犒三军。诸将以下，无不沾醉。明军受到了朝鲜军的热烈欢迎，相互传语道：“果然不愧是良将。”陈璘大喜，自此凡事推诚相待，十分尊重。出则同轿，从不以主帅自居。如有明军侵扰朝鲜军民，则令李舜臣便宜行事，从不掣肘。李舜臣于是得以约束明军，与朝鲜军合作无间。有夺民一缕者，一律拿致捆打。岛中肃然，秋毫不犯，一军赖以相安。
行长为讨好明、朝联军将领，遣人赍鸟铳、长剑赠给李舜臣。李舜臣推辞道：“我自前日杀贼无数。所得铳剑，自足为战。”倭军又想送银两酒肉给陈璘，李舜臣道：“此贼于天朝也有难赦之罪，老爷反欲受赂吗？”此后倭使再来，陈璘便推辞道：“我于统制公既已见愧，何可再为？”两人相得如此，是以有携手奋战、共破敌寇的基础。
（二）诸倭宵遁
万历帝得到金学曾谍报后，知丰臣秀吉已死，举朝相贺，催促邢阶等乘机追击。经理万世德此时也已到达朝鲜，见倭军筑寨固守，决定先设计用间，离其党而攻其隙。他特地起草檄文一道，大意道：
“关白不道，各岛民无罪，何苦八年于外，万里捐躯？本院愍恤，为约三章。反师操戈，杀关白，推择酋长，统领海邦，保全人民，传袭子嗣，策之上也。明识顺逆，解甲来降，策之中也。释构罢兵，各全性命，策之下也。”
史世用及茅国器弟茅国科持檄前来见岛津义弘，劝以大义，谕以利害，郭国安则从旁怂恿。义弘早存去意，当即顺水推舟，许诺撤军。郭国安又私下对他们道：“国有大故，势当疾归，所恃者惟釜山数月粮而已。不如密遣死士，一炬焚之。”茅国科大喜，归告董一元。
然而不用明军出手，倭军已经自己先缺粮了。清正最先粮食告罄，派人向岛津义弘处叩借。义弘道：“我粮也尽了。奈何？”往叩各营，都如此回答。诸倭将这才认为存粮将尽，人心已变，况且秀吉已有遗嘱，于是相约及早撤兵。决定东路的加藤清正由蔚山直接回国，西生浦、梁山、竹岛等地倭军在釜山集结，随小早川秀秋渡海回对马岛；顺天、泗川、南海、固城等地倭军则依次到巨济岛集结，候船回国。
诸倭将既已决定其事，却又向明朝提出撤军名分。如以朝鲜王子为人质，朝鲜每年向日本交纳米、虎皮、豹皮、药种、清蜜等租税，企图在他们离开后还能捞回一笔好处。但明朝和朝鲜既已刺探到丰臣秀吉的死讯，便对这些要求不予理会，乘势加紧进攻。
不久，茅国科得到许仪后密报：“中路倭兵将于十六日行李上船。”明、朝诸军闻讯，摩拳擦掌，准备予以当头痛击。
陈璘在海上闻此，大喜道：“我等击倭收功，正当其时。”当下作出部署：联军水师主力由古今岛移驻左水营、螺驴岛。以一军据顺天城南光阳湾口的猫岛，封锁光阳湾；一军在露梁海峡及以东海域巡逻，监视倭军行动。
十一日早晨，西路倭军乘船集结松岛，试图遁归，然而遭到扼守猫岛的明、朝联军水师拦截。行长拣选精兵多次发动攻击，均无法突破防线，只得仍旧退回。而他想从陆路撤退时，刘綎的明军就如一头拦路虎蹲踞在那里，让他不敢轻举妄动。
眼看十一月十五日的撤退日期将至，小西行长被困十余日无法脱身，只得主动向刘綎约和，企图借机遁归。
刘綎将计就计，与吴宗道及降倭密议，同意行长议和主张，并以金帛赠行长，以稳其心。行长进献铳剑，并请遣官为质并退兵。刘綎另以旗手刘万守、王大功冒称参将，带领三十名家丁前往。行长嫌家丁太少，又请加二十人。刘綎一一答应。行长大喜，密告道：“我留首级、器械而去，可入城取走。”然后暗遣一军在前探路出走。
这边陈璘、李舜臣早已在海上张开大网严阵以待。倭军战舰来犯前军。李舜臣麾军进击，焚毁倭船五十余只，斩获二百余级。行长无法，只能仍旧退回城内。一面遣使以千金告急于诸路倭军，准备待援兵赶到，水陆夹击，先破刘綎，再破明、朝联军水师，先取大捷，然后全师而退。
十一月十四日，行长再施诡计，以和平撤兵为借口，遣使告陈璘道：“请允许我送人分往诸屯，同约渡海。”在尚未得到陈璘的明确答复时，他即派出八名倭兵，乘坐一只小船驶入海中，向陈璘央求道：“有女婿在南海，需要和他商议。想要派人请来，请将此船放行。”
其时义智所部正在南海。陈璘见倭人如此低声下气，料想其情为真，便产生了一念之仁，同意放行。倭船得以出去。
李舜臣闻讯大惊。对陈璘道：“诡诈之言不可相信。所谓请婿，无非想请援兵而已。”陈璘这才醒悟，不由惊惧自责。
李舜臣见他自责，忙加安慰。宋希立建议道：“贼寇此去，必刻期请援，暗通号令，诸贼不日当至。我们如果在此应战，则腹背受敌，恐有覆没之虞。不如移兵大洋，和他们决一死战。”
海南县监柳珩道：“倭贼邀援兵与我相抗，而为自脱计。今不如干脆迎击泗川之贼，以断其归路。”
李舜臣答道：“此言甚是。”
于是与陈璘设计，决定予以半路截杀，先破援军，再灭行长。诸军秣马蓐食，乘夜潜发。
这时诸路倭军已经开始集体遁逃的行动了。
十七日五鼓，加藤清正首先烧毁蔚山城堡、弃城乘船逃遁。
我方率军与清正对峙，闻倭军将撤，忙引军追击，在蔚山城外发现了清正插在城外的一纸文书。内云：“顺天已危，我不救拯之，则无勇也。故我先扫空此城，暂住于顺天也。尔等亦来于顺天，我当争雌雄决胜负也。”
狡猾的清正采用声东击西之计，表面上称前往顺天，实际早到釜山溜之大吉了。而他这样说正好借此将我引向顺天，以便让他的宿敌行长吃吃苦头。可惜我并不听他的，借此机会，我率部进入岛山、西生浦等倭窟，务使一倭不留，确保东路战果。
这边中路岛津义弘也已开始撤退。明军先入东洋仓，只有被抛弃的病倭数人、朝鲜女人三口而已。诸将乘势分击，金海、固城的倭军也都是一时宵遁。
董一元驰入新寨，见大寨共四层，倭房数千间，石城外又有木城三层，极其牢固严密。寨内器用，床、几一色泥金，最为精巧。又有违制金丝鸾驾、金丝掌扇，炳耀夺目。没想到岛津义弘出自萨摩藩，向来与秀吉家不谐，在外带兵竟也怀有称帝王的野心。当下董一元传令放一把火，将这些全部烧个精光。金海、固城二寨房厫也随之付诸烈焰。
至此，东、中两窟倭军均已宵遁，惟独西路的小西行长仍被明、朝水军截住去路，眼看最后一场大战无可避免地要发生了。
（三）露梁海战
露梁津是位于朝鲜庆尚道莲台山与南海岛之间的一条狭窄水道。因南、北岸上各有一个露梁镇，故称露梁津（朝鲜方言称海峡为“津”）。这里是由泗川通往顺天的海上捷径，陈璘、李舜臣事先已经预料到了倭援军必由此经过。
这一带尤其是西部海域岛屿星罗棋布，港湾众多，水路错综复杂。不熟悉水域者，极容易陷入进退两难被动挨打的境地。
十一月十八日，李舜臣对陈璘道：“倭船出去已有四日，援兵必将赶到。我们应当前往猫岛等处把截等待。”陈璘欣然答应，立即着手部署战略。
老将邓子龙自告奋勇，愿当先前往截杀。邓子龙素来慷慨激奋，所在立战功。此时他已年近七十，银髯拂胸，仍威风凛凛不减当年之勇。
陈璘大喜，即遣他督水军千余，驾三艘巨舰为前锋，事先埋伏在露梁海峡西部海域北侧；李舜臣率朝鲜水军进泊南面的南海岛观音浦；陈璘自率大军屯在北面的竹岛与水门洞港湾内。待倭舰通过露梁海峡，陈、李两军南北夹攻，邓子龙则率舟师断其归路，务将倭军聚歼于露梁海峡之内。
入夜，陈璘担心李舜臣的安危，辗转反侧无法休憩，便起身观天象，见将星晦暗，大惊，急派人致书李舜臣，称明日决战恐不利于大将，望他多加小心。
李舜臣读来书，颇为感激他的好意，答道：“吾忠不及于武侯，德不及于武侯，才不及于武侯。此三件事皆不及于武侯，而虽用武侯之法，天何应哉？”
夜三更，士卒禀报有倭船在南海出现。李舜臣于是就船上焚香，向上天跪祷道：“今日必将决一死战。若歼灭此贼，李舜臣虽死无憾。”祷罢，他自领所部先行，诸军随后进发。
四更，一大片黑魆魆的阴影朝露梁津这边逐渐逼来。业已埋伏在北面的陈璘闻报，马上传令三军作好应战准备：倭军援军果然出动了！
原来，岛津义弘率所部按原计划将要前赴巨济，忽然接到小西行长求援信，立即掉转船头向露梁方向疾驶，企图抄近路突入光阳湾。
岛津义弘所统的这支倭军一个多月前刚刚在泗川大败董一元明军，善用鸟铳，系由以剽悍善战著称的萨摩劲兵组成。这次虽为撤退回国，气焰仍旧十分嚣张，共有兵力万余。他们先在中途海面上与从南海赶来的宗义智、柳川调信所统一千名倭兵会合，继而又与从固城等地开来的立花宗茂、小早川秀包、高桥直次、寺泽广高等部倭兵汇集一处，分乘战舰五百余艘，乘着月色，开始进入露梁海峡。但见战舰弥满大海，海不见水，声势颇盛。
十九日丑时，朝雾朦胧。当陈璘见到倭军舰队已经进入他的伏击圈后，一声令下，但见炮鼓齐鸣，矢石交下，柴火乱投。明军水师势如猛虎，席卷而来。倭军见对方有伏兵，急忙调头南下。然而南边的李舜臣率朝鲜水师乘势从观音浦内杀出。于是我军左右突发，喊杀之声，震憾山海。整个露梁海面顿时炮声轰隆，火光烛天。
混战中，倭军被毁战舰四十余艘。倭船散而复合，势不能支，夺路而逃，往北退入先前李舜臣屯驻的观音浦港口。
观音浦为一死港。太阳出来了，朝雾散去。倭军发现前面已无退路，于是折回向北。在西段海域北侧等候许久的邓子龙突然率明军舰队杀出，以大炮、火箭攻击倭舰。倭军猝不及防，战船纷纷起火。
不一会，陈璘、李舜臣各率舟师跟踪赶到。明、朝联军三面合围，展开激战。倭军气急败坏，矢炮交集。陈璘左右二将均中炮死，但他毫不动色，沉着地传令明军以虎蹲炮、佛郎机连续轰击。明、朝水军驾船逼近倭舰，纷纷跃上敌船，短兵肉搏。邓子龙意气弥厉，欲夺首功，乘风破浪追击倭船。他嫌坐舰高大笨重，亲率家丁二百余人跃上朝鲜快船，直前奋击。以铁搭勾倭舰，掷火器于舟中。火发，倭军大乱，纷纷窜往明舰，被明军趁机杀死五十余人。
李舜臣亲自擂鼓督战，大呼直进，驾旗船冲入敌阵。倭船虽小然而众多，反过来围住李舜臣船，相攻甚急。陈璘见状，即挥利剑，统苍唬船冲入重围，救援李舜臣，斩倭兵百余。李舜臣得势冲出重围，而陈璘战舰却陷入重围，左突右突不得出来。倭军趁机如蚁攀舷而上，陈璘情急之下，亲自挥剑乱斫。但见惨叫声中，倭军纷纷落水而亡，大海随即泛起一圈圈的血晕。不多时，掉在船中的手指蓄积可掬。
有两名悍贼突然跃上了陈璘战舰，挥刃几乎及于陈璘。陈九经见父亲危急，急上前以身体蔽护，被倭刃所刺，鲜血淋漓，但他仍不避开。正在此万分危急之际，一旁的旗牌官文炜眼疾手快，持镋钯刺进倭贼胸膛，将其投尸海中。陈璘父子得以幸免于难。
这时王元周、福日升二将见主帅危急，也各换乘朝鲜船，杀进重围。而倭船已知陈璘所在为明军帅舰，便鳞集陈璘船下，围若铁桶。
陈璘沉静自若，传令下碇不动。王元周、福日升二将驾船分泊两边，护持陈璘主舰。陈璘于是传令军中呐喊放大炮。倭军见炮声轰隆，也仰放鸟铳，一时铳声密集，嗖嗖密如疾雨。陈璘便令军士依挨牌而伏，不许出声。
铳声渐稀。过了一会儿，万籁俱寂。倭军以为明军已被铳击殆尽，于是欢呼踊跃，挺剑而登。明军忽然齐起，持长枪俯刺。倭军不及闪避，落水而死者数以千计。
过了一会，陈璘忽又摇铎收兵，船中寂然无声。倭军疑忌，稍稍退后。明军忽又从高处倾放喷火筒于倭船中，风急火烈。数百倭船，顷刻间烈火熊熊，燃成一片。一时烟焰蔽天，大海为之尽赤。
正在作战中的李舜臣远远望见陈璘战舰被围，忙又率龟船冲破重围而入。
有一艘楼船甚高，上施红幕，三员倭将身披金甲督战。李舜臣尽锐合攻，射死其中一名金甲倭将，于是倭军尽都舍弃陈璘战船来救。陈璘得以突围，与李舜臣诸兵合势。明军发虎蹲炮，倭船纷纷被击碎或焚毁。
这边邓子龙已经深入敌阵。不料混战中，友军战舰掷火器失手，反打邓子龙战舰。一时篷樯俱着，战舰起火。明军惊扰避火，窜伏一边，船只为之倾斜。倭军趁机登舟猛攻，邓子龙及其家丁尽都力战身死。倭军登船，将邓子龙首级割下而去。
朝鲜军远远望见邓子龙船被焚，误相指认道：“贼船又起火了。”无不激励争先。这时朝鲜庆尚右水使李纯信先锋船又烧倭船十余艘，朝鲜军更加欢呼。李舜臣认得着火的是邓子龙的战舰，叫苦不迭，忙驾船赶来相救。
激战中，突然有一飞丸击来，洞穿李舜臣左腋，一时血如泉涌。侄子李莞大惊，急和左右将他扶入帐中。李舜臣忍着剧痛，将令旗交给李莞道：“战方急，勿言我死，切莫惊乱军心。”言罢气绝身亡。
李莞及麾下将士强忍悲痛，遵其遗嘱，用防牌蔽�