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最早的哺乳动物是从三叠纪的似哺乳爬行动物中分化出来的。进入新生代，由于板块的分离或聚合，气候的分化，被子植物的迅速发展和广泛分布，促使哺乳动物迅速分化、辐射，得到了空前发展，取代了爬行动物，在地球上居于优势。从而脊椎动物的演化又进入了一个更高级的阶段──哺乳动物时代。从爬行动物的变温、卵生发展为哺乳动物的恒温、胎生和哺乳，以及高度发达的神经系统和感觉器官，是脊椎动物演化史上的一次重大飞跃。
最原始的哺乳动物主要是食虫的。古老的有蹄动物踝节类也是从原始食虫类演化而来的，是由食虫发展到食草过程中最原始的一个分支，是后来大多数有蹄动物，包括马、貘、犀等奇蹄类和猪、牛、羊等偶蹄类的共同祖先。食肉类又分为古食肉类、新食肉类和鳍脚类。始新世末期新食肉类繁盛起来，如现生的猫、虎、狗等。新食肉类出现不久，海生鳍脚类（海狮、海豹、海象）开始出现。
偶蹄类从始新世开始出现，经过渐新世、中新世和上新世大量发展，从更新世到现在。偶蹄类分为猪形类、骆驼类和反刍类。猪形类出现于始新世早期，都是些小形偶蹄类，如始新世的双锥齿兽，戈壁猪形兽等。从渐新世到上新世体形变大。更新世出现了与现代野猪相似的猪。反刍类包括鼷鹿、鹿、长颈鹿、牛、羊、羚羊等。
灵长类动物可能是由食虫类动物中的一个分支演化而来的，时间大约在距今7000万年前的中生代白垩纪末期，或者新生代第三纪古新世的初期。在北美洲和欧洲，曾在古新世以及随后的始新世的地层中发现了形态介于食虫类与灵长类之间的化石，与现生的普通树鼩非常相似。这种动物具有很多接近于灵长类动物的一些特征，例如具有圆形的眼眶，眼窝后面有褶皱，两眼开始并列；脑子较大，而嗅叶较小；第一指（趾）和其他四指（趾）稍有点分开，能伸出趾爪抓住树枝等等，经过长期与环境的作用，逐渐显现灵长类的特点。
生物进化实际上就是一部生物体与环境相互作用的历史。在这个历史行程中，各个阶段有着不同的主角，它们达到顶峰后然后逐步衰亡，然后新的主角登上历史舞台，这是生态环境在不断更新的结果，也是宇宙物质演化规律所导演的结果。
在生物的进化过程中，生物所处的环境可分为两种：一种环境是地球的自然气候、地理等，地球上各处的气候、地理不尽相同，各个地域、地区有着各自的环境特点，它们对生物的生存形态有着不同的影响。另一种是生物环境，这就是生活在地球上不同物种、以及同一物种中不同个体之间的相互关系，即各种生物之间的相互依存与竞争，这种关系对生物的生存形态产生更复杂深刻的作用和影响。
自然生态体系是一个比一般物质作用体系更加复杂的体系，它由非生物、微生物、植物、动物所组成，不同的物种有着不同的属性，它们有不同的生活习性、不同的繁衍方式，相互之间构成了食物链及其基础上的行为链，这样的生存链推动着物种的演化。在这个多物种的生物体系中，不同的生命形式之间结成一定的相互关系，并互为存在和发展的条件。
生物进化是一个逐步推进多方面进化的过程，生物表现在各种生物机能的进化，各种生物结构的产生和演化都对应于环境所施加的作用力，包括生物的活动能力、听力、视力、嗅觉、智力等等，各种机能根据生存需要逐步发展完善。随着生物与环境的不断作用，体内细微变化的逐步积累，经过漫长岁月的演变，生物从内在本质到外在形态都发生了很大变化。
从生存过程看，每个生命都要经历从出生、成长、成熟再到衰老的过程，这是生命体与环境相互作用的过程，每个生命体的身上都会打上时代的烙印。在生物体与环境中各种存在的相互作用过程中，作为一种作用力结构，生物的生存形态会因与环境的作用而产生变化，并且这样的变化会反映在生物体的内在组织结构和遗传结构上。表面看，生物活动围绕着生存和繁衍在进行，而其中却蕴涵着宇宙中物质形态变化和发展的趋势。
在地球上，动物、植物、微生物都在不断进化，同时，进化包含了生物结构、个体以及物种之间的关系、以及整个体系的进化。在生命发展进程中，每个生命的存在都是有意义的，它不是孤立存在，而是会对其它的生命存在产生影响，个体的作用看起来都微不足道，但众多微小生命的存在却决定着生命的演化过程。
生态系统是一个生物相互作用的体系，不同的生物相互依存、竞争，进行着循环、再生和发展。对于处在不断变化的相互关系中的生物来说，它们有必要进行生物结构和机能调整，使自身的生存形态与环境相适应。在生物的进化过程中，旧的生命形式不断地被新的取代，地球上的生命生生不息，并且发展得愈来愈完美。txt电子书分享平台
第三章 传统进化理论对吗
我们很少去怀疑一些经典的理论，尤其是一些教科书上的理论。那些我们从小就被灌输的理论都正确吗，回答应该是否定的。至少可以说，随着科学的发展，人类认知能力的提高，有的理论应该得到修正，有的则需要改变。
说到经典的理论，这里要说一下进化论。进化论是无神论和唯物主义的重要基础，我们小的时候就知道达尔文的进化论，它对于我们的生命观产生了很大影响。传统进化理论的核心就是变异和选择。这种理论从生物的变异性、遗传性、生存竞争等方面阐述了物种起源以及生物进化的思想，提出了自然选择在生物进化中的作用。它对进化的解释是这样的，生命在遗传过程中会产生变异，这种变异是偶然发生的，然后由自然对这些变异进行选择，即所谓的“物竞天择，适者生存”。
这种描述生物进化的理论有什么问题吗。依据这样的理论，遗传中偶然性变异是生命进化的前提，生命的进化必须通过生物偶然性变异或者说突变才能实现。那么，用这样的理论来解释生物的进化正确吗。对于从事科学研究的人来说，他们不会用偶然性来解释一种现象的产生，因为任何现象的产生都有其必然的原因。科学研究是严谨的，不能有丝毫模糊的地方，否则难以得到正确的结论，而传统的进化理论是一种模糊的理论，或者说只是一种观点。
那么，生物进化究竟是如何实现的呢？首先，让我们来看一下传统的自然选择理论对生物进化是如何解释的。
传统进化理论认为，生物结构由简单到复杂、生命形式由低级到高级这样的过程是自然选择的结果，即人们所熟知的“适者生存，优胜劣汰”的自然法制。自然选择对进化的解释是这样的：所有生命的繁殖过程基本上都与细胞分裂有关，在正常情况下，当一个细胞分裂成两个时，就产生两个一模一样、具有相同遗传因子的细胞。然而，在细胞复制过程中，偶尔会有一些微小的差错产生，导致被复制出来的细胞并不与母细胞完全相同，用生物学的术语来说就是“突变”。有些突变是不相干的，但有些突变则可能对生物个体行为造成明显影响。这些突变可能有害，而此类对于物种有害的“变种”将在自然竞争中不断地被淘汰。但是，有的时候，突变的结果可能会使个体拥有某种优势，使它能在生存竞争中处于有利地位，生物通过自然选择得以进化。
传统进化理论的核心就是变异与自然选择，进化是自然对生物变异的选择，这里变异的发生是偶然的，并且与外界的环境因素之间没有必然的联系，这样的进化便依赖于自然对偶然事件的选择。在这样的自然选择的理论里，生物进化在一定程度上是被动性的，它只有等待变异的自然发生，然后自然选择才能产生作用。然而，对于这样的解释人们不禁会产生一些疑问，变异为什么会发生，变异一定会发生吗，假如没有偶然性变异的发生生物进化就不可能实现吗？因此，有人对偶然性变异和自然选择理论能否完整准确地解释了生物进化过程提出了怀疑。
依据进化过程中的突变理论，遗传变异的发生是不可预知的，因为变异本身是纯粹的偶然现象，与外界因素没有直接关系。然而，假如说变异纯粹是随机性的，那么变异的取向是无穷的，突变过程只能依赖于极端偶然的事件，而产生有益变异必定是极少数，为罕见的现象。观察一下各种生物构造和形态，很多情况下难以用偶然性严格地解释生物器官组织和环境之间的对应关系，也就是在这里自然选择能起多大作用。对此有学者就指出，在地球上从无生命物质到具有智慧生命出现的整个自然进化过程中，假如只有偶然性变异在生物进化过程中起作用，那么生物进化会处于一个非常低的水平，并且生命能够存在的几率也是非常小的。所以，用偶然性变异来解释生物进化是传统进化理论的一个明显缺陷。
其实，当年达尔文面对一些生命现象也感到很困惑，感觉到这些现象难以用自然选择的理论去解释。在对待眼睛、大脑这样复杂的生物结构形成问题的时候，自然选择理论似乎遇到了麻烦，因为这些复杂生物结构的形成难以与自然选择之间产生关联。自进化论创立以来，这种理论一直受到人们的质疑，这是由于这种理论还存在不尽完善的地方，尤其在涉及到有关生命的意识和情感这类精神范畴内的问题时，传统进化论就显得无能为力了。
如果说偶然性变异难以解释生物的进化过程，那么究竟是什么推动了生物的进化。在前面一章里，我们谈到了宇宙物质形态演化规律，依据这个规律，生物形态应该反映其所处的环境状况，即生物形态与环境的变化之间有着必然联系。人们知道，生物的生存受到各种环境因素的影响，并且各种生物形态和构造都与其所处环境状态有着密切的关系，因此我们有必要研究生物分子结构的变化与环境之间究竟有什么关系。
在现代生物学中，人们更多地是从生物分子的层面对生命进行认识，而不是停留在对生命的一些表象认识上，遗传变异的发生应该有其内在的原因。作为宇宙物质形态演化过程中的一种存在，生物体或生物分子是一种有序的物质结构，生物变化应象物理和化学变化一样，不同的变化对应于不同的外在条件。在严格的科学意义上，不论是无生命物质还是生物结构的改变，它们都应有其可遵循的法则，即任何变化的产生都有其内在和外在的原因。因此，进化不应只依赖于自然对随机变化的选择，生物变异的发生应在一种可循的自然机制作用下得到实现。
在自然界，生物体的形态和构造与环境特征之间的对应现象有很多，例如动物的视觉和光，听觉和声音，嗅觉和物质的化学性质等，而生命的智慧对应于自然规律以及物质之间的相互关系。同时，各个生物器官和组织的功能也在生物体与环境相互作用过程中逐步改变和完善。这些生物现象让人认识到生物机能的变化与环境状况之间有着某种必然的内在联系，也就是分子结构或遗传信息的改变受到生物与环境之间关系的影响，生物体结构在生物适应环境的过程中进行着有序的改变。
同时，在生命存在和延续过程中，每个生命细胞里都携带有大量遗传信息，这些信息不仅仅是表现生命性状的密码，而且还是一段段展开生命的程序。研究动物可以发现，动物具有复杂的生理结构，如消化、血液循环、免疫、神经系统等，生物体不同的部位有不同的物质组成和构造，执行着特定的功能，这些组织的物质结构精密而复杂，并且相互之间协调工作，这一切都表现为生物的生存需要和在进化过程中适应环境能力的完善。又如动物的大脑，它作为神经中枢系统，不仅能处理各种感官信息，并且还具有记忆、判断、综合等能力，而这些都是建立在特定的物质组成和结构之上的，动物智力发展与它们对自然环境的认识需要有关。
因此，在生物进化过程中，如果各种变异是在没有相互影响的情况下纯粹偶然形成的，那么这些井然有序而又与环境相对应的生物构造的存在是不可以想象的。就偶然性而言，它所指的是可发生也可不发生的情况，但生物的性状与环境状况之间存在着对应的关系，这种对应关系和偶然性之间没有必然的联系。也许我们可以对偶然性进行这样的理解，所谓偶然性表现为环境中存在着太多的影响事物变化的因素，人们难以对环境中各种作用和影响作出定性和定向的解释，但这不等于说所有现象的发生都是随机的、无规律可循的。
说到底，生物体也是一种物质结构，只不过它是一种更加复杂的物质结构。我们知道，宇宙中的变化包括物理变化、化学变化和生物变化，现代科学可以对物理和化学变化进行定义和描述，不论何种变化都需要具备一定的条件，并且遵循一定的规律。对于生物变化，由于生物结构的复杂性，导致了我们对其变化认识的困难，过去我们虽然发现了生物不断进化的现象，却没有办法弄清楚导致这种复杂结构变化的原因，但我们不能断定生物变化是一种无序的变化。
在这里，我们是否可以这样认为，任何生物结构的产生都出于生存的需要，生物组织的存在和完善应对应于环境形态及其变化。对于复杂的生物物质结构和机能，它们的形成和完善应被认为是生物体与环境持续作用的结果，生物体结构在生物适应环境的过程中进行着有序的改变，而这一切不应被归结于是随机性或偶然性变化的结果。
对于生物进化这样的问题，我们需要从生物体与环境之间的关系方面去研究，这是一个关于复杂的物质作用力结构演化的问题。从宇宙物质形态演化规律上讲，在整个生态体系中，不仅仅是生物物种的进化，整个生态体系也在进化，两者之间相互影响，它们不断地由简单趋向复杂，也就是生物进化是生物体与环境之间相互作用所产生的结果。
其实，长久以来，人们已注意到环境与生物遗传变异之间的关系，只不过人们缺乏对这种关系的深入研究和总结。人们知道，在生命发展进程中有所谓的用进废退这种生物形态变化的现象。用进废退所指的含义是这样的，生物体内有的组织在原有的基础上被不断地发展和强化，而有的组织则在环境的作用下不断地退变。这种变化反映了生物形态变化存在着倾向性，即生物组织有对环境状况进行感应和自行调节的能力，或者说生物组织结构的改变与环境变化之间存在着内在的联系。
生物体与环境中各种存在之间的关系非常复杂，环境中包括了各种有形的和无形的存在，这些存在对于生物体的存在形态的影响是错综复杂的。在