起更大作用的是航空参谋，而他则很少发表自己的意见，经常部下怎么说就怎么批准，这一点曾经引起渊田的担心。
出现这样的问题，根本就不是南云个人的问题了，而是日本海军整个将官和指挥官选拔的问题。在这里，也许有人想举斯普鲁恩斯的例子来说明一个不懂航空的将领可以成长为一名优秀指挥官。但是，我认为除了人与人不同之外，还有一个重要的原因是，斯普鲁恩斯其实在指挥作战中并没有多少介入航空作战的实质性指挥。在中途岛时，实际指挥的是哈尔西留给他的参谋长布朗宁上校，上级还有熟悉航空作战的弗莱彻镇着；再后来有明确的航空战术指挥米切尔。
其次，南云不是个合适的担任这个职务的指挥官。他谨慎有余，果决不足，大概因为对航空不熟悉的缘故更加缩手缩脚。在中途岛战役中最关键的就是在8时20分得知发现美军航母之后，直到决策先回收飞机再进行攻击，整整长考了十几分钟。如果这个时间能充分缩短，至少不会是全面惨败的结局。个人觉得，既然山本五十六认为日美必须早决战，必须以不断进攻压制美军，就该使用积极进取、果断而有魄力的指挥官。然而，南云恰恰不是这种指挥官。在选将这一点上，美军就很成功。战争初期，美军在太平洋上兵败如山倒，正是一片颓丧之机，正需要一个勇于任事，大胆果敢的将军。于是，哈尔西和布朗宁的组合出现了，他们先是出击马绍尔，然后布朗宁又在中途岛大胆地派出攻击队，接着哈尔西在南太平洋掀起风云，挽救了整个形势。然而先在中途岛，后在莱特湾，日本海军连续在两个关键节点上遇到了两位“软脚蟹”指挥官，这究竟是天意还是人事呢？（插一句虽然日本海军的升迁是凭资历的，南云之前也无太丢人表现，所以中途岛海战不可能临阵换将，但是山本五十六在中途岛之后仍然不撤换南云确实是用人不当。）
中途岛海战，南云虽是败军之将，却也还算尽了全力。战役期间，南云做出的错误判断大多责任都不在他。诸如换弹之类的命令大多也情有可原或值得商榷。当然南云的指挥也不是完全没有问题，事实上他的一些决策是矛盾的。既然已经判断周围没有敌人，采用单相搜索却还要多留一手。既然知道有侦察机推迟起飞，不等侦察机确认就草率作出认定，客观上加剧了后来的手忙脚乱。如果南云能按照飞机搜索时间的需要，推迟到7时50分后决定第二攻击波的任务，就不会遭遇反复换弹这样的尴尬。事实上，他完全有充分的时间来等待侦察结果，他根本不用这么着急的。感觉是不是宇垣在战前会议上关于美军航母在侧翼出现如何应对的提问，在南云那里起了过分的作用，使得他谨慎过度。
这里再补叙一个小细节，南云忠一在日本海军内是著名的反对限制军备的舰队派骨干。1932年，日本发生了著名的“五·一五”事件，即一群反对限制海军军备和认为军部统帅权遭到干涉的年轻海军军官在首相官邸谋杀了当时的首相犬养毅。这批军官在接受审判时，日本国内军国主义分子和盲目爱国的群众给予政府和军方相当大的压力，要以“爱国义士”的名义减轻甚至取消他们的刑罚。随后，控制军令部的舰队派提出所谓修正案，准备将海军省的权力也囊括到军令部之下。但这份修正案遭到舰队派和狂热爱国分子的死敌，著名的理性派军官井上成美的坚决抵制。他压住了这份修正案。之前，井上因为对“五·一五”事件审判发表不同意见，在与南云的口舌交锋中占了上风，因此怀恨在心的南云就借机屡次在井上面前吵闹。一次，他冲进井上的办公室，说要掀翻井上的桌子并杀了井上。后来，在军令部部长伏见宫亲王的宴会上，南云借酒撒疯，威胁井上说：“杀掉你这个混蛋太容易了，只要拿小刀往你肚子上一戳！”当然，这些最后都只是说说而已。一个如此以“爱国”著称的将领，口口声声别人“卖国”“混蛋”，口头威胁果断敢行，却在实战战场上优柔寡断，丧师败阵，真是让人感慨不已。（＇EXC＇）
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