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过了几天，朱由检再度召见内阁大臣，把一个黄色包袱交给他们，里面全是为魏忠贤歌功颂德的奏疏，要他们把这些“结党实迹”整理出来，一一列入名单。阁臣们知道难以回避，便寻找借口推脱：臣等职掌仅限于票拟谕旨，不熟悉法律。再次显露出畏缩怯懦的心态。朱由检不得不委托吏部尚书王永光来操办此事，王永光也不愿意挑这副担子，回答说：吏部只熟悉官吏的考核，不熟悉法律。其实，王永光心中有鬼，不久就有人指责他“阴附阉党”，现在又企图“曲庇香火”，为自己留下回旋的余地。朱由检只得把这项工作交给刑部尚书乔允升。
如此反复多次，“阉党逆案”名单才得以确定。
崇祯二年（1629）三月十九日，朱由检以谕旨的形式公布“钦定逆案”名单。
此次清查阉党逆案，除首恶魏忠贤、客氏已明正典刑，其余七类，“首逆同谋”六人，“交结近侍”十九人，“交结近侍次等”十一人，“逆孽军犯”三十五人，“谄附拥戴军犯”十五人，“交结近侍又次等”一百二十八人，“祠颂”四十四人，共计二百五十八人。如果加上漏网名单五十七人，则共计三百一十五人。
“首逆同谋”六人：兵部尚书崔呈秀，宁国公魏良卿，锦衣卫指挥使侯国兴，太监李永贞、李朝钦、刘若愚，按照“大逆”律减等，一律拟斩。
“交结近侍”十九人：提督操江右佥都御史刘志选，太仆寺署事御史梁梦环、倪文焕，兵部尚书田吉，蓟辽总督兵部尚书兼右副都御史刘诏，太仆寺少卿孙如冽、曹钦程，大理寺副许志吉，刑部尚书薛贞，工部尚书吴淳夫，右副都御史李夔龙，丰城侯李承祚，国子监生陆万龄，锦衣卫左都督田尔耕、许显纯，锦衣卫同知崔应元、张体乾，锦衣卫右都督孙云鹤、杨寰等，按照“交结近侍奸党”律，一律论斩。
“交结近侍次等”十一人：大学士魏广微，工部尚书徐大化，吏部尚书周应秋，兵部尚书霍维华，御史张讷，总督尚书阎鸣泰，太仆寺少卿李鲁生，右副都御史杨维垣，南京兵部右侍郎潘汝桢，昌平都督郭钦，孝陵太监李之才等，按照“交结近侍奸党”律减等，发配边疆充军。
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清查阉党，除恶务尽（6）
“交结近侍又次等”一百二十八人，惩处较轻。例如：内阁大学士冯铨、顾秉谦、张瑞图、来宗道，户部尚书郭允厚，工部尚书薛凤翔，太仆寺少卿李蕃，户部尚书张我续，工部尚书孙杰，延绥巡抚朱童蒙，工部尚书杨梦衮，右都御史李春茂，吏部尚书王绍徽，左都御史曹思诚，光禄寺卿阮大铖，漕运户部尚书李精白等，只判处“削籍”（削除官籍）。又如：内阁大学士黄立极、施凤来、杨景辰，吏部尚书房壮丽，督师辽东兵部尚书王之臣等，只判处“冠带闲住”（罢官）。
由此可见，要真正做到“除恶务尽”，谈何容易！
在清查“阉党逆案”的同时，崇祯二年（1629）恰逢考察京官的“京察”，也在进行中，其宗旨毫无疑问是清除官僚队伍中的“逆党”。遭到清除的有：为魏忠贤生祠卖力、屡次向魏忠贤献媚的太仆寺少卿李宣培，拆毁白鹿洞书院的南京太仆寺少卿彭惟城，为崔呈秀专干坏事的太常寺卿蒋一骢，为王绍徽出谋划策的浙江巡抚、兵部右侍郎张延登，把田尔耕认为同宗的四川巡抚、右副都御史田仰，以魏忠贤幕客身份充当《三朝要典》实际总裁的大理寺左寺丞谢启光，以周应秋女婿充当魏忠贤义孙的礼部郎中虞大复，吹捧魏忠贤是“魏祖爷真活神道，到处通灵”的礼部郎中周宇宠等。
从以上揭发出来的材料不难看出，在“阉党”专政的非常时期，大批官员卖身投靠魏忠贤，极尽奴颜婢膝之能事，为了自己升官发财，对魏忠贤及其亲信献媚邀宠，无所不用其极。到了“阉党”垮台，又千方百计地隐匿掩饰，妄图蒙混过关。“京察”中所揭露出来的只是一部分，不少人还是成为漏网分子。可以设想，假如不清查“阉党”逆案，要想推行新政，几乎是不可能的。以皇帝圣旨的名义“钦定逆案”，清除几百个“阉党”分子，无论如何是必要的、合理的。夏允彝在《幸存录》中说，“逆案”有些过于扩大，导致后来不断有人企图翻案。这是一种似是而非的书生之见。事实恰恰相反，崇祯一朝“逆案”中人屡屡企图翻案，到了弘光朝这种翻案风更加嚣张，不仅说明清查阉党“除恶务尽”的方针是何等必要，而且说明由于当时主事大臣手下留情，从轻发落了一些要犯，留下的后患是多么严重。
纵观整个明朝，宦官擅权造成政治祸乱，共有三次，即王振、刘瑾、魏忠贤，一次比一次厉害，而魏忠贤之乱差一点导致社稷颠覆。原因就在于，宦官与朋党合而为一，结成所谓“阉党”。身临其境的政治家兼学者文震孟说得好：王振、刘瑾之时，小人依附他们，被舆论看作“旁门曲径”，偷偷摸摸，唯恐别人知道；到了魏忠贤之时，小人堂而皇之地依附，看作“康庄大道”，“共知共见”，与小人对立的正人君子，全被魏忠贤看作仇敌。概括成一句话，就是：“以众小人之仇仇天下，而君子始涤地无类矣。”
朱由检排除种种干扰，对“阉党逆案”进行最大限度的清算，是具有政治家远见卓识之举，是值得称道的有声有色的大手笔。反映毛文龙海岛拥兵情况的《毛大将军海上情形》
袁崇焕督师辽东（1）
后金的兴起与辽东的形势
建州女真的努尔哈赤统一女真各部后，在万历四十四年（1616）建立了大金王朝，为了与历史上已经出现过的金朝相区别，史称后金。万历四十六年（1618）四月十三日，努尔哈赤以“七大恨”告天，控诉明朝对女真的迫害，煽动军民的反明情绪，向明朝宣战。第二天，抚顺集市开市之日，扮作赶集商贩的后金士兵，混入抚顺城堡，发动突然袭击，俘虏明朝守将李永芳。抚顺城堡就这样被努尔哈赤轻易攻陷。辽东巡抚李维翰、蓟辽总督汪可受相继向朝廷告急，调兵请饷的奏疏纷纷送进紫禁城。皇帝朱翊钧意识到辽东事态的严重性，下旨要“大举进剿”。
从此以后，辽东就成了明朝的心腹之患。总兵张承胤率军前去增援，被后金主力部队全歼。四天后，努尔哈赤派人送来一纸文书，声称为“七大恨”而发兵，要求明朝派代表前往谈判。代理兵部尚书薛三才感到对方来者不善，马上向皇帝报告，辽东事务已经到了“不忍言”的地步。皇帝批准兵部的提议，任命总兵杜松驻守山海关，并且命令蓟辽总督汪可受先期率兵出关，直抵广宁；同时任命兵部右侍郎杨镐为辽东经略兼辽东巡抚，革职查办懦弱无能的李维翰。显然，朝廷想把战略反攻的希望寄托在杨镐身上，赏赐尚方宝剑，对于不听调度的总兵以下军官，可以军法从事，先斩后奏。
杨镐于万历四十七年（1619）二月兵分四路出击，与努尔哈赤展开激战。其实，杨镐也是无能之辈，再加上内阁与兵部指挥失误，终于遭致惨败。努尔哈赤乘势攻陷开原、铁岭等地。
继任的辽东经略熊廷弼，吸取前任的教训，不再盲目追求“恢复”、“进剿”的表面光彩，以固守为上策，使得局面渐趋稳定。
熊廷弼，字飞白，号紫冈，湖广江夏人。万历三十六年（1608）担任辽东巡按时，对辽东巡抚赵楫、总兵李成梁放弃宽奠（今辽宁宽甸）等处八百里疆土，极为不满。他在辽东的几年中，杜绝贿赂，严惩腐败的将领，风纪大振。后来不知道朝廷出于什么考虑，竟然把他调离辽东，出任江南的一个闲职——南直隶督学。万历四十七年，辽东经略杨镐再度惨败。皇帝鉴于熊廷弼熟悉辽东军事，提升他为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，顶替杨镐的辽东经略职务。
当时辽东一片混乱，军心涣散。熊廷弼走马上任，还没有离开京城，就传来了开原沦陷的消息。他向皇帝分析辽东形势：辽东是京师的肩背，不守卫辽阳、沈阳，必定不能保住辽东；不收复开原，必定不能保住辽阳、沈阳。因此他向皇帝请求，一定要增派军队，保障给养，整修器械，不拖欠军饷，不从中掣肘。皇帝考虑到收复开原乃是“御虏安边”的第一要务，同意熊廷弼提出的请求，并且赏赐他尚方宝剑，加重他的实权。
然而形势不容乐观。此时铁岭又告失守，沈阳及各城堡军民迅速逃散，辽阳人心惶惶。熊廷弼进入辽阳后，着手整顿，处死临阵脱逃与贪赃枉法的将领，罢免无能的总兵；并且监督军队建造战车、火器，疏浚城壕，加固城墙，做好长期固守的打算。他向皇帝提出的“制敌方略”，不外乎恢复、进剿、固守三种选择，从当前形势出发，空谈恢复、进剿，显然过于草率，不如采取最为稳妥的固守战略。具体地说，他主张“步步为营，渐进渐逼”，是一种以守为攻的战略。而这种战略必须以增加兵源与军饷为依托。皇帝表示赞许。确实，只有防守坚固以后，才谈得上逐步恢复、进剿，这是万全之策。
熊廷弼经略辽东一年，取得了明显的成效，不仅辽阳城堡整修一新，而且原先遭到战争威胁的奉集、沈阳两座空城，如今也成为重镇。
熊廷弼其人，有胆略而精通武艺，能左右开弓，在战略上有独到见解，堪称帅才。但是，他有一个致命的弱点，那就是《明史》所说“性刚负气，好谩骂，不为人下”，在官场上人缘很不好，导致他一度赌气，掼纱帽。皇帝极力挽留，对他说，现在你这位经略卸担子，岂不前功尽弃！你应该更加殚精竭虑、忠心耿耿，与各方齐心协力、和衷共济。在以后的几个月中，皇帝对他充分信赖，使得熊廷弼能够在辽东经略的位置上安然无恙，辽东局势也太平无事。不料，万历四十八年（1620）七月二十一日皇帝驾崩，熊廷弼失去了强有力的支撑，不久就遭到言官出于门户之见的无端攻击，终于被迫罢官。
袁崇焕督师辽东（2）
辽东局势从此发生剧变。
取代熊廷弼出任辽东经略的袁应泰，不懂军事，却固执己见，导致辽东战略重镇沈阳、辽东政治中心辽阳相继沦陷。
战略性惨败后，朝廷不得不重新起用熊廷弼为辽东经略，同时任命“阉党”分子王化贞为辽东巡抚，对他加以牵制。导致“经抚不和”——经略与巡抚互相冲突，落于下风的当然就是熊廷弼。受到诬陷的熊廷弼，被捕入狱，又遭到“阉党”分子诬陷——贿赂杨涟等朝廷官员，终于落得个极其悲惨的下场——杀头以后首级传示“九边”（九个边防重镇）。
宁远大捷
天启二年（1622），以兵部尚书兼东阁大学士身份进入内阁的孙承宗，鉴于辽东局势日趋恶化，向皇帝坦陈己见，建议加强边疆大臣的职权，尤其要选拔“沉雄胆智”的将领，给予重任。他自己前往山海关视察，非常不满意新任辽东经略王在晋的消极退守主张。这时候，监军袁崇焕向孙承宗提出请求，给他五千军队，他愿意镇守山海关北面的宁远重镇。孙承宗觉得这个请求很有战略眼光，想与袁崇焕一起前往宁远城堡、觉华岛一带实地察看。他考虑到山海关守备松弛，已经不再具备“重关”的作用，而宁远、觉华互相依托，扼守南下要冲，非得亲自前往踏勘不可。在王在晋的再三涕泣哀告下，孙承宗只得在中途返回。
回京以后，孙承宗向朝廷报告，不同意退守山海关，主张把人力物力投入宁远要塞的构筑，与觉华岛形成犄角之势。在为皇帝的讲学筵席上，孙承宗指责王在晋极不称职。皇帝当即任命对辽东充满使命感的孙承宗出任辽东经略，起用现任内阁大学士兼兵部尚书这样高级别的大臣，去担任辽东经略，是前所未有的举措。
孙承宗到任后，大力整顿山海关内外的防御体系，修复九座大城、四十五座堡寨，练兵十一万，建立十二个车营、五个水营、两个火营、八个前锋后劲营，开拓疆域四百里，加强宁远城堡与觉华岛的防务。
令人惋惜的是，不久，他遭到“阉党”分子的攻击，被迫辞官回乡。一切的运筹帷幄，一切的踌躇满志，一切的文韬武略，统统落空了。辽东形势急转直下，新任辽东经略高第撤退山海关外守军，努尔哈赤乘机率领主力进犯宁远城堡。
对于镇守宁远的袁崇焕来说，这既是一个挑战，也是一个崭露头角的机遇。
袁崇焕，字元素，号自如，祖籍广东东莞县，落籍于广西藤县，万历四十七年（1619）进士及第。天启六年（1626）出任辽东巡抚，镇守宁远。在孤立无援的情况下，誓死坚守城堡，拒绝努尔哈赤的诱降，写下血书，激励将士。因为兵力处于劣势，他巧妙利用先进的火器杀伤敌军。
一种是所谓“万人敌”。把火药均匀地撒在芦花褥子及被单上，卷成一卷，点燃后，抛向城下，爆炸燃烧，威力凶猛，而且愈扑火势愈加厉害，敌军士兵猝不及防，多被烧伤。
另一种是所谓“红夷大炮”。这种从外国引进的大炮，火力强大，必须在大炮几百步以外挖掘堑壕，点燃导火线后，立即翻身躲入堑壕，才可避免火药爆炸的威力。形势危急时，袁崇焕命令一名姓唐的通判亲自放炮，唐通判不知道躲避，当场被震死。但是，就是这一炮，击中了努尔哈赤的指挥部——黄龙幕帐。努尔哈赤不得不承认战败，带领死伤人员，号哭奔回。
这是一场以少胜多的成功战役。辽东民谣唱道：“苦了唐通判，好了袁崇焕！”讲的就是这一件事。这一仗，使得袁崇焕崭露头角，也使得屡战屡败的战局出现了转机。连清朝人编写的《明史》也不得不承认此次惨败：我大清发兵以来，所向披靡，明朝诸将不敢议论战与守，敢于议论战与守，是从袁崇焕开始的。
努尔哈赤二十五岁开始征战，自称是战无不胜、攻无不克，这次宁远城下惨败，颜面丢尽，愤恨而归，不久就病死在沈阳。
这就给扭转辽东战局提供了一个时机。袁崇焕一方面在锦州、中左（塔山堡）、大凌（锦县）三地加强防务，另一方面秘密派出使者，与努尔哈赤之子皇太极议和。其实，双方都无意和谈，不过是缓兵之计而已。袁崇焕在给皇帝的报告中说：锦州、中左、大凌三座城堡必须加紧修筑，现在业已迁徙商人居民前往屯田开垦。假如城堡没有修筑完毕，而敌军赶来，势必只得放弃，功败垂成。有鉴于此，乘敌人正忙于鸭绿江一带的战事，姑且以和谈作为缓兵之计。待到敌人发觉，三座城堡已经修筑完成，战守的第一道防线在山海关四百里以外，固若金汤了。
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袁崇焕督师辽东（3）
皇太极从朝鲜回师不久，果然发兵进攻锦州。由于锦州城防坚固，无隙可乘，转而进攻宁远，再次遭到惨败。
努尔哈赤、皇太极父子两次兵败于宁远，令袁崇焕兴奋之极。他在给朝廷的报捷奏疏中毫不掩饰这种兴奋情绪：十年以来调动全国的军队，都不敢与后金军队交锋。现在开始一刀一枪和他们拼命，忘却了敌人的凶狠剽悍。臣在城墙上大声呼喊，军队分路追击，在愤恨中一战挫败敌人。皇帝看了奏疏之后，欣喜若狂，在嘉奖谕旨中说：“十年积弱，今日一旦挫其狂锋。”
这确实是十年未遇的大好形势。然而，这样一位扭转十年积弱局面，力挫敌人狂锋的功臣，竟