吴三桂并没有赢得这场战争，他得了一个平西王的尊号，但是，北京一战，他失去了全家人的性命，也并没有得到陈圆圆，而最惨的是，他并不能进入北京，享受那帝国英雄的殊荣。
就在李自成逃走之后，多尔衮立刻下了一道命令，命吴三桂继续带兵追踪，而进入北京城的工作，则由他来完成了。
多尔衮不让吴三桂进城，其目的非常明显，北京的新主人，从此是大清的了，吴三桂想在北京重新拥立大明太子为皇帝，这当然不是他愿意看到的事情。吴三桂何许人也，在大明遗臣眼里他是英雄，在大清皇帝眼们，他不过是一降将而已，所以，真正有资格接管北京的人，是他多尔衮而绝不是吴三桂。
多尔衮不是李自成，他当然知道，北京对中原百姓意味着什么，这是中枢也是心脏，中枢一断、心脏一停，无论是大明还是大顺，命脉就全断了。
吴三桂来之前，已经发下公告，要求京城百姓做好迎接太朱慈烺子的准备，摆香案、穿素衣，为崇祯发丧。然后再立太子为新君。前明旧官也都纷纷出来维持社会秩序，在朝阳门预备法驾，迎接太子朱慈烺。但是当多尔衮一进关时，所有的人都大失所望，“臣民相顾失色”，多尔衮所辖满洲正白旗兵已大步流星的入了城，满城尽插白旗。
北京城内刚经大火洗礼，已经是一片疮痍，不过对多尔衮来说，北京就是再破，在他眼中依然是充满了祥瑞的，从这一天起，大清帝国的时代到了，而这个时代是由他一手开创的。多尔衮随众人来到北京紫禁城下，一个月前，这里是大明王朝，随后是大顺王朝，现在是大清王朝，成功来得太快也太容易了，站在北京晴朗的天空下，多尔衮不禁有些飘飘然起来。
多尔衮进入北京后，采用洪承畴、范文程的计策，以安抚为主，他颁布了一条政策：“天下者非一人之天下，军民者非一人之军民，有德者主之，我今居此，为尔朝雪君父之仇，破釜沉舟，一贼不灭誓不返辙，所过州县能削发投顺开诚纳款者，即予爵禄，世守富贵，如违抗不遵，大兵一到尽行屠戮……”多尔衮允###朝臣民为崇祯挂孝哭临三日，并按国君之礼下葬，并一再强调，此次清军破关进京，是为明复仇。崇祯一生做了不少恶事，但是他的尸身却未遭屠戮，他死后，两位接替者对他都保持了足够的尊敬，此人地下有知，也应该无憾了。
多尔衮打着为崇祯报仇的由头接管北京，既是为了安定民心，也是为显示与李自成的区别，很奇怪的是，李自成一个月前来时也曾对崇祯的尸身说过：“吾是来与你共分天下” 的话，他们似乎都不想与崇祯为敌，但事实上，正是他们间接的联手打败了强大的崇祯王朝。不管是共分天下也好，为明复仇也好，都是不同的政治策略，要是有人因此当真，那真是令人笑掉大牙了。
北京城内，迅速平静，对于百姓来说，改朝换代，只要无伤身家性命，也未必是什么太大的事情，群臣则表现的比李自成入京时还要合作，纷纷投到多尔衮门下，晚明一朝，臣子的道德水准之低，已创下记录。对此多尔衮倒不是像李自成那样对这些人嫌恶之极，他基本上履行了自己的诺言，凡投诚者均给予了承诺上应有的待遇。所有人对多尔衮感恩戴德，在他们心中，多尔衮与贪婪凶恶的李自成相比简直是个圣人。他们却不知，其实真正救他们一命的不是大清最高统治者，而是汉人降臣范文程、洪承畴，还有那位此时已经作古了的伟大帝王皇太极，如果没有他们，等待北京人的将是屠城的命运，这些人不但官做不上，脑袋也定会不保。
多尔衮平定了北京，做好一切准备，迎接顺治皇帝回京，接管这汉人的大好江山。而北京城外，他的弟弟多铎、阿济格与吴三桂等人还在追捕着已经穷途末路的李自成，这个时候，大局已定，多尔衮知道，梦想已经取代了现实，今后他和他的接任者所要面对的是如何坐稳这座江山，不要再犯崇祯、李自成曾经犯过的错误。
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大清算（2）
历史以令人难以置信的速度飞速发展着。只一个月时间，所有的人都找到了自己的位置，而有些人则要被清算，彻底淘汰出历史舞台。
第一个被清算的人是李自成。从北京出来以后，吴三桂成了他梦中的魔星。李自成在与吴三桂的交锋中没有打赢过一场仗。从四月底到五月间，李自成无论逃到哪里，身后始终有吴三桂追击着，他一败于定州，再败于真定，损兵折将，连自己也带了箭伤。李自成这时发现自己面对的，除了吴三桂，还有明朝在民间很强大的士绅民团势力。这个士绅势力的力量，其实他也已经领教过了，当年在山海关，八大乡绅的民团就给了大顺军以惨痛的打击。
李自成最后终于逃到了西安，但他最后发现，这个根据地已经没有了。流民做战，机动灵活，但流民同样有重大的问题，那就是并没有建立一个稳定的根据地。在西安，他们与清军进行了艰苦卓绝的战斗，曾经一度重创过清朝名将多铎，但最后，还是兵败于多铎、阿济格、吴三桂的联军，而前明降将孔有德、耿仲明在里面起了很大的作用，由明朝著名将领袁崇焕引进、曾经用来对抗过清军的“红衣大炮”这次对准了大顺军队，在剧烈的几次激战后，在李自成心中比北京坚固十倍的陕西，也落入了大清的势力之中，他只能继续逃亡。
在逃亡的过程中，失望至极的李自成纵容自己的军队烧杀抢掠，造成了极大的破坏。但这一切，对他来说，并不是最大的罪行，这其间他还做了一件永远不能被后人原谅的事，那就是他杀死了忠心耿耿的李岩。
李岩是大顺军中最有谋略和最有亲和力的人，也是流民中一个最高贵的人，他当年提出的奇谋良策，帮助李自成夺得了天下，但后来，那些同样的良策奇谋，不被李自成采纳，又使李自成失去了天下。这样的一个人，如果落在多尔衮的手中，可能是又一个范文程，但是，他面对的是流民领袖李自成，就如同袁崇焕面对的是崇祯一样，他们选错了尽忠的主子，也自然逃不脱悲惨的命运。
李岩是死在自己推荐的朋友牛金星的手里的，但真正想杀他的人还是李自成。李自成在位时，他多次劝告李自成不要杀人，采取安民政策，李自成不听，并对他开始嫌恶，但李岩对李自成始终忠心耿耿，到后来，牛金星和宋献策的地位都比他高的多，他也从无怨言。李自成兵败之时，李岩一直跟随着他，不离不弃，但是李自成对他早就失去了信任。所以在定州大败时，当他向李自成提出愿率一支军队收复河南时，李自成对他的动机产生了怀疑。
中国历史上多英雄才子，但更多的是小人，有英雄存在，必有小人阴伏。牛金星就是这样一个小人，他已经看出了李自成对李岩的不满，于是，趁机进了谗言：“岩雄武有大略，非能久下人者。河南，岩故乡，假以大兵，必不可制。十八子之谶得非岩乎？”这是一个非常阴毒的建议，十八子得天下，本来是李岩与宋献策等人给李自成出的主意，但李岩在当时忘了他也姓李，而“老李”在经过北京事变后已经不是那个可以一起喝酒吃肉的大哥了。如果李岩是大政治家，当知道为尊者讳的道理，他若能及时改名，还可有一救，可惜的是，李岩哪会想到这些？本来就怀疑李岩的李自成完全相信了这个仔细推敲起来根本不可能成立的假设，于是，他命牛金星将李岩引来，李岩此时尚不知自己的朋友已经成了杀手，当他来到牛金星府上时，被埋伏的兵士拿下，连申辩的机会都没有，就被杀了。
李自成杀李岩，如同崇祯杀袁崇焕一样，都是在“自毁长城”，历史惊人的相似，他们的这一次杀戮，同样也把自己推上了众叛亲离的祭坛。宋献策和刘宗敏对此深有不满，宋献策选择的是悄悄地离去，刘宗敏则带着军队去了河南——李岩的故乡。在河南，至今还传颂着仗义疏财的李公子的事迹，但他被打着“救民于水火”旗号的李闯王杀了，此事产生的恶果难以估计：李岩的妻子红娘子已经拉起了队伍，要和李自成决一死战，为李岩报仇；起义军内部土崩瓦解，闯王的军队开始出现逃兵，越来越多，闯王身边的将领也越来越少，不是阵亡，就是逃走了，最后，一场大败仗后，那位长伴左右深知朕意的牛金星也带着儿子跑路了。
大清算（3）
如果有心理学家进行分析，会发现，这个时候李自成杀李岩，其心理状态与崇祯极为相似。李自成本来是一个宽厚的人，并因其随和大度而在军中被兵士们爱称为“老李”，但他在最失意的时候却终于变成了和崇祯一样的人。在不断的挫败感面前李自成也成了偏执狂，这两个偏执狂的共同特点是他们都见不得自己的失败，容不了那些比自己更高明的下属，即使他们明知自己错了，也同样不会正视错误，只能用野蛮粗暴的方式来掩盖自己的无能。这些人，心智都不成熟，哪能成就大事？世人常说牛金星害了李岩，其实真正起了杀心，还是李自成。
四月下旬，在清军一次进攻中，刘宗敏被俘，旋即被杀。这位李自成手下的第一勇将，做了一个多月的富贵梦，人生路就走到了头。宋献策及李自成的叔父，也被抓获。接着又传来牛金星投降的消息，这些个打击对李自成和大顺军是巨大的，从此后，李自成已经再也没有力量重新收拾自己残破的山河了。
一###四年五月初，李自成逃到湖北。这时李自成手下只有几万人了，他还幻想着在能够在此地重整旗鼓东山再起，但是他没有想到的是，他的对手除了清军还有当地的民团。就在湖北通山县境内的九宫山，身边只有二十名随从的李自成，不幸与民团相遇，于是，曾经经历过无数风浪的这位流民英雄，被当场杀死。
李自成的死宣告着大顺王朝的彻底终结，也宣告着吴三桂复仇之战的彻底胜利。从山海关的石河到湖北的九宫山，前后不过一个多月的时间，李自成死在了远离家乡的地方，在他之前，和他并肩作战的人大都死了，他的死是一个必然的事情，一个如他一样四面楚敌的人，又面对着虎狼一样的吴三桂军队，很难苟活下来，他的死对于中国历史来说，不是一个终结，而一个开始。
李自成死了，这一年他只有三十九岁。他死的时候，军队已经被打散，亲信已经走了多一半，但是军心并没有完全丧失，仍然有无数人怀念当年同甘共苦的“老李”，崇拜他的人们不相信他的死，于是，关于李自成的死出现了很多个版本。
关于李自成在九宫山遇难，《明史》的结论是，自成已死，尸朽莫辨。但明史上还有一种说法，说李自成是自杀的，因为他手下的二十几名随从无法抵挡蜂拥而上的地方武装。但是在李自成的家乡陕西米脂，人们更愿意相信一个说法，李自成其实未死，这只是他为了脱身而使出的一个缓兵之计。这个解释很难让人心服，因为李自成这时候还有军队，如果他当时未死，为何事后不见他的军队有何动作？
文人们更倾向于一种说法：李自成未死，在九宫山死的是替身。他对无休止的争杀感到了厌倦，于是出了家。他出家的地方名叫做夹山寺，他后来做了方丈，法名叫奉天玉大和尚。这个说法一直深入人心，近年来香港武侠小说家金庸先生两次在他的作品中再现过这个传说，一次是在《雪山飞狐》中，另一次是在著名的《鹿鼎记》，在后者中，金庸还让李自成复活，与吴三桂为了陈圆圆来了一场生死对决。
不管李自成死与未死，他都无法改变局势了。他的“滑铁卢”之战在石河，这地方他一生只来过一次，也就在这里摔得最重。如果他真的出了家，我们设想一下，他是否还会来到石河凭吊那些为他而死的军士？是否还会登上将军台、回马寨，回首一下曾经逝去的荣光岁月？历史没有假设，即使有，此时天大下势已定，“三国”一统，笑到最后的，是满清。
李自成的事迹后来经常作为反面教材供人借鉴，在波澜起伏的晚明历史中，李自成是一个悲剧人物，他的悲剧在于他从一开始就不是一个胜利者，他的胜利里存在着太多他个人无法控制的元素。他是一个运气不错又运气太坏的人，他打了一场他不该打赢的战争，输了一场他最不该输掉的战争，近代明史研究者吴蔚评价：李自成的悲剧不在于他输了，而在于他差一点赢了。这是一个非常中肯和准确的评价，对于腐烂的晚明王朝来说，李自成是一个革命者，是一道洪水，他冲垮了阻碍历史前进的障碍，但随之，他自己也成了另一道障碍，他革了崇祯的命，最后也成了被人革命的人。在这个过程中，自身的局限性，使他不断的犯错误，而当他杀掉了李岩时，他的错误终于犯到了头，他与崇祯成了一种人。
大清算（4）
李自成死的这一年，有一个人很欣慰的看到了这个结果。这个人，就是与他反复离合互相倾轧了一辈子的“同志”张献忠，这时张献忠，已经在四川称帝，建立大西政权。
在他称王的两年多时间里，四川人民过上了地狱一样的生活。这个残暴、冷血、狡诈、无情的匪首，几乎任性的将四川一省人全都杀光了。他在称帝期间，杀人是他最频繁也是最有创意的活动，他杀对手、杀百姓、杀下属、杀亲人，无人不可杀，无时不杀人。他还在四川留下了一句著名的名言：“天下之人皆可杀！”在这个恶毒的诅咒中，他很快乐地看着曾经的战友李自成被清军和吴三桂穷追猛打，直至身死他乡。李自成在最危难的时候也没有想过去找他，当然，他也不会为这个昔日的战友提供一丝一毫的帮助。
李自成死了，对他来说，可能是世界上最开心的事，但是他忘了，下一个轮到这命运的人，就是他自己。一###六年，这时已经是顺治三年，吴三桂和豪格进入四川，对他的清算开始了。战争打了一年，张献忠兵败，不得不撤出成都，转战陕西西安，这里也曾经是李自成的故乡。在西安凤凰山上，一支冷箭射在他的头上，令他“痛极而亡”。在极度的疼痛中，不知张献忠可曾看见那些曾被他用诡计清算过的人，他们都是前明的一代名将，熊文灿，杨嗣昌父子，陈奇瑜，曹文诏，左良玉等等，这个擅于算计别人的疼死在凤凰山下。他死后，他的干儿子孙可望、李定国、刘文秀等人，相继走了或是降清或是投明的不同道路，还要在历史舞台上再起风云之势多年，但这些他已经不能再看到了。随着张献忠的死，崇祯一生没有解决的流民之祸结束了，在清朝后来几百年的统治中，再也没有这样大规模的流民之乱。
在历史的车轮面前，其实并没有真正的胜利者，此时的胜利者，可能在下一个时刻就会失败的更惨。比如崇祯，十几年前，他清算了魏忠贤，成为复兴大明帝国的希望，十几年后，他被李自成革命，自己成了孤魂野鬼，再比如李自成，他要了崇祯的命，几乎拥有了天下，但一夜间，他比崇祯死得更惨。
历史就是这样，笑声永远属于后来者，但其实没有人能够笑到最后，因为谁也无法预料到以后的事情。
李自成死后，南明王朝进行了艰苦的抵抗，相继解体，清朝用了十几年的时间，终于完成了天下的大统，但接下来遭到清算的人，竟然是大功