了伊犁的沙俄则暂时坐山观虎斗，试图在其中搞势力均衡，分而治之。
“大军未动，粮草先行”，出了玉门关，关外大都是戈壁沙漠，粮草和水源非常重要。出征前，左宗棠加紧筹运粮饷，并对出征军队进行了整编，用新买来的西式火器大大改善了部队的武器装备，其中就有威力巨大的开花炮，这在后来的攻城战中发挥了重大作用。
最后，出征大军整编成了以道员刘锦棠部、都统金顺部、提督张曜部为主的作战部队，兵力约六七万人，刘锦棠被委派总理行营营务，负责前线指挥之责。经过缜密的分析和周全的准备后，左宗棠制定了“先北后南”、“缓进急战”的战略，先拿下北疆，随后再进军南疆。
“提戎敌忾效前驱，马蹄蹴破天山雪。”计划制定后，已经六十五岁的左宗棠不顾边塞之苦，指挥大军向新疆进发，出关西征。临行前，河西走廊沿途的榆柳，“自肃州（酒泉）以西至玉门，连绵数千里，绿如帷幄”。这些树都是左宗棠署理陕甘总督时命人广为种植的，时人称“左公柳”。
古诗有云，“羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关”，如今玉门关外的“左公柳”，也在春风里摇曳多姿，也许是为老帅和将士们默默送行并预祝他们得胜归来吧。
1876年4月，左宗棠将自己的行营从甘肃省城兰州移驻到肃州（今酒泉），就近指挥收复南北疆之战。张曜部先行进入新疆屯军哈密，金顺部则屯军巴里坤、古城（今奇台）一带，为进攻乌鲁木齐做准备。
随后，左宗棠令主力部队刘锦棠部分批出嘉峪关，取道哈密后前往巴里坤会合金顺的部队，先取北路；张曜部则固守哈密，以防范敌人从吐鲁番东犯，抄了清军的后路。
阿古柏得悉左宗棠所率的清军已经西进，赶忙由阿克苏奔至托克逊，召集党羽们部署防御。最后，以刚投奔过来的白彦虎和新疆叛党马人得两部伪军驻守乌鲁木齐等北疆要地；另又派兵防守胜金台、辟展（今鄯善）一线。阿古柏以为清军会南下进攻，因而把主力两万多人都布置在了达坂、吐鲁番、托克逊，分兵把守，试图顽抗。
令阿古柏没有想到的是，1876年8月上旬刘锦棠和金顺二部清军从阜康出发，避开大道走小道，声东击西，出乎意料地迫近乌鲁木齐北面重地古牧地（今米泉）。原来大道虽然进军速度快，但供水相对困难，而小道速度稍慢，但水源充足，乘其不备，倒有奇兵的效果。
白彦虎、马人得等匪徒一时没料到清军来得如此之快，顿时慌了手脚，乌鲁木齐的外围据点很快被刘锦棠所部扫清。随后，刘锦棠和金顺军队逼近乌鲁木齐，这时，左宗棠出征前置买的开花大炮立刻派上了用场。大炮一开花，清军很快就把城墙轰出了一个大缺口，并顺势从缺口冲入城内，只闻杀声震天，白彦虎、马人得等叛军被打得屁滚尿流，仓皇南逃，清军一举收复了乌鲁木齐。
随后，左宗棠命刘锦棠部驻守乌鲁木齐，继续清剿阿古柏方面的残敌，并以主力之势震慑阿古柏不敢北犯；有了刘锦棠部的屏护，左宗棠又命金顺率军继续西进。昌吉、呼图壁及玛纳斯北城的守敌听说乌鲁木齐已经被清军收复，大都闻风溃逃。只有玛纳斯南城的守敌负隅顽抗，金顺部攻打了一个多月也没拿下，后来刘锦棠和伊犁将军荣全先后赶来增援，才最终占领该城。
至此，被阿古柏军占领的天山北路之地已经全部收复。而这时冬季已经来临，北疆大地，白雪纷飞，银装素裹，一派北国风光。由于大雪封山，双方无法展开军事行动，刘锦棠等便在天山北路筹集粮草，整练军队，以待来年进军南疆。
这里要简单提一下前军主将刘锦棠。刘锦棠，字毅斋，湖南湘乡人，父亲刘厚荣和叔父刘松山，都是曾国藩一手带出的湘军将领。刘锦棠十岁时，父亲在镇压太平军时战死，刘锦棠便一直跟随叔父刘松山南征北战。1870年，刘松山在平定叛乱时被击身亡，左宗棠便推荐刘锦棠继续统率他叔父留下的老湘军。刘锦棠接任后，立下了赫赫战功，左宗棠也识人善用，委派刘锦棠为西征的前军主将，是年他不过三十一岁。
西域展雄风，唯我左大将军（3）
1877年4月，经过一个冬天的休整后，左宗棠指挥清军对阿古柏匪军展开强大的攻势：主力刘锦棠部自乌鲁木齐南下攻打达坂城；张曜部从哈密出发西进；记名提督叫煺彪部从巴里坤出发，至盐池与张曜部会合，一起进军辟展和吐鲁番。
刘锦棠部的湘军子弟果然非同凡响，他们以迅雷不及掩耳之势奇袭达坂城，毙敌三千，迅疾破城。随后刘锦棠分兵一部分助攻吐鲁番，自己则率主力直捣托克逊，阿古柏的次子海古拉见清军来势汹汹，抵抗了没多久，赶紧弃城西逃。与此同时，张、徐二部清军也捷报频传，连克辟展、胜金台等地，逃到吐鲁番的白彦虎守敌望风西窜，马人得见逃无可逃，只好率部投降。
至此，南疆门户洞开，平定全疆指日可待。
兵败如山倒。阿古柏见大势已去，5月下旬在库尔勒气急暴病而死。有人说阿古柏是因浩汗被沙俄占领（1876年）而绝望自杀的（那好歹能算是浩罕爱国人士），但也有人说是被人毒死的。不管怎么说，反正这个在新疆兴风作浪十几年的阿古柏总归是魂归西天了。
阿古柏的次子海古拉扛着老爸的灵柩继续西逃，跑到了叛贼白彦虎防守的喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地。阿古柏长子伯克·胡里害怕弟弟前来争夺王位，假装前去库车迎接老爸的灵柩，却偷偷派人将海古拉给宰了，自己在喀什噶尔称王，先过几天干瘾再说。
1877年秋，在短暂的休整后，左宗棠以刘锦棠部为主力，张曜部为“且战且防”之军，相继长驱西进。这时，饱受阿古柏荼毒之苦的南疆各族人民，纷纷起来配合清军作战。10月，刘锦棠率领湘军子弟驰骋两千余里，势如破竹，很快收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。
最后的残敌，困守在剩余的南疆西四城：叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、和阗（今和田）和喀什噶尔。大军当前，其内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云乘机反正，固守喀什噶尔汉城等待清军救援。刘锦棠得到消息后，立即挥军分路前进，于12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔三城。遭到毁灭性打击后，伯克·胡里和白彦虎等人逃入俄境，了此残生。
1878年1月2日，清军总兵董福祥攻克和阗，阿古柏的残余势力被彻底荡平。董福祥本也是一介枭雄，后来投靠了左宗棠为清廷效力，后来在庚子年中还惹下了大麻烦，后叙。
至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。当清军收复天山南北之后，喀什噶尔回城西北树起了一个“明瑶洛纪功石碑”，以纪念新疆各族军民平定阿古柏入侵的重大胜利。
心怀鬼胎的英俄两国没想到阿古柏失败得如此之快。说实话，英国人是真打算帮阿古柏割裂新疆并使之成为其印度势力外围的，但由于地理条件的限制，加上担心过分触犯俄国，英国也只能给予阿古柏有限的外交与军火支持。刘锦棠在攻克阿古柏军的后方巢穴时，就俘获了一些英国、土耳其教官和工匠，并缴获了大量英国军火。
而俄国人担心英国人的势力通过阿古柏进入新疆后威胁到自己在中亚的利益，最开始还想假手清军，直接打击阿古柏以间接打击英国，并从中消耗清廷的力量，弄个三败俱伤的结果，俄国人渔翁得利，便可永远占领伊犁地区。
据说，左宗棠动员军队西征的最初，俄国军官还特意至兰州，对左佯示友好，说只要中国收回北路，即交还伊犁，并愿为清军代为置办粮食。但后来一看阿古柏快要战败的时候，俄国人反过来给阿古柏运送军火，不再将粮食转售左军。很明显，俄国人想在里面玩势力均衡，其手段也未免露骨了一点。
俄国看左宗棠进军迅速，还想拉阿古柏一把，但阿古柏太不得民心，败局难以挽回。而此时俄国刚侵占了中亚需要消化，也不愿意全力卷入新疆之事。而清军这边，主帅左宗棠意志果决，计划周密，加上湘军主将刘锦棠又善于用兵抚众，终成大功。
西域展雄风，唯我左大将军（4）
值得一提的是，平定新疆阿古柏之乱的刘锦棠所率湘军，大都是生长于鱼米之乡的湖湘子弟，这些年轻人在西域风沙漫天、戈壁千里的战场上一展雄风，为保住祖国宝贵的疆土而披坚执锐、义无反顾，很多人甚至捐躯疆场，正如古诗所云：“醉卧沙场君莫笑，古来征战几人回？”
虎口夺食，伊犁谈判曲与折（1）
明代时，伊犁成为蒙古准噶尔部的游牧地。清朝初期，准噶尔部的噶尔丹发动叛乱，后来被康熙帝平定，伊犁地区再次牢牢地控制在大清帝国的手中。
1762年，乾隆帝下旨设置伊犁将军府，号令天山南北。随后，一座新城拔地而起，乾隆帝赐名“惠远”城，作为伊犁将军的驻地。在很长一段时期里，惠远一直是全疆的政治、军事乃至文化中心。只是在后来沙俄入侵时，原惠远城被夷为平地，现存的惠远故城钟鼓楼也是1883年在原址7公里外按老城的模式重建的。
在修建惠远城的时候，伊犁河北岸又陆续修建拱宸、绥定、宁远、瞻德等八座卫星城，这些卫星城与惠远一起合称为“伊犁九城”，以拱卫帝国的西北边疆。伊犁将军府和伊犁九城的建立，与东部的乌里雅苏台将军府一起，形成了中国西北部的完整防线，是遏制沙俄东侵的最前沿。
1842年，遭革职的林则徐被发配到惠远城。作为一名经验丰富的水利专家，林则徐在当地开凿了一条河渠，引入奔腾的喀什河水，穿越了今天的伊宁县、伊宁市、霍城县，全长约一百多公里，河北岸一百五十多万亩农田由此得到滋润，并成为当时新疆最大的产粮区。为纪念林则徐的功绩，后人也常把这条渠称为“林公渠”。
伊犁九城对保卫我国西北部的主权发挥了重要的作用。物换星移，时光流逝，不经意间，这九城大多已在近代岁月的销蚀中，逐渐退却了昔日的辉煌。九城中最东部的宁远城，如今已经更名为伊宁，由此发展出一座新的中心城市，并已成为现在伊犁哈萨克自治州的首府；九城中唯一保留了原名的古城是曾经风光无限的惠远，如今正以其丰富的人文旅游资源，每天都吸引着众多的游客来此寻访。
我们的祖先创业艰难，寸土寸金，得之不易。但在1871年，伊犁这样一片美丽的土地，却被一个叫做沙俄的强盗趁火打劫，强行占领。
卧榻之侧，岂容他人酣睡？在解决了外贼阿古柏的侵略之后，收回伊犁主权的问题也开始提上日程。1878年，清廷任命吏部侍郎崇厚为出使俄国头等钦差大臣，赴沙俄彼得堡谈判收复伊犁事宜。
崇厚出身满洲贵族，本是八旗镶黄旗人，曾任三口通商大臣并署理直隶总督。1871年天津发生教案后，崇厚被清廷派赴法国“谢罪”，是清廷里极少数出过洋的人。
伊犁草原
不过，据当时的出使英国大臣侍郎郭嵩焘（相当于驻英大使）说，他曾在巴黎和前往俄国的崇厚见过一次，问起崇厚对西洋各国的印象，崇厚啧啧叹道，洋鬼子的船坚炮利，兵力强大，实在可畏。郭嵩焘问他有无伊犁谈判的具体机宜，崇厚光扯些“伊犁重地，岂能不收回”之类大话，看起来信心满满，完全不在话下。郭嵩焘心想伊犁如此大事，崇厚竟把问题想得这么简单，对外交又如此蒙昧，恐怕要坏事。
果不其然，崇厚抵达彼得堡后，俄国人假意好生招待，以试探他的底细，后来发现此人在外交事务上根本就是个大笨伯，对俄国人的险恶用心懵懂无知，完全被俄国人牵着鼻子走。崇厚在彼得堡好吃好喝了大半年，最后在沙俄胁迫和欺骗下，擅自与沙俄代理外交大臣吉尔斯签订了《里瓦几亚条约》十八条（另有《瑗珲专条》、《兵费及恤款专条》、《陆路通商章程》十七条）。
崇厚所签的《里瓦几亚条约》，名义上把伊犁归还中国，但需要赔偿“代收代守”伊犁兵费及恤款500万卢布（合银280万两），而伊犁西境霍尔果斯河以西、伊犁南境特克斯河流域以及塔尔巴哈台（今新疆塔城）地区斋桑湖以东本属于中国的土地，统统划归了俄属。如此一来，伊犁实际上已成“弹丸孤注，控守弥难”的残破孤城。这样一个孤城，却还要花近三百万两白银来赎回，岂不荒唐？！
另外，《里瓦几亚条约》还规定：俄商在蒙古、新疆的贸易免税；通商路线增开三条；由陆路运入天津、汉口的俄国货物，进口税则较海路运入者减低三分之一；俄商在嘉峪关、乌鲁木齐、哈密、吐鲁番、古城、科布多、乌里雅苏台等七处增设领事。
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虎口夺食，伊犁谈判曲与折（2）
据说崇厚为了急于回国处理家事，在总理衙门已经电令不准签字的情况下，居然回电说该条约已经缔结，并于1879年10月2日擅自在条约上签字，随后又未经奉旨就擅自回国。
条约送回国内后，舆论大哗，国人皆曰崇厚可杀。清政府也觉得此约“流弊甚大”，拒绝批准，并将崇厚革职拿问，要处以死刑。正好当时左宗棠刚刚平定新疆阿古柏之乱，大臣们纷纷主张对沙俄采取强硬措施。
沙俄听到清政府拒绝批准条约的消息后，在我国东北和西北边境集结了大量兵力，并派遣舰队在中国海面示威，以发动战争相威胁，进行外交恫吓，妄图逼迫中国就范。
当时出使英国的郭嵩焘已经回国，他上书朝廷指出：现在的麻烦，是崇厚在懵然无知的情况下，已经签订了条约，如果我朝先允后翻，可能会引发更大的冲突。对于朝中主战的意见，郭嵩焘认为不到非不得已，不应轻言开战。沙俄不是阿古柏，一旦战事爆发，费财费力，旷日持久，恐难预料。何况，以目前大清帝国的实力，未必能和沙俄抗衡，一旦战败，恐怕要丧失更多的领土，倒不如先用外交手段，酌情而定。
历史证明，郭嵩焘的意见是明智的，十多年后，大清帝国连日本都搞不过，如果此时真和老毛子干的话，结果会怎么样，还真不好说。后来清廷便在郭嵩焘的建议下，改派当时已经出使英法的曾纪泽前往俄国，负责伊犁改约谈判事宜。
曾纪泽，字劼刚，曾国藩的长子，世袭一等侯，少负俊才，在京城常与在华西方传教士和外交官交游，喜好洋务，是晚清相当出色的外交官。1878年，曾纪泽派充出使英国及法国大臣，在英办理订造船炮事宜（为北洋舰队订造“致远”和“靖远”两舰）。受命后，曾纪泽又兼任了出使俄国大臣，前往圣彼得堡谈判改订条约。
出发前，曾纪泽认为，“伊犁一案，大端有三：曰分界，曰通商，曰偿款。筹办之法，亦有三：曰战，曰守，曰和”。按照西洋定约之例，分界是常守不渝的，而通商则可以随时修改，再者，俄国人声称自己是“代守伊犁”，因此，曾纪泽定下的战略是：在边界问题上寸步不让，在贸易问题上讨价还价，在赔款问题上可以商量。
曾纪泽到达俄国的时候，俄国已经派遣使臣布策前来催促条约签字。曾纪泽得知后便要求俄国外交部令布策折回，对伊犁问题重新谈判。在曾纪泽的坚持下，俄国代理外