曾纪泽到达俄国的时候，俄国已经派遣使臣布策前来催促条约签字。曾纪泽得知后便要求俄国外交部令布策折回，对伊犁问题重新谈判。在曾纪泽的坚持下，俄国代理外部大臣吉尔斯、副大臣热梅尼和布策参与了谈判。
俄国代理外部大臣吉尔斯见了曾纪泽后，虽然开始觉得有点心虚，但又不想丧失诈骗而来的成果，便拿出一副强硬的态度，说：“你们的全权大臣既然签约了，就没什么好商量了。”
曾纪泽针锋相对：“崇厚所答应的，大都超过了朝旨的授权，不能不加以更改。”
俄国人说：“你们朝廷要将使臣定罪处死，废除已经谈判好的条约，这样做有悖国际公法，你们中国人不讲道理，我们没法和你们再谈判。”
曾纪泽说：“中国的使臣违背朝旨，定失职之罪，和外国没什么关系，你们无权干涉。何况，现在考虑到贵国的颜面，已经将崇厚释放了。”
俄国人没话可说，便转移话题，说：“你们中国现在正在备兵备战，明摆着想破坏和平。”
曾纪泽说：“我们备兵并非是因为你们而起，主要是防卫边疆乱党余孽，并无不可。”
俄国人说：“既然你们已经备战，那我们也要派兵备战，这是你们所挑起的，你们要承担全部责任。”
曾纪泽说：“你们要这样说的话，我们也可以反过来说你们想破坏和平。两国要想和睦相处的话，本就不应该提备战之事。”
俄国人立刻觉得自己失言，便悻悻然地说曾纪泽不是“全权大臣”，不够谈判的资格。
曾纪泽说：“我现在是大清帝国委派的驻俄大使，完全有议约之权。”（曾纪泽当时是兼任出使英、法、俄三国大臣，相当于驻三国的大使，当时大清帝国外交人才匮乏，驻外大使往往是兼任。）
虎口夺食，伊犁谈判曲与折（3）
俄国人见曾纪泽不好对付，只好答应重新谈判。
为了给谈判增加筹码，清政府派左宗棠亲率大军离开肃州（今酒泉市），出嘉峪关，向哈密挺进。为了表明收复伊犁的决心，老帅左宗棠出征前命人备好棺木，“抬棺出征”，以鼓舞士气。左宗棠大军到达新疆哈密后，准备部署三路进兵收复伊犁：一路由金顺进驻精河从正面佯攻；
左宗棠手书“天地正气”，现存西安碑林
一路由张曜从阿克苏越过天山进击伊犁南部；一路由刘锦棠经乌什越冰岭直赴伊犁西面的后路。（孙占元：《左宗棠评传》）
此时，俄国也加紧调兵遣将，不仅增兵伊犁，还在黑龙江以北和乌苏里江以东部署重兵，并调集了二十多艘军舰组成一支舰队，由黑海驶往日本长崎，威逼京津，并扬言要封锁中国沿海，对清政府进行武力恫吓。
对于崇厚被判死刑（后改流放）的事情，各国外交代表出于职业同情也纷纷表示反对，英国女王还亲自写信为崇厚说情，紧接着又派人游说李鸿章说俄国人不好对付，万一打起来，场面不好收拾，并主动要求为中俄伊犁交涉调停。原洋枪队长戈登，还特意跑到天津面见李鸿章，不怀好意地说：“俄国人要进攻你们京城呢！如果你们打算作战，就赶紧把北京的近郊焚毁，把政府档案和皇帝都从北京迁到中心地带去，并且准备作战五年。”（马士：《中华帝国对外关系史》）
李鸿章听了之后慌忙上奏朝廷，说北京北边不安全，离海口又太近，洋兵易于长驱直入，无能阻挡，万一真和沙俄开战的话，危险太大。清廷听后信心动摇，又敦促曾纪泽早日谈判。
而当时的沙俄和土耳其关系紧张，加之左宗棠治军有方，不惜一战，刚刚在土耳其吃了亏的俄国人思前想后，觉得代价很大，最后不得不降低要求，以谈判解决问题。在这种情况下，经过反复的辩论和艰苦的谈判，1881年2月，曾纪泽与沙俄代理外交大臣吉尔斯和布策签订了《中俄伊犁条约》和《改定陆路通商章程》，其主要内容包括：
一、 沙俄归还中国伊犁地区，帖克斯河流域不再割让，但伊犁西部霍尔果斯河以西本属于中国领土的土地被沙俄占去；斋桑湖以东一带，中俄边界两国派员勘改，所有尚未设界碑的中俄各段边界都要派员勘定，安设界碑。
二、 赔款增至900万卢布（合509万两白银），限两年内偿清。
三、 俄商在新疆各地贸易，改“均不纳费”为“暂不纳税”。
四、 俄商只能到嘉峪关，免去到西安、汉口通商，仅允于肃州（甘肃嘉峪关市）和吐鲁番两地增设领事。
五、 伊犁居民“愿迁居俄国入俄籍者，均听其便”。（后来，沙俄利用这一条款，在1881到1884年间共掳去中国边民十万多人。）
这个条约和《里瓦吉亚条约》相比，除赔款增加了400万卢布外，在领土、界务和商务方面，中国都争回了部分主权。但《中俄伊犁条约》签订后，沙俄根据修改南、北疆边界的约定，于光绪八年到十年强迫清政府订立了《伊犁界约》、《喀什噶尔界约》、《科塔界约》、《塔尔巴哈台西南界约》和《中俄续勘喀什噶尔界约》等5个勘界议定书，分段勘定了中俄西段边界。在这个过程中，沙俄又蚕食了塔城东北和伊犁、喀什噶尔以西约7万多平方公里有争议的领土。
《中俄伊犁条约》签订后的第二年，清军进驻伊犁。
伊犁谈判，算是晚清外交史上的一次小胜，当然，这和左宗棠的军事后盾有很大关系，正因为清军不惜与俄国兵戎相见，才为外交赢得了主动，不然，任你口吐莲花，舌辩群雄，恐怕也无济于事。
阿古柏之乱和沙俄侵占伊犁的事件让清政府意识到，如果不加强控制的话，新疆很有可能会被列强侵夺。后来，平定阿古柏之乱的前军主将刘锦棠提出，新疆设立巡抚驻乌鲁木齐，受陕甘总督节制；下设镇迪、阿克苏、喀什噶尔三道，分别辖治哈密至乌苏的天山山脉一带、焉耆至乌什的天山南麓一带和喀什噶尔至和阗的昆仑山北麓一带；伊犁仍设将军，只管伊犁塔城边防，不再总统全疆军务。清政府后来批准了这一方案，刘锦棠被朝廷简派为第一任新疆巡抚。
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虎口夺食，伊犁谈判曲与折（4）
新疆设立行省后，清政府也放松了对内地人民迁居新疆的种种限制。为了吸引更多的无地农民到新疆，加快新疆农业的恢复和发展，刘锦棠修改了以往的屯田办法并制定新的招商引资政策，规定两名男丁为一户，给地60亩，屯民初到时贷给8个月的口粮及三石籽种，借给73两银子作为置办农具、牛只等费用；头一年归还一半，第二年还清，第三年征收额定田赋的一半，第四年起征收全疆田赋。
同时，刘锦棠还咨照内地各省督抚，欢迎贫苦无地农民来新疆开荒种地。在刘锦棠的鼓励下，内地很多农民纷纷移居新疆。这些移民屯田的办法，既稳固了西北边疆，又减轻了内地的人口压力，同时，也减少了内地农民起义的概率。在不破坏环境、与大自然和谐相处的前提下，移民新疆屯垦在当时是一个不错的方案。
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了却恩怨，中俄领土止争端（1）
马善被人骑，国弱被人欺。就在阿古柏覆灭前，沙俄于1876年灭了浩罕国，将边界延伸至帕米尔北界。
帕米尔高原，位于新疆南部，乃天山、昆仑山、喀喇昆仑山和兴都库什山的交汇处。此地山峦起伏，高峰处常年白雪皑皑，乃世界之高原。乾隆二十四年（1759年）清军平定“大小和卓”之乱时，曾追击叛军至此，并在苏满塔什立下《平定西部勒铭伊西洱库尔淖尔碑》，上有乾隆帝御笔撰文，乃我国对帕米尔拥有主权之铁证。
1885年，沙俄已将中亚地区尽收囊中，并与英国划定阿富汗地区的边界。南侵之路终结后，俄国人改为东向，并派遣探险队将我立碑偷偷移走，可谓是“做贼心虚”。随后，俄国人又炮制了“帕米尔乃浩罕遗产”之谬论，妄图强占该地。1892年，俄国不顾清军在此已增设哨所而大举南侵强占了我萨雷阔勒岭以西两万多平方公里的领土。
清政府对此提出了多次抗议，但由于1894年中日战争爆发，无暇西顾，沙俄乘机要求清廷默认这一非法占领。即使在被日本弄得焦头烂额的情况下，当时的清政府对此也未予承认。沙俄从此也就不再理会，一直霸占该地。
甲午战争的失败，给中华民族带来了巨大的灾难。1896年6月，沙俄利用中国战争失败的困境，借口“共同防御”日本，诱迫清政府签订了《御敌互相援助条约》（又称《防御同盟条约》），学术界一般称为《###》。
《###》的主要内容是：
一、 如日本入侵俄国远东或中国、朝鲜土地，中俄两国应以陆海军及军火、粮食互相援助，战争期间，中国所有口岸均向俄国兵船开放。
二、 中国允许华俄道胜银行接造一条由黑龙江、吉林至海参崴的铁路，无论战时平时，俄国均有权使用该铁路运送兵员、粮食和军械。
由此﹐俄国修建的西伯利亚大铁路通过中国领土上的中东铁路，直达海参崴。关于这条铁路，在后来的50年中，可谓是风云变幻，一言难尽。就当时而言，中东铁路使得俄国人的势力进一步深入中国东北三省，等于把中国的东北变成了俄国的势力范围。
值得一提的是躁动的庚子年（1900年）里沙俄在东北制造的累累血案。不久前，俄罗斯《政权》杂志援引俄罗斯档案馆珍藏的一系列秘密材料，披露了此次战争中一些鲜为人知的内幕。
1900年６月底，沙俄哥萨克两个步兵团从哈巴罗夫斯克（伯利）出发，率先越过中俄边境，开进东北。随后，沙俄其他部队分别从满洲里、布拉戈维申斯克（海兰泡）、乌苏里斯克等方向，兵分五路，向东北发动了全面进攻，总兵力达到十万人。
清末铁路上的机车和货车
7月中旬，沙俄军队开始进攻瑷珲，在猛烈的炮火下，瑷珲新旧两城都被轰毁殆尽。一周后，瑷珲城失陷，俄军长驱直入，黑龙江将军寿山战败后自杀殉国。7月底，齐齐哈尔被俄军占领。在瑷珲城沦陷的时候，呼伦贝尔也被攻陷，到8月中旬，吉林全境已落入俄军之手。
另一路俄军于7月底攻下珲春后，继而围攻宁古塔，在清军的顽强抵抗下，双方在宁古塔相持了四十多天，但清军终因弹尽粮绝，宁古塔于8月底被攻陷。旅顺口的俄军循海陆两路北上，相继攻陷营口、海城等地，10月1日进入沈阳。仅４个月时间，沙俄军队就已基本控制了东北全境。
在这次“中国远征”行动中，沙俄军队的损失微乎其微。当时沙俄国防部长在一份报告中称，在整个军事行动中，共有22名军官和220名士兵死亡，60名军官和1223名士兵受伤，而中国方面的损失则远远超过这一数目。
在八国联军进军北京之前，俄国人已在东三省制造了骇人听闻的大血案，这就是发生在7月16日到7月21日的海兰泡大屠杀和江东六十四屯大屠杀。1860年签订的《中俄北京条约》里把在黑龙江以北已经长期定居的中国居民划给了沙俄管理，如今沙俄已经容不下那些中国“沙子”，一定要去之而后快。
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了却恩怨，中俄领土止争端（2）
可以肯定的是，这种有意制造的大屠杀，具有明显的杀戮和恐吓性质，目的就是要把类似于海兰泡和江东六十四屯的中国居民全部赶出俄境，虽然这些中国居民在俄国人到来之前早已经在此世代定居。
在那极其悲惨的几天里，整个海兰泡和江东六十四屯地区变成了中国人的血泪场，数万同胞在如凶神恶煞般俄国兵的驱赶和杀戮下，哀鸿遍野，血流成河，滚滚黑龙江水都为之变色。
俄国人再怎么狡辩，也无法否认曾经的累累暴行。我们且随着中外各方的不同笔录，再次追忆一百多年前的那个悲惨时刻：
“到达上布拉格维申斯克（即海兰泡）时，东方天空一片赤红，照得黑龙江水宛若血流。……手持刺刀的俄军将人群团团围住，把河岸空开，不断地压缩包围圈。军官们手挥战刀，疯狂喊叫：‘不听命令者，立即枪毙！’随即，俄国兵一齐开枪射击。喊声、哭声、枪声、怒骂声混成一片，凄惨之情无法形容，简直是一幅地狱的景象。”
“二十一日（公历7月17日）午前十一钟时，遥望彼岸，俄驱无数华侨圈围江边，喧声震野。细瞥俄兵各持刀斧，东砍西劈，断尸粉骨，音震酸鼻，伤重者毙岸，伤轻者死江，未受伤者皆投水溺亡，骸骨漂溢，蔽满江洋。”
“这个地区，在我穿越它之前的不到四个星期，曾经是一个战场。欧洲的媒体对这个战场已经进行了大量的报道，但是它真正特点却全然被忽略了。”“这不是在黑龙江岸边发生的、有组织的交战双方的一场武装较量，这是一场对手无寸铁的全体居民的冷血屠杀以及对其家园的系统毁灭。”
“麻木的人们就看着黑龙江面浮满尸体，嗜血的凶手们全然不顾男人、女人或者孩子们的乞求。生活在海兰泡的六千中国居民，只有六个人幸免于难。”“凶手们惩罚受难者并屠杀那些试图在水中自救的人。他们用受难者的长发辫把他们绑在一起，再投入水中。”
“二百余年积蓄，迫为国难，一旦抛空，黄童离家长号，白叟恋产叫哭，扶老携幼，逃奔瑷珲。对过长江阻梗，绕越不能，露守江滩，群号惨人。”“江东屯仓，俄兵举火烧平，愁烟蔽日，难民避无处，哀鸿遍野。”（以上材料来自一篇网文：《让中国人寒心一辈子的俄罗斯地名》）
这些记录，今天看来仍旧是触目惊心，恍如隔世。
江东六十四屯惨案发生后，俄国人还为自己的暴行百般抵赖，甚至狡辩说“中国人围攻海兰泡，俄国人是正当防卫”、“中国人是主动撤离，俄国人并没有驱赶”等等。更无耻的是，某些俄方人士声称，海兰泡、江东六十四屯这些地方，“自古以来就是俄罗斯领土”。只是很奇怪的是，中国人怎么会在老毛子之前定居在那里，那些地方怎么又会全是中国的地名。
瑷珲纪念馆有一幅大型铜雕，叫《痛失》，一位母亲抱着自己的女儿，尽管女儿还很丰腴，却静静地死在母亲的怀中，这大概就隐喻着海兰泡和江东六十四屯等地区的丧失吧。
而就在瑷珲的河对面，如今俄罗斯布拉格维申斯克（海兰泡）的博物馆里，也有一幅油画，描绘的却是“中国人在围攻海兰泡”的场景：城内燃着熊熊的大火，中国人像潮水一样从四面八方围攻海兰泡，而“英雄的”俄罗斯儿女正在为捍卫自己的“故土”而奋战。具有讽刺意义的是，1900年海兰泡的惨案，在这里居然被描绘成了俄国人伟大的“卫国战争”。
“江东六十四屯今犹在，何人光复大江东。”
这首《龙江吟》，是曾经负责交涉收复江东六十四屯的清代瑷珲副都统姚福升当年写下的诗，作为一个中国官员，面对国人被屠、国土被夺的遭遇和当时这样一个不可能完成的任务，这种无能为力和无奈，又该向谁去述说呢？
俄国人贪婪的脚步并没有因为制造这些血案而停止。1911年12月，沙俄乘着中国爆发辛亥革命的机会，积极策动外蒙古分裂势力宣布“独立”。1913年11月，又迫使袁世凯政府签订了《中俄声明》文件，承认外蒙古所谓的“自治权”和沙俄对外蒙古的实际控制，条约中，沙俄只�