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临撤退时，他下令部将田见秀把西安城内所有建筑和仓库烧毁。幸亏这位田将军还算有人性，只点燃了东门楼和南月城楼，为西安百姓留下了御寒的房屋与粮食。李自成撤退途中回望西安城中烟火冲天（两个城楼着火），以为田见秀完成任务，这才满意地放心而去。
李自成逃离西安，原先西北地区的明朝降将纷纷降清。白广恩、马科、郑嘉栋等前明总兵纷纷成为“大清”将领。整个西北，只有榆林的高一功是李自成旧部，坚守不降。
从西安逃离时，李自成手下人马仍有十三万之多。依理，如果他急速行军，抢在清军之前杀往南京，最起码可以把东南一带富庶地区占为己有。但不知为什么，李自成走到河南内却耽误了不少时间，估计是临行前士兵们拖家带口拉金银，严重拖慢了行军速度。
不久，清军阿济格部逼近，农民军在三月中旬往湖北方向逃窜。清军边追边打，共交手八次，每次结果均为“大顺”军告输。
李自成部队打不过清军，却渡过长江，在荆河口大败左良玉部明军，吓得这个一直“养寇自重”的明朝军阀率部移向南京。他借“北来太子案”为由，要找当时已在南京建立的弘光小朝廷算账。大敌当前，他不思同仇敌忾，反而与自己人“窝里反”，左良玉的人品可见一斑。
这样一来，“大顺”回光返照，武昌、襄阳均落入李自成之手。他集军二十万，准备攻取南京。但清军没有给李自成机会，未等农民军喘息，已经追至武昌。李自成只得弃城接着逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀，“活神仙”宋献策也投降了清军。
湖北、江西等地大败，农民军消耗极大，李自成身边仅剩下万把人。这时候，清军多铎部已经自河南商丘和安徽泗州分头行军直扑南京，东下水路因无船也走不了，李自成只好掉回头往西南方向跑，想穿越江西西北部转战湖南。他已习惯于到处转战，逃跑对他来说不是一件辛苦事儿。
五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成命令手下军人就地扎营造饭。他胡乱吃了几口，就率二十八名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。
附近的山民听说有“贼人”到，而且人数不多，只有数十骑，就纠集了数十人来杀。这些农民，后来被某些文人描绘成“地主团练武装”，这完全是瞎掰，他们其实都是老实巴交的农民，多年遭“流贼”之害，一直怒气满胸。最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股几十人的小部队，故而有胆上来厮杀。如果他们知道对方其中一人是“大顺皇帝”，如果他们知道附近有数千农民军，吓死他们也不敢出头。
李自成正在欣赏雨后青山绿水的风景，山上的村民突然出现，纷纷抛举大石往下砸。李自成手下人马立刻惊散。仓猝之间，李自成拍马就跑，与同行的二十多人完全失散。
逃到牛背岭，慌不择路，又遇山间小气候的滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。
农民程九伯见李自成一人独行，身边又有匹好马，立刻手持锄头窜了出来。李自成毕竟是身经百战的大将，反应自然灵敏，就徒手与程九伯格斗起来。程九伯当然不是李自成对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出来。
半明半灭大明朝（23）
此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，嚓的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。于是，舅甥二人欢欢喜喜，不顾李自成脑浆迸裂的尸体，牵马而去。
后来，李自成余部被活捉，地方官府知道了山间的尸体乃李自成，就多次到山中晓谕，表示杀李自成者可受重赏。
程九伯起初不敢自认，后来听说李自成的样子和被杀地点与自己当天所遇一模一样，才大着胆子出山“认功”。由此，他不仅获赏银千两，还得到清朝总督的“亲切接见”。这时候，程九伯才由山民变为“地主阶级”。
一下岗驿卒死于一农民之手，结局充满了隐喻般的黑色幽默。
李自成所率的农民军残部，刚刚吃饱饭，忽然，跑回的一个卫兵哭诉“万岁爷被乡民杀死”，一时间农民军满营痛哭。
可叹这一切，杀人“真凶”程九伯根本不知，与外甥一起在山中小屋看着草地上的大马傻笑。
至于日后流传的李自成病死或出家之说，均是野史逸闻。清初以来无数考家考证推断，确系无稽之谈，把简单之事弄复杂而已。
覆巢之下无完卵
——清廷对崇祯三子及明宗室的杀戮
崇祯自杀后，李自成入京，对其三个儿子太子朱慈烺（周皇后生）以及朱慈焕（田贵妃生）、朱慈灿（周皇后生）均未加以杀害。自山海关败后，李自成败逃出北京，明太子绯衣乘马随乱军之后，虽然颠沛，却仍旧活得好好的。
乱离之中，兄弟三人运气还算不差，凤子龙孙，金枝玉叶，沦为街边巷口厮养仆役，搬砖乞食，总能弄口饭吃。
太子朱慈烺在兵荒马乱中生存下来后，回到北京，投往其外祖父周奎处。
周奎这个老坏蛋，明亡前不肯出银子饷军，李自成入京后，他由于及时献媚，竟免于被处死的命运，连刘宗敏的大夹板也没能把他夹到。
太子朱慈烺先是找到宦官常进节，细诉因由。太子他本人虽出生在北京，但一直生养深宫，只去常家玩过，记得他府门的特征，故而寻摸着找到了这位前明太监。常公公不敢怠慢，但当时已是大清天下，也不敢留他，就对太子说他妹妹长平公主（被其父亲崇祯帝杀之未死的那位）在姥爷周家。兄妹情深，又是血亲，太子便让常公公带自己去见周奎。
太子时年十六七，他之所以如此胆大露面，也与清军入北京后的政治大气候有关。
多尔衮入京后装模作样殡葬崇祯皇帝、皇后，追谥崇祯为“怀宗端皇帝”，陵号为“思陵”，明白表示天下是取于“贼”，而不是取于明，宣扬清军是为明朝“复仇”。这种政治秀，使得明太子误认为他可以以“真身”示人。他可能这样想，伪大顺政权不仅会让他活着，还给他个“宋王”封号。那么，“仁义”的大清，应该不会比李自成差吧。崇祯太子，毕竟是年轻人，就是这样天真！
周奎初见太子外孙，非常惊讶，即时引长平公主来见。兄妹二人相持痛哭。初见时候，周奎与其侄周绎待太子非常客气，行坐宴饮间均待之以君臣之礼。到了晚间，长平公主持一锦袍送给太子，嘱咐他不要再来。兄妹依依不舍地告别。
太子在外冻饿数日，思念妹妹，更思念外祖父家锦衣玉食的温暖，隔了几日，他忍耐不住，再次登门。此次，周奎的侄子周绎负责接待，老东西本人没再露面。
周绎戒嘱太子说：“千万别说你自己是太子，有人问你，你就说姓刘，说书为生，如此可以免祸。”太子皇家脾性，非常固执，坚决不肯。这种偏执，颇类其父。周绎很生气，就把这位表弟逐于门外。太子吵嚷，双方隔门大骂，周绎本人还冲出去对太子拳打脚踢。
恰巧，清兵巡逻队经过，见前明皇丈门前喧哗，事出可疑，就把太子与周绎一同抓起，送往刑部审问。
官府中堂之上，清朝一般是由满汉两名官员共审。汉官是刑部主事钱凤览。他问明情由后，怒从心起，撩衣下堂，冲着周绎脑袋上猛击一拳，大骂他“背主负恩”。从人情上讲，周绎如此对待前朝太子爷，确实说不过去，且钱凤览本人也是儒家思想教育出来的汉人，尤觉不能容忍。
在堂的满人刑部尚书定不了案，此事关系重大，只能下令把各人先收监再说。
老坏蛋周奎急了，他深知此事关涉自身性命，连夜奋笔疾书，具疏上表，直递多尔衮。他坚称被逮的不是真太子。
多尔衮听说崇祯太子落案，非常紧张，马上派人押崇祯的太子到宫，进行廷勘。同时，他召集昔日太子的锦衣卫扈从十人以及明朝宗室晋王前来认人。十人一见太子，立即下跪敬拜，异口同声说：“此真太子！”至于明藩宗室晋王，支吾不语。
太子激愤，恨外祖父家寡情，切齿道：“我来周家，只为看望我公主妹妹，没别的想法。现为周奎叔侄出卖，无论真假，大概逃不出一个‘死’字，也不用再审，给我一刀就好！”
话虽这样说，少年人实际求生愿望很强。
多尔衮弄清楚堂上所立玉面少年真的是崇祯帝太子，立即下令，把作证的太子十名锦衣卫官兵及前明宦官常进节都关入牢狱。
半明半灭大明朝（24）
刑部主事钱凤览不知多尔衮阴毒心事，他上疏道：“观周奎疏中所言，他已明说是自己要大义灭亲，以真为伪，为大清除害，请朝廷以仁义为重，认真对待此事。”
多尔衮自有主张。经过安排后，又进行审讯，在刑部会集更多官员听审，并派明宗室晋王和前明大学士谢升来当廷质认。
晋王下死口说不是真太子；谢升看了一眼少年人，也摇头称非是。
太子高声对谢升说：“谢先生，您在东宫给我讲课，城陷前还给我讲‘临危授命’一题，不知您还记得吗？”谢升大惭，一揖而退，仍旧默不作声。
主审汉官钱凤览见状愤恨，怒斥谢升与明宗室晋王不仁不义。此时，他仍未揣摩到清廷主子多尔衮的真意。
审毕，各人仍皆送监严加守护。于是，多尔衮坐便殿，把满朝文武大臣（包括在北京降清的前明朝臣）都唤来，探究大家对此事的意见。前明臣子们多是人精，皆唯唯而已。只有钱凤览与另外一个汉臣赵开心力争这个崇祯的太子为真，希望清朝恩养。
多尔衮沉默了一会儿，忽然拍案而起，大怒道：“真假且不必争，朝廷自有处分。但晋王乃前明王子，谢升前朝大臣，钱凤览出言不逊，无上蔑尊至极！伪太子及有关涉案人员，包括钱凤览，赵开心，皆斩首示众！”
有人假惺惺求情，多尔衮“开恩”：“钱凤览毕竟本朝臣子，赏他全尸，斩刑改为绞刑，赵开心免死。”
清廷狱具，认定崇祯太子是“伪太子”，而案件的“证人”为崇祯妃子“袁妃”和明朝的宗室晋王。晋王不必讲，此人乃外藩，先前为清军在山西所俘，他本人根本没有见过太子，满爷爷让他说啥他就说啥。另外一个“袁妃”，也是假冒，真袁妃在北京城陷前已被崇祯帝亲自砍死，清政府自己入京时曾布告过“礼葬”故明的帝、后、妃子，其中就有袁妃在内。这件事情，大概多尔衮自己都忘了，或者他就是强权当真理，说什么就是什么，毫不顾及。
至于定案时作证的“袁妃”，其实是当年魏忠贤的“义女”，即送给天启皇帝玩弄的任妃。这个坏娘们居冷宫多年，求媚清朝新贵，自告奋勇做假证，不足为怪。
最终，不仅崇祯的真太子被杀，引他见周奎的宦官常进节以及十名承认他是太子的前明锦衣卫官兵，皆一同被杀。
大约在北京“太子案”的同时，南京也有“南都太子案”。其实这个“太子”乃前明驸马都尉王昺的侄子王之明，冒充太子名号想得享富贵。当时，在南京即位的弘光帝也很紧张：“太子若真，将何以处朕！”奸臣马士英等人为了保住自己地位，自然严刑拷求。当时，南方地区广大士民痛恨马士英等人，对他们怀有成见，所以大多数人反而认定这个太子是真的，各地将帅，包括史可法、何腾蛟、左良玉等人均上疏力挺这个假太子。后来，史可法从前往北京的南明使臣左懋第处知道真太子在北京，非常后悔，曾致书马士英承认过错。左良玉这个弄权跋扈的大将，却反而以拥护“太子”的名义起兵窝里反，发大兵向南京进攻。
所以说，当时南北两个“太子”，北京的是真，南京的是假。如此明白的史实，至今却仍有不少学者喋喋不休地吵个不停。其实，早在20世纪早期，学者孟森已经列出详实历史档案对此有了定论，但由于孟教授以古汉语笔法写出，今人基础不厚，又不钻研，故而仍旧争来争去，实为荒谬至极。
清廷对待明朝宗室，表面加以恩礼，其实养起来的却是疏远小宗，明皇近亲直系，屠戮无遗。究其机心，险刻深远。自然，他们对前明公主等女性亲属毫不为意。长平公主知道哥哥被杀后，愤然出京，但清廷强迫她出嫁，不久这位公主抑郁而死（金庸把她变成女大侠，实无此事）。
清朝初建的几十年间，打着“朱三太子”旗号起兵的有好几起，最有名的当属康熙时吴三桂起兵后那个以“朱三太子”起兵的“天地会”首领杨起隆。康熙十八年，湖南抓到了一个和尚朱慈灿，这位确是崇祯帝另外一个儿子，他从北京逃出时年仅十二，多年流落，幸免于难。康熙帝把他与杨起隆列为同宗，诬之为假，借口是北京城陷时朱慈灿年少，不可能逃脱，于是以“伪皇子”名义处死。
这还不算，康熙四十七年（1708年），清廷又找到了崇祯帝惟一幸存的儿子朱慈焕。明亡六十余年后，康熙帝十分阴狠地以“伪皇子”名目诛杀了此人。多尔衮时代，杀崇祯真太子，用心尚或可谅，当时南明未下，全国未定，明太子活着是个大隐患。但康熙后期，太平盛世，清朝坐稳天下，康熙出此毒手，真是至阴至毒之心，无非是对前明皇族斩草除根。
这件事情，案件当事人李方远在自己笔记《张先生传》中记得清清楚楚。康熙二十二年，李方远在一家路姓大户家中首次见到“张先生”，其人“丰标秀整，议论风生”，是个侃侃能言的美男子，自称姓张，号潜斋，在浙中大户张家为西宾（教师）。于是，二人交往密切，诗词往来，半年多内顿成密友。后来，“张先生”南行，二人拜别，二十多年没有通问消息。康熙四十五年，做过县令并已经卸任家居的李方远又见到找上门来的“张先生”，要求谋一教职养家糊口。老友相见，分外亲切，两人立刻欢饮畅叙。此后，“张先生”同时在不远的张岱霖家和李方远家教子弟读书。
半明半灭大明朝（25）
康熙四十七年阴历四月初三，李方远正与“张先生”下棋，清朝地方官府忽然闯进一批捕快，把二人一起抓起审问。李方远本人做过清朝饶阳县县官，确实不知自己犯了何罪。审至“张先生”，此人马上“坦白交待”：
我乃先朝皇子定王朱慈焕。崇祯十七年流贼破北京，先帝（崇祯）把我交给王内官。城破后，王内官把我交与闯贼领赏。不久，吴三桂与清兵杀败流贼，我被贼军中一姓毛的将军带往河南。他弃马买牛，种田过活。不久，由于大清捕查流贼很紧，毛将军弃我而逃。当时我十三岁，自己就往南走。行至凤阳，遇见一王姓老乡绅，知我是先朝皇子，就收留我在家，遂改姓“王”。过了几年，王先生病故，我就找寺庙出家。后来我云游至浙江，在古刹中遇见一位姓胡的余姚人，他叹赏我的才学，就把我请回家中，让我还俗，并把女儿嫁给我。后来，我又改姓张，以逃祸患。
清朝主审的钦差和两江总督等多名高官在