且还特别强调，之所以“忍辱负重，委曲求全”，“不肯张皇武力”，“并非无力安良除暴”，而是“冀其悔悟”，因为“财力枯竭，民不聊生”，国家不堪再扰乱了。⑨袁世凯明明是发动内战的祸首，却把自己说成是“为民请命”的代表。针对讨袁派在上海“运动二次革命”，“谆劝商家助捐筹饷”的情况，他于5月13日急忙颁布了一道文告，命令各地文武官吏“保卫商民”。他说：“如有匪徒借端扰乱，损害商人，惟该都督、民政长是问。本大总统誓将牺牲一切，以捍卫我无罪之良民也。”7月13日，他又颁发“提倡实业”文告，侈谈“营业自由，载在国宪，尤应尊重”。⑩袁世凯是善于玩弄政治骗术的专家。他装作关心商民的命运，目的是为争取资产阶级一般群众离开革命。各地商民大都受了袁的欺骗。辛亥革命时，他们曾经踊跃捐助军饷，支援革命；而今除少数激进者外，大多数对“讨袁”表示冷淡，甚至加以抵制。后来，袁氏还“传令嘉奖”各地商会“拒乱有功人员”。＇1＇
为了消除人们对他击败民主派后恢复君主制的忧虑，袁世凯一再公开表示遵守誓言，效忠共和国。
5月底，他对入京探听情况的章太炎说：“吾以清运既去，不得已处此坐，常惧不称，亦安敢行帝制，人之诬我，乃至于是。”＇2＇章太炎遂认为他无“帝国思想”，只有“终身总统之念”。＇3＇同时，袁世凯又特意接见上海《大陆报》记者弥勒。
弥勒问：“主张何种政体？”
袁：“自以共和政体为主张！盖共和既已告成，而又欲适用他种政体，其愚孰甚！”
弥勒：“近有人评论总统并不实心赞成共和，拟复君主制，有是事乎？”
袁：“予知此种谣传自不能免；然既为公仆，岂能逃诽谤乎！此种问题当留之以待后人之解决。余既为民国办事，必当尽余之能力，以求民国之成功！倘有破坏之危险，决非自余而生，必由于一般暴徒以破坏国家为主义者也。”
弥勒：“有人谓总统欲仿效拿破仑，信乎？”
袁（笑）：“余欲为华盛顿，非拿破仑也。华盛顿为历史中最有名人物，建造自由国，余何故欲为拿破仑而不为华盛顿乎！”
弥勒：“现在中国最要之事为何？”
袁：“对内对外均以和平，此为最要之事。”＇4＇
袁世凯一边搞政治阴谋，施放和平烟幕；一边已把军队集结完毕。6月初，北洋二、六两师已全部抵武汉。第六师前锋已至武穴田家镇。6月3日，直、鲁、奉、吉、黑、甘、陕、黔、滇等省都联名通电，猛烈攻击国民党讨袁派，声明“极端反对调合”。在京江西籍官吏，也以“人民代表”的名义上书袁世凯，要求制裁李烈钧。袁氏便以应“人民”的要求为辞，于9日突然下令免去李烈钧江西都督的职务，任命黎元洪兼任，并提拔李烈钧的部下欧阳武为江西护军使。14日又下令调胡汉民为西藏宣慰使，免去其广东都督，提升陈炯明继任。30日又调柏文蔚为陕甘筹边使，免去其安徽都督，由民政长孙多森兼任。陈炯明、欧阳武都是国民党员，袁暂时任命他们的目的，是为了分化自己的敌人。
袁世凯的突然袭击，使讨袁派措手不及，李烈钧、胡汉民和柏文蔚都不得不遵命离职。本来，张謇“调解”的条件之一是暂不撤换国民党的都督。袁世凯断然宣布这种任免令，表明他已将战前的准备安排就绪，从6月16日他给张謇的信中可以得到证明，他说：“其依附伟人诸辈气焰熏灼，俨同贵胄。亦不惜屏声忍气，曲予优容。而经年以来，彼党执拗，动辄骂人，肆意诬蔑，凡与鄙人稍有情感者，莫不吹求痛击，体无完肤……种种奇闻，现于沪上，调人络绎，名曰维持，而暴烈分子仍不住手，无非革心鄙人，破坏民国。即不为一身计，宁不为一国计？为公为私，退无余地，唯有行吾心之所安而已。倘伟人果肯真心息兵，我又何求不得，如佯谋下台，实则猛进，人非至愚，谁肯受此？”＇5＇
7月3日，袁世凯以江西湖口“匪党谋乱”为借口，命令第六师火速向九江推进。第六师二十四团（团长张敬尧）于5日进至九江附近沙河镇，与当地所驻赣军林虎旅交火。欧阳武急电袁世凯，恳请撤回北洋军。袁不仅置之不理，反而命令“六师后方各团及二师旅团、并第二混成旅团、海军各舰，迅速赴浔”。12日，李纯报告第六师进驻九江南门外，袁世凯当天任命他为九江镇守使。
当江西的枪炮声传到上海国民党总部时，国民党领导人仍然意见纷纭，没有统一的对策。孙中山见战火迫在眉睫，遂不顾党内一些人的反对，毅然发动“二次革命”，武力讨袁。
李烈钧（1882…1946），坚决拥护孙中山的主张。在被撤职前，他已秘密筹款，联络粤、皖各省，准备抵抗。离江西到上海后，他协助孙中山制定了讨袁的军事计划。7月8日，奉孙中山之命潜抵湖口。当12日北洋军兵临九江城下，“黑云压城城欲摧”的时刻，他以江西讨袁军总司令的名义首先举起义旗，发布讨袁檄文，痛斥“袁世凯乘时窃柄，帝制自为，灭绝人道，暗杀元勋，弁髦约法，擅借巨款……近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下”。最后向人民呼吁：“宜急起自卫，与天下共击之。”黄兴在一度犹豫之后，也决然投入讨袁战争。7月14日他到达南京，召集一、八两师军官，于次日强迫程德全宣布江苏独立，并和柏文蔚等人一起推举岑春煊为讨袁军大元帅，企图通过岑扩大影响。17日，安徽宣布讨袁，十天后柏文蔚抵安庆就任讨袁军总司令。18日，陈炯明在广东宣布讨袁。同日，陈其美率领上海讨袁军开始攻击制造局。居正占领吴淞口炮台。接着，许崇智迫使福建都督孙道仁宣布讨袁，湖南都督谭延在蒋翊武等人的压迫下通电独立。川军第五师师长熊克武在重庆举兵讨袁；接着，张百祥在绵阳、王天杰在荣县先后响应。大江南北一时燃起讨袁的熊熊战火，形成相当大的声势，这对袁世凯的反动统治是一次巨大的冲击。
从7月中旬起，袁世凯接连发出一道道文告、讨伐令、通缉令，诬蔑讨袁派为“乱党”、“暴民”，妄加“破坏民国，涂炭生灵”的罪名。他还故意把正义的抵抗说成是历史上“削藩召乱、移镇生变”的重演。好像讨袁派是分裂国家的罪魁祸首，只有他才是维护民族统一的“爱国者”和拯救人民的“救星”。在7月22日发布的命令中，他这样写道：“本大总统昔以仁柔姑息，延兹厉阶；今当以勇猛精勤，赎彼前慝。叛党欲破坏民国，惟本大总统责当保之，叛党欲涂炭生灵，惟本大总统责当拯之。垂涕伐罪，指心质天。纪纲所系，威信所关。虽怀痛悼，其安而已……本大总统老矣，六十老翁，复何所求？顾断不忍五千年神明古国颠复自我！但使一息尚存，亦不许谋覆国家之凶徒以自恣。冀与邦人诸友，含辛茹苦，冒险犯难，奠此国基，他日作共和幸民，扶杖山谷，以观治化，庶遂初志。”＇6＇
与此同时，袁世凯任命段芝贵为江西宣抚使兼第一军军长，督率二、六两师攻击湖口和南昌。任命冯国璋为江淮宣抚使兼第二军军长，督率四、五两师中杨善德、施从滨两旅以及雷震春、倪嗣冲各部，沿津浦路南下，攻占徐州、蚌埠后，分兵掠安庆、浦口。任命张勋为江北镇抚使，率辫子兵由兖州沿运河南犯，经清江南逼扬州，而后会合冯国璋军围攻南京。又派海军总长刘冠雄率领海军舰队南下，攻击吴淞口，海军次长汤芗铭率领长江舰队攻击湖口、九江等地。
袁世凯自始至终亲自指挥北洋军作战，不仅为军队规定了进攻路线和攻击目标，还直接唆使北洋军进行野蛮屠杀。他下令对起义者斩尽杀绝，“使无噍类”，“凡遇有自称取消独立之军队，必勒令缴械，给资遣散，诛其渠魁。倘借口取消，持械观望，仍以叛军论，勿稍姑息为要。”＇7＇当时，独立各省的军队还没来得及集中，六万余北洋军所面对的仅是江西、江苏、安徽三省境内的四万余讨袁军，而这三省的军队又是分散的，没有统一的指挥。双方军事力量的对比，袁世凯显然占了上风，而且他又有英帝国主义的支持，以及鄂、滇、黔、桂各省都督的输诚。如：黎元洪派兵威胁湖南。云南都督蔡锷派遣军队入四川，压迫熊克武。陆荣廷不仅镇压了广西境内响应讨袁的柳州起义，而且支援龙济光攻击广东。所以，袁氏自信在即将开始的决战中，会迅速击败对方，把局面扭转过来的。当血腥的杀气漫长江两岸时，他和妻妾乘画船在总统府南海上逍遥取乐，饮酒赋诗。每日必至瀛台一带漫步，“凡点缀风景之处，均亲自布置”。故意示人以闲情逸致。
各省讨袁军仓促应战，号令不齐，行动极不协调。更为重要的是，他们无视广大群众的力量，没有一个足以激发群众积极投入讨袁的政策。因此，在北洋虎狼军优势兵力的压迫下，很快陷入混乱。一些领导人首先动摇，“贸然一走，三军无主”，使军队失去了有效抵抗的能力。少数满怀革命激情的军官和士兵，在失去领导的情况下，浴血奋战，南京天保城五失五得，不少地方出现“孤城落日斗兵稀”的悲壮搏斗场面。然而，少数反袁勇士的英雄行为，终究不能改变历史性的悲剧。
如袁世凯所意料，北洋军节节取胜。7月25日，第六师马继曾旅和汤芗铭所率领的舰队联合攻陷湖口，袁世凯发犒赏银十万元。张勋怀着对辛亥革命时被打败的报复心理，倾其精锐南下，连陷徐州、清江，8月1日抵江北重镇扬州。同日，冯国璋陷蚌埠。7日，安徽第一师师长胡万泰被袁世凯收买，宣布取消安徽独立，呈上降表。11日，刘冠雄攻占吴淞口炮台。被袁世凯收买的龙济光所部粤军由梧州顺江东下，同一天进入广州。18日李纯陷南昌。倪嗣冲于28日兵不血刃地进入安庆。9月1日张勋、冯国璋攻陷南京。张勋入城后，纵兵烧杀抢掠三日。福建和湖南两省都督见势不妙，先后自行宣布取消独立。9月14日熊克武在重庆也遭到失败，讨袁军失去了最后一个据点。
仅仅两个月，南方各省反袁的力量全部瓦解，孙中山、黄兴、李烈钧、陈其美等被迫逃亡国外；蒋翊武、王天杰等被捕，惨遭杀害。资产阶级民主派遭到了一次灾难性的打击，辛亥革命所取得的一切成果都化为乌有。
袁世凯趾高气扬，大奏凯歌。他高兴地介绍自己的家庭女教师周砥给“凯旋”归来的心腹大将冯国璋作夫人。他任命倪嗣冲为安徽都督，郑汝成为上海镇守使，李纯为江西都督，龙济光为广东都督兼民政长，张勋为江苏都督。后来又调张勋为长江巡阅使（驻徐州），而以冯国璋继任江苏都督。袁世凯对腆颜降服的谭延和孙道仁都放心不下，派汤芗铭接任湖南都督，李厚基为福州镇守使，刘冠雄兼福建都督。黎元洪本来派鄂军攻湖南，又协助李纯攻江西，并趁机对当年拥护他当都督的革命党人狠下毒手，大加屠戮。他为袁世凯效尽犬马之劳，本想希荣固宠，保佐地盘。但是，袁世凯认为他毕竟不是北洋派，便于1914年1月派段祺瑞南下，把他强行“请”到北京，专任有职无权的副总统，从而取消了他的地盘和军权。袁世凯先让段祺瑞署理湖北都督，后来改派段芝贵接任。北洋军阀囊括了长江流域各省，据张一所记：“凡南军所已溃之地，悉以北军充之，于是，直东皖三省之白丁，人人首其缨而腰其刀，走卒厮养皆为高官，皂隶舆台尽充末将。”＇8＇
在战胜资产阶级革命民主派以后，袁世凯立即抽调兵力对白朗起义军展开围攻。白朗（1873一1914）是河南宝丰县人，从1912年末他就率领数百农民在鲁山、舞阳及宝丰一带“打富济贫”，到1913年下半年已发展到数千人，活动地区扩大、到豫、鄂、皖三省交界各县。袁世凯把白朗军视为大患，在他发布的围剿命令中，恶毒地诬蔑白朗为“狼匪”、“白狼”，可见他对起义农民是怎样的恨之入骨了。1914年初，他将镇压白朗不力的河南都督张镇芳撤职，派陆军总长段祺瑞兼任。并指令段赴信阳召开豫、鄂、皖三省会剿军事会议，制定围剿计划，限期消灭白朗起义军。由段祺瑞亲自指挥，参加围剿的北洋军共三万多人，除“豫南剿匪督办”赵凋所率领的毅军外，还有王占元第二师一旅，倪嗣冲一部，张勋一部以及王汝贤和陈文运各旅团。北洋军刚刚扑灭了“二次革命”，将悍兵骄，段祺瑞代表各将领致电袁世凯说：“扫靖匪氛，指日可待。”他们把白朗军切团围在商城、霍山、霍邱之间，妄想一鼓荡平。但是，事出袁世凯及北洋将领的意料，白朗军得到农民的支持，采取流动作战，从商城突破包围圈，风驰电掣般地向西挺进，从武胜关附近越过京汉铁路，进入桐柏山地区。3月中旬，突袭湖北老河口，缴获大批枪械弹药，队伍扩充至万人。白朗在此召开军事会议，决定避实击虚，乘胜入陕。攻占荆紫关后，由于受到孙中山派来的联络人员徐昂及沈姓参谋等人的影响，白朗整编了部队，改称“公民讨贼军”，自为“中原扶汉大都督”，接连颁布文告，传檄远近，怒斥“袁贼世凯狼子野心，以意思为法律，仍欲帝制自为”，号召人民援助讨贼军，推翻袁世凯政府。所部一度发展到二三万人。
帝国主义列强驻北京公使团要求袁世凯迅速扑灭白朗军，保护各国传教士。袁严词指责段祺瑞“军事迟缓”，他说“白匪久未平，各国报纸谓政府力弱，不足以保治安……续借款愈难办，关系全局甚重”。饬令段采取严厉措施，“克期扑灭”。
白朗军由荆紫关西进，于3月底和4月初接连攻克商南、龙驹寨（今丹凤）、商县、柞水，越秦岭，直逼西安。陕西都督张凤屡战屡败，“退守西安，一筹莫展”。当张凤调兵防守西安时，白朗乘渭南一带空虚，由子午镇附近疾驰西进，席卷县、、武功、乾县，“势如破竹，无当之者”。＇9＇在醴泉与陕军陈树藩旅激战后，回师袭取永寿、县，全陕震动。张凤十万火急地向袁世凯求援。
袁世凯见段祺瑞屡遭挫败，大损声威，遂调他回京，而派有“屠户”之称的陆建章为“西路剿匪督办”，率领新编第七师（由拱卫军12营和豫军8营改编而成）援陕，又派赵倜为会办，率领毅军五千入陕，继续尾追白朗军。同时，袁世凯命令川军第三师进驻汉中，扼秦岭各口隘，防白朗入川。又命令甘肃都督张广建调甘军及马安良所部回军至天水、平凉等地布防。又命张敬尧、陈文运、王汝贤各部由潼关、南阳各路堵截。袁世凯调集重兵，企图一举消灭白朗。白朗军在醴泉和县与陈树藩旅两次搏战，损失甚重，但由于陕甘一带哥老会纷纷归附，白朗的队伍很快得到补充，接连又攻克凤翔、千阳、陇县，进入陇中地区。甘军“临阵溃散”，白朗军纵横驰骋于通渭、陇西、天水、徽县、阶州（今武都）等地。
白朗原计划人川，因受到川军阻击，便从阶州折回。6月初，在伏羌（今甘谷）与赵倜军作战失利，白朗不幸负伤，遂决心带领队伍回河南家乡。6月中旬，经过几场激烈的战斗，白朗突破了北洋军在宝鸡附近的防线，进入陕西。北洋各军互相怨尤。“毅军诋甘军窳败不能战，甘将诋毅军不能遵围剿之约”致使白朗逸围而走。