抛弃袁氏，就无法保住他所代表的社会势力。因此，原来积极拥护袁的人，也变成了积极或消极的反对者。
当时，全国反袁的舆论中心在上海。孙中山从日本回到上海，联络各方面人士，坚决主张把反袁斗争进行到底。他发表《讨袁宣言》，愤怒地指出袁世凯是帝制的罪魁，无情地揭露了袁所谓“停战议和”的险恶用心，号召各地反袁力量“猛向前进”，“决不使危害民国如袁氏者生息于国内”。③另外，唐绍仪、谭廷、汤化龙、吴景濂、彭程万、胡景伊、张继、孙洪伊、张耀曾、井勿幕及一大批国会议员和社会名流，以各省“旅沪公民”或各界人士名义纷纷通电，或指出袁“盗国奴民”，“久已丧失总统资格”；或揭露袁“帝梦不成，皇冠强卸，又复退攫总统”，“无非忍辱一时，思为卷土重来”；或表示“吾四万万国民绝非无血气者，安能一再受其愚弄”，“戴兹罪魁”；或要求“扑杀此獠，以绝乱种”。全国各阶层纷纷声讨，对袁世凯展开了强大的舆论攻势。④
3月底，在川南和湘西，北洋军和护国军虽然达成暂时停战协议，但是，全国的反袁武装斗争方兴未艾，日益高涨，而以广东、浙江、山东、湖南、陕西最为猛烈。广东人民对帝制和龙济光的野蛮统治异常不满，武装起义遍及全省：广州及其附近各县有朱执信领导的中华革命军和徐勤率领的护国军，惠州、增城一带有陈炯明、邓铿组织的武装力量。潮州、汕头、钦州、廉州的驻军也相继宣布独立讨袁，广州大为震动。龙济光面临灭顶之灾，急电袁世凯求援。4月初，袁决定抽调驻上海的第十师一部乘军舰到广州，但当北洋军将要开拔时，龙在民军的压迫下于4月6日宣布“独立”。袁世凯可无奈何，只得放弃派兵入粤的计划，而企图派遣北洋军入浙江。因此，又立即激起浙江人民和地方军队反对北洋军入浙的风潮。在中华革命党人的策动和影响下，宁波、嘉兴先后宣布独立，一批浙军军官趁势把兴武将军朱瑞赶走，于12日宣布浙江独立，推巡按使屈映光为都督。不久，因屈暗通袁世凯，又被赶下台，改推举嘉湖镇守使吕公望继任。
广东和浙江独立后，反袁怒潮进一步高涨，南方独立各省即筹划成立政府。原来，梁启超于3月下旬已经到达广西，经陆荣廷和梁启超等策划，独立各省于5月8日在肇庆（今高要）宣布成立“中华民国军务院”，遥戴黎元洪为大总统，推唐继尧为抚军长，岑春煊为副抚军长，梁启超、蔡锷、陆荣廷、刘显世、龙济光、李烈钧等为抚军，又推举唐绍仪为驻沪外交专使。军务院表面上统一了南方独立各省的军事和外交，与袁政府形成对峙的局面。独立各省断然拒绝了袁世凯提出的议和条件，一致表示非袁退位，无协商善后之余地。稍后，
又提出将袁世凯“驱逐至国外”和“抄没袁世凯及附逆十三人家产”等作为南北议和的条件。
与此同时，袁世凯企图取得帝国主义列强援助的希望也彻底破灭了。自取消帝制后，袁政府即通过各种渠道向帝国主义国家的财团乞求贷款。经美国驻华公使芮恩施介绍，袁政府财政部与美商李·希金逊公司（Lee Higginson and Co。）于4月7日签订了五百万美元的借款合同。但是，此项借款人联名致电中国驻美公使和美国国务卿，声明拒绝承认。美商见势不妙，只交付了一百万元，就停止交付。⑤4月11日，驻日公使陆宗舆奉命向日本政府递交照会，要求“给予友谊的扶助”，并表示今后一定加强“两国亲善提携”。日本政府不予理睬。因为日本早已秘密决定“支持”护国军方面压迫袁氏退位，以便乘机“确定在华优势地位”。日本通过半官方的商人，贷款给岑春煊一百万日元，使肇庆军务院得以迅速组成。又贷款给孙中山，“支持”上海和山东中华革命军起义反袁。当时英国在欧战中正处于被动地位，自顾不暇。袁世凯的“老朋友”英国公使朱尔典表示爱莫能助，不胜遗憾，于四月中旬就忧伤地预感到袁氏“从政治舞台上消失的时刻已迫近了”。⑥
在内外交迫的情况下，袁世凯深知南北议和不能实现，自己若不退位，最后非以武力解决不可。遂决定调整和巩固北洋集团内部力量。他自以为北洋军中最有影响的段祺瑞和冯国璋都是他一手提拔起来的大将，与他休戚相关，取消帝制已满足了他们的希望，当不致反对他做总统。这时，徐世昌也认为“能战始能言和”，并极力举荐“善于兵事”的段祺瑞代替自己的职务。于是，袁世凯便决定派段接任国务卿。但是，出乎他意料的是，段对他包揽把持深为不满，公开表示不恢复责任内阁他很难效力。在万般无奈的情况下，袁只得于4月21日公布新政府组织法，声称以国务卿总理国务，组织政府，“树责任内阁之先声”。⑦次日，袁下令准徐世昌辞职，任命段为国务卿兼陆军总长，成立了新内阁。5月8日，又公布修正政府组织法，撤销政事堂，恢复国务院和总理名称。
袁世凯采取这一系列让步措施的目的，是要借助段祺瑞未附和帝制的名声，以便团结北洋势力，组成“战时内阁”，像镇压“二次革命”时那样，以武力打开新局面。而段于就职后又进一步要求他交出军权，组织名副其实的“责任内阁”。袁世凯发现段企图乘机取而代之，心中不免恼火，但此时正是危急存亡的关头，不敢使出昔日的威风，只得口头应允，实际采取拖延战术，对统率办事处、拱卫军、模范团等重要军事机构始终不肯放手。
袁世凯宣布取消帝制之后，阮忠枢就携带一篇拥护袁氏留任总统的电稿到南京，请冯国璋出面联合未独立各省将军照发。冯不愿再受袁的摆布，说此刻联名通电不利于和平解决，婉言加以拒绝。不久，袁又派蒋雁行南下，说政府直接讲和，甚为困难，希望冯从中调解，条件是袁留任总统。蒋和冯是同乡，关系密切，一向以叔侄相称。经蒋劝说，冯于4月18日提出和平解决八条，其第一条即为承认袁“仍居民国大总统地位”。这种条件理所当然地遭到护国军方面的严词拒绝。嗣后，在独立各省一致要求袁氏退位的压力之下，冯致电徐世昌、段祺瑞、王士珍，说“南军希望甚奢，仅仅取消帝制，实不足以服其心”。还公开要求他们劝告袁氏“敝屣尊荣，亟筹自全之策”。袁本来对冯已不信任，接阅电报，十分惊谎，立即又派蒋雁行南下“疏通”。冯眼见袁的大势已去，便采取两面派手段：一面应付袁世凯，一面与反袁派信使往还，与在上海的唐绍仪、汤化龙等关系尤为密切。⑧同时，他又极力主张未独立各省将军“结成团体”，贯通一气，以实力调解“南方四省和中央”的冲突。他企图趁反袁怒潮高涨的时机，造成一种举足轻重的中间势力，以左右时局。在和蒋雁行磋商之后，他将4月18日所得和平八条加以修改，其中心意思是暂时承认袁氏为总统，俟国会召集，由袁提出辞职，再选继任总统。而且一边呈报袁，一边于5月1日通电全国，并提出召开未独立各省代表会议的建议。袁世凯对冯的作法虽然深为不满，但无可奈何，便转而企图利用未独立各省会议保自己留任总统。蒋雁行于5月4日致冯密信透露了这一点：他说：“八条上呈主座，业于冬江两电详陈，并奉复电矣。现在大总统及北方同仁均深信我叔决无他项意见，并相望甚殷。侄看上边意思颇欲我叔说强硬之话，力为维持，以救大局。”⑨
冯国璋于5月5日赴蚌埠约同倪嗣冲，6日至徐州会晤张勋，三个地方实力派于11日通电发起召开未独立各省代表会议。在会议开幕之前，袁世凯派阮忠枢到徐州煽动张勋说：总统的去留不是个人问题，关系到北洋集团的生死安危。袁又指令蒋雁行为中央代表，临会监视。5月17日又亲自致电冯国璋、张勋和倪嗣冲说：“近日唐继尧、刘显世、陆荣廷、龙济光等以退位为要求，陈宦亦相劝我休息，均实获我心。予德薄能鲜，自感困苦，亟盼遂我初服之愿，决无贪恋权位之意。然苟不妥筹善后，而撒手即去，听国危亡，固非我救国之
本愿，尤觉无以对国民。目下最要，在研考善后之道，一有妥善办法，立可解决。该上将军等现约同各省代表，就近齐集，讨论大计，无任欣慰。时局危迫，内外险恶，相逼而来。望将善后办法切实研求，速定方针，随时与政府会商，妥定各员责任，使国家得以安全，不致立见倾覆，幸盼曷极！“⑩
5月18日南京会议一开场，就遇到袁世凯的退位问题。山东、湖南等省代表主张退位，张勋和倪嗣冲的代表则坚决反对，双方相持不下。袁世凯急忙密令倪嗣冲带兵到会，进行威胁。冯国璋提出承认袁为总统，召开新国会后，由袁提出辞职，再选新总统。这个方案也不能得到与会代表一致赞同。各省军阀勾心斗角，意见分歧，争执不下。会议开了五天，终无结果。
段内阁的成立和南京会议不仅都未能达到袁世凯预期的目的，而且他已清楚地意识到段祺瑞和冯国璋正袭用他于辛亥革命时逼迫清廷的一套办法来对付他，因而十分沮丧。同时，由于军费激增，政府财政危机越来越严重。袁既不能从帝国主义国家取得贷款，只得依靠梁士诒于中国银行和交通银行筹款。当时，这两个银行流行市面之钞票共达七千余万元，而库存现金仅剩约二千万元，除放出商款约二千万元外，被政府财政部支用累计达四千万元。广大人民对袁政府失去信赖，纷纷到中、交两行提存挤兑。段祺瑞组阁后，为摆脱银行倒闭的危机，便于5月12日悍然下令中、交两行“一律不准兑现付现”。命令下达后，上海中国银行商股股东联合会首先于14日通电，愤怒地指出：袁政府此举“无异宣告政府破产，银行倒闭，直接间接宰割天下同胞，丧尽国家元气”。并宣布上海中国银行独立，“照旧兑钞付存”。各处中国银行纷纷效法，宣布不服从袁政府命令。江苏、山西、河南、湖北、安徽等省亦先后电请袁政府变通办法，“以维持金融”而且“均照常兑现”。袁世凯一筹莫展，陷于四面楚歌之中。
自云南起义后，袁世凯已“形神颇瘁”，有元旦入贺者见他“面目黧黑，且瘦削，至不可辨认”。＇1＇自取消帝制后，“夜间失眠”，“喜怒不定”，又患腰痛。＇2＇至此，病情逐日加重，“失其自信勇断之力，仅存一形骸矣”。据5月中旬谒见他的禁卫军团长说：“仰望神气，大失常态，面带愁容矣。”＇3＇在这种情况下，他口头上不得不一再表示“极愿早日退位”，实际仍借口须先“妥筹善后”，拖延时间，还是不肯放弃一点权力。多次传谕阮忠枢等人，所有紧要文件必须呈送亲阁。当他不能坐写字椅时，便在躺椅上躺着批阅公文。后来，“不能执笔，仍阅公事，口授阮忠枢、夏寿田二氏代行批答”，或由袁克定代阅，夏寿田代批。但这时他仍讳疾忌医，否认自己有病。周围的心腹爪牙对他的病也讳莫如深。某日，徐世昌推荐其弟徐世襄来给他治病，说“肝火太旺，神思太劳，宜休养”。他很不高兴，立即令徐退出。
全国人民反抗怒潮继续汹涌澎湃。山东、湖南、四川、江苏、陕西、安徽、江西等省接连爆发了由以孙中山为首的民主派领导的反袁起义，迫使袁世凯安插在各地方的爪牙或赶忙改变了对袁的顺从态度，或宣布“独立”以保住自己的权位。袁世凯完全失去了对各省的控制能力。4月底，山西北部反袁“风声逼紧”，黑龙江也有酝酿“独立之事”。＇4＇奉天二十七师师长张作霖公然把袁派往东北的镇安上将军段芝贵赶回北京，还扬言要追究段“盗卖奉荒林及亏空若干”之事。袁得悉实情，“不免动怒”。＇5＇但又不敢开罪张，而急忙任命张为盛武将军督理奉天军务。接着，陕南镇守使陈树藩在蒲城于5月9日宣布“独立”。他率兵进据西安，驱逐了陕西将军陆建章，自称都督。陈树藩虽然是陕军，但属于北洋系统，又是段祺瑞的爪牙。袁世凯立即意识到这是他一手提拔起来的军阀公开倒戈的信号。22日，当南京会议失败的消息传到北京时，陈宦宣布四川“与袁氏个人断绝关系”的电报也到达了。袁世凯“愤急兼甚”，“半日未出一言”。＇6＇次日，他连发两道申令，痛斥陈宦反复无常，并令第十五师（川军第一师改编）师长周骏为重武将军，督理四川军务，率兵进攻成都。这时，湖南汤芗铭对袁垮台的形势看得愈来愈清楚，于29日急忙宣布湖南“独立”讨袁。这个消息，使袁世凯一下子变得难于控制自己。他时而顿足怒骂近侍，“语多伧俗，不可入耳”；时而又呆若木鸡，陷入绝望的沉思。多年来，他视全国为北洋军的征服地，生杀予夺，恣意妄为，从来不把人民放在心上，而结果却落得举国反抗，人人喊打。多年来，他视北洋大小军阀为家奴鹰犬，颐指气使，无不从心，一下竟陷入众叛亲离，“心腹爪牙亦反颜攻之”的境地。多年来，他相信帝国主义是靠山，而帝国主义也迫于形势，不得不抛弃他，另寻觅新的代理人。几十年来他巧取豪夺来的权力都将化为乌有，这一切对他来说，确实是难以承受的致命打击。
末日的恐慌，激起袁世凯作最后的挣扎。湖南宣布独立的当天，他公布了所谓“帝制始末案”，把“撤消承认帝制申令”中的谎言又重复了一遍，并说：“即今日之反对帝制者，当日亦多在赞成之列，尤非本大总统之所能料及，此则不明不智无可讳饰者也。”＇7＇袁说这话的目的，一是给那些看风使舵的爪牙一点颜色看看，然而这恰恰暴露出他在众叛亲离之下一付黔驴技穷的蠢相；另外则是在人民面前把自己装扮成一个“不明不智”的受骗者，似乎他称帝是由于受人蒙蔽，以为这样足以博得舆论同情，然而人民没有再上当受骗，回答
他的是更为猛烈的进攻：讨袁的电报、斥令其退位的函札，从四面八方纷至沓来。这种巨大的社会力量如“天神雷电，轰击妖怪”。他再也支撑不住了。
但是，他仍然没有下决心引退。他最担心的是帝国主义列强对他的态度。6月1日晨，他在卧室里召见蔡廷斡说：“听说各国使馆认为我应该或将要辞职？”蔡回答道：“大家都认为您十分需要休养。政府财政前景非常暗淡，困难与日俱增。”＇8＇本来，袁每星期五接见北洋军官，次日，星期五，侍从武官推说“元首事忙”，“军官均未照例进谒”，“实则病重矣”。＇9＇从6月初，有法国医生卜西尔和中医萧龙友等负责给袁治疗，诊断为尿毒症，开始他们都认为没有危险，可是由于治疗不当，病情骤然恶化了。袁克定主张用西药，妻妾及袁克文等则坚持服中药，“家族三十余口，情急失措”，争吵不休，莫衷一是。6月5日深夜，袁气短神昏，濒于死亡。徐世昌、段祺瑞、王士珍、张镇芳等齐至居仁堂守候。延至6日上午10点，这个窃国大盗怀着对人民革命运动的恐惧、对帝国主义遗弃的怨怼，对爪牙背叛的愤恨，结束了罪恶的一生，年五十七岁。
次日，遗体入殓，头带平天冠，身穿祭天大礼服，俨然如“大行皇帝”。北洋政府下半旗志哀，禁止人民娱乐活动一天，文武百官持服停止宴会二十七天。28日出殡，灵柩由新华宫居仁堂移出，北洋文武官吏送葬执绋。在�