此时，美亚洲舰队已被迫从菲律宾撤到荷属东印度，与驻泊爪哇的盟国其他海军舰队联合。在1942年初丘吉尔在华盛顿与罗斯福举行了“阿卡迪亚”会议之后，盟国在东南亚组建了统一的作战司令部，任命英军上将阿奇博尔德·维韦尔为美国一英国一荷兰一澳大利亚四国最高司令部司令。空军和陆军分别由英国和荷兰的将军担任指挥官。老资格的美海军上将哈特将军担任了美英荷澳联合海军司令部指挥官，荷兰海军少将杜尔曼任盟国海军攻击部队司令官。
当时盟军在这一地区的海军尚有一定势力，美亚洲舰队拥有重巡洋舰“休斯敦”号、旧式轻巡洋舰“马布尔黑德”号、性能极佳的新式轻巡洋舰“波伊斯”号以及13艘旧式驱逐舰，另外还有飞机28架、潜艇25艘；雷顿上将指挥的英国海军舰队拥有“厄克塞特”号重巡洋舰以及澳大利亚的2艘轻巡洋舰和7艘驱逐舰；康拉德·赫尔弗里克中将指挥的荷兰海军舰队拥有轻巡洋舰“特隆普”号、“爪哇”号、“鲁特”号以及7艘驱逐舰、16艘潜艇。但是这支四国联合作战的部队，由于各自独立作战，面临着难以克服的困难，根本未能实施统一的战略，这在客观上给了日军将其各个击破的机会。
就在维韦尔就任四国最高指挥官的第二天，1942年1月11日，日本海军空降部队在西里伯斯岛的默纳杜实施空降，这是日军首次在战争中使用空降部队。3天以后，婆罗洲岛东岸的打拉根便落入日军手中。
打拉根盛产石油，急需石油的日军，正式踏上石油资源地带。日军下一个目标又盯上了石油港口巴里巴板。巴里巴板隔望加锡海峡与西里伯斯相望，距爪哇岛的泗水军港仅500海里，以巡洋舰的速度一天即可到达。巴里巴板海战不可避免。
1月20日，哈特海军上将得到消息说，一支强大的日本舰队正经过望加锡海峡全速向巴里巴板驶去。然而，哈特将军手边仅有几艘美舰可供使用，他尽了所有的力量，派他的副手格拉斯福德海军少将率领2艘轻型巡洋舰和4艘驱逐舰，从帝汶岛出发北上阻击。然而舰队刚出发即遭到不幸，原定在此战中充当主力的“波伊斯”号巡洋舰途中撞到地图上没有标明的一个暗礁上，舰底部被划开一条长达38米的裂口，被迫退出战斗。谁知祸不单行，格拉斯福德乘坐的“马布尔黑德”号巡洋舰的发动机又出了故障，不得已，他只有派遣4艘旧的驱逐舰北上望加锡海峡，在没有大炮的支援下发动进攻。
1月24日夜晚，没有月亮，“约翰·福德”号驱逐舰率领“波普”号、“鹦鹉”号和“保罗·琼斯”号驱逐舰，以每小时27海里的航速，劈浪进入日军的锚地。本来掩护12艘日本运兵船的是西村祥治少将率领的第4水雷战队，包括“那坷”号轻巡洋舰和9艘驱逐舰、4艘扫雷艇、3艘巡逻艇、3艘驱潜艇，由于早些时候出现的一艘荷兰潜艇，把西村祥治海军少将的驱逐舰都吸引过去了，日本运输船队毫无防备。美国驱逐舰乘虚而入，在凌晨3时开始发动攻击。日本的运兵船正停在那里，在岸上油库熊熊火光的映衬下，呈现出黑糊糊的影子。塔尔博特舰长一声令下，4艘驱逐舰开足马力，向日本护航舰队冲去，在相距几百米时，迅速发射了鱼雷。一艘日舰当即中雷，浓烟烈火腾空而起。接着，另一艘日船亦遭厄运。鱼雷在海面上飞窜，日舰乱成一团。由于双方舰只相距很近，“日舰炸裂时所产生的震动，几乎把人从舰桥上震下来”，一位盟军指挥官回忆说。
盟舰纵横驰骋，如入无人之境。当前面看不到任何日舰时，塔尔博特就率舰反身再度冲入敌阵，展开猛攻。就这样，“福德”号首当其冲，其他三艘紧紧随后，在塔尔博特的指挥下，反复往来冲杀，直到把舰上所有的鱼雷发射完为止。此役盟军共击沉3艘运兵船和1艘巡逻艇，击伤多艘，是美国海军“自从杜威在1898年率领美国亚洲舰队进入马尼拉以来，美国海军进行的首次水面战斗”。时任美国太平洋舰队司令的尼米兹后来评价此役说
但是巴里巴板海战毕竟只是一场小规模的海上突袭战，它无法阻挡日军南下的步伐，日军的优势局面仍在扩大
在爪哇的泗水方面，尚有美、英、荷联合舰队以及在泗水附近的3个机场，共150多架飞机。为了占领爪哇岛，首先必须击溃这些空中武力，以掌握制空权。因此第11航空队长官命令鹿屋、第一、高雄等各航空队的陆上攻击机，向位于西里伯里岛最大的机场肯达里集结；将台南的护航战斗机以及第3航空队调来的2/3兵力进驻巴里巴板地区。
2月3日，由肯这里和巴里巴板机场起飞的134架飞机对盟军在泗水周围的3个机场进行了毁灭性的轰炸，这是日本航空部队在这一战区内最猛烈的一次空袭。泗水港损失惨重，机场飞机几乎全部被炸毁。
2月4日，重新组编的四国联军舰队在荷兰海军少将卡雷尔·杜尔曼的指挥下，驶离泗水北上攻击巴里巴板的日本舰只。但在出海后不久，即被日侦察机发现，驻肯达里的54架日本陆上攻击机立即起飞，前往攻击。日机每9架编成一队，首先向目标显著的“休斯顿”号和“马尔布黑德”号冲来。“休斯顿”号当即被1枚1000磅重的炸弹命中，后炮塔被炸成一堆废铁，50余名船员当场毙命。轻巡洋舰“马尔布黑德”号也被命中6弹，遭到重创。杜尔曼只得下令退却。
此后杜尔曼将军转而去对付进攻苏门答腊的日军部队。他率领5艘巡洋舰和10艘驱逐舰前去增援苏门答腊东部的大油港——巨港。但2月13日夜驶至邦加岛附近时，遭到日军航空兵的连续攻击。虽然没有遭到重大损伤，但仍有数艘军舰遭到轰炸。2月15日，杜尔曼舰队一无所获地返航。就在这天下午7时，新加坡在细雨檬檬的黄昏中凄惨地陷落了。
新加坡陷落后，日军剩下的最后一个目标就是爪哇岛了。面对这种危局，四国联合司令部认为，对爪哇岛进一步采取防御措施是徒劳无益的，宣布解散四国联军。然而荷兰人不甘心就这样不战而放弃爪哇，遂集结十几艘军舰，企图在爪哇海通过攻击日军运输船队，阻止日军登陆。可是，盟军舰队在杜尔曼少将的率领下，自2月初以来，由于屡屡受到掌握制空权的日本海军航空兵的攻击，一直处于被动挨打的地位，虽然多次出击，但均无所获，徒然使舰员疲劳。与此相反，日军在优势空军的配合下，却连连得手，并派出了优于盟军的兵力参加战斗，共有2艘重巡洋舰、2艘轻巡洋舰和14艘驱逐舰参战。这样，双方在2月27日便在爪哇海酿成了“自从日德兰海战以来最大的一次水面战斗”——泗水海战（美军称爪哇海海战）。
26日傍晚，盟军军舰接获情报，迅速驶离泗水港，在公海上编成3队，准备截击日本运输船队。3艘英国驱逐舰并列在前作掩护，成一线跟在后面的是5艘巡洋舰
但是，由于盟舰官兵在战斗岗位上已达37小时，不少人双目熬红。途中杜尔曼少将给设在万隆山上的盟国海军司令部发电，声言将士们“已达到精疲力竭的程度”。27日下午3时30分，杜尔曼获悉庞大的日本运输船队和护航舰队的确切位置在马威安岛西北60海里处，立即下令
日护航舰队在侦察机的协助下，对盟军舰队的动向一清二楚。早在27日中午12时，日本水面舰艇部队就接到了由第11航空舰队派出的侦察机传来的报告
双方舰只仍在将近2。5万码远的距离上进行互射。最初，盟军巡洋舰“休斯顿”号、“厄克塞特”号、“伯斯”号以及旗舰“德鲁伊特尔”号都纷纷击中了目标，日军舰面上冒出了一股股黑烟。但是，日舰在3架观察机的指挥下，命中率远远高于盟军，“德鲁伊特尔”号及“厄克塞特”号立即被日舰炮火所笼罩。
英勇善战的杜尔曼自2月以来，就一直想与敌舰进行决斗，因此尽管形势对其不利，仍指挥各舰勇猛还击。双方交战近1小时，胜负难分，只见爪哇海面，炮声隆隆，惨烈无比，泗水血战正达高潮。
由于战场不断西移，不知不觉已进入日军运输船队躲避的海域。不能再接近了，谨慎的高木司令担心运输船队的安全，遂下定决心，向全舰发出命令
但正在这时，一发炮弹尖叫着射向“厄克塞特”号巡洋舰的锅炉，在轮机旁爆炸，14人当即被炸死，舰上8个锅炉中有6个被炸毁，“厄克塞特”号退出了战斗。混战中，一枚鱼雷击中了荷兰驱逐舰“科顿纳尔”号，驱逐舰分队长宾福特亲眼看见该舰被炸成两截，沉入大海，海面上只见落水的船员在拼命挣扎。突然，3艘日本驱逐舰出现了，英国的“伊莱克特拉”号驱逐舰在挨了一连串炮弹后也沉没了。
晚6时59分，杜尔曼重整队形，率舰队向东南方退去。日军也因高木少将担心运输船队的安全，害怕继续南下会闯进敌人的雷区，命令舰队集结，撤出战斗，向北规避，并同时从“那河”号和“神通”号各派出侦察机侦察盟军舰队的行动。
日军有侦察机的侦察，能掌握杜尔曼舰队的动向，可是杜尔曼少将没有飞机，因此他无法知道日本运输船队的位置。不久天色已暗，下午7时30分，日军旗舰“那智”号率领重巡洋舰“羽黑”号、轻巡洋舰“神通”号和数艘驱逐舰航行时，在东南方发现曾一度失去踪迹的杜尔曼将军的旗舰荷兰巡洋舰“德鲁伊特尔”号和“爪哇”号、澳大利亚巡洋舰“佩斯”号、美巡洋舰“休斯顿”号及数艘美巡洋舰。
杜尔曼少将过高地估计了日舰队的实力，认为在运输船队不明的情况下，不宜进行决战，他不断转换方向，搜索海面，试图捕捉到那群对战局至关重要的运输船队。晚10时30分，当杜尔曼率舰队沿海岸西驶时，不幸驶进盟军自己布设的雷区，一艘英国驱逐舰触雷爆炸。此刻杜尔曼的兵力已减到4艘巡洋舰，由于没有空中侦察，他们只好在黑暗中摸索前进。
28日零时40分，杜尔曼舰队再次与日军舰队相遇。日本搜索飞机发射照明弹为日本舰队指示目标，双方在炮战20分钟后，日本炮手把12枚新的特大功率的鱼雷压进雷管发射出去。随着一阵猛烈的爆炸，荷兰巡洋舰“爪哇”号燃烧着沉入海底。几秒钟后，一声巨响把“德鲁伊特尔”号炸得东摇西晃，一股火柱直冲天空。杜尔曼将军从驾驶室里向美巡洋舰“休斯顿”号和澳大利亚的“佩斯”号发出感谢协力作战的信号，并命令他们返回基地。然后，随着最后一次剧烈爆炸，荷兰旗舰沉入海中，杜尔曼和他的366名水兵葬身鱼腹。
2月28日，“休斯顿”号和“佩斯”号企图驶过爪哇和苏门答腊之间的巽他海峡，逃进印度洋。当它们绕过巴认维亚（今雅加达）西面的岬地时，遇上了靠在岸边无人看管的日军运输舰。2艘巡洋舰冲上去击沉了直射距离内的2艘运输舰。几分钟后，由3艘巡洋舰和9艘驱逐舰组成的日本掩护部队到达出事地点，随即是单方面的开火。“休斯顿”号被8英寸口径的大炮击中，舰上汽管被炸裂，接着又中鱼雷1枚，前部主炮塔座被击毁，不久又有两枚鱼雷将它的舰体炸裂。当该舰向右舷倾覆时，温斯洛海军中校被掀入海里，他眼睁睁地看着该舰沉入爪哇海底。他回忆说
与此同时，“佩斯”号也身中4枚鱼雷，正在它奄奄待毙之际，6枚鱼雷又接踵而至，“佩斯”号轰然翻沉。随行的驱逐舰“厄佛仙”号也永眠大海。
巴达维亚海战是爪哇海面进行的最后一场海战，战斗结果，盟军不仅没有阻止日军从海上登陆，反而使残存的盟军舰队再次损兵折将。爪哇岛的盟军完全处于束手待毙的境地。面对这一险恶局势，四国联合海军司令部只有下令剩余舰只向澳大利亚突围。
但是已经来不及了。以航空母舰“赤城”号、“加贺”号、“苍龙”号、“飞龙”号为中心的南云舰队以及近藤指挥的第2舰队和南方部队本队，为歼击从荷印地区向澳大利亚逃跑的残余盟舰，并防止美太平洋舰队前来增援，已奉命向爪哇以南海面出击，盟舰队已经到了日暮途穷、山穷水尽的地步。
3月1日凌晨，在泗水海战中受伤的英巡洋舰“厄克塞特”号在它的两艘僚舰的护卫下从泗水起航，准备取道巽他海峡逃往澳大利亚。上午10时左右，3艘盟舰在马威安岛西北方被日本高桥中将指挥的第3舰队及第5舰队发现，结果3艘盟舰悉被击沉。
3月2日晚，南逃的英驱逐舰“斯德伦戈华特”号在数分钟内被日舰炮火击沉，2小时后，美轻型巡洋舰“麦浦尔海特”号正企图利用夜幕掩护逃匿时，被日舰探照灯光捕捉，第2弹就命中了舰桥，仅7分钟，该舰就沉入波涛之中。
3月3日，从南云舰队起飞的280架飞机又攻击了爪哇岛南岸的芝拉扎军港，把大约20艘盟军舰船一网打尽，彻底解除了盟军在爪哇地区对日军的海上威胁。庞大的盟军舰队在日军的猛烈攻击下，支离破碎，倾家荡产，仅有4艘驱逐舰侥幸逃出爪哇海。
盟国舰队崩溃之后，整个爪哇就像一只熟透了的果子一样落到了日本手里。3月1日，日军在爪哇登陆。3月9日，在巴达维亚，荷兰正式放弃了东印度群岛，从而结束了对该群岛三个世纪的统治。来自爪哇的最后一个消息是一家商业电台广播的“本台现在关闭”，一个声音说 ——
第十九章 空袭东京
在这几个月里，日本每取得一次新的胜利，东京的市民们就排着长队，挥动着旗子，踏着冬雪，来到皇宫的城门前举行庆祝大会。大东亚共荣圈正在迅速地确立，似乎显示了帝国军事力量的不可战胜，全国上下都沉醉在第一阶段战果辉煌的美梦中。由于胜利的速度和规模都超出了原来的预料，使日本军政当局滋长了自满和过分自信的情绪，原本存在于海军和陆军间对战争方式和有关作战指导构想的对立，又开始表面化了。
早在太平洋战争爆发前，山本五十六就曾对近卫首相说过
山本五十六心中十分清楚，日本政府根本没有决心同美国停战。在这种情况下，作为一名军人，山本像他过去多次违心地但不消极地服从那样，再次强打精神筹划在军事上打败美国。虽然偷袭珍珠港的战果超出了所有的预料，几乎击溃了美国太平洋舰队，但美国海军的航空母舰却丝毫未损，这使山本感到不安。他意识到以瓦胡岛为基地的山姆大叔的战斗部队仍有很大的战斗潜力，尤其是其航空母舰的存在，对日本海军构成了强烈的威胁，它是美国还能够与日本抵抗的可依赖的力量。要想迫使美国停战，唯一的办法就是将美国海军的航空母舰彻底打垮。以目前日本海军的实力，这应该是不成问题的。1941年12月底，山本五十六在写给他的侄子高野气次郎的信中写道
“第一阶段进攻菲律宾、香港、马来西亚和荷属印度尼西亚的作战，我认为并没有多大问题。事情成败的关键，在于第”阶段，还需要做好充分的精神和物质准备……
“在第二阶段中，也并不完全取决于军事上如何，而需要军政双方相互配合，齐头并进。问题是有没有能够审时度势、认清形势、抓住时机、处事果断的人……”
作为联合舰队的司令官，山本五十六开始设想第二阶段的军事作战。1月5日，山本的参谋长宇垣缠接到命令，立即拟定第二期作战计划。宇垣在这天的日记中写道