他们疑惑着
山本看上去是那样地安然、端详，似乎很难让人理解。这成为后来有关山本之死的各种各样的传说和想象的根据。有的说，山本的遗容像活着的人一样；有的说，飞机坠地后，山本根本没有死，他是走出机体后自刎的；还有的说，当人们向他走去时，他还猛然睁开眼睛看了看周围的一切才安然死去的。
事实上根据分析判断，飞机坠毁后，只有高田一人有意识，他唯恐山本的遗骸烧焦，才把他从机舱里拖了出来，并让他手握军刀，保持威严的姿态。不久，高田自己也断气了。
根据第一基地海军少佐军医田渊义三郎于4月20日写的尸检记录，山本的伤势如下
4月21日，山本等11具尸体在布因岛火化。22日，渡边和宇垣参谋长护送骨灰回腊包尔。23日，山本的骨灰由专人乘水上飞机从腊包尔送往停泊在特鲁克岛的联合舰队的旗舰“武藏”号。联合舰队的山本时代结束了。
死去的山本享受了帝国的最后一次殊荣。5月17日，载着山本骨灰的战列舰“武藏”号由特鲁克起航，21日驶入东京湾，停泊在木更津外海。同日下午，大本营正式发表山本的死讯
“联合舰队司令长官海军大将山本五十六，本年4月于前线在同敌人作战的飞机上指挥全面作战中，不幸壮烈牺牲。遵圣上亲命，接替他职务的是海军大将古贺峰一，已前往联合舰队就任。”
与此同时，官方发表公告，追授山本大勋位、功一级、正三位和元帅称号，并准予按国葬规格进行安葬。海军方面还请求加赐山本以“男爵”称号，但未得批准。
山本五十六的国葬仪式在1943年6月5日举行，这一天也是另一位海军英雄东乡元帅的葬礼纪念日。在东京有百万市民排列在街道两旁观看送葬队伍。渡边中佐手捧山本的指挥刀，三和义勇捧着大勋位勋章，走在拒载骨灰盒的炮车后面。山本的骨灰一分为二，一部分葬在小金井多磨墓地东乡平八郎墓的旁边。另一部分由山本的姐姐高桥嘉寿子和其亲友带回家乡安葬在长冈长兴寺。
人们在“武藏”号长官室的抽屉里发现了山本的一封遗书，上面写道
“征战以来，几万忠勇无双之将士用命奋战已成护国之神。呜呼！吾有何面目晋见皇上，又将何言以告已逝战友之父兄。身非铁石，但欲表坚心一贯，可深入敌阵，以示日本男儿之血气。暂且等待吧，成仁的年青人！你们战死留名的一战打得轰轰烈烈，不久吾将随你们而去。
昭和17年9月末述怀 山本五十六志“
山本五十六实现了他的遗愿。据此曾有相当一部分人认为，山本是自愿去送死的，在他认为局势已无可挽回以后，便有意以身成仁，实现日本武士道战死疆场的最高准则。无论山本是如何死的，有一点可以确认无误的是，随着他魂飘南太平洋，日本帝国寿终正寝的厄运正式开始了。
接任山本联合舰队司令长官遗缺的是他的好友古贺峰一海军大将。尽管古贺峰一同山本五十六一样有着令人目眩的阅历，曾历任日本驻法国大使馆武官、帝国联合舰队参谋、第7舰队司令长官、军令部次长、中国舰队司令长官，但他非但不具有山本五十六的胆识，而且又面临着美军在太平洋的大规模反击，帝国赋予他的使命不过是为日本皇室和大本营谱写一曲哀乐的尾声。
到1943年，第二次世界大战的战局已经发生了根本的变化。在欧洲战场，以斯大林格勒大会战为契机，苏军转入总反攻。与此同时，美英联军在1943年初结束北非方面的作战，于7月越地中海而进攻意大利，9月意大利就宣布投降。在太平洋，美军经过精心准备，从中太平洋和西南太平洋两个方向，分别由尼米兹将军和麦克阿瑟将军对日本的绝对国防圈发起了“双叉攻击”。日本法西斯的统治已是风声鹤唳，四面楚歌。
果然，在不到一年的时间里，古贺就踏上了与山本会面的道路，1944年3月31日，古贺峰一在乘飞机向菲律宾后撤途中，遇风暴机毁人亡。
已如惊弓之鸟的日本军部法西斯，困兽犹斗。裕仁天皇和大本营决策者一致商定，由丰田副武海军大将接任联合舰队司令长官，继续贯彻古贺大将的战略方针，即暂时从中南太平洋诸岛撤退，寻找战机，以备再战。于是，在太平洋上日美又演出了几场大规模的海战，日本军国主义者开始了其“玉碎”的过程。
1944年6月，在马里亚纳大海战中，美军出动3个海军陆战师和1个后备陆战师，另有3支大舰队，总计航空母舰27艘，战列舰12艘，巡洋舰32艘，飞机约1000余架，兵力13万人，一举将日本联合舰队击溃。接着在同月15日，美军又攻克塞班岛，日本太平洋舰队司令长官、当年偷袭珍珠港的南云忠一中将下令“全体战死”，自己也剖腹自尽，岛上3万日军无一幸免，居民万余人也有很多被迫跳崖沉海。战况惨烈，其状目不忍睹。8月10日，美军攻占关岛，日军1。8万人全部“玉碎”。
针对美军大规模反击，联合舰队勉强拼凑起残兵败将，决心在菲律宾与美军决一死战。为此他们在过去“肉弹攻击”的基础上，进一步发明了“特攻战术”，将许多日本青年强制编入所谓的“神风特攻队”，驾驶劣质“特攻机”、“人身鱼雷”（取名“樱花弹”）等撞击敌舰敌机。但这丝毫无助于挽救日本法西斯失败的命运。莱特湾一役，日本枉自付出了5。6万多人的生命。1945年2月3日，美军攻占马尼拉，将战线继续向日本本土推进。
为了打开日本的前大门，美军必须攻克位于日本正南的硫黄岛和冲绳岛。但是日本的抵抗已经变得疯狂，在只有25平方公里的硫黄岛上，2万疲惫不堪的日军面对20多万美军的猛烈攻击进行了拼死的抵抗，但全部被美军封在坑道之内。而冲绳岛战役，美军却付出了很大的代价，伤亡7。5万余人，其中阵亡2万余人，人数超过中途岛和瓜达尔卡纳尔岛两次大规模海战的总和。在冲绳岛战役中，“神风”决死队共进行了10次自杀出击，东京当局把这种扑向死神的飞翔誉为“流动的菊花”，被哀乐送上天空的凋零枯萎的菊花。在10次自杀出击中，飞机先后出动达1500架次以上，共撞沉美国海军舰只34艘，撞伤360余艘。日本统治者在随后通过的《今后应采取的指导战争大纲》中，进一步发挥了这种野蛮而疯狂的军国主义精神，提出“本土决战”，“把国土的万物万象统统化为战力”，“发挥一亿特攻之攻击精神”。要求日本人民“七生尽忠”、“一亿玉碎”。这种人类自从有战争以来最野蛮而残忍的行动，给美国人的心里埋下了仇恨和报复的种子，大大激怒了罗斯福死后的继任总统杜鲁门，他决心给日本人还以颜色。
1945年8月6日，美国在广岛投下了第一颗原子弹。这颗命名为“小男孩”的原子弹将当时拥有24。5万人口的广岛市毁灭了
此时，苏联政府亦已完成了对日作战准备。8月8日夜，苏联外长莫洛托夫在克里姆林宫召见日本驻苏大使，向其递交了宣战书。8月9日，苏联贝加尔方面军、远东第一方面军和远东第二方面军，共约150万人的机械化部队，在华西列夫斯基元帅的指挥下，以排山倒海之势，向中国东北境内迅速推进，对哈尔滨、长春、沈阳和吉林等重要城市进行分割包围。筑垒坚守的近百万关东军，一周之内即告崩溃。
8月9日，毛泽东在延安发表《对日寇的最后一战》。八路军、新四军和抗日根据地的广大人民，向日军发动了空前的大反攻。
这样，从太平洋的四面八方，都为日本军国主义的覆灭敲响了丧钟。东方大海盗在太平洋地区辉煌的盛世，已如烟云般地散去。
8月14日，裕仁天皇在他的防空洞里召开了最后一次御前会议，决定向盟军投降。第二天，天皇通过广播下达“终战诏书”。8月27日，美军占领军开始进驻日本。9月2日，在美军军舰密苏里号的甲板上，日本外交大臣重光葵、参谋总长梅津美治郎代表日本天皇、日本政府和日军大本营签署了无条件投降书。猖狂一时的日本法西斯终于被押上了历史的审判台。
战争结束以后，山本五十六的同僚们都被押上了国际军事法庭，接受正义的审判。法庭起诉书列举了55项罪状，历数了日本军国主义集团在政治上、军事上所推行的一系列侵略政策，揭露了他们在中国和太平洋地区的血腥暴行，最后给以东条英机为首的7名战犯判处绞刑，16人被判处无期徒刑。
然而，由于山本死在了大战正酣的战场，他逃过了人们的审判。作为太平洋战争的直接发动者，不用说在他的手上也沾满了屠杀善良、无辜人民的鲜血。与其他战犯不同，他给后人留下了许多谜一般的问题 ——
山本五十六年表
1884年4月4日 生于新县长冈，为旧日本武士高野贞吉之第六子。
1901年11月 进入江田岛海军军官学校。
1904年11月4日 毕业于海军军官学校，以海军少尉候补生身份参加日俄战争。
1905年5月27日 在“日进”号战舰参与日本海海战时负伤，左手手指被炸掉两根。
1905年8月31 日授海军少尉衔。
1906年4月1 日根据日本海海战中的表现，被授予六等功勋单光旭日勋章、明治三十七～八年战役从军纪念章。
1907年8月5日 入海军炮术学校。
1907年9月28 日授海军中尉衔。
1907年12月16 日海军炮术学校结业，转入海军水雷学校。
1908年4月20日 海军水雷学校结业。
1909年10月11日 授海军大尉衔，任训练舰队宗谷分队长。
1910年12月1日 被录取为海军大学乙种学生。
1911年5月22日 海军大学乙种学生教程毕业，入海军炮术学校高等科。
1911年12月1日 海军炮术学校高等科毕业，任海军炮术学校教官兼分队长、海军经理学校教官。
1912年12月1日 任佐世保预备舰队参谋。
1914年5月27日 任横须贺镇守府副官兼参谋。
1914年12月1日 入海军大学学习甲种课程。
1915年11月7日 因在大正三～四年战役（第一次世界大战）中的表现，被授予四等瑞宝勋章、大正三～四年战役从军纪念章。
1915年12月13日 晋升海军少佐。
1916年 登记为山本带刀之养孙，改姓山本。
1916年12月1日 海军大学毕业，任第 2舰队参谋。
1917年7月 在海军省军务局任职，并兼海军教育本部部员、海军技术本部技术会议委员。
1918年8月 与三桥礼子结婚（婚后育有二子二女）。
1919年—1921年 以外交官身份赴美国留学。
1919年12月1日 授海军中佐。
1921年12月1日 任海军大学教官。
1923年6月—1924年3月 出使欧美各国。
1923年12月1日 晋升海军大佐。
1924年9月1日 调霞浦海军航空队任职。
1925年1月7日 任霞浦海军航空队副队长兼教育长。
1925年12月—1928年3月 出任日本驻美大使馆海军武官。
1928年8月 出任巡洋舰“五十铃”舰长。
1928年12月10日 调任航空母舰“赤城”号舰长。
1929年11月 参加伦敦海军裁军会议。授海军少将军衔。
1930年12月 任海军航空本部技术处处长。
1931年10月 授予二等瑞宝勋章。
1933年10月 任第1航空战队司令官（以“赤城”号为旗舰）。
1934年9月—1935年2月 担任伦敦海军裁军预备会议代表，出使英国。
1934年11月15日 授海军中将衔。
1935年12月 任海军航空本部部长。
1936年12月1日 出任海军省次官。
1937年7月7日 “七七事变”爆发，中国抗日战争全面爆发。
1937年7月12日海军军令部秘密制订对华作战方案，准备将战火扩大到华中、华南。
1937年8月9日 日本海军陆战队在上海制造事端，酿成“大山事件”。
1937年12月12日 日本海军航空兵轰炸美国炮艇“珀内”号，酿成“珀内号事件”。
1938年4月15日 兼海军航空本部部长。
1939年1月4日 近卫内阁垮台。
1939年3月23日 被授予一等瑞宝勋章。
1939年8月28日 平沼内阁全体辞职。
1939年8月30日 任日本联合舰队司令长官兼第1舰队司令长官。
1939年9月1日 德国入侵波兰，第二次世界大战全面爆发。
1940年7月22日 近卫文磨第二次组阁，通过《基本国策纲要》和《适应世界形势演变的时局处理纲要》，决定南进。
1940年9月23日 日军入侵法属印度支那北部，迈出南进第一步。
1940年9月27日 日本同德、意签订《德日意三国同盟条约》。
1940年11月15日 授予海军大将军衔。
1940年11月下旬 到东京与海军大臣及川古志郎大将商谈偷袭珍珠港计划。
1941年1月 在“长门”号给海军大臣及川写了《关于战备的意见》，第一次正式提出袭击珍珠港的设想。
1941年3月10日 大西泷次郎向山本递交了袭击珍珠港作战的草案。
1941年4月11日 下令联合舰队的第1航空母舰战队、第2航空母舰战队、第4航空母舰战队合编成第1航空舰队。
1941年4月13日 日本与苏联签订《日苏中立条约》。
1941年4月16日 日美谈判开始。
1941年7月2日 日本御前会议通过《适应形势演变的帝国国策纲要》，决定为达到向南方扩张的目的，不辞与英美一战。
1941年7月25日 日军侵占法属印度支那南部。英美随后宣布冻结日本资产，禁止对日石油输出。
1941年9月11—16日 联合舰队在海军大学举行图上作战演习，讨论珍珠港作战问题。
1941年9月6日日本御前会议审议通过《帝国国策施行要领》，决定发动太平洋战争。
1941年10月18日 法西斯元凶东条英机授命组阁。
1941年11月5日 御前会议决定发动太平洋战争。同一天大本营颁布“大海令第一”号。
1941年11月26日联合舰队攻击夏威夷机动舰队从单冠湾起航。
1941年12月1日 御前会议决定12月8日发动太平洋战争。次日山本向机动舰队发出“攀登新高山1208 ”的密电。
1941年12月8日 联合舰队偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。同一天日军对菲律宾、关岛、威克岛、马来亚、香港等地发动进攻。
1941年12月10日英舰“威尔士亲王”号和“反击”号被日本海军航空队击沉。日军攻占关岛。山本受到明治天皇嘉许。
1942年1月2日 日军占领马尼拉。
1942年1月24日 美日海军进行望加锡海战。
1942年2月12日 山本将刚下水的超级战列舰“大和”号作为联合舰队的旗舰。
1942年3月1日 日军在爪哇登陆。
1942年 5月4—8日 日美进行珊瑚海海战。
1942年5月5日 大本营下达攻占中途岛和阿留申群岛的命令。
1942年6月 3—7日 日军在中途岛战役中受到重创，损失大型航空母舰4艘、重巡洋舰1艘。中途岛战役成为太平洋战争的转折点。
1942年6月16日 日军占领瓜达尔卡纳尔岛，并在岛上修建机场。
1942年8月7日 美军开始执行“了望台”反攻作战计划，在瓜达尔卡纳