，南北策应，“扫荡”榆、辽、武之间的浊漳河两岸地区，合围“清剿”榆辽公路以南，武乡、蟠龙以北地区后，14日自洪水、蟠龙、西营一线东犯东田、左会地区。八路军第385、第386旅，决死第1纵队等部，在内线节节阻击进犯之敌，新10旅在外线积极作战。15日上午新10旅2个团在和辽公路弓家沟伏击敌汽车运输队，毁敌汽车40多辆，歼灭押车日军100余人。此后半个月，日军不敢在和辽公路上运输。17日，“扫荡”之敌分途退去。
10月20日，日军第36师及独立混成第4旅等部近万人，分由武安、辽县、武乡、潞城等地出发，“扫荡”清漳河东西地区，重点指向中共中央北方局、八路军总部机关及第129师师直、晋冀豫边区党政机关所在地的麻田、左会间地区及涉县、偏城一带。由于此次“扫荡”距上次“扫荡”间隙甚短，规模较大，抗日根据地军民缺乏思想上、组织上的准备，主力部队未能转到外线，只在内线被动抗击，难以给敌有力打击，致使日军进入合击地区后，连续数日实行疯狂的“清剿”和烧杀。26日，日军开始回撤，回撤的路上实行分区“扫荡”。根据地受到严重破坏和摧残。
为摆脱被动局面，总部要求第129师下决心寻机歼灭一路敌军，震慑敌胆，使其不敢再以营为单位独立行动，从而拉开“扫荡”间隔，便于根据地军民机动。
29日，“扫荡”黄烟洞之敌第36师一部500余人，辎重民夫400余人，经左会进到蟠龙以东的关家垴，准备返回武乡。当日13时，八路军总部令第129师集中主力歼灭该敌。当日夜，第129师以第385、第386旅主力，新10旅及决死第1纵队各一部，将该敌包围于关家垴，拟于次日4时发起总攻。
被围之敌为改变不利态势固守待援，除紧急构筑工事外，趁夜暗袭占了关家垴西南的凤坑顶高地，以两处制高点，互为犄角，固守顽抗。第129师按原定计划向关家垴之敌发起进攻，并分兵一部夺取凤垴顶。被围之敌在飞机火力支援下拼命顽抗。第129师部队以高昂的士气，勇猛攻击，迅速突破敌防御，将其压缩于狭小地区，展开白刃搏斗，激战持续到31日拂晓，敌大部彼歼，仅剩60多人死守阵地。下午，黄烟洞方面之敌1500余人，在飞机10余架支援下驰援。第129师鉴于关家垴被围之敌基本歼灭，来援之敌又过大，为保持主动，再寻有利战机歼敌，遂迅速撤出战斗。残敌在援敌接应下，遗尸280余具，向洪水逃去。至此，日军大部已由根据地中心区撤走。
11月初，太行南部黎城日军北犯南、北委泉，继向西井进犯，襄垣日军经西营向蟠龙进犯，企图台击东田及八路军总部所在地砖壁一带。第386旅奉命急赴蟠龙以东的大陌村南北一线阻击进犯之敌，掩护八路军总部转移。
11月3日9时，部队刚在大陌村一带部署就绪，即与来敌展开激战。优势敌人连续发动进攻，并夺占大陌村部分阵地。第386旅顽强扼守，一直坚持到4日凌晨4时，在八路军总部顺利转移后，才撤出战斗。日军合击企图未逞，于5日向白晋线退去。
太行区北部，和顺敌2500亲人经寒王镇、长城镇于11月3日到榆社，加强了榆、辽、武地区日军力量。此后，对榆辽公路以南讲堂、岭上、宋家庄、郭郊、大有一带进行了反复“扫荡”。在根据地军民的袭扰打击下，至13日，日军先后退回据点。太行区历时40天的反“扫荡”结束。
太岳地区
从11月17日开始，日军以第37师一部从沁县、■亭镇、南关镇出发，以独立混成第16旅一部从平遥、介休、霍县出发，以第41师1个营从洪洞出发，共7000余人，分路合击沁源及其以北的郭道镇地区。这时，赴太行区的第386旅第16、第772团，决死第1纵队的第25、第38团未归，太岳区兵力薄弱。为避敌锋芒，太岳军区将领导机关与主力部队组成沁东、沁西2个支队，转移于日军合击圈外的沁河两岸地区，打击敌人分散活动的部队。
日军在地方武装袭扰下，于23日进抵合击地区后，即实行分散“清剿”，大烧、大杀、大抢，企图消灭根据地军民的生存条件，彻底毁灭根据地。沁源县受摧残最严重，被害群众达5000余人，占全县人口1/10，牲畜被杀近万头，被抢走7000余头，房屋被毁3～4万间。
大岳军区部队抓住日军四出“清剿”，兵力分散的机会，积极打击敌人。
23日，沁西支队第42团在官滩歼灭日军100余人。27日，第42、第59团各一部又在胡汉坪、马背一带毙伤日军160余人。沁东支队第17、第57团，先后在光凹、陈家沟、龙佛寺、吾元镇、南卫村、南里等处予敌严重打击，其中第17团龙佛寺战斗，即歼日军100余人。第212旅在交口地区也予敌以重创。日军台击企图落空，又遭到不断打击，在对根据地烧手一阵后，被迫于12月5日分路撤出太岳区。
2、晋察冀边区反“扫荡”
晋察冀边区的反“扫荡”作战，从日军首先进攻的平西地区开始，逐次展开。
平西反“扫荡”
平西抗日根据地直接威胁着日军华北方面军司令部驻地和华北伪政权中心北平，以及华北的主要交通线平汉、平绥线，是日军对晋察冀边首先“扫荡”的目标。
10月13日，日伪军1万余人分10路向平西根据地中心地区——三坡合击。日军吸取冒险轻进的教训，采取稳扎稳打，依靠据点逐步推进的战术，每日前进5～10公里。
10月14日，晋察冀军区指示平西：“以内外夹攻密切协同配合作战之方针，击退进犯之敌，粉碎敌之进攻”，“主力已处在内线的保持集结于机动位置，至适当时机，选择敌之薄弱部分解决之，主力免于分散；另以得力一部配合地方武装游击队开展广泛积极的游击战，于必要时主力再分途绕迂敌侧后。”根据这一精神，平西军分区以主力的适时机动和广泛的游击战对付敌之“扫荡”。经过一周余的作战，不断给敌袭扰打击，使其相当疲劳。
日军各路虽深入根据地，但并未摸清军分区主力部队的动向。至11月21日，在敌包围圈进一步缩小时，平西军分区主力由三坡地区跳出敌合围圈，向西南转移，在蓬头与敌进行遭遇战后，顺利转移到板城以东野孤、大台之线。
日军进到三坡地区后，大肆烧杀。由于战前坚壁清野工作不够，大量粮食被抢走。从23日起，日军开始分途撤退。到10月底，主力退出平西，但仍留2000人以上兵力在平西抗日根据地内修筑据点、公路，仅在昌平、宛平地区就增加据点14处，控制了东斋堂、杜家庄等许多村庄。平西抗日根据地开始出现退缩、减小现象，斗争更加艰苦。
北岳区反“扫荡”
当日军正进攻平西，第一次“扫荡”大行区结束的时候，10月19日，八路军总部指示：进攻平西、太行区之敌均可能转而进攻北岳区，晋察冀边区应立即准备粉碎敌之“扫荡”的作战，党政军民应切实配合，进行深入的战斗动员，主力应集结适当位置，准备坚决消灭一两路进犯之敌。井指示第129、第120师积极配合作战。晋察冀军区争取了1个月宝贵的休整时间，对部队作了补充和调整，加强了战备和敌情侦察，地方工作也作了相应的部署。
11月9日，日军第110师等部及伪军共1。4万亲人，首先重点“扫荡”
第1军分区所属地区。易县、大龙华、王安镇、涞源、插箭岭之线日伪军由北向南，保定、满城日伪军由东向西，相互策应，企图压迫军分区部队于狭小地区，进行决战。
10日，晋察冀军区下达反“扫荡”的作战方针和部署，决定在敌人进攻的头一阶段，避免与敌决战，采取广泛积极的游击战，使日军在“扫荡”中住不得其所，行不得其时，食不得其饱，最大限度地疲乏与消耗敌人，主力兵团立即集结起来，置于机动位置，准备于适当时机打击敌人，歼灭敌之一路或两路，以转换战局，彻底粉碎敌之“扫荡”；一切后方机关，均须适当编组，独立自主地分散在适当地区内转旋隐蔽。＇1940年11月10日，聂荣臻等致各兵团首长并报彭、左、毛、王电。＇
12日，针对日军大肆烧杀与破坏的行动，又指示：主力在不妨碍机动原则下仍可分散一部（不超过1/3的兵力）坚决打击敌之烧杀企图。
11月9日，由涞源、易县、保定出动之敌6000余人，连续合击管头、银坊、黄土岭和神北等地。12日，敌合击扑空，即在当地烧杀后分路撤退。
此时第1军分区集结第1、第25团，乘机进行截击。敌一路800余人，14日由吴家庄向苑岗撤退中遭到截击，死伤一部，该敌在飞机掩护下突出重围，向管头退去，途中再遭第20团截击，伤亡甚大，逃回满城。
11月13日，完县、唐县、定县、正定、行唐日伪军出动2700亲人，向第3军分区所属地区进犯。
14日，定襄、东冶、五台日伪军约2600人分两路向阜平及其西南地区迫进。日军东西两线策应，合击阜平以北的台峪。
晋察冀军区司令部及第3、第5军分区指挥机关和第2、第3、第6团等部队在敌合围圈即将形成之前，适时跳出，转移外线。16日，日军合击台峪、张家峪地区。未能转移出去的游击军艰苦奋战，司令员王溥、政治部副主任郝玉明英勇牺牲，部队伤亡100余人。
11月18日，合击台峪之敌从王快进占旱平城。21日，由大营经神堂堡、吴王口之敌，和由五台经台怀、石咀、龙泉关、下关之敌，也会合于阜平城。
日军占阜平后，由阜平中心区向外，由周围各据点向内，对第3军分区所属地区连续合击，反复“扫荡”，残酷烧杀破坏。
在此期间，晋察冀军区部队主力，根据敌情变化，机动转移，使敌合击屡屡扑空，始终处于有利地位，只以一部分部队与敌人保持接触，了解敌人的动向，钳制敌人的行动。各分区部队仍不脱离根据地，积极与敌周旋，各游击部队不断袭击敌人，破坏交通，阻敌修路，扰敌后方。
11月21日夜，第2团选派30余人袭入党城，以手榴弹袭击日军宿舍，日军惊慌失措，枪炮射击彻夜未停。26日，第1军分区便衣4名潜入保定，以手榴弹袭击日军正在举行会议的剧场，引起日军后方的惊恐不定。侵入根据地之敌，半个月来不断遭到打击，饥疲交困，遂于25日分路撤退。
至12月3日，日军大部退出北岳区，但在阜平、王快、党城、曲阳之线，留驻1000余人，继续建点修路，企图久踞。
为迫退深入阜平之敌，拔除敌占据点，彻底粉碎日伪“扫荡”，12月9日，晋察冀军区组织第2、第3、第4、第6团进行阜（平）王（快）战役，具体部署是：以第4、第6团先攻东庄，再攻阜平，第2、第3团位于王林口、王快、党城以北地区配合；攻阜平得手后，以第2、第3团向东扩大战果，攻取王快。
14日21时，第6团向东庄之敌发起猛攻，第1营一举攻克东庄北山堡垒3个，冲入村内，日军反扑夺回堡垒。第6团投入主力与反扑之敌肉搏数次，阵地堡垒几易其手，毙伤日军170余人。与此同时，第4团向阜平之敌展开攻击，第2团、游击军一度攻入党城和灵山。其他部队在阜平至曲阳沿线，进行袭扰、围困，破坏交通，消耗和疲惫敌人。21日王快之敌130余人押送100余驮子军需品，行至王林口被全歼。
26日，平汉路宣村地区伏击战，炸毁日军列车及所载汽车14辆，重炮3门。27日，由阜平东庄北犯之敌1200余人，在罗峪、土门遭袭击，死伤140余人。在晋察冀边区军民沉重打击下，留驻之日军被迫于1941年元旦起先后从阜平、东庄、王快撤退。到1月4日，持续55天的反“扫荡”基本结束，晋察冀军区共毙伤日伪军2000余人，自身伤亡1382人。
3、晋西北反“扫荡”
10月25日至11月上旬，日军独立混成第16旅等部约4000人，“扫荡”晋西北第8军分区和第3军分区米峪、娄烦一带，遭到当地军民打击。12月中旬，日军抽调驻晋南的第37师、驻晋东南的第41师各一部，配合驻晋西北的独立混成第3、第9、第16旅及第26师各一部共2万余人，准备全面“扫荡”晋西北。
百团大战第二阶段结束后，第120师预料日军必来报复，积极准备反“扫荡”。
10月30日，该师奉命组建晋西北军区，11月7日（俄国十月革命纪念日）在兴县李家湾举行了军区成立大会。晋西北军区辖直属军分区及第2、第3、第4、第8、雁北等6个军分区。军区在成立过程中，调整了一些部队的建制，精简了机关，充实了战斗连队，部队更加精干。12月14日，晋西北军区指示各军分区：反“扫荡”作战方针基本上是游击战，但需有相当主力集结，以便机动；各分区需有1个团以上的兵力，以连、营为单位分散游击；各正规军派出的游击队及地方武装，须围绕着进攻之敌，不断扰击，并派一部在敌后破坏交通；各分区须负责保护粮食，立即帮助、检查群众空舍清野工作。
12月14日起，日军各路相继开始对晋西北地区进行全面“扫荡”。敌5000余人从太汾、汾离公路据点出动，北犯第8军分区米峪镇地区；敌4000余人从离石、柳林出动，进犯临县地区；敌6000余人19日从岚县、奇岚等据点出动，进攻兴县和保德以南地区。
至12月23日，日军侵占了晋西北除保德、河曲两县以外的全部县城、大部集镇和黄河渡口，开始有计划地实行烧光、杀光、抢光的“三光”政策。
日军和汉奸伪装八路军，诱杀群众；派出基干支队分进合击，反复“扫荡”，寻歼党政军领导机关；重点破坏八路军后方机关和设施。日军所到之处，奸淫烧杀，无恶不作，残暴、野蛮、毒辣至极。根据地遭受到严重的摧残和破坏。据不完全统计，此次“扫荡”中，群众被惨杀者达5000余人，仅兴县地区被抢、被烧的粮食即达15万斤，仅第4军分区被抢、被杀牲畜即达5000余头，被烧毁的房屋、窑洞达1。9万多间。
晋西北军区部队在反“扫荡”初期，主要以部分兵力配合地方部队和游击队，开展广泛的游击战，袭扰、钳制进攻之敌，破袭敌之交通运输，掩护祥众转移。主力部队避开敌之锋芒，转到外线，寻机袭击敌人。第4军分区部队先后袭击了方山、峪口、信义等据点，并多次袭击临县和安叶村。师属教导团等部曾袭入兴县东关，又在兴县以南伏击敌“清剿”部队。第358旅和工卫旅，分别对“扫荡”米峪镇之敌进行多次袭击和阻击。独1旅和决死第4纵队，在大武以北不断袭击敌据点，破坏公路，断敌交通。在晋西北军民的有力打击下，敌难以继续“清剿”，遂改为修筑公路，设立据点，企图长期驻守，以分割晋西北抗日根据地。
为粉碎日军这一险恶的企图，12月27日，晋西北军区指示备分区动员一切力量，打破日军修路筑点计划；命令第358旅负责打击岚县至大蛇头、普明至赤坚岭修路之敌，独1旅负责破击大武至临县公路，决死第4纵队破击大武至方山公路。据此，独1旅第2团组织群众2000余人两次破击大武、三交间公路，使临县之敌不得不绕道方山与离石联系；离石游击队带领群众两次破击离石、军渡问公路，毁公路30余里；第2、第35团各一部，连续袭击汾阳至柳林公路线上的信义、上白霜、张家山等据点。在内线坚持的各团还抽调干部组成便衣工作团与地方工作团一起，在精干部队掩护下破坏敌新建据点周围的“维持会”。第715团一部与临县游击队一起袭入临县县城，捕捉了南关“维持会”代表。决死第2纵队第4团深入到晋中平川，在下曲镇诱伏文水之敌�