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这种现象一旦发生并蔓延于全国，则势所必然地可以危及全帝国的安全。戴凤翔的危言耸听所以能取得预期的效果，原因即在于此。
在被迫退休之后，海瑞编印了他从政期间的记录，其中包括各种公私文件。流传到今天的这部文集，反映了海瑞确实是一个公正而廉洁的官员，具有把事情办好的强烈愿望，同时还能鞠躬尽瘁地去处理各种琐碎的问题。
使读者首先注意到的，是他处理财政问题的篇章。在洪武时代制定的赋役制度，流弊已如上述。其最为百姓所苦的，厥为名目繁多而数额无限的“役”。大户人家可由官僚的身分而蠲免，这些沉重的负担就不可避免地落在中小地主身上，并往往使他们倾家荡产。在推行了近二百年之后，帝国政府已深深感到窒碍难通而不得不加改革。改革的办法是把各种名目的赋役折合成银两，以附加税的形式遍加于全境的土地上，不分贫富，计亩征银。这种新的税制称为“一条鞭法”。地方政府就用这些附加收入以支付各种力役。
一条鞭法有其简明易行的优点，也多少限制了花样百出的舞弊营私。但过去按田亩数量而以累进税方式而分派的各种赋役，此时以平均的方式摊派，本来属于富户的一部分负担从此即转嫁于贫家小户。这也就是放弃了理想上的公允，而迁就事实。出于对农民的同情，海瑞废除了自己应收的常例，并以种种方法限制吏胥的舞弊。但是这些改革，仍然收效甚微。因为本朝的财政制度虽然技术简陋，牵涉面却十分复杂，如果加以彻底改革，必须厘定会计制度，在中上级机构中，实行银行管制的方式，亦即无异于彻底改组文官集团，这当然是无法办到的。再则海瑞的着眼点也过于琐屑，他被政敌攻击为不识大体，也不尽是凿空构陷之辞。比如说，他的节约到了这种程度，除非吏员送上一张缮正的公文，他决不另发一张空白的文书纸。
海瑞文集中有关司法的部分，虽然易于被读者忽略，但它的历史价值却至为重要，因为它所阐述的这一庞大帝国的社会背景，较之任何论文都为简捷明白。从这些文件可以看出，地方官纵使具有好心，他也决没有可能对有关人权和产权的诉讼逐一做出公正的判决。因为在农村里，两兄弟隔年轮流使用一个养鱼池，或者水沟上一块用以过路的石板，都可以成为涉讼的内容。如此等等的细节，法律如果以保护人权和产权作为基础，则一次诉讼所需的详尽审查和参考成例，必致使用众多的人力和消耗大量的费用，这不仅为县令一人所不能胜任，也为收入有限的地方政府所不能负担。而立法和司法必须全国统一，又不能允许各个地方政府各行其是。既然如此，本朝的法律就不外是行政的一种工具，而不是被统治者的保障。作为行政长官而兼司法长官的地方官，其注意力也只是集中在使乡民安分守己，对于他们职责范围外没有多大影响的争端则拒不受理。这一类案件照例由族长村长或耆老士绅调解仲裁。为了鼓励并加强这种仲裁的权力，我们帝国的圣经“四书”就为读书人所必须诵习，而其中亘古不变的观念又通过读书人而渗透于不识字的乡民之中，即幼者必须追随长者，女人必须服从男人，没有知识的人必须听命于有教养的人。帝国的政府以古代的理想社会作基础，而依赖文化的传统而生存。这也是洪武皇帝强调复古的原因。
为耆老士绅所不能解决而必须由官方处置的，绝大多数为刑事案件。判决这类案件，政府的态度常常坚定而明确。如果发生人命损失，则尤其不能有丝毫的玩忽，一定要求水落石出。“杀人者死”这一古老的立法原则在当时仍被沿用，过失杀人和谋杀之间区别极微。这种一方面认为人命关天，一方面又主张以眼还眼的原则自然具有相当大的原始性，但对于本朝的政治经济制度来说，其间的互相配合则极为恰当。这样的立法意在避免技术上的复杂，简化案情中的疑难，而在大众之中造成一种清官万能的印象，即在有识见的司法官之前，无不能决断的案件。换言之，这种设施也仍不离以道德代替法律的途径。其方便之处则是一个地方官虽然缺乏法律上的专门训练，但是在幕僚和吏员的协助下仍然可以应付裕如地兼任司法官。司法从属于行政，则政府的统治得以保持一元化而使文官集团的思想行动趋于一致。
这种制度的原始性和简单性，在大众之中造成了很多不幸的后果。官府衙门除了对刑事案件必须作出断然处置外，很少能注意到对日常生活中的种种纠纷维持公允。乡村中的士绅耆老，虽然被赋予了这方面的仲裁权，然而他们更关心的是自己的社会地位和社交活动，对这些琐碎乏味的纠纷大多缺乏热情和耐心。至于开发民智这一类概念，在他们心目中更不占有任何地位。在我们这个古老的礼义之邦里，绝大多数的农民实际上早被列为顽民愚氓，不在文化教养之内，即使在模范官员海瑞的笔下，这些乡民也似乎只是一群动物，既浑浑噩噩，又狠毒狡诈，易于冲动。日常生活中为小事而发生口角已属司空见惯，打架斗殴以致死伤也时有发生。纠纷的一方有时还愤而自杀以倾陷仇家；即或由于病死，家属也总要千方百计归之于被殴打致死。海瑞在做县令的时候，有一次下乡验尸，发现村民竟以颜料涂在死者的身上来冒充血迹。这些残酷的做法，除了泄愤以外，还因为诉讼一旦获胜，死者的家属就可以取得一部分仇家的产业。
刑事案件需要作出断然处置，不论案情多么复杂，判决必须毫不含糊，否则地方官就将被视为无能。于是他们有时只能依靠情理上的推断来代替证据的不足，草菅人命的情形也不乏其例。下面是海瑞亲身经历的一件案子。
有夫妇二人在家中置酒招待一位因事过境的朋友并留他住宿。正好在这个时候，妻子的哥哥即丈夫的姻兄前来索取欠款白银三两。姻兄弟一言不合，遂由口角而致殴斗。姻兄在扭打之中不慎失手，把丈夫推入水塘淹死。人命关天，误杀也必须偿命，所以妻子和住宿的朋友都不敢声张，丈夫的尸体，则由姻兄加系巨石而沉入水底。
一个人突然失踪，当然会引起邻里的注意，事情就不可避免地被揭露。审案的县官以洞悉一切的姿态断定此案乃是因奸而致谋杀。死者的妻子与这位朋友必有奸情，不然，何以偏偏在这位随带仆从、远道而来的客人到达的那天，丈夫突然丧命？又何以兴高采烈地置酒相庆？理由既已如此充分，女人就被判凌迟处死，朋友作为奸夫理应斩决，姻兄参与密谋应被绞死。这件案子送交杭州府复审，审判官的结论中否定了奸情，认为确系殴斗致死，动手的人应按律处绞。本朝政府在法律技术上虽然远不能誉为精密周到，但在精神上却对这类人命案件颇为重视。按照规定，这一案件要由北京的都察院、大理寺作出复核。审判者细核府、县两级审讯记录，发现了根本上的出入，乃再度发交邻近3个县的县令会审。这3位县令维持初审的判决。当这一批人犯送抵本省巡按使的公堂，被判凌迟罪的女人当堂哭诉喊冤。于是案件又送到海瑞那里作第六次的讯问。
海瑞的结论和杭州府审判官的结论完全相同。他的理由是这位妻子和他的丈夫生有二子一女，决不会如此忍心。而这位朋友家境并非富有，并且早已娶妻，假令女人确系谋死亲夫而企图再嫁，也只能成为此人的一名小妾。所以从情理而论，谋杀的动机是不能成立的。再则，既属伤天害理的谋杀，参与密谋的人自然是越少越好，又何必牵扯上这位朋友所携带的仆从？
淳安县县令海瑞如何解释初审时的供辞？答案是：“皆是畏刑捏招，恍惚成狱，殊非情实。”
被迫退休回到原籍闲居，对海瑞来说，是一种难于忍受的痛苦。这位正直的官员，他毕生精神之所寄，在于按照往圣先贤的训示，以全部的精力为国尽忠和为公众服务。现在，他已经面临着事业的终点，就再也没有任何东西足以填补他心灵上的缺陷。
他的故乡在南海之滨，和大陆上一些人文荟萃的城市是两种截然不同的环境。在那些城市里，退职的官员可以寄情山水，以吟咏自娱，并且有诗人墨客时相过从。有的人可以出任书院的山长，以弘扬圣贤之道，造就下一代的人才来继续他的未竟之业。而在这天涯海角的琼州，没有小桥流水、荇藻游鱼的诗情画意，收入眼底的是单调一色的棕榈树和汹涌的海涛，吞噬人畜的鳄鱼是水中的霸主。海峡中时有海盗出没，五指山中的黎人则和汉人经常仇杀。
退隐在荒凉瘴疠之区，如果有一个美好的家庭生活，也许还多少能排遣这空虚和寂寞。然而海瑞没有能在这方面得到任何安慰。他曾经结过三次婚，又有两个小妾。他的第一位夫人在生了两个女儿以后因为和婆婆不和而被休。第二位夫人刚刚结婚一月，也由于同样的原因而逐出家门。第三位夫人则于1569年在极为可疑的情况下死去。第三位夫人和小妾一人先后生过三个儿子，但都不幸夭折。按照传统观念，不孝有三，无后为大，这是海瑞抱恨终天的憾事之一。
海瑞是忠臣，又是孝子。他3岁丧父，孀居的母亲忍受着极大的困难把他教养成人。她是他的抚养者，也是他的启蒙者。在海瑞没有投师就读以前，她就对他口授经书。所以，历史学家们认为海瑞的刚毅正直，其中就有着他母亲的影子。然而，同样为人所承认的是，海太夫人又是造成这个家庭中种种不幸事故的重要因素。当海瑞离开南直隶的时候，她已经度过了80寿辰。而出人意外的是，海瑞的上司只是呈请皇帝给予她以四品夫人的头衔，而始终没有答应给她以另外一种应得的荣誉，即旌表为节妇，是不是因为她的个性过强，以致使他的儿子两次出妻？又是不是她需要对1569年的家庭悲剧承担责任？尽管今天已经缺乏实证的材料，但却有足够的迹象可以推想，由于海太夫人而引起的家庭纠纷，不仅已经成为政敌所攻讦的口实，也已为时论所不满。海瑞可以极容易地从伦常纲纪中找出为他母亲和他自己辩护的根据，然而这些根据却不会丝毫增加他家庭中的和睦与愉快。
离职的巡抚已经走到了生命中退无可退的最后据点。他必须忘却别人加之于他的侮辱，克服自己的寂寞和悲伤。他失望，然而没有绝望。他从孔子的训示中深深懂得，一个有教养的人必须抱有任重道远的决心。老骥伏枥，志在千里，他虽然闲居在贫瘠的乡村，屋子里挂着的立轴上，却仍然是“忠孝”二字。这是儒家伦理道德的核心，在他从小读书的时候已经深深地印刻在他的灵魂里，至今仍然用它来警惕自己，务使自己晚节保持完美。他的政治生涯，已经充分表示了为人臣者尽忠之不易；而他的家庭经历，也恰恰说明了为人子者尽孝的艰难。但是除此以外，他没有别的道路可走，我们的先儒从来就把人类分成君子和小人，前者具有高尚的道德教养，后者则近似于禽兽。这种单纯的思想，固然可以造成许多个人生活中的悲剧，可是也使我们的传统文化增添了永久的光辉。从海瑞家族的这个姓氏来看，很可能带有北方少数民族的血统。然则这位孔孟的真实信徒，在今天却以身体力行的榜样，把儒家的伟大显扬于这南海的尽头！
安贫乐道是君子的特征。家境的困窘过去既没有损害海瑞的节操，今天也决不再会因之而改变他的人生观。他有祖传的四十亩土地足供糊口，在乡居期间，他也接受过他的崇敬者的馈赠。他把这些馈赠用来周济清寒的族人和刊印书籍，自己的家庭生活则保持一贯的俭朴。
散文作家海瑞的作品表明，他单纯的思想不是得之于天赋，而是来自经常的、艰苦的自我修养。既已受到灵感的启发，他就加重了自我的道德责任；而这种道德责任，又需要更多的灵感才能承担肩负。如果不是这样，他坚持不懈的读书著作就会变得毫无意义。
他的作品中再三地阐明这种道德上的责任。一个君子何以有志于做官，海瑞的回答是无非出于恻隐和义愤。他看到别人的饥寒疾苦而引起同情，同时也看到别人被损害欺压而产生不平。在君子的精神世界里，出仕做官仅仅是取得了为国家尽忠、为百姓办事的机会。一个人如果出于牟利，他可以选择别的职业，或为农，或为工，或为商。如果为士做官，则应当排除一切利己的动机。在这一点上，海瑞和创建本朝的洪武皇帝看法完全一致。
海瑞在1585年被重新起用。他不加思索地接受这一任命，无疑是一个不幸的选择。这一次，他就真的走到了生命的终点和事业的最低点。当时张居正已经死后被清算，朝廷中的人事发生了一次大幅度的调整。海瑞虽然不是当面反对张居正的人，却为张居正所不喜，因而得以在反张的风潮中东山复起。然而，这位模范官僚的政治主张在15年前尚且窒碍难行，在这15年后又如何能畅通无阻？文渊阁大学士申时行以他的明智和通达，自然不难理解这一点。所以他在致海瑞的书信中说到“维公祖久居山林，于圣朝为阙典”，就含蓄地表示了这次起用只是俯顺舆情，需要这位享有声誉的直臣作为朝廷的点缀。这个时候的海瑞已经72岁，虽说锐气并没有消减，但多年的阅历却使他不再像当年那样乐观。当嘉靖年间他犯颜直谏的时候，曾经充满信心地鼓励皇帝，说朝政的革新，不过是“一振作间而已”。而现在，在他离开家乡以前，他给朋友的信上却忧心忡忡地说：“汉魏桓谓宫女千数，其可损乎？厩马万匹，其可减乎？”借古喻今，明显地影射当今的万历皇帝喜欢女色和驰射，而且对皇帝的是否能够改过毫无信心。
在起复之初，他的职务是南京右金都御史，不久升任南京吏部右待郎。自从永乐皇帝迁都北京以后，这个名义上称为陪都的南京，除了正德皇帝一度在此驻跸以外，从来没有举行过全国性的大典。这里的各种中央机构，实际上等于官员俱乐部。他们的官俸微薄，公务又十分清闲，于是就殚思竭虑地设法增加额外收入。最常见的方法是利用职权，向市井商人勒索，其公行无忌有如抢劫。这种种怵田惊心的情形，使稍有良心的官员无不为之忧虑。
海瑞在1586年升任南京右都御史。在命令发布之前，他已经向万历提出了一个惹是生非的条陈。他提议，要杜绝官吏的贪污，除了采用重典以外别无他途。条陈中提到太祖皇帝当年的严刑峻法，凡贪赃在八十贯以上的官员都要处以剥皮实草的极刑。这一大于众怒的提议在文官中造成了一阵震动。谁知一波未平，一波又起。有一位御史在家里招了一班伶人排戏，海瑞得悉此事，就宣称按照洪武的祖制，这位御史理应受到杖责。其实这类事情在南京已属司空见惯，海瑞却以为有坏风俗人心而加以反对，结果只能被大众看成胶柱鼓瑟，不合乎时代的潮流。
海瑞的再度出山以及一如既往的言行，对当时的南京地区来说，有如一块巨石投进了一池死水。对他的批评和赞扬同时出现。不久，就有一位巡按南直隶的监察御史上疏参劾右都御史海瑞。下级监察官参劾上级监察官，虽不能说背