据有关材料披露，到1958年春，台湾官方宣布的颠覆案已达311320件。被捕、被传讯和受到调查者超过130万人，而当时台湾的全部人口还不到1000万人。
国民党当局逃台后，在“汉贼不两立”的观念下，更加仇视共产党，并冠之以“匪”，在岛内一再掀起“###”高潮。
为把台湾的思想文化纳入“###”轨道，蒋介石发起“文化改造运动”，发表一系列“###抗俄”文章，打着三民主义和中国传统文化的旗号，攻击马列主义。在学校、军队中灌输封建伦理道德，倡导“四维”（礼、义、廉、耻）、“八德”。在高中高职以上学校成立“中国青年###救国团”，实施“###抗俄”思想教育。狂热的“###”文化宣传遍及全岛，弥漫社会一切领域。在文学领域，国民党提倡“###文学”、“战斗文艺”。为配合“###”宣传，国民党当局还制造了一系列的“共谍案”，制造看得见摸得着的政治对立面。
为了使“保密防谍”工作更加行之有效，1950年1月27日，根据蒋介石的指示，台“行政院”颁布了《###保民总体战纲要》。纲要规定动员全岛的人力和物力，实施各种###战略。纲要还规定，台湾公民必须宣誓：“我自己绝不通匪，并不容他人通匪，如违反此誓言，愿受民众大会制裁。”4月14日，台湾“立法院”修订了“戡乱时期惩治叛乱条例”，扩大惩处范围，加重惩处标准，扩大军、警、宪、特的权力。6月13日，蒋介石下令颁布“戡乱时期检肃匪谍条例”，该条例规定：发现匪谍或有匪谍嫌疑者，无论何人均应向当地政府或治安机关告密检举。人民居住处所有无匪谍潜伏，该管保甲长或里长应随时严密清查。各机关、部队、学校、工厂或其他团体所有人员，应取具二人以上连保，如发现有图谋潜伏，连保人与该管直属主管人员应受严厉处分。治安机关对匪谍或有匪谍嫌疑者，应严密注意侦察，必要时予以逮捕。
为强化对人民群众的控制，国民党把在大陆时期所搞的“保甲连坐”制度照搬到台湾。1953年8月，台“行政院”颁布《戡乱时期检肃匪谍联保办法》，逼迫人民互相监视，彼此检举，如发现某人是匪谍，被联保者即使毫不知情，也要受到牵累。1955年6月至8月，国民党又在台湾搞所谓“在大陆被迫附匪分子总登记运动”，要求曾在大陆参加共产党的党、政、军、经济、文教、社会团体及各公私团体者，曾在共产党的工商机构、宗教组织工作过的人，曾接受过共产党的军事、政治、社团、文教、###、乡镇工作等训练的人，曾受共产党直接利用或“附匪分子”间接利用的人，都要到保安司令部办理登记。用当时台湾省主席严家淦的话说“凡是匪谍以及态度不暗不明、模棱两可的人，都将视为危险人物，必定要予以清除”。
由于国民党当局颁布的登记标准本身就是“灰暗不明、模棱两可”，因此谁有“嫌疑”，完全由特务胡乱判定。当时有些情况荒唐到了令人啼笑皆非的地步。如《时事杂志》的创办者童轩孙本人以及所办公司的经理、会计、职员一起被捕，询及原因，竟然是因为特务从他家抄出一本《汤姆·索亚历险记》，特务们居然把作者马克·吐温误看成为马克思。又如后来获诺贝尔奖的李政道先生的母亲张明璋，仅因家中留宿一位广西大学时期的同窗，便被扣上一顶“掩护匪谍”的帽子，被捕入狱。诸如此类例子，多如牛毛，举不胜举。1950年5月，蒋经国宣布已破获匪谍80余个单位，其中仅“苏艺林案”就逮捕100多人。曾担任过台湾行政长官与浙江省主席的陈仪，总参谋次长吴石中将、第4站总监陈宝仓中将、陆军聂曦上校等，也均因牵入不同的“通共”案件而被处决。
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“白色恐怖”席卷全岛（3）
江南著《蒋经国传》中曾这样记载50年代初的台湾：“翻开1950年前半年的《中央日报》，‘匪谍某某等数犯，昨日枪决伏法’的标题，一周出现好几次。保密防谍的口号，透过各种传播媒介，普及全岛每一个角落，以匪谍名义送往青岛东路军人监狱、台东绿岛，或用麻袋捆扎，未经司法程序，丢进海里喂鱼的不计其数”。
“政治肃清”乌云密布（1）
国民党退守台湾后，对台湾的左派力量进行了大规模的政治清洗。在“白色恐怖”的狂潮下，一个个立志建设社会主义中国的台湾青年长啸悲歌，在大时代的汹涌浪涛中无声无息地淹没了。依据“政治受难者团体”估计，在1950至1960年的10年间，约有三四千人在“白色恐怖”中殉难，六七千人受到监禁，而且政治迫害的灾难一直持续下来，不仅左派势力受到严重打击，更有不少无辜民众受到波及。
“2·28事件”被国民党援军镇压下去后，台湾的政治气氛顿时为一片“白色恐怖”所笼罩。那些为特务利用、参加治安维持队的天真、热情的学生，首先遭到被杀害的厄运。但是，幸存下来的“台湾学生联盟”的进步学生并没有被“白色恐怖”所吓倒。据###领袖之一的吴克清说，因为他们在“2·28事件”中看到中共地下党员的献身和牺牲，认识了中国共产党，因此在“白色恐怖”中纷纷有人加入了中国共产党的地下组织，有一部分地下党员转入山区坚持游击战争。事实上，据国民党官方的统计资料显示，台湾地下党员人数，经历了一场“2·28事件”后，反而从70人急增为285人。然而，总的说来，战后台湾的###在“2·28事件”后，不得不暂时在校里沉寂下来，###的主要领导人如郭琇琮、吴克泰、陈炳基、叶纪东等人也潜入地下，参与及领导了一场更加艰巨而全新的斗争。1947年，在内地的台湾省公费生组成的“台湾同学会”，利用暑假，组织演讲团，在台湾各地开展巡回演讲，介绍大陆学生运动的情况，传播新的思想。通过这一新的启迪与鼓舞，一度沉寂下来的校园学生运动，又从1948年春天开始逐步高涨起来，到了1949年春天，也因台大和师范学院发生的“四六事件”而达到战后台湾###的高潮。但是，没过多久，这股向往“红色中国”的左翼势力就被随之而来的“白色恐怖”狂潮淹没了。
“2·28事件”后，台湾社会秩序表面上恢复了平静，实则人心仍然浮动。当时大陆局势多变，国民党政权连连败退，各地###风起云涌，台湾亦不例外，台大、师院两校学生，先后联手走上街头示威，表达对当局的不满。4月6日，台湾警备司令部出动大批军警，突然包围台湾大学和台湾师范学院，逮捕数十名从事民主宣传活动的学生，通缉若干进步人士，此事史称“四六事件”。经过“四六事件”的打击，校园和社会中的反国民党势力又被瓦解。
抗战时期的蒋介石（中）、蒋经国（左）与蒋纬国（右）1949年3月20日，台大和师院的学生共乘一辆自行车，经过中山路派出所被抓了，那时规定自行车不得载两人，警察要罚款，学生不肯，警察就把学生扣留，并转送第四分局处理。消息很快传到师院和台大，听说同学被警察抓去，要罚款又挨了打，两三百名学生去包围第四分局，要求释放学生。这一波抗议无结果后，两校学生自治会还临时开会决定，翌日发动全校罢课游行示威。
3月21日，台大学生在罗斯福路校本部集合，整队出击，师院学生也整队出发，队伍约千余人。两队会合选出十多名主席团指挥游行，并派人担任纠察维持秩序，游行队伍沿途高唱“团结就是力量”，高呼“反内战要和平”、“反饥饿提高公费”、“警察无权打人”。游行队伍抵达警察总局的大门口，静坐抗议，由主席团代表学生向局长提出五项要求，局长口头应允，以免事情扩大。这次游行请愿和平落幕，学生各自解散回校。
3月29日青年节，台北市大、中学学生联合会宣布成立“学生联盟”，决定以“结束内战，和平救国”、“反饥饿反迫害”等诉求，于当夜在台###学院操场举行“青年晚会”。国民党当局十分震惊，动用党政军警特力量，对校园内的###活跃分子严密监视。4月，台湾省主席兼警备总司令陈诚自南京抵台，下令清查学生运动主谋分子，准备抓人。4月5日，“警总”提供一份黑名单，要拘捕台大21名、师院7名领导###的学生。
4月6日半夜，“警总”决定拘捕黑名单上的学生，同时发动宪警部队，团团包围师范学院，宪警派人向学生表示，只要交出名单上的人即可，与其他学生无关。但学生坚拒警方要求，关闭宿舍大门，一遍遍地高唱“团结、团结就是力量”、“我们是暴风雨中的海燕，勇敢地飞向天空”等歌曲，并向宪兵们喊话，要他们“赶快回去，不要自己人打自己人”、“不要做国民党的帮凶，不要做别人的走狗”，但宪兵们毫无反应。天亮后，宪警决定攻坚，逐渐缩小包围圈。师院的学生都跑到楼上，并以桌椅堵住楼梯口。黎明时分，宪警攻入宿舍二楼，学生抵挡不住，四处逃命，但被宪警逐一抓起来，大概有两百多人统统押上大卡车送到第6部队营区。事后许多学生遭到逮捕、被判入狱，甚至丧失生命。
“4·6事件”后，国民党政府宣布“戒严”，全省笼罩在“白色恐怖”的阴影下。校园自此也全面进入“白色恐怖”时代，军训教官进入校园，情治人员渗透学校，学校师生的言论更受到政府的钳制，学生运动遭受重大挫折。
经历了一场“2·28事件”后，绝大部分的台湾青年不可避免地陷入思想无出路的苦闷状态，他们苦苦地思索着台湾往何处去？事实上，大部分进步的台湾青年对国民党所代表的“白色祖国”绝望了，他们后来便转而倾向共产党所代表的“红色祖国”。台大医院里第三内科主任许强与王耀勋、苏友鹏等部分医生在郭琇琮等人领导下，秘密展开了学习左派理论的读书活动，以极大的热忱，研读巴金、茅盾、老舍、鲁迅等30年代的作品。
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“政治肃清”乌云密布（2）
1949年9月，以基隆中学师生逮捕事件为序幕，针对所谓的“匪谍”或“潜存的反政府组织”，国民党情治系统在全省各地同时展开了秘密逮捕行动。郭琇琮、王耀勋等左派领袖人物突然在家里被秘密逮捕。1950年5月13日，台大医院第三内科主任许强医师、眼科主任胡鑫麟医师、皮肤科医师胡宝珍和耳鼻喉科医师苏友鹏，同时被捕。这就是有名的“台大医院案”。4位医师从台大医院被押送到保密局以后，首先是填写各自的基本资料，然后就把衣服、皮带、鞋子脱下，交给卫兵检查。结果，卫兵竟然从苏友鹏西装外套的口袋，搜出一本鲁迅的《狂人日记》，这本《狂人日记》则成为“叛乱罪”的惟一物证！
1950年9月7日，军法处裁定许强与郭琇琮、吴思汉、王耀勋等10名同案“共同意图破坏国体以非法之方法颠覆政府而着手实行，各处死刑并褫夺公权终身”。另外，谢桂林医师等4人也以其他罪名被处死刑。11月29日的《中央日报》刊载了“潜台匪谍14名昨晨被执行枪决”的新闻。
许强等人被执行枪决以后，苏友鹏跟其他同案幸存者也被判决了。苏友鹏因为“1949年10月参加叛乱组织”，被判处有期徒刑10年，褫夺公权5年。苏友鹏后来回忆说：“优秀的人才是非常难得的！日本统治台湾50年，殖民地台湾才出现几个像许强老师、郭琇琮和吴思汉等那么优秀的人才。可是光复才5年，一场白色恐怖的政治风暴就轻易把他们扑杀了。真是可惜啊！”
上世纪90年代初，原来在“国防部保密局”负责抓人的谷正文少将终于站出来现身说法，公布了一本过去的绝密资料——《国防部历年侦破匪叛乱案汇编》。这份文件成为迄今有关50年代台湾政治案件最重要、最有系统的官方记录，包括时间、案情、综合检讨以及主要涉案人员名单和处置方式。其中抓人最多的两个案件是“匪台湾省工委蔡孝乾叛乱案”和“匪重建台湾省工委陈福星叛乱案”，其他百余政治案件中许多是以上两个案件的延伸。
关于陈福星事件，相关记录如下：“1950年5月，以陈福星为中心之北部台共组织已设法与匪共中央取得联系，接奉匪共中央1950年4月指示，乃即召集全省高级匪干商讨建立临时领导机构。至1950年底，全省各地匪党组织已再具规模，并检讨过去失败教训，具体指出以后工作方针，再度展开活动”。重整后的省委组织，在特务机关的打击下，主力被迫从桃园、新竹转移至苗栗地区，但在一些叛徒的告密下，党组织基地暴露。许多重要领导人被捕，被送到台北马场町刑场从容就义。一些人被送到绿岛，在孤岛上一蹲就是十几年，耗掉了宝贵的青春，等到回到家时，人事景物全非，顿有换了人间的恍然。
马场町的枪决刑场成为最重要的历史见证，地下党员们就义前的情景终于被忠实地记录下来。地下党员们在马场町被枪决后，依惯例遗体由家属领回，但也有不少人尸骨不知去向。1952年8月，苗栗县铜锣镇的徐庆兰以“匪谍”罪名被枪决，尸骨无踪。他的妹妹曾梅兰也坐了10年的牢，出狱后一直找不到固定的工作，所有公司的老板害怕惹麻烦，不敢收容她。曾梅兰只好四处打零工为生，偶尔回到铜锣，父母都对她再三叮咛一定要找到哥哥的坟墓。因此只要有空，曾梅兰就骑着脚踏车，到台北每个墓地去找，结果一无所获。1993年5月，曾梅兰认识的一位捡骨师偶然间在台北六张犁公墓的一处草丛边看见一块碑石刻着“徐××”字样，他知道梅兰的哥哥姓徐，却不记得名字，不过他还是跑去告诉梅兰这件事。隔年，梅兰拿着除草的镰刀跟着捡骨师到现场，除去野草，擦拭了字迹模糊的墓碑，上面正是“徐庆兰”三个字。曾梅兰事后说：“我的心非常痛、非常痛，我想，找了那么多年了，终于给我发现了啊，我爹娘交代几十年了，现在才给我发现”。曾梅兰接着意外地发现四周还有类似的碑石，她一个个找下去，竟找到37个形状一样的碑石。很明显，墓主都是当年音信杳无、曾让家属们牵肠挂肚的###，他们无语问苍天，在这野草下静静地躺了半个世纪。
另一案件为“林书扬事件”。林书扬家住嘉南平原麻豆镇，1945年9月抗战胜利，林书扬以满腔热情参加了一个名叫“还中会”的青年组织，宗旨是尽快让台胞了解祖国大陆的政情，为回归做好准备，并揭露国民党的黑暗统治，要求“国共和谈”。“2·28事件”发生后，林书扬被国民党当局认定参与幕后指挥工作，列入“黑名单”。1950年初，麻豆镇农会理事长改选，医生谢瑞仁获得连选连任，而亲国民党当局的人士却惨遭落败，此事引发当局的怀疑与不满。同年5月，国民党当局借故以“匪谍”罪名拘捕了谢瑞仁及其支持者共36人，其中包括林书扬。同年9月，谢瑞仁等3人被判处死刑，林书扬等若干人则被判处无期徒刑，另有10余人被判处15年左右的有期徒刑，史称“麻豆事件”。“麻豆事件”改变了林书扬一生，他从此开始了长达35年的铁窗生涯。
回忆绿岛监狱的生活，林书扬感慨地说，没有这一段集中营生活的磨难，他今后的道路很可能就不一样了。在集中营里，狱方的迫害主要有以下几种方式：一是狱方制造的冤案。如在某人笔�