此后双方进行谈判，政府提出了还械六条件，后来附加要商团代筹北伐经费300万，双方为此争执不下。10月4日，商团以尚未领回被扣枪械为由，联络广州及百余个县镇的商人代表在佛山开会，决定发动第二次罢市，并再次前往广州向政府表示抗议。
为了顾全大局，10月9日孙中山令蒋介石发还部分枪支。蒋介石即将长短枪5000支交由李福林点收转交商团。第二天商团在西壕起卸枪械，恰遇广州各界群众纪念双十节游行。商团护械的团兵不让游行队伍通过，群众不服，竟遭商团军袭击，当场打死群众二十余人，伤及百余人。对受伤者还挖腹摘心，残忍至极！
商团残杀群众，还散发传单侮辱政府，并派兵巡街，强令商店罢市。他们截断广韶交通，宣称陈炯明将返穗。如此种种，造成人心惶惶。
在中共广东区委和广大民众的支持下，孙中山增强了平乱的决心，组织了革命委员会作为临时军事指挥机关。
10月13日，广州宣布戒严。莫桂兰和飞鸿在得到戒严令后，关上了“宝芝林”大门，叮嘱家里人千万别往外跑。
14日，胡汉民省长下令解散商团，鲍罗廷、蒋介石、廖仲恺、谭平山等人指挥黄埔学生军、警卫军、工团军、农团军等同时出动，镇压商团叛乱，捉拿骨干分子，收缴商团枪械。
飞鸿所住的地方，正是双方交战最激烈的场所。15日凌晨，商团军首先向警卫军开枪。工团军、农团军、黄埔学生军和其他军队奋起反击，分五路包围西关，双方激战了好几个小时，战斗一度打得相当激烈。
在镇压商团的过程中，一些不法军人、地痞和土匪乘机在广州商业最繁华的西关一带，大肆烧杀抢掠，造成了许多人间悲剧。
第五部分乱世遗恨（4）
“宝芝林”在这场战乱中也被点燃了，浓烟滚滚随风转，秋风助火势，一下子烧成熊熊烈火。烧杀抢掠干什么的都有，飞鸿和家人哪顾得上救火，还是逃命要紧。飞鸿和莫桂兰带着孩子们逃出火场，回头再望经营了三四十年的“宝芝林”，此时的“宝芝林”早已被一片火魔包围，很快就要化为灰烬。
飞鸿伤心不已，有如万箭穿心。他站在一旁久久不肯离开，浓烟呛得他不停地咳嗽，莫桂兰拉他，他还是不肯移步。
三十多年的心血，被一场无情的大火付之一炬，能不令飞鸿伤心吗？他不肯离开，莫桂兰也不便强迫他走，就扶着他离火场远一点。边走莫桂兰边安慰他说：“火已烧到这份上了，你难过也没办法呀！古人说的好，钱财如粪土，没有了钱咱们还可以再去赚，要是气坏了身子骨，那可就损失大了。”
“这个道理我当然知道，可是，这是我一辈子的心血啊！没了‘宝芝林’，今后靠什么生存？”
莫桂兰安慰他说：“药方印在咱们心里，‘宝芝林’是烧不掉的。咱们一定会东山再起的！”
莫桂兰劝飞鸿离开现场，找个地方安顿下来再说。飞鸿说什么也不肯离开，这毕竟是他生活了几十年的家呀！
经过几小时的激战，广东革命政府军终于镇压了这次商团军的叛乱。商团副团长李颂韶向政府军投降，表示愿缴械赎罪。西关地区被烧毁的商铺又岂止飞鸿他们家的“宝芝林”，昔日一片繁华的西关街，如今成为被战火涂炭过的废墟。
天亮了，断壁残垣裸露在市民们的视线中。有的人从躲藏的地方出来，望着被毁掉的家园，伤心地哭了。飞鸿是堂堂七尺男儿，望着这惨状，禁不住也落下了伤心的泪。
面对废墟，飞鸿无限伤感：“可惜，真可惜啊！刘将军给我题的字、张总督的墨宝都烧了。还有我的那幅肖像，多威风呀，也成灰烬了。以后再也看不到这几件珍贵的东西了！”
莫桂兰不停地安慰飞鸿。
很快，飞鸿的徒弟听说了西关一带火灾的状况，担心师傅及其“宝芝林”，便从四面八方赶来看师傅。见到眼前这副惨状，徒弟们一个劲地安慰飞鸿。飞鸿的徒弟邓秀琼和邓芳，最先把师傅接回家中疗养。
在徒弟家住了几天，飞鸿与莫桂兰决意不给人家添麻烦，便想出去租房住。邓秀琼对师傅说：“您要是不觉得我这太简陋，愿住多久就住多久。您现在出去，‘宝芝林’又被烧了，住哪呢？”
提到“宝芝林”，飞鸿顿时又难过得说不出话来。邓秀琼等人安慰他说：“师傅不要难过，过几天我们这些徒弟们合计一下，大家凑钱也要让你重开‘宝芝林’。”
有这样的徒子徒孙，飞鸿还有什么话可说呢？他对邓秀琼点了点头，表示自己听见了。
莫桂兰对邓秀琼说：“长期住在你这里，也不是个办法。除我们两个，还有几个孩子，这么一大堆人，弄得你们都不方便。所以我们还是去租一间房屋住吧！”
邓秀琼、邓芳等人只得依了他们。此时孩子们都已长大成人，长子黄汉林找了份事做。飞鸿便与莫桂兰租了一间小屋暂住，夫妻俩相依为命，过着清苦的日子。
次子黄汉森被害、“宝芝林”被焚给飞鸿心里笼罩上沉重的阴影，他本来是个开朗的人，经过这几件事的打击，心情渐渐变得忧郁起来。
就在“宝芝林”被烧毁后不久，其长子黄汉林又告失业，令资财付之一炬的飞鸿再受打击。经不住这一连串打击的飞鸿，终于忧郁成疾，躺在了床上。
听说师傅病倒了，徒弟们都来看望他。大家问寒问暖，有的还给他请医生来诊治。经过莫桂兰的悉心照料，飞鸿的病有了好转。但他精神上受到多次打击，他的病一直没有彻底好起来。
转眼到了1925年。广州革命政府平定商团暴乱后，广东革命根据地仍然存在潜在的危险，陈炯明乘孙中山北上之机，以7个军约六万多兵力图谋攻取广州。为了消除这个隐患，1925年1月，广东革命政府决定出师东征。3月双方在棉湖激战，革命军大败陈炯明的叛军。
飞鸿身体略有好转时，莫桂兰陪他去散心。过去飞鸿忙，极少有时间陪莫桂兰上街。有一年新春社日，飞鸿曾携莫桂兰到四牌楼一带看灯饰。那时他们新婚不久，“宝芝林”生意还不错，飞鸿对莫桂兰说：“‘宝芝林’已经办出了特色，你要把它经营好，一代代传下去。我老了，你还年轻，今后‘宝芝林’主要靠你经营。”这番话就像是昨天讲的，仿佛还回响在耳边，而如今“宝芝林”却化为乌有了。莫桂兰想到此事，难免也生出不少伤感。
第五部分乱世遗恨（5）
那次新春社日，夫妻俩请了辆黄包车，一齐到城隍庙看花灯。在城隍庙，他们逛了夜市，看了许多民间表演，如鲤鱼跳龙门灯、莲藕灯、雄鸡灯、百子千孙灯和走马灯等，玩得很开心。而今再次陪飞鸿出来，却是这般光景。莫桂兰希望飞鸿的病早点好起来，她想看到一个健康开朗的飞鸿。
不久，飞鸿再次病倒，住进了广州城西的方便医院。这次病得比过去更重，从此一病不起。
自知没有多少日子留在世上的飞鸿，让莫桂兰坐在他的床边，他摸着她的手，认真地对她说：“我不能陪你多久了，以后的日子只能靠你自己。你还年轻，如果有了合适的，你就找个老实人再嫁吧！这样下半辈子也有个依靠。”
莫桂兰忍不住淌下泪来：“别说这些，你会好起来的，会的，会的……”
飞鸿摇摇头：“我知道自己的事，好是好不起来了。还是那句话，将来你还是找个人家再嫁，这样我在地下也就瞑目了。”
莫桂兰答道：“现在已是民国三十六年，改嫁也不是件不光彩的事，但我生是黄家人，死是黄家鬼。我虽未给你生下一儿半女，但汉林他们几个如同我亲生的孩子一样，对我很好。再说有你传下的拳术和医术，你就不要为我将来的事担忧，好好把病养好吧！”
“还有一桩事，你和孩子们都记住，‘宝芝林’不能就这样完了，一定要把它重新开起来。这是我的一桩心愿，看来也只有交给你们来帮我了却了。”
“你就放心吧！除了我还有你一大帮的徒子徒孙呢！他们本来准备给你办的，因为你身体不适，才推迟一些。”
飞鸿听了这话，脸上露出了满意的神情：“这样，我就放心了。”一颗悬着的心落了地，飞鸿双眼一闭，告别了这个世界，享年69岁。一代豪侠与世长辞，时间是1925年4月17日。
飞鸿辞世后，家徒四壁的后人拿不出钱来安葬他，由于“宝芝林”遭火劫，家里的资财全部化为灰烬，莫桂兰只有戴在耳朵上的一副朱义盛耳环，拿到典当行去也当不了几个钱。怎么办？莫桂兰和孩子们心里都急了，他们准备找人借钱办丧事。
正当莫桂兰和孩子们准备设法筹钱之际，听说师傅过世了的徒子徒孙们都过来了。女徒弟邓秀琼是个有情有义的女中豪杰，她当即表示：“设法通知香港的几位师兄回来参加师傅的葬礼吧！殡葬费就不用担心了，我一个人来负担。要筹集的话，也由我去筹集。”
莫桂兰和孩子们舒了一口气，忙着通知飞鸿的一些徒弟。出殡那天，四乡的徒子徒孙闻讯而至，都来为这位武林豪侠送行，场面非常悲壮。
当年飞鸿的父亲黄麒英辞世，家里人根据他的遗愿将其安葬在美丽的白云山麓。飞鸿与世长辞后，为了能让他和他父亲在一起，也被安葬到白云山麓。
将师傅安葬之后，徒弟们对师娘莫桂兰今后的生活表示关心，邓秀琼问她有何打算，莫桂兰回答说：“我有手有脚，又学过武技，在社会上混碗饭吃，应该不是什么大问题。只是你们的师傅临终前留下遗愿，要我恢复‘宝芝林’，我得早点把这件事办好，让他在九泉之下能早点安心。”
关于宝芝林的重建，徒弟们都表示会有钱出钱有力出力。大家都劝莫桂兰，先安定下来再说。为照料飞鸿，莫桂兰一直操劳，也该休息一下，调整调整。
莫桂兰是个闲不住的人，呆在家不干事她难过，就想先找份事做，以此减轻一些失去亲人的痛苦。正好黄飞鸿的徒弟邓芳，与邓义在广州创办“义勇堂”，缺武术教头，这样莫桂兰便先到“义勇堂”教拳。
邓芳是林世荣的师弟，广东三水人。他与邓义在广州带河基设馆授徒多年，邓秀琼曾在他的“义勇堂”任狮艺拳术教练，他的“义勇堂”在广州颇有名气，培养了不少弟子。
飞鸿的三个儿子吸取他们的兄弟黄汉森的教训，没有从事武技方面的工作。他们三人分别从事肉行生意、行医以及经营杂货。
“宝芝林”在众徒弟们的帮助下，不久重新开业。林世荣对莫桂兰说：“有什么困难，尽管跟我们这些人说，如果在广州开得不顺利，可以到香港来开，香港有不少我的师兄弟，大家都希望把师傅的‘宝芝林’开得更大更好。”
广州革命政府军第一次东征，沉重地打击了陈炯明，但并没有彻底消灭他的军队。第一次东征的军队回师广州后，陈炯明重新占领了梅县、潮汕、惠州等地，进而夺取整个东江地区。1925年9月间，陈炯明勾结北洋军阀和广东南路的邓本殷部，企图夺取广州，他们分四路进军广州。刚刚平息商团暴乱不久的广州，又陷入战争的威胁之中。
为了免受战争之灾，莫桂兰决定离开广州到香港去发展。在林世荣等人的帮助下，她将“宝芝林”迁往香港高士打道。
黄汉枢自己决定到澳大利亚去发展，莫桂兰于是带着黄汉熙、黄汉林到了香港。
第五部分乱世遗恨（5）
为了彻底消灭陈炯明反动势力，统一广东，国民政府举行了第二次东征。东征部队由蒋介石任总指挥，周恩来任总政治部主任，共计三万多兵力。10月1日东征军出发，到11月中旬收复了全东江地区，彻底打败了陈炯明，歼灭一万两千多人。
与此同时，盘踞在南部的反动军阀邓本殷为了与陈炯明相呼应，大举北进想攻占广州。国民政府派出南征部队，将邓逼至海南岛，到1926年2月，海南岛被收复，邓本殷也被打败。
广州安定了，形势一天天好起来。莫桂兰考虑到“宝芝林”主要是在广州出名的，它的业务客户主要在广州，所以得知广州政府已将几路军阀彻底打败、社会安定时，莫桂兰又把“宝芝林”从香港迁回广州太平南路晏公街公信巷。
“宝芝林”重新回到广州，这个名牌老店要恢复往日的兴旺，必须让人们知道搬回来重新开业的消息。莫桂兰精明能干，想了许多办法宣传“宝芝林”，其中包括散发重新开业的宣传单、与老客户重新沟通等。她在印制散发的宣传单上，清楚地写明了“少林寺真传、广东黄飞鸿跌打损伤名药”等字样。
经过莫桂兰的努力，“宝芝林”渐渐地有了起色。莫桂兰不但经营“宝芝林”药店，她还教人学武健身。她想把“宝芝林”恢复到与李广海、何竹林、梁财信等药铺并称“四大名店”时的盛况，以此告慰飞鸿在天之灵。
飞鸿带着遗憾告别了人世，但他托付给莫桂兰的事，被莫桂兰当作人生最大的事来做，“宝芝林”重新崛起，“黄飞鸿”的名字随“宝芝林”再度进入寻常百姓中。如果他在九泉有灵，也应该感到欣慰了。
为了飞鸿的遗愿，莫桂兰一直在打理“宝芝林”，经过她的不懈努力，“宝芝林”成了闻名省港的一间大药店。后来飞鸿的徒弟邓秀琼等人也到香港去发展了，莫桂兰决定把“宝芝林”开到香港去。抗战胜利后，她去了香港发展。
第五部分名扬天下（1）
作为一位普通的武师，飞鸿生前尽管有不少可歌可泣的事迹，却默默无闻。死后的相当长一段时间内，也没改变这种状况。“虎妻”莫桂兰秉承夫志，高徒林世荣著书立说，他们开馆授徒，使飞鸿徒子徒孙遍布世界各地。再传人朱愚斋等用文学手段再现飞鸿传奇人生，黄飞鸿电影进入吉尼斯纪录。黄飞鸿狮艺、武术馆和黄飞鸿纪念馆的创建、“佛山黄飞鸿”网站的开通，使飞鸿成为名扬天下的一代宗师。
黄飞鸿活着的时候，只不过是一个极为普通的岭南武师。尽管他的武功盖世，生前却寂寂无闻。他最走红的时候，无非担任军中的技击总教练而已。全盛时期不过如此，不如意时更是为一家人的三餐而穷于奔波。他一生做了不少除暴安良之事，甚至还到了台湾抗击日本侵略者，然而这样一个为国为民的人却落魄而死，死后很长一段时间也没得到应有的地位。
《佛山忠义乡志》、《南海县志》等书，都没有发现记载黄飞鸿的只言片语，这些正统的史志显然是沿袭封建道德标准，将卖武献艺者作为三教九流人物来对待。在封建社会里，卖艺演武者是被人瞧不起的，登不了大雅之堂，上不了地方志这是常理之中的事。
然而，民间却没有忘记飞鸿，冯植先生所编著的《南海旧事》中，收录了许多有关飞鸿的史料，其中有三首20世纪40年代流传于广州西关一带的诗歌，兹录于下面：
（一）
虎痴平生多轶事，虽无正史稀人知；
惟是民间广有说，粤者口碑多振词。
（二）
金钱镖出震四众，饶人不痴是英雄。
黄门一家有三杰，西樵山下出虎龙。
（三）
前清十虎说太公，麒英衣钵传飞鸿。
西樵山下显三杰，禄舟一村现虎龙。
民间这些诗歌，表达了对飞鸿及其祖辈的赞扬。但真正使飞鸿后来名扬天下的，却是他的妻子莫桂兰和林世荣等徒弟以及他