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且说北朝康永、贞和年间，高氏在关东战败了北畠亲房，随即在河内四条畷杀死楠木正行，攻陷了南朝的大本营吉野，功勋卓著，声威煊赫。为了制约高氏的势力，正平四年〔北朝贞和五年，1349年〕足利直义派养子直冬前往主持中国地区的军事，就任长门探题，同时利用畠山直宗和上杉重能的谗言，把高师直从执事的位置上扯了下来——这当然会引起高氏的强力反弹。
足利直冬本是尊氏与侍妾所生的庶长子，被直义收为养子，并下赐“直”字。他受命走到备后国的鞆津地方，突然遭遇高师直部下的袭击，被迫远遁九州。高师直兄弟本是天不怕地不怕的悍将，于备后袭击了直冬后，回过头来又聚集一族郎党袭击足利直义。在这次事件中，尊氏明显偏袒高氏，结果畠山直宗和上杉重能被杀，直义被迫于当年十二月出家入道，声称远离俗世的纷争，放弃俗世的权力。
足利直义身在京都，不敢不暂时委曲求全，逃到九州的足利直冬可就没那么听话了，他很快回归中国地区，召聚党羽，随时有东进报仇之意。于是次年〔1350年〕六月，高师泰向足利尊氏求得了讨伐直冬的诏书，亲率大军离开京都向西进发。
两军接战，高师泰一时败绩，退回京都。当年十月，足利直冬统率大军杀到京都郊外，其父直义趁机逃往大和，掀起了反旗。为了能够在与高氏的对决中稳占上风，直义干脆背弃兄长尊氏的阵营，主动提出归降南朝。后村上天皇喜不自胜，立刻答应了他的请求——是年为正平五年〔北朝观应元年，1350年〕，幕府一分为二，史称“观应之乱”。
观应之乱延续的时间并不算长，正平六年〔北朝观应二年，1351年〕元月，直义派的桃井直常率北国兵马南下，和足利直义两面夹攻京都。足利尊氏和高氏兄弟被迫逃往丹波和播磨。尊氏一看情况不妙，于是以勒令高氏兄弟出家为条件，提出与直义和谈。高师直和高师泰在被押往京都的途中，于摄津被上杉能宪所杀——能宪是上杉重能的养子，他可算是为父亲报了血海深仇了。
然而虽然送掉了高氏兄弟的性命，尊氏和直义间的和谈最终还是破裂了。当年八月，足利直义被迫逃往北陆。十月，尊氏归降南朝，并且取得了追讨直义的诏命。次月，北朝崇光天皇被废，莫名其妙的，天皇朝廷又名义上归于一体了，史称“正平一统”。
●南北朝的终结
足利直义重整旗鼓后，于正平六年〔1351年〕十一月杀回关东老家，夺取了镰仓。足利尊氏与其子义诠匆忙调集大军征讨，于足柄山击破直义军，次年〔1352年〕元月收复了镰仓，直义被擒。关于足利直义的下场，有两种说法，一说是于本年二月被足利尊氏毒死，一说是次年〔1353年〕得急病而死。
足利尊氏一看干掉了兄弟直义，再度翻脸不买南朝的帐。南朝以宗良亲王为征夷大将军，率领新田义宗、新田义兴、胁屋义治等将东下，和尊氏反复争夺镰仓，鏖战不休。当年八月，弥仁王继立为北朝天皇，称后光严天皇，一天两帝局面重现。
足利幕府经过观应之乱后实力大损，相对的，南朝一度恢复统一号令，又得到足利直冬等直义残党的支持，开始逐渐占据上风，在山名时氏、楠木正仪、足利直冬、桃井直常等将统率下，南朝军队曾经先后两次攻入京都。
正平七年〔北朝文和四年，1355年〕三月，足利尊氏、义诠父子击败南朝军队，收复京都。从这一年开始，南朝军队节节败退，京方重新占据了优势地位。三年后〔1358年〕四月，足利尊氏死于京都二条的万里小路邸，享年五十四岁，结束了他播乱的生涯。
足利尊氏子义诠接任征夷大将军，继续展开对南朝的进攻。此后的战争，混乱得几乎无法理清脉络，更无法用语言来形容，反正南北双方都是外战和内乱不断——既然连幕府将军都一会北朝一会南朝，那么地方武士朝秦暮楚、朝降暮叛，也都可以理解了。计南朝方先后叛变的主要将领有大内弘世、楠木正仪等等，幕府方先后叛变的主要将领有仁木义长、细川清氏等等。
战乱产生了大量失去土地和主家的武士，他们在日本再无立锥之地，遂沦为盗贼，甚至渡过苍茫大海，前往朝鲜半岛和中国大陆烧杀抢掠——这就是所谓“倭寇”的开端。正平二十二年〔南朝贞治六年，1367年〕，高丽国王派遣使者来到京都，要求北朝和幕府恢复秩序，严禁倭寇。正平二十四年〔南朝应安二年，1369年〕，刚刚建国的明太祖朱元璋派遣使臣七人来到九州，向南朝的征西将军怀良亲王递上国书，国书内容主要是谴责倭寇，并希望通商友好。怀良亲王杀死了使臣中的五人，扣留杨载、吴文华三个月后，才写下一封言辞桀骜不训的回书，交予两人带回。
这大概是受了文永、弘安之役元军来袭的影响，一方面怀良亲王并不了解大陆局势，不知道这个明朝和以前蒙古人所建的元朝有什么关系，另方面也基于前车之鉴，坚决不能向外来“侵略者”低头服软。朱元璋看了那封回书，大概会哭笑不得吧，于是他于次年〔1370年〕再派赵轶出使日本，说明自己所代表的并非蒙古人而是汉人，怀良亲王这才恍然大悟，立刻好礼款待，并且上表称臣。
不过关于倭寇问题，日本内部还在打个不休，哪有闲功夫去处理？况且，倭寇的起因正是因为战乱，战乱不止，就算严剿倭寇，严禁船只下海，也是无法彻底解决这一问题的。倭寇对高丽和明朝的沿海骚扰日益严重，朱元璋大怒，遂于明洪武十六年〔1383年〕断绝了和日本的贸易关系。
南北朝谁都吃不了谁，第二代幕府将军足利义诠遂尝试用和平方式完成统一，派人多次赴南朝谈判。然而两朝要并合为一，存在着一个极大的前提，那就是只能剩下一位天皇，义诠当然支持北朝，而南朝的历代天皇也都不愿意让出宝座，因此谈判最终还是以破裂收场。
到了正平二十二年〔北朝贞治六年，1367年〕年底，足利义诠去世了，传位给其子义满，次年〔1368年〕十二月，足利义满正式补任征夷大将军。足利义满时代，京方在军事上又有了长足的进步，一度攻陷南朝的天野行宫，而南朝名将如宗良亲王、北畠显信等先后去世，楠木正仪降伏，已经日薄西山，再难复振了。
就在这种背景下，双方的谈判终于获得成功，元中九年〔北朝明德三年，1392年〕闰十月，南朝后龟山天皇离开吉野，在将神器交付给北朝的后小松天皇后，体面地迁往嵯峨大觉寺隐居——南北朝时代就此终结。
●细川赖之和足利义满
京方的足利幕府，所以能够最终取得南北争乱的胜利，很大程度上得益于足利义诠对在乡武士和各地守护的妥协让步。正平七年〔北朝文和元年，1352年〕，足利尊氏以其子义诠的名义发布了“半济法”，即允许守护以征收“兵粮米”为名，获取属于公家、贵族和寺社庄园的一半年贡。这一政策最早在近江、美浓和尾张三国执行，足利义诠当政时逐渐扩大到北朝所控制的所有领地。
根据这一法令，各国守护得以加强对领内庄园的控制，能够更有效地把庄园武士征召从军，同时更有效地把在乡武士团结在自己身边，军事实力逐步增强。正是靠着这一点，京方军队才得以在义诠和义满时代不断取得辉煌战果，最终把南朝逼得无路可走，只好乖乖交出神器，让出政权。
当然，这种庄园经济向守护的领国经济转化的趋势，强化的只是作为整体的京方，而非足利幕府本身，这柄双刃剑在消灭了“朝敌”以后，反过来也砍向足利幕府将军，这却是尊氏、义诠两代都根本无法预料的。到了足利义满时代，很多家族身兼数国守护，军事力和政治影响力都足以威胁幕府统治，义满费尽毕生心力，也终究无法彻底解决这一问题。
且说这位足利义满将军，倒也算是一代雄主，他继任幕府将军的时候年仅十一岁，掌握实权的乃是执事细川赖之。细川氏本是足利氏的同族，细川俊氏生公赖、赖贞兄弟，赖贞有三子，其一就是前文提到过的大名鼎鼎的细川定禅，公赖也有三子，并为足利尊氏麾下大将，是为细川和氏、细川师氏和细川赖春——细川赖之是赖春之子。
正平十六年〔北朝康安元年，1361年〕，由于受到佐佐木高氏〔道誉〕的挑拨，细川和氏之子清氏投降南朝，随即杀入京都，迫使足利义诠和后光严天皇逃往近江。次年〔1362年〕七月，细川赖之在赞岐白峰城大败细川清氏——清氏或许就殁于是役，总之从此消失了踪影。因为战功，赖之节节攀升，最终成为幕府执事，并且足利义诠临终前，也把年幼的儿子义满托付给了他。
足利义满前期的对南朝战争，基本上都是由细川赖之在指挥。他先是任命今川贞世〔了俊〕为九州探题，贞世在大内义弘的协助下，打败菊池武朝等南朝武将，基本控制住了九州的局面。其后，细川赖之诱降楠木正仪，随即以正仪为先锋，以弟细川赖元为总大将，突袭南朝的天野行宫，将南朝军队主力消灭殆尽。
细川赖之最强有力的政治对手是斯波高经之子斯波义将。斯波高经原本是直义派武将，后跟随足利义诠，因此义将一度出任幕府执事，当时的斯波一门权势熏天，这就引起了有“婆娑罗大名”〔此处的“婆娑罗”，指特异而华丽的穿着〕之称的佐佐木高氏的愤恨。在高氏的谗言中伤下，正平二十一年〔北朝贞治五年，1366年〕，足利义诠解除义将的执事职务，随即发兵讨伐斯波父子——是为“贞治之变”。斯波父子逃往北陆，不久高经病死，义将复归幕府。
此后，斯波义将讨平占据越中的南朝名将桃井直常，势力逐渐恢复。到了天授四年〔北朝永和四年，1378年〕，细川赖元等进攻南朝的领地和泉、纪伊，遭到惨败，随即代替其为将的斯波派山名氏清、山名义理却成功攻取上述两国。从此细川赖之的声望大跌，遂于次年〔1379年〕闰四月被赶下了台。斯波义将再任执事，发兵讨伐细川赖之。
其实细川赖之的去职，并非仅仅因为斯波派的打击，很大原因在于将军足利义满已经成年了。义满亟待摆脱细川氏的阴影，树立自己的权威，把幕政完全掌握在自己手中。执事斯波义将的能力和威望都不如细川赖之，从此义满就可以敞开手脚，进行自己的政治改革了。
一方面，足利义满继续打击南朝的势力，并最终完成了南北统一，另方面，他想尽办法提高将军家的威信的实力，压制在长年混战中日益庞大的地方势力。可以说，如果没有足利义满执着不懈的努力，或许南北朝的乱世还将无休无止地延续下去，而足利将军家将只是北朝诸侯们名义上的盟主，室町幕府根本就无法被称为是一朝完整意义上的武士政权。
●明德之乱
天授四年〔北朝永和四年，1378年〕，幕府将军足利义满在京都的室町地方修建了一所华丽的宅邸，因为院中遍植花卉，人称“花之御所”——这就是足利幕府又被称为室町幕府的缘由。
元中九年〔北朝明德三年，1392年〕，南朝体面地交出神器，结束分裂局面，是基于以下四个条件：一、后龟山天皇向北朝小松天皇让渡三种神器，其仪式不是投降，而是授予；二，今后的皇位仍由持明院和大觉寺两统交替继承；三，诸国国衙由大觉寺统管理；四，长讲堂领由持明院统管理。
条件非常优越，今后两统不要再抢着当天皇，仍然大家有份，并且就算你暂时没能轮上，也还有自己的领地，吃穿不愁。既然面子有了，里子也有了，势穷力蹙的南朝又有什么理由不答应呢？
然而，足利幕府最终却并没有兑现自己的承诺。到了应永十九年〔1412年〕，后小松天皇让位给年仅十二岁的东宫实仁亲王，是为称光天皇。十六年后，称光天皇去世，没有子嗣，于是大觉寺统的小仓宫谋为天皇，因为得不到幕府允准而遁往伊势，在大名北畠满雅的支持下举兵叛乱。最终叛乱被平定下去，持明院统的彦仁亲王被拥上宝座，是为后花园天皇。大觉寺统从此就与皇位无缘了，此后的历代天皇都属于北朝光严、崇光天皇的嫡系后代。
后话暂且不提，且说足利义满的所谓“治世”。本来京方早有机会吞灭南朝，偏偏京方内部纷争不休，各国守护日益坐大，时常发动叛乱，威胁幕府统治，甚至一个搞不好还倒向南朝，导致局势瞬间扭转。足利义满毕生都在和这些守护势力做斗争。
首先是元中七年〔北朝明德元年，1390年〕的“土岐氏之乱”。土岐氏出自源氏，一门总领土岐赖远曾任美浓守护，因为冲撞了光严院的御车而被足利直义下令斩首。但是赖远本人功勋卓著，因此在他被处刑后，诸将求情，幕府允许其侄赖康继承家业。到了足利义满时代，土岐赖康拥有美浓、尾张、伊势三国守护职，声威煊赫，这当然会引起义满的警惕。
土岐赖康没有儿子，就抚养侄子康行和满贞作为继承人，等他死后，年长的康行成为一族总领。土岐满贞心怀不满，就向足利义满进谗言说康行有谋反的企图，义满正中下怀，于是下诏讨伐土岐康行。
可惜足利义满并没有胃口一举将浓、尾、势三国吞下，战争的结果，只是勒令土岐康行将美浓守护交给其叔父赖忠，把土岐氏一分为二，暂时遏止了其势力的发展而已。
第二年〔1391年〕，拥有七国守护职，在四国和山阳道都举足轻重的细川势力卷土重来，斯波义将被迫辞去执事，让给细川赖之的养子细川赖元。这是当年四月的事情，随即十二月就爆发了“明德之乱”。
“明德之乱”的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他们没有追随新田义贞，而是跟了足利尊氏，屡立战功，到了山名时义当家的时候，全族执有丹波、丹后、因幡、伯耆、美作、但马、出云、隐岐、备后、和泉、纪伊等十一国守护职，因为全日本才不过六十六国，故此人们都尊称山名时义为“六分之一殿”。
元中六年〔北朝康应元年，1389年〕，山名时义去世，其子时熙继承了一门总领之职。山名氏同族的丹波、和泉守护氏清与丹后、出云守护满幸为了争夺家督之位，在足利义满面前进时熙的谗言。于是义满遂于次年〔1390年〕命令山名氏清、满幸讨伐山名时熙及其弟氏幸，并且承诺说：“如果成功，就将时熙兄弟的守护国赏赐给你们，但马给氏清，伯耆和隐岐给满幸。”义满很想趁着这个天赐良机一举击垮山名本家，所以还给蛰居赞岐的细川赖之写了密信，要他从四国出兵，协助平定备后。
山名时熙兄弟猝不及防，战败被迫隐居，足利义满削弱山名氏的计划完成了第一步，而细川赖之也因此功勋，得已重新参与幕政，其子赖元继任为将军执事。下一步，足利义满准备把下野的时熙兄弟再扛出来，反过来利用他们去打击得势的山名氏清和山名满幸。于是元中八年〔北朝明德二年，1391年〕十一月，借口山名满幸侵夺后元融院在出云横田庄的御料地，突然解除其丹后守护一职，并下令追放。山名氏清、满幸被迫举兵叛乱，于十二月间率领五千兵马直�