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足利义满亲率直属武士“奉公众”及在京各大名的军队，总数估计近万，前往讨伐。在大内义弘、细川赖之、畠山基国等守护的奋战下，山名军很快就全线崩溃，山名氏清战死，满幸逃亡——是为“明德之乱”。战后，造反的山名氏被全数剥夺了领地，而站在幕府方的山名时熙兄弟只得回了但马、伯耆、因幡三国——“六分之一殿”的后代，势力萎缩了七成还不止。
北畠亲房和《神皇正统记》
北畠亲房出自村上源氏，镰仓初期的政治家源通亲是其祖先。后醍醐天皇初继位时，就有三位重要的臣子辅佐他并推进复兴皇室、推翻镰仓幕府的改革，此三人即为吉田定房、万小路宣房和北畠亲房。后醍醐天皇召禅僧玄惠入宫讲解朱子学，北畠亲房也就拜在玄惠门下，他可以说是推动日本朱子学发展成型的重要代表。
后醍醐天皇非常信任北畠亲房，他有意立次子世良亲王为嗣，就把世良亲王托付给亲房教导。然而元德二年〔1330年〕，世良亲王突然病逝，北畠亲房因此引咎出家，法号宗玄。
元弘三年〔1333年〕，镰仓幕府灭亡，六月，后醍醐天皇回到京都，随即任命北畠亲房的儿子、年仅十六岁的北畠显家为陆奥守，辅佐义良亲王镇守东北地区，亲房也跟随其子去到了陆奥。足利尊氏发动叛乱，南北朝开始以后，亲房提出“东国经营”的策略，亲自前往关东地区，想要分化瓦解跟随足利氏起兵的关东豪强们。
从延元三年〔北朝历应元年，1338年〕直到兴国四年〔北朝康永元年，1342年〕，北畠亲房一直转战关东各地。然而他的努力却是徒劳的，建武新政早就寒了地方武士的心，关东豪强纷纷内通足利氏，亲南朝的据点被逐一拔除，北畠亲房最终被迫回归吉野。此后他跟随在后村上天皇身边，继续指挥对京方的战斗，正平九年〔北朝文和三年，1354年〕病殁于贺名生，享年六十二岁。
就在转战关东的那五年中，北畠亲房完成了他的重要著作《神皇正统记》。这是一部以朱子学为指导思想，以朱熹的《通鉴纲目》为模本的史书，记述从所谓“神代”直到南朝后村上天皇继位这千余年间的历史，更明确点说，是这千余年间的天皇史。亲房在书中宣扬“大义名分”，笔诛“乱臣贼子”，主张天皇必须拥有三种神器，并且具备神器所对应的正直、慈悲、智慧这三种道德，而公家、武士们则应当遵守传统秩序辅佐天皇，这样才能使政治稳定，社稷安康。
《神皇正统记》系统地阐明并且发展了传到日本的朱子学，将许多神道内容也糅合其中，宣扬日本“肇国悠久”、“皇位神圣”。可以说，北畠亲房的这种思想是近世日本神国体系以及在此基础上产生的军国主义思想的滥觞。
●日本国王源道义
第三代室町幕府将军足利义满成功削弱了山名氏的庞大势力，并在不久后统一南北朝，当真是声威显赫，无人可比。他从此就抖了起来，连天皇、朝廷全都不放在眼里。应永元年（1394年），义满就任太政大臣，把征夷大将军的职务让给儿子义持。在第二年（1395年）元月的拜贺会上，太政大臣义满居于群臣之首，连关白一条经嗣都得毕恭毕敬地跟在他身后。
可是在当年六月，足利义满却又辞去了太政大臣一职，出家入道——公、武双方的最高职位他都当过了，大概要以此向天下人宣告，他本身是超越于公、武双方之上的最高统治者吧。
足利义满一直想恢复和明朝的友好关系，应永九年（1402年）八月，他下令严禁边民入寇明朝，为此，明惠帝（建文）派使臣前往宣诏抚慰。足利义满在北山殿接见明使，跪接诏书，诏书上说：“尔日本国王源道义，心存王室，怀爱君之诚，逾越波涛，遣使来朝……”这位所谓的“日本国王源道义”究竟是谁呢？原来就是指的足利义满。
次年（1403年）明使归国，足利义满在回书中也老实不客气地自称“日本国王臣源”，这说明无论在日本国内，还是在国际上，室町将军都已经是日本国家权力的最高代表了，镰仓以来公武二重政权的性质逐渐开始转换，历史真正迈入了武家号令天下的时代。
为了建立真正的武家政权，同时制约各地守护的势力，足利义满设置了“三管四职”。所谓“三管”，是指将作为将军家总管的“执事”一职，上升为幕府总管的“管领”一职，由细川、畠山和斯波三个家族的成员轮流出任；“四职”则是指幕府要职侍所头人，由京极、一色、山名、赤松四个家族的成员轮流出任。
但是足利义满终究无法彻底解决各地守护坐大的问题，只能暂时遏止这种趋势的继续发展而已。应永六年（1399年），他又挑起了“应永之乱”，算是继削弱土岐、山名两家后的第三次也是最后一次大规模行动。
“应永之乱”的主角是大内氏。大内氏传说乃是百济圣明王的儿子琳圣太子的后代，当年琳圣太子渡来日本，在周防国的多多良浜登陆，此后就居住在同国的大内村，世代繁衍，自称姓多多良，氏名大内——传说是否真实，已经完全不可考了。大内氏就这样在周防国内逐渐膨胀起来，镰仓时代乃是幕府的御家人。南北朝初期，一门总领大内弘幸从属于南朝，而其叔父大内（鹫头）长弘则跟随京方，发生严重对立。最终弘幸之子弘世获胜，完全统一周防、长门两国。
有大内氏这只老虎雄踞西方，阻断了中国通往九州的道路，这使足利幕府大为头疼。于是，在足利尊氏、义诠父子的不断策反下，正平十三年（北朝延文三年，1358年），大内弘世终于归属京方，并上洛谒见将军义诠。
其后大内弘世之子义弘跟随九州探题今川了俊，屡建奇勋，于“明德之乱”中更协助讨灭山名氏清，最终受封周防、长门、石见、丰前、和泉、纪伊六国守护职。他不仅领土广大，并且还有兵有钱，利用对明朝和朝鲜的贸易大发了几笔横财，这就引起了足利义满的侧目。
于是在幕府的蓄意挑衅下，大内义弘于应永六年（1399年）举兵谋反。义弘勾结仍在九州闹事的南朝残余菊池党，并且联合对足利义满不满的关东将军足利满兼，发兵进驻摄津的堺。早有准备的足利义满亲率大军出兵讨伐，包围了堺，在围攻四十余天后，终于将其攻克，大内义弘自杀。经此“应永之乱”，大内氏势力受到极大压制，守护领又退回到最初的周防、长门两国。
应永十五年（1408年），足利义满去世了，朝廷甚至一度打算给其上尊号为“太上天皇”。自此以后，各地守护势力继续膨胀，历代幕府将军仍想采用义满的分化、瓦解等策略逐渐削弱之，却因没有义满的才能而屡屡失手，甚至搞到最后，守护们的争斗结束了室町幕府本身的历史使命。
●室町幕府的检讨
室町幕府就将军本身的权力来说，要远远超过镰仓幕府，在内，没有一个高高在上的“执权”，在外，逐渐从公武两重政权转化为武家独立的政权。然而就幕权来说，室町幕府却又远远不如北条氏执权掌控下的镰仓幕府了。
室町幕府初期，为了对抗南朝的军队，被迫授予或承认一些大的武士家族以数国的守护职，这些守护家族逐渐和领地上的庄官、地头们结合起来，组成了新的武士集团。镰仓初期，御家人直接由幕府掌控，包括地头在内，和守护只具备上下级关系，而不具备主从关系，但从镰仓后期开始，这种本不该具有的主从关系逐渐半公开地缔结起来，进入室町时代以后更是来势汹涌，无从遏制。
仅以足利义持任将军的时代来统计，除去镰仓府管辖的十国、九州探题管辖的十一国，以及陆奥、出羽外，全日本其余四十五国，由二十一个守护家族所瓜分，横跨数国的大势力绝不罕见，这就使得幕府和守护之间的矛盾日益激化起来。幕府削弱守护力量的基本对策是：一，行使守护补任权；二，介入守护家族内部的纷争；三，怂恿直辖奉公众和地方守护代的勾结。
所谓“奉公众”，是足利义满想到，将军竟然没有自己直辖的武装，所以祖父尊氏才会在“观应之乱”中一度被赶出京城，有鉴于此，他特意通过分化瓦解守护家族等行动，从地方武士中剥离分流出一部分来，转化为将军自己的武装力量。不过奉公众的数量并不算多，“明德之乱”中义满亲率奉公众讨伐山名氏清和山名满幸，所部也不过三千人而已。
其实除去地方守护，还有一个更为庞大的势力也威胁着室町幕府的存在，那就是管辖关东地区的“镰仓府”。和镰仓时代不同，室町初期为了防备近在吉野的南朝，被迫把幕府统治中心设在京都，因此在武家传统的势力中心镰仓另设关东将军一职，首任是二代将军义诠，其后由义诠的兄弟足利基氏及其后裔世袭。关东将军在关东八州（武蔵、相模、上野、下野、常陆、上总、下总、安房）和甲斐、伊豆两国内的权力，仿佛幕府将军。
幕府将军和关东将军，这是继足利尊氏、直义的双头政治后，再度一个双头政治，前一遭已经引发了“观应之乱”，后一遭也不会生出什么好果子来。足利基氏去世后，传位给其子氏满，氏满死于应永五年（1398年），其子满兼继任。足利满兼曾在“应永之乱”中呼应大内义弘的叛军，可见镰仓府的离心倾向是相当严重的。
此时的镰仓府所统辖地区并不仅仅关东地区和甲斐、伊豆两国而已，南北朝统一的同年（1392年），幕府将陆奥、出羽两国探题降为守护，也划归镰仓府治下。足利满兼就任关东将军后，派其弟足利满直进驻陆奥国安积郡，建立了筱川御所，派另一个弟弟足利满贞进驻陆奥国岩赖郡，建立稻村御所，以强化对东北地区的控制。至此，镰仓府三分天下已有其一。
“应永之乱”，因为大内义弘败得迅速，败得彻底，足利满兼还没来得及动手，局势就已经稳定了，他于是悻悻然回归镰仓。满兼于次年（1400年）拜祭了伊豆的三岛神社，在祭文中明确表达了自己渴望脱离幕府，建立关东独立王国的意愿。
关东地区第一次大乱是应永二十三年（1416年）爆发的“上杉禅秀之乱”。提起此乱事，先要介绍一下上杉家族。当年足利基氏进入镰仓府以后，仿效幕府设置执事以总括大小事务的政策，任命藤原氏出身的上杉宪显为关东执事（后称“关东管领”）。宪显是上杉氏山内分家的始祖，其弟宪藤则是犬悬分家的始祖，这两家上杉氏此后轮流出任关东管领这一要职。
上杉禅秀乃是犬悬上杉宪藤的孙子，本名氏宪，出家入道后法名月山禅秀。他本任关东管领，后与关东将军足利持氏（足利满兼之子）产生矛盾，持氏遂改任山内上杉宪基为关东管领。氏宪大怒，于是公然对镰仓府掀起了反旗，并拥立持氏的叔父满隆为新的关东将军。战争一开始，受到千叶、岩松、宇都宫、小田等关东有力大名支持的氏宪占据绝对优势，足利持氏被迫退出镰仓，逃往骏河濑名。
幕府将军足利义持害怕上杉氏宪叛乱成功后，反而会加强镰仓府的离心倾向，因此明确表态支持足利持氏，调动骏河守护今川范政和越后守护上杉房能讨伐上杉氏宪，关东诸州的大名们也纷纷倒戈，响应幕府的号召。应永二十四年（1417年）元月，足利满隆和上杉氏宪被卷土重来的足利持氏在武藏打败，退回镰仓后先后自杀——“上杉禅秀之乱”至此终结，犬悬上杉氏自此名存实亡。
足利持氏回到镰仓府以后，加强自己奉公众的数量，随即以剿除上杉氏宪的残党为藉口，先后灭亡了关东地区的有力大名小栗满重、宇都宫持纲和桃井宣义。义持将军对此不能不闻不问，于是命令今川范政讨伐持氏。持氏冷静地判断了一下形势，感觉自己还没有充分的准备和足够的实力对抗幕府，于是退兵谢罪，这才暂时消弭了这一场风波。
●从应永之变到结城合战
应永三十年（1423年）三月，足利义持将征夷大将军之位让给儿子义量，自己退居幕后。这个时候，义满时代设置的“三管四职”格局已经基本被打破了，因为前管领斯波义重被幕府逼迫隐居，斯波氏就此凋落。
究其缘由，乃是义持将军继承其父义满抑压守护大名势力的政策，先捏掉斯波氏，再怂恿细川、畠山两家争斗，趁机将相当一部分管领职权收归己有。于此同时，义持将军还妄图削弱四职之一的赤松氏，并且引发了“应永之变”。
赤松氏出自源氏，镰仓末期追随足利尊氏掀起反旗，后来固守播磨白旗城的大名鼎鼎的赤松则村（圆心）可谓是其开藩之祖。到了足利义持当将军的时代，赤松氏已经拥有了播磨、备前、美作三国守护职，在山阳道东部的势力一时无两。
如前所述，幕府将军经常利用守护家族内部的纷争挑起事端，从而弱化守护力量，对于赤松氏，义持将军也想耍这一招。应永三十四年（1427年）十月，幕府下令将赤松氏一门总领满祐的播磨领地移交给分家的持贞——民间传说赤松持贞是个美男子，与义持将军颇有苟且，因此才会无功得赏，不过这样判断问题，未免太表面化，也太戏剧化了。
赤松满祐是个火爆脾气，不肯老实就范，愤然之下离开京都，退回自己的领地，在祖先奋战过的白旗城笼城造反——史称“应永之变”。大概义持将军没料到他会有如此激烈的反应，前此根本就没动兵解决问题的打算，因此慌乱之下，形势竟然迅速扭转。赤松满祐是十月二十六日离开京都的，幕府随即就商议派兵讨伐，军势未合，十一月十日，突然有人揭发说赤松持贞与将军家的内眷私通，持贞被迫自杀。持贞一死，赤松满祐大松一口气，立刻通过斯波、细川、畠山等家族向义持将军求情。当月二十五日，满祐即被赦免，回归幕府。
考究赤松持贞自杀的前后因由，实在象是前将军义持在丢车保帅，为了避免引发大的动乱，暂放赤松家一马，以待后图。
可惜没有后图了，足利义量将军早在两年前就病死了，年仅十九岁，而前将军义持也在“应永之变”的次年（1428年）咽了气。足利宗家无嗣断绝，义持的弟弟青莲院义圆被群臣从寺庙中请了出来，改名足利义宣，准备接受偌大一份产业。永享元年（1429年）三月，足利义宣正式继任征夷大将军，同时改名为足利义教。
这一继嗣安排，使得关东将军足利持氏大为恼火。本来足利宗家断嗣，持氏认为只有自己才有资格继承一门总领和幕府将军的宝座，然而一等再等，不见洛中来人宣诏，却听闻群臣请了醍醐寺三宝院的满济祈神求签，最终择定青莲院义圆也及足利义教。于是持氏暗中招兵买马，准备杀上京都，取义教将军而自代之。
关东管领上杉宪实不愿看到同室操戈局面的出现，两方奔走，竭力想弥合幕府和镰仓府之间的矛盾，不但收效甚微，并且反而引起了足利持氏的不满，持氏心说：你倒底是我镰仓府的管领呀，还是幕府派来的眼线和走狗？到了永享十年（1438年），足利持氏和上杉宪实正式决裂，宪实避祸走逃上野，持氏遂发布对宪实的追讨令，统率大军前往征伐。
幕府将军足利义教当然支持上杉宪实，他委派信浓守护小笠原政康、甲斐守护武