接着，永历又在五华山把毁坏的府院拆除，重新修建宫殿。
连年的祸乱，滇中已经闹得山穷水尽，官民人等连衣食都难以为继，再也拿不出经费来修筑宫殿。于是，永历便採纳臣僚们的建议，命人到附近的昆阳、呈贡拆衙署、豪宅上的建筑材料，运到昆明建盖宫殿。是时，由于沙定洲作乱，孙可望之流的大屠杀，有的地方甚至遭到反复屠杀，滇中官民或被杀，或逃离家园流落他乡，其中不少流向滇西、滇南偏僻之地，有的甚至远走交趾等东南亚国家，许多的城镇如昆阳、呈贡城中的房屋多已人去楼空，荒芜败落，成了虎豹出没之地，雉兔往来之乡。这样，便可以哪里无人拆哪里，哪间完好拆哪间，到也方便顺手。
这样，就在李定国大败孙可望凯旋归来不久，永历的宫殿也拆建完毕，御驾入内。他的后宫也得到了一些充实。本来，永历的眷属宫人在逃离肇庆时大多为清军所杀，逃至广西桂林的又被孙可望所杀，跟随他从安隆来的就只有他的母亲太妃王氏和皇后、太子、一个伺候他饮食起居的次妃，还有少数的宫女、太监。迁入五华山宫殿后，他的近臣马吉翔、李国泰等商议给他选淑女，充实三宫六院，像像样样的做皇帝。他拒绝了，说：“山河破碎，强敌当前，我一个逃亡之君，能像现在这样就知足了，哪还敢有更高的奢望。再说这滇中也是久经战乱，民穷财尽。算了吧！”
马吉翔等说：“皇上，这是前朝之制，不可废。再则，有晋王等护驾，可得太平。”
“不要烦我！”永历这次腰杆硬了许多，不想再让他等摆布，头也不回的走开，说：“要做的事还多着呢。”
这事最后由永历的母亲太妃王氏出面解决，补充了几个宫女。
如此一来，永历帝在昆明五华山的住所俨然又是一个皇宫的样子，一个王朝的皇宫。不过，永历帝的昆明皇宫，跟本无法和崇祯帝的北京皇宫相比，也不能和弘光帝的南京皇宫相比，甚至还不如隆武帝的福州皇宫，虽然同为皇宫，却有天壤之别。他的皇宫，不但规模极小，宫殿极简陋，后宫佳丽不多，而且朝臣也没几个，显得十分的寒碜可怜。似乎在映照着大明王朝的江河日下，气数日衰！
即便这样，永历帝也得到了不少的满足，不仅生活安稳，而且也有了一些帝王的尊荣，就这样苟安下来。这终究还是一个王朝，一个飘浮十年之久才得以落定下来的王朝，一个领土面积像火中燃烧的纸片一样行将灰飞烟灭的王朝的象征。
但，就是这样的一个王朝也好景不长。就在永历的宫殿草草建成，朝政体制尚不具规模，滇中民众还没有从连年战乱中喘过气来的时候，来自北方的铁蹄又风卷残云般席卷而来——永历王朝的厄运也降临了。
三
本来，清廷还无心南下，欲暂且放弃地处边僻的云贵一隅，让永历帝偏安一时。这其中的原因，并不是清廷不想要这些遥远偏僻的“不毛之地”，也不是一个气势如虹的胜利者对一个仅存一息的失败者的仁慈和怜悯，相反，它正巴不得一鼓作气将失败的敌人置之死地，斩草除根，完成大一统的最后基业，就像历史上那些气吞山河的开国王者一样。而是其中另有隐情。
这些隐情，一是大清朝廷刚刚取得军事上的重大胜利，夺取了大明朝的绝大部分江山，入主中原，需要尽快收拾残局，从政治上经济上来巩固胜利成果。满洲的统治者很清楚，对于他，治理江山比夺取江山更难。他从一个游牧为主的异族小邦转而来治理一个文明程度高得多，经济繁荣得多的泱泱大国，一下子领土增加了若于倍，民众也增加了若干倍，面临的社会矛盾和社会问题很多，例如社会的稳定、民族关系的协调、民众的安抚，生产的恢复等等。他虽有治满洲的经验，而且治理得很好，但却无治大国的经验，治大国虽说如“烹小鲜”，但要“烹”这样的“小鲜”却是一个极其复杂的系统工程，需要大学问，大智慧，大才能，才能“烹”好或勉强“烹”好，否则便会弄出问题，甚至还有翻船的可能。所以他需要足够的时间和精力来逐一加以解决。二是，郑成功、张煌言在沿海一带势力日大，十分活跃，屡败清军，连连夺取镇江等一些地方，是当下残明尚存的最强大的抗清力量。这股力量甚至比李定国在云贵的力量更强大，而且更接近清王朝的首都北京，因而更具威胁性，更不容忽视。三是李自成和张献忠虽然败亡，但还有一些残部流散在各地，尤其是李自成大顺军的余部，如李来亨、郭摇旗、袁宗第、贺珍等还有很强的战斗力，还在不断地袭击清军，和清军作战。尽管他们大多都处于分散状态，各自为阵，形不成一个强有力的大拳头，难于扭转大局，但出于民族感情，他们会抗争到底，况且他们的号召力极强，战斗力极强，要彻底消灭他们绝不是件容易的事情，稍不注意，他们便有可能形成气侯，成为新的“大顺军”、“大西军”，就像他们对付大明王朝一样来对付大清王朝。四是，一些降清将领，如在江西的金声桓和在广东的李成栋等又叛清归明，配合云贵的明军在湖广一线大败清军，夺回一些城市，使战局一度急转直下，要不是永历君臣优柔寡断，贻误战机，使清军得以伺机反扑，卷土重来，其后果将是难于逆料的。本来，降清明将在清军中起到了极其重要的作用，他们和八旗兵一起东征西讨南征北战，夺下无数的城镇乡村，他们攻下的地方、消灭的明军甚至超过八旗兵，成为消灭南明王朝的一支重要力量，可谓功不可没。但清廷对他们其实并不信任，更不放心，对他们的政策一直是“利用，限制、改造”，利用，就是尽可能的用他们来对付原来的主子，消灭他们的故国，为清廷争江山夺社稷，“鞠躬尽瘁，死而后已”。限制，就是他们都得在清人的统领、指挥、监督、防范之下进行，不得越雷池一步，更不许实力膨胀，自己坐大，稍有二志便加以除之。改造，就是尽可能使他们满化，而且是先于百姓做到满化，例如剃阴阳头，留长辫子，甩马蹄袖，能说几句夹生的满话，至少能大声地说“喳！”，开口闭口“我大清！”，把自己也认作半个满人。此外，对这些变节者，清廷其实非但不尊重，而是极为鄙薄的，这在清廷后来命人编写的《贰臣传》中，把在亡明中功不可没的洪承畴排在第一位就是最好的说明。这是后话。但总的说来，清廷对布防在各地的数量庞大的降清兵将疑惧很大，从未放心过。
凡此种种，都成为清廷，尤其是摄政王多乐衮的心腹之患，成为摆在他面前的十分棘手的问题，他要加以慎重考虑，妥善处置，一一加以解决。至于永历帝，他倒不在意，因为那已是被赶到边僻一隅，小鱼翻不起大浪，构不成任何的威胁，不过苟且偷安而已。出于这种种的原困，他还忙不得，也还不打算立即剿灭永历。
但改变清廷主意和残明命运的一个关键人物出来了——就是故明崇祯皇帝的股肱重臣洪承畴。
他，曾经作为大明朝的重臣，也作为大清新朝的新臣，他对明、清两方的情况自然是了如指掌，对明、清博奕的最终结局也是心里有数。可以说双方都在他老谋深算的心里，逃不出他的估计。
当初，南明朝建元之初，清军已入关大败李自成，占据北京，传徼远近，大有一统天下之势。此时，弘光政权还不知大祸已经临头，竟然还派出使臣代表弘光帝到北京慰问清军，表达对清军消灭李自成“报君父之仇”的感激之情，并提出和清军进行和谈，划地为界，南北分治，得以苟安。可是，弘光帝派出的使臣被清军扣押，又被多尔衮逼着供出南明朝廷的诸多机密。洪承畴在一旁，听了后说：“现在明福王用了马士英、阮大铖等入阁主事，恐怕就要灭亡了。”
多尔衮问：“为什么？”
他说：“马士英贪鄙，阮大铖是魏阉的干儿，皆阉党，用这种人执掌朝政，还有什么好事？不亡才怪呢。”
多尔衮说：“他二人不行，还有史可法呢！”
洪承畴说：“史可法固然忠义之人、韬略之才，只是他被排挤，发挥不了多少作用，大厦还是要倒塌的。”
后来发生的事也真的被这个洪承畴言中了。
本来，南明朝建立之初，尚有黄河以南的广大地区，有数十万军队，有遍布各地的农民起义军（特别是李自成大顺军余部和张献忠大西军余部）的支持，无论是在地域上，人口上，还是军事上都超过清军（入关的清军总兵力不过十余万人），和清军抗衡甚至东山再起光复大明并非是不可能的。但是，由于弘光政权自身的*和内斗——皇帝的荒淫无度穷奢极欲，朝臣的明争暗斗自相残杀，使它不但不能充分地整合和利用优势的战略资源来和清军相抗，而是相反，是在不断地给自己挖掘着坟墓。当然，也为清人消灭它创造出良好的环境和条件。
当初，南京故臣议立福王朱由崧时，争议很大。史可法认为立福王有七不宜：一贪，二淫，三酗酒，四不孝，五虐下，六不读书，七干预有司，恐误国。但马士英等一意孤行，坚持拥立福王，并派重兵强行护送福王朱由崧至南京监国，使之既成事实，迫使史可法等不得不承认。而福王登基以后，正如史可法所言，一上来别的事一概不管，只就忙于选淑女、饮佳酿，命太监四出掳掠民女，扩充后宫，造成民间大恐慌，当时的苏、杭等地为逃避选入宫中，竟然嫁娶一空。有人形容弘光帝“清歌漏船内，痛饮焚屋中”足见其荒淫*到了何等程度。
由于弘光帝只纵情声色，不问国事，把朝政交给马士英掌握。马士英入阁执掌朝廷大权以后，便荐用阮大铖为兵部尚书。这样，马、阮等人便把持了南明的军政大权。马、阮又是阉党余孽，得势以后，便把晚明的“党争”这一恶性肿瘤移植并继承下来，把多年的党争积怨发挥到了极致，更加变本加厉肆无忌惮地结党营私，任人唯亲，排斥异己，打击政敌。
（这里需要加以补充的是，这里提到的“党”，是历史上的说法，与今天所说的“党”不是一回事，不能相提并论。唐宋八大家之一的欧阳修在他的《朋党论》中说，“朋党之说，自古有之”，“君子以道为朋，小人以利为朋”。朋便称党，党也称朋。历史上所谓的“党”，其实并没有明确的纲领章程、组织形式等，只是一些政见相近、利害相关的人，这些人往往也是一些关系较近的人，譬如师生、亲属、同窗、同事、同乡等，无非是一些松散和组合，还谈不上什么组织。也就是俗称的“一群人”，“一伙人”，“一帮人”等等。这样的“党”在历史上累见不鲜，代有传人。后汉献帝时，曾将陈蕃、郭泰、张俭等一大批很有才学，名气很大的人抓关起来，称他们为“党人”。唐朝后期，朝廷发生“牛李党之争”，原因出于牛僧儒和李德裕的政见分歧，牛主张要这样做，李坚持要那样做，朝臣中有的赞同牛僧儒，有的赞同李德裕，形成两个政见不同的“党”，无论谁得势都要排挤打压对方，互相倾轧，互相争斗，长达近半个世纪，后世便将其称为“牛党、李党”。明代后期，阉党与东林党之争尤为激烈，阉党多为太监宦官，东林党则多科举出身的读书人。这两大派系的官僚不停地在互相争斗，互相打压，尤以阉党奸诈凶残为甚。）
这样一来，朝中一大批有才能有作为的大臣都被排挤打压，史可法被贬到扬州督师，姜日广、刘宗周等被相继罢官，或逐出京城，有的甚至被冤枉入狱，朝中便充满了马、阮等人的亲信、亲戚这样一些庸碌之辈。
就在清军歼灭李自成，集中力量杀向南朝的危急时刻，马士英、阮大铖却置江北防线于不顾，撤回防江大军，集中全力，与前来“清君侧”的武昌总兵左良玉杀得你死我活，完全无暇御敌，使清军得以乘虚而入，轻而易举地破扬州，取南京，各个击破。而真正坚持抗战的只有史可法等少数干臣。史可法虽说身为参赞机务兵部尚书，看起来位高权重，但实际上他的手上并没有几个可战之兵，重兵都被马士英、阮大铖所掌握并调去打“内战”去了，所以尽管他英勇抗战，死守扬州，最终也只能如他所说的“全力御敌，鞠躬致命，克尽臣节”了。其他大多数的官僚不是乞降清军“伺奉新朝”，便是东逃西散，挈妇将雏，如猢狲之临树倒，使清军如入无人之境，横扫南明。据说，南京城里有一乞丐，题下绝命诗投水而亡，其诗曰：“三百年来养士朝，如何文武尽皆逃？纲常留在民田院，乞丐羞活命一条。”此诗传至南北，感概者众。
清兵攻破南京以后，将弘光帝朱由崧押解出城，民众非但不同情他，而是沿途夹道唾骂，向他投掷污物。可见民众对南明朝这个“一把手”荒淫*殃民祸国的刻骨铭心之恨！
弘光政权在*与内斗中败亡后，南明便土崩瓦解，一蹶不振。后来相继上台的几位国君，尽管也不乏重振山河的雄心壮志，但败局已定，回天无术，大明朝的最后灭亡也就不可避免地进入倒计时了。
现在，孙可望被李定国击败后带着家眷和残兵败将跑到长沙，投降了洪承畴。由于孙可望曾经是大西军残部在云贵等地的首领，是永历政权的支持者，深知永历政权的内幕，洪承畴便接纳了他，并从他的嘴里了解到永历帝和李定国军的详细情况。于是，他经过认真的分析研究，制订了一个消灭永历，根除大明的详细计划，以便进一步向新主子献计献策邀功请赏。
洪承畴亲自将奏疏带到北京，当面呈报给摄政王多乐衮，向他作了详细的分析说明。他向多尔衮献言，说：当下我大清已经拿下朱明江山的十之*，大局甫定，但还有遍布各地为数众多的残明逆贼在负隅顽抗，他们共同的口号是“抗清扶明”、“共襄勤王，恢复大明”，其目的就是要使残明死灰复燃，卷土重来，我满汉大军奋战十余年也未能将其全部消灭——这是因为他们现在还有一个明桂王朱由榔，此人虽然庸懦无能，但他毕竟是朱明王朝的血脉，残明的象征，甚而至于是朱明王朝的象征，天下逆贼的精神支柱和希望所在，是天下逆贼共同的一面旗帜，此人不除则众逆不服，我大清朝永无宁日。为此，当下的打击对象当以朱由榔为首选，所谓“擒贼先擒王，打蛇打七寸”，当下的上策就是集中军力灭掉朱由榔！灭掉他，就砍掉了众逆贼的这面大旗，消除了众逆贼的精神支柱和希望，众逆贼也就群龙无首，树倒猢狲散，天下就好平定了，我朝便可江山永固，万岁千秋。
他的这一番话说动了多尔衮，使他从千头万绪纷纭复杂的事务中找到了解决问题的关键所在，掌握了打开最后胜利之门的金钥匙。这样，就根本改变了多尔衮对南明永历帝的看法和估计，改变了他对整个战局看法和估计，确定了他的重点打击对象。于是，他决定誊出手来，集中力量，乘胜追击，一鼓作气，扫荡云贵，根除永历。
1658年（清顺治15年，南明永历12年）末，清廷兵分三路，一路命清贝子洛托为宁南靖寇大将军，与经略洪承畴从湖南进发，一路命吴三桂为平西大将军，从四川进发，一路命清将卓布泰为征南大将军，从广西进�