1939年6月7日颁布的另一项法令，希特勒授给冯·牛赖特有限的立法权，规定他在德国和保护国的“共同利益”所需要的范围内，有权下令修改当地的法律，并在紧急情况下有权“发布具有法律效力的各种命令”。
在东方占领区，希特勒于1941年7月17日颁布的法令，给了罗森贝格类似于波兰总督和挪威及荷兰德国专员所享有的那种立法权。同时，东方占领区事务部部长奉命把这种权力授予驻乌克兰和奥斯兰的德国专员。他根据1942年2月21日的一道命令终于这么办了。这些德国专员在次要的事务上可以把他们的权力再授给常务专员。可是，从法律上来看，东方占领区同西方国家，甚至同总督辖区之间却存在着一项重大的区别，即希特勒1941年7月17日的法令没有规定东方占领区的现行法律可以继续生效。这是由于德国人认为苏联的法律同德国行政管理的总目的是水火不相容的，结果东方占领区有一大片地方——特别是德国专员管辖下的乌克兰以及白俄罗斯地区——一直都被置于德国法律的管辖之下。在其余的地区——即爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛地区——一度也完全使用德国法律，但是后来又作出规定，1940年6月以前有效的当地法律可以重新生效。德国人这样做时，他们明白表示，那个日期以前施行的法律只要“不违反德国政府所推行的新秩序的精神”，就将重新生效，不过在布尔什维克统治下生效的法律关系和取得的法律权利都将继续下去，除非有新的法律和法令明确地宣布它们无效。作为这一措施的必然结果，常务专员和德国专员从罗森贝格那里获得的立法权力，有一部分于1942年4月又授予这些地区的地方当局了。理论上讲，这使这些地区的地方当局在地方立法方面处于同荷兰的荷籍秘书长和挪威的吉斯林政府相等的地位。然而，实际上爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛的“自治政府”要比西方地区相应的机构受到更为严密的监督。立法权（如同荷兰的那些秘书长的权力那样）只限于颁布“具有法律效力的规定和行政命令”，可是就连这些，事先也要获得德国当局的批准才能发出。
德国人在总督辖区和东方占领区办理的司法工作，或许可以最为清楚他说明他们用以保护本身的利益、抵制当地人民竞争利益的办法。在那里，三项基本原则指导着德国人的政策。第一，所有刑事案件和几乎所有涉及德国公民或“德国国家成员”、日耳曼人，或日耳曼后裔的民事案件，只能由德国法官根据德国法律加以审判。第二，对占领当局、对当局所制定的法律、对国家社会党及其附属机构，以及对个别德国人和日耳曼族人犯下的某些罪行，不问罪犯的国籍，一概归德国法院审判。第三，除德国当局特别交办的比较严重的刑事案件外，当地司法机关的职权只限于审理非德国人之间的民事案件和次要的刑事案件。然而，即使如此，当地法院的判决还一定要受到德国法院的审查。
不让当地法院审判涉及德国利益的案件的这项原则，也适用于西方地区，不过有一些值得注意的例外。在丹麦，在占领的头三年里，根据1941年1月18日的法令，甚至连对德国武装部队进行破坏活动的案件也可以由丹麦法院审判，而在法国被占领区，军事法庭可以把他们认为不符合军事法庭起诉条件的那些反对德国武装部队的案件重行发回法国法院去审理。同样，在荷兰，如果所犯案件并不重大，而被告又不是德国国民或保护国国民，那么军事当局和德国法院都可以把诉讼移交荷兰法院去办理。
在丹麦，虽然德国武装部队始终没有放弃由军事法庭审判那些对德国武装部队进行抵抗的案件的权利，但是德国人却一直不肯在那里成立德国法庭和行使德国裁判权。事实上，在占领后的头两年半里，德国军事法庭的审判主要是一种威胁而不是一个事实。直到1943年8月的“危机”发生后，德国军事法庭才宣判了第一个死刑并予以执行。从那时起，有关破坏的案件，不仅由陆军军事法庭审讯，而且也由党卫队和警察法庭审讯。
在西方合并区——即欧本、马尔梅迪与莫雷斯纳——1940年7月28日颁布的一道法令将原来的法院全部撤销，并由德国法院予以接替。这些新设立的德国法院将“以德国人民的名义”作出判决。鉴于其他地区的当地法院通常总是“以法律的名义”作出判决的，这倒是一个很有趣的情况。主持这些德国法院的法官和出庭的律师需要具备的资格，基本上同在德国本土一样。在民政长官管辖区，由于缺乏有训练的德国司法官员，当地司法制度的德意志化工作只得推迟了，因此，就以阿尔萨斯为例，瓦格纳直到1942年1月才能采用德国刑法。经过改组以后，这些地区的司法机构实际上已在柏林德国司法部长的直接控制之下，虽然就下斯蒂里亚而言，据称到1944年民政长官（即斯蒂里亚行政长官）仍然不仅是“最高首长和立法者”，而且“在行政上还主管法院工作”。使当地司法制度德意志化的措施，包括设立德国式的特别法庭，可以由德国司法部长会同德国内政部长，或者由当地的民政长官着手实行。民政长官还得负责使所有的律师具有正确的“政治态度”。在卢森堡，至少在占领的初期，当地民法有一大部分还保留下来（只不过从法文译成了官方的德文译本），因此有必要继续使用当地律师，结果不得不采取一些特别措施，以保证卢森堡律师界中只有可靠的成员才可以开业。根据1940年12月6日的法令，取得律师的资格今后应由民政长官批准。翌年2月，按照德国职业公断处的方式，成立了律师“特别荣誉法庭”。这个法庭有权惩罚“构成违反在卢森堡组织德国行政机构所带来的各项义务的行为”。
除保护国以外，在其他占领区内，凡设立德国法院和颁布有关当地法院司法权问题的命令等，均由最高级的德国代表负责。在保护国，象在合并区那样，法院是在柏林司法部长的直接管理之下，德国保护长官只处理布拉格德国高级法院院长呈报给他的德国法院的上诉案件。根据1939年4月14日关于保护国内德国司法权的那项法令，德国法院和人民法院都有权在德国本上以及波希米亚和摩拉维亚行使司法权。此外，德国的司法机构，是由布拉格的德国高级法院、布尔诺和布拉格的两个德国巡回法院以及在各个德国飞地内所设立的十二个德国初级法院组成的。
在其他地区，德国法院的组织形式各不相同，但是有一个共同的特征：那就是它们都行使德国法律，有时候是单独行使，有时候与当地法律合并行使。在挪威，德国人显然认为只要设立一个普通的德国法院就够了，尽管根据特博文1940年8月27日那项法令的条款，这个法院可以“在挪威被占领区的任何地方”行使它的职权。另一方面，在荷兰，根据赛斯…英夸特1940年7月17日的法令，设立了一个德国巡回法院和一个高级法院，尽管这些法院也有权在德国专员管辖下的任何地方审理案件。据称，这些德国法院的设立，决不损害德国专员成立即决法庭或特别法庭以应付突然发生的反抗行动的权力。同时，这也决不影响德国武装部队法庭司法权的现行规定。在比利时和法国北部及法国被占领区，这些军事法庭在保护占领国的利益方面，承担起了挪威和荷兰的德国法院所承担的同样职责，它们行使德国法律的范围也和那些法院一样。它们的司法权有时还由下级军事司令官的特别司法权予以补充。在民政长官管辖区，似乎就没有任何类似的情况。例如，在法国被占领区，根据1940年9月10日的法令，地区司令官和战地司令官有权“发布即决命令”惩罚那些不属于军事刑法处分范围的人，倘使“查有实据”的话。他们在行使这种权力时，可以判决罚款三万德国马克，或者长达六星期的拘留。
关于指导总督辖区和东方占领区司法工作的基本原则，上文已经谈过了。在这些地区，三个因素结合在一起使德国法院比在西欧被占领国家内更形重要。这三个因素是：第一，存在有人数大得多的德国官员和其他享有治外法权的人（日耳曼人等）；第二，当地的司法制度，尤其是苏联被占领区内的司法制度，（在德国人看来）很不健全；第三，倾向于把东方占领区不看作临时占领的地区，而看作永久进行掠夺和殖民的地区。
在总督辖区，根据弗朗克1940年2月19日颁布的关于“总督辖区德国司法权”的法令，建立了一套完善的德国司法制度，在克拉科夫、热舒夫、卢布林、赫尔姆、拉多姆、佩特里考（彼得库夫）、华沙和日伊腊尔杜夫等地设立了德国法院，并在每一区的区总督驻地设立了一个德国高级法院。象在其他占领区那样，这些德国法院都施行德国法律，而且除非另有规定，它们都按照德国规定的诉讼程序法规办事。对这些德国法院的判决不服上诉的案件，则由德国高级法院裁定，后者的裁定是最终的。上文已经提到的那些原则，使德国法院有权自行处理涉及德国公民、德国血统的人和其他被控反对占领国的人的刑事案件，以及涉及德国公民、德国血统的人和德国一般利益的民事诉讼，都很详细地写进了这项法令。这项法令还指定德国法院负责对所有根据德国法律开设的德国企业进行商业登记。同时，又明确指出，这项法令的规定不得影响以前关于总督辖区特别法庭的立法，或“根据法律已经规定的任何军事法庭的司法权”。这些德国法院的设立，也不得影响德国武装部队法庭的权限，因为这种权限经武装部队最高统帅部长官同意后，已由弗朗克在1940年1月26日的一项法令中作出了仔细的规定。
根据弗朗克1940年2月19日发布的另一道命令，波兰司法机关完全从属于德国法院。波兰最高法院和劳工法院全被撤销，其他波兰法院的司法权限于“地方法院、区法院和上诉法院”。“凡遇公共利益有所需要时”，波兰法院的判决可以由德国高级法院“重新审查”，后者可以批准原来的判决，也可以“对该案另行判决”，或决定由德国法院复审。涉及波兰国民的刑事案件，波兰法院（在当地区总督的直接监督下开庭）无权审理，除非“德国检察机关”事先已经将诉讼事宜委托波兰当局的话。此外，居住在“指定居留地”的其他各族人民（例如乌克兰人）可以要求不受波兰法院审判，可以要求由自己的法院处理。除总督有命令另行规定外，波兰法院应施行波兰法律。
弗朗克于1942年10月在克拉科夫讲话时直言不讳地承认，这些措施的目的首先就是要使司法工作服从于德国的利益。他说，设置一套德国的司法制度，就使德国人可以把总督辖区内对他们重要的问题交由德国法官审理，并可以把他们的事务委托给德国律师和公证人办理。总督辖区的德国人都要遵守德国的婚姻法和有关个人的法律。商业企业可以根据德国法律开办。可是同时（弗朗克说），他的目的“从一开始就是要按照久经考验的德国法理学原则为德国人和国外出生的人建立一套司法制度，特别是要确保……当地的司法工作可以根据波兰人和乌克兰人通过悠久的传统和惯例发展起来的原则稳健地存在下去”。
鉴于以前苏联统治的地区缺乏令人满意的地方司法机关，德国司法制度不得不承担起较大的责任。虽然如此，罗森贝格为东方占领区安排的司法制度却远没有弗朗克在总督辖区推行的制度那么狂妄。可是它的基本原则却几乎是相同的。通过1941年12月19日发布的一项命令，罗森贝格在每一德国专员的驻地（即在鲁夫内和里加）设立了一个德国高级法院，在每一常务专员的驻地（即：在乌克兰的卢茨克、基辅、日托米尔、第聂伯罗彼得罗夫斯克、尼古拉耶夫和美利托波尔，以及在奥斯兰的考那斯、里加、雷瓦尔和明斯克）设立了一个德国法院。在民事方面，德国法院有权审理其他占领区德国法院承办的那类案件。然而，在刑事方面，它们可以审理“所有的案件，只要这些案件不是明确地划归另一法院管辖的”。正象官方的法律评注中当时指出的那样，这意味着德国法院在刑事方面的权限并无限制——也就是说，它们既可以审理在其他地区通常是由当地法院承办的所有非德国人的案件，甚至也可以审理只涉及当地罪犯的次要罪行。尽管如此，没有多久，在情况许可的地方，实际上还是有必要把那些不涉及德国人或德国利益的刑事案件交由当地司法机关审判。拿波罗的海三个区来说，这是通过1942年2月和3月间颁布的一系列法令付诸实行的。结果，这些地区的当地司法机关变得同总督辖区的司法机关很相似：这就是说，每一地区有其上诉法院、低级法院和治安法官。但是后来，随着地方“自治政府”的恢复，地方当局取得了一些刑事裁判权——例如，有权惩罚不合作主义者和抗拒服兵役的人等。这种情况在总督辖区是没有的。另一方面，在白俄斯地区，地方当局参加司法工作仍然只限于地区法院和治安法院，它们只能办理一些不大的案件。这些地区法院显然是由“从前沙皇时代的法官”主持的，它们在刑事案件上运用德国刑法，并根据当地情况作必要的修改，但是在民事案件方面，显然还可以使用“布尔什维克时代以前的旧法律”。
在德国专员管辖下的乌克兰，严格他说，当地并没有什么法院，尽管根据德国专员科赫于1942年5月8日发布的一道命令，非日耳曼人所犯的情节较轻的罪行可以由乌克兰籍陪审推事根据德国法律审理。这些陪审推事被说成是区专员的“代表”，由常务专员根据区专员的推荐任命。他们有权判处罪犯长达两年的徒刑和高达一万银卢布的罚金。他们在刑法方面相当于1942年3月科赫委派的仲裁人。这些仲裁人有权审判涉及前波兰和苏联公民的案情较轻、不属于德国法院审理的民事案件。但是，所有关于结婚、离婚、监护、财产和专利权的案件一概归德国法院审理，因此乌克兰仲裁人的权限实际上仍然是很有限的。
占领区德国司法工作的一个突出的特征是，遇到抵抗运动势将广泛发展，以致法院无法应付时，就利用所谓“地方紧急状态”去加速和加强德国刑法的威慑效果。这种地方紧急状态一经宣布，刑事方面的裁判权大部分立即移交给了专门成立起来的军事法庭。德国代表成立的这种军事法庭，在许多方面相当于德国武装部队设立的军事法庭，只不过它们不属于武装部队。它们由党卫队和警察官员，甚至还由德国民政机关的代表主持。它们的司法程序是即决的，旨在立即作出判决。被告不准有辩护人，除判处死刑外，通常的惩罚是把有罪的人直接交给盖世太保。虽然案件可以被撤销，或交给其他法院去审理，但是军事法庭的判决是不能要求上诉的。导致这种法庭活动的紧急状态，一般说来时间极短，尽管处理的案件数目通常总相当多，而死刑判决的比例往往也非常大。
在西欧占领区，宣布进入地方紧急状态到1942年底已经成为对付有组织的抵抗运动的惯用手段了。在挪威，特博文就采用了这种手段去破坏1941年9月初奥斯陆发生的罢工。在保护国，海德里希于1941年9月到达后，立即宣布当地进入紧急状态