手段去破坏1941年9月初奥斯陆发生的罢工。在保护国，海德里希于1941年9月到达后，立即宣布当地进入紧急状态，后来在1942年5月他被暗杀后，又宣布进入紧急状态。在卢森堡，为了应付人民对实行征兵制的反抗，德国人于1942年8月也曾宣布当地进入紧急状态。在荷兰，通过1941年实施的所谓“军事行政管制法”，一种类似于“地方紧急状态”的紧急状态条例已经制定出来了。后来，根据同年3月19日的一项法令，海牙的德国高级法院取得了“根据在德国本土设立的特别法庭的程序”，行使军事法庭职务的权利。1943年1月，“行政军事管制法”又改为“警察军事管制法”，万一发生暴动和混乱时，立即可以施行。同时，对“警察军事法庭”也作出了规定：由一个受过司法训练的党卫队头目和两名协助他的党卫队或警察官员联合组成，行使军事法庭的职权。5月里，德国当局实施了一种“警察军事管制”状态（相当于其他地区所实行的地方紧急状态）以应付荷兰的罢工。
在总督辖区和东方占领区，不论是否正式宣布进入紧急状态，都成立了军事法庭。弗朗克在1939年10月31日的法令中作了原则性的规定：在总督辖区，一切暴力行为和煽动反抗德国人的行为，一概应由这种法庭进行审判。这种法庭由一个保安警察团长或营长，或由一个保安警察特遣队队长同“该单位的两名官员”组成。这项原则也适用于东方合并区和东方占领区。在合并区，对德国当局犯有暴力行为的波兰人和犹太人一概由军事法庭审判，而在占领区，根据罗森贝格1942年1月12日颁布的法令也成立了军事法庭。
在总督辖区和东方占领区，负责军事法庭的官员有权把他们认为“特别法庭”更有能力处理的案件移给该庭处理。在占领区的大部分地方，特别法庭同占领后设立的普通德国法院保持着密切的关系，特别法庭一般总“隶属于”德国法院。这种特别法庭的法律程序，完全按照为德国本土相应的法院制定的那一套。交给这种法庭处理的案件便不再属于普通刑事司法权的范围了。这种法庭还是自身的上诉法院。被告辩护人“在切实可行的情况下”才予以指派。除了处理特别法庭在德国通常承办的那类刑事案件（例如，破坏战时经济的罪行）外，占领区的特别法庭还有权审理下列两类案件：一类是占领当局明白宣布特别法庭有权处理的案件，另一类是由于情节特别严重，检察官可能会发交给特别法庭处理的其他刑事案件。就特别法庭对非德国人的刑事裁判权而言，它们是各种德国法庭中最为重要的。象一个评论员于1939年提到波兰被占领区的情况时所说的那样，“在波兰被占领区一开始进行司法工作时，就有‘特别法庭’，这种法庭就代表当时的全部德国司法”。
在波兰，德国陆军总司令首先于1939年9月5日设立了特别法庭，但是后来弗朗克在1939年11月15日颁布的一项法令里又详细规定了它们的职能。根据这项法令，弗朗克在每一总督或地区长官的治所设立了一个特别法庭。每个法庭由三名法官组成，但审理“简单案件”则只有一名法官。这些法庭全都根据德国刑法审判案件。后来，罗森贝格在奥斯兰和乌克兰的每一德国法院下也设立了类似的法庭。在保护国，根据1940年2月21月德国颁布的关于“特别法庭的重建工作及其权限”的法令，以德国本国这类法庭为根据，也自动组织了特别法庭。在西方，往往在占领初期就设立了特别法庭，专门处理据认为普通德国法院的程序无法迅速处理的案件。例如，在卢森堡，民政长官西蒙于1940年8月20日设立了特别法庭，审理下列案件：非法集会、私藏武器、散布敌视德国的消息，以及煽动罢工和关闭工厂。在挪威，特博文于1940年10月设立了一个类似的机构，来应付那些设法使非法的政党继续展开活动的人。在比利时，军事司令官命令司令部设立特别法庭去应付盗窃粮食的案件。但是，据指出，这不一定就意味着比利时的法院将被“取消”，因为德国法院的运用问题“取决于比利时法院如何表现出它们对人民的责任感”。
尽管德国人十分重视使被占领国家的法律与司法制度同纳粹的政治与思想目标协调一致的工作，但是他们不久便开始主要依靠恐怖政策，而不是依靠合法手段去对付反对新秩序的人。例如，以丹麦而言，只有113名抵抗运动的成员是经过军事法庭的判决而被处死的，可是至少有797人是在德国当局干的“清剿”或“报复”的屠杀和其他恐怖行为中被杀害的。不同的因素促使德国人逐步抛弃了“合法”的假面具。一个因素是法院——包括占领后设立的正式德国法院和为了应付特殊的紧急状态而设立的军事法庭——不能应付当地的抵抗运动，尤其是1941年对俄国发动进攻后由共产党所鼓动而组织起来的抵抗运动。另一个因素，也许是更为重要的因素是，希特勒本人极其反对利用法院去对付占领区内的抵抗运动。
希特勒显然欢迎东方地区有游击战，因为这给了他一个机会去“扫荡”所有胆敢反抗他的人，所以他原则上反对把反抗他的人交给法院去审判。1940年9月，在讨论捷克“问题”时，他断然反对德国司法部长居特纳所主张的把四个捷克领袖交给人民法院审讯的建议，并且坚决认为，“对待捷克叛乱分子和反抗者，德国的行刑队就很够了”。他还说，“通过法院的判决去制造一些烈士是错误的，安德烈亚斯·霍费尔和施拉格特的例子就证明了这一点”。1942年，他显然认为，对付暗杀海德里希的凶手的最好办法，不是去审讯所有的可疑分子，而是把三万到四万有“政治活动嫌疑”的捷克人立即处决。至于丹麦，他又想到霍费尔和施拉格特这两个例子，所以同样断然地认为，“绝对不能把破坏分子交给法院去审判”。对付这些破坏分子只有一个办法，“那就是杀掉他们——最好在他们犯罪的时刻，否则就在逮捕以后”。结果是，1943年12月，希特勒亲自发给了贝斯特和当地德国警察头子京特·潘克一道严格的命令，要他们发动那种声名狼藉的“报复”或“清剿”大屠杀。
在西方，德国人对阴谋损害武装部队的行为采用了集体负责的原则，从而第一次明目张胆地抛弃了“合法性”。这项原则，根据德国军政长官施特雷齐乌斯的一道命令，早在1940年9月便应用于法国被占领区。这道命令授权当地的德国区长向法国居民索取遵守法纪的保证人，凡遇“可能发生严重的暴力罪行时”，以及遇到没有“其他适当的手段来维持治安”时，还可以扣留人质，德国司令官掌握着这道命令赋予他们的权力后，进行了多次大规模的屠杀，作为对反抗武装部队“罪行”的报复，甚至还公布了所谓“人质条例”，企图使这种做法合法化。他们并不尽力去查明被处决的人事实上是否参加了抵抗运动，尤其是在1941年9月30日以后，因为那天施蒂尔普纳格尔发布了一道命令：所有被法国当局拘留的法国人，以及所有被德国人拘留的法国人，都将视为潜在的人质。然而，甚至在为时较晚的期间，德国军事当局对于不做一点审讯的表面文章就把人质枪毙，显然也还有点不安。因此，在1941年12月7日至14日的行政长官汇报中，有这样一项建议：与其把人质立即枪决，不如让军事法庭对那些在正常情况下仅会被判处徒刑或者甚至会获得赦免的犯人判处死刑。
集体负责原则的应用和扣押人质的办法也不限于军管的国家。在战争刚爆发的时候，保护国的盖世太保就逮捕了大约八千名显要的捷克人，作为担保其余的捷克人遵守法纪的人质，1942年5月27日海德里希遇刺以后（他于6月4日伤重毙命），德国当局立即发布了一道命令，指出不仅那些庇护或帮助凶手的人，就连他们的家属也将被处决，而且即便这些家属毫无责任，也不得豁免。1942年6月10日，在海德里希伤重毙命后六天，利迪策大屠杀就是按着这道命令的精神进行的。
在其他占领国内，德国人也表明，他们要当地的全体居民对个别的反抗行为负责。例如，赛斯…英夸特于1942年5月在荷兰宣布，他提议拘留“大约四百六十名过去知名的社会人士”，如果由于“伦敦的流亡分子的阴谋策划”，再发生扰乱社会秩序的行动的话，“就要这些人偿命”。接着在7月里，驻荷兰的德军司令官也宣布，为了“保证完成＇他的＇军事任务”，他也将拘留“几百名”人质。到1943年夏季，总督辖区的抵抗运动已经大为发展，德国当局也承认它“不再能完全控制局势”时，弗朗克于是下令，如果波兰地下运动杀死一个德国人，就枪毙一百个知名的波兰地下运动成员。接着，“东方”高级党卫队军官和警察头子在希姆莱的指示和“总督的同意下”，于1944年6月28日发布了一道命令。根据这道命令，凡杀害或企图杀害德国人，或破坏重要设施的罪行，从严惩处：不仅枪毙罪犯本人，而且处决其所有男性亲属，并将其所有十六岁以上的女性亲属关进集中营。
凯特尔1941年9月16日发给军事司令官的训令和希特勒本人1941年12月7日发布的通称“夜雾”命令的那道臭名昭著的命令，都表明了希特勒对采用普通的合法手段去对付抵抗运动感到不耐烦。凯特尔“训令”的目的，表面上是要使军事当局可以更为有效地应付进攻俄国以后占领区内发生的“共产党起义运动”。据凯特尔说，“以前采取的”应付共产党煽动运动的“措施”已经证明“不够”了。因此，元首下令使用“最严厉的措施”，以达到在“可能的最短时间内”把所有反抗镇压下去的目的。为此，以后一切抵抗行动，都必须看作是共产党所操纵的；“在这类案例中，处死五十名至一百名共产党人以抵偿一个德国士兵遇害，应认为是适当的办法”；而且这种判决必须以一种“预期”可以提高其“威慑效果的方式”来执行。既然军事法庭的审判程序是作为应付共产党人的叛乱和对德国占领当局的其他攻击行动而采用的“特别措施”，那末，只有“最严厉的惩罚才是适宜的”。
这些措施显然未能产生希特勒所需要的效果，因此三个月后，它们就为“夜雾”命令所取代。根据凯特尔发布的与这道命令有关的“行政命令”，希特勒经过长时间的考虑后终于得出结论，一定要改变一下惩罚那些在占领区内进行反抗的人的办法。在这类案件中，他认为终身监禁——甚至终身监禁加苦役——会被认为是“软弱的表现”。因此，只有判处死刑，或者采取步骤“使罪犯的家属及当地居民不知其下落”，这样才能收到“持久的、有力的威慑效果”。将被告送往德国可以“起到这样的作用”。因此，那道命令载明，凡是不可能判处死刑的被告，就应送往德国，并对其下落不提供任何消息。根据凯特尔“行政命令”的规定，审判反抗行为案件的地点，必须由军事当局决定。如果军事法庭的法官同德国反谍报机关商议后，决定可以在占领区宣判，他就在战地军事法庭开庭审判这个案件。否则的话，他就必须将案卷转呈上级司令官，由后者决定应就地审判罪犯，还是由战地秘密警察押送德国。其后，如果德国武装部队当局认为有必要的话，仍然可以在德国举行军事审判。基尔、科隆、埃森（或多特蒙德）和柏林都设有特别法庭，奉命分别审理挪威、法国和比利时的“夜雾”命令案件，以及一般案件，这四个特别法庭的任何一个都可以开庭审判。再不然，甚至可以由德国人民法院进行审判，因为从1942年10月以后，人民法院也有权处理根据“夜雾”命令被解送来的犯人。
如同后来的事态发展所显示的那样，这道十足野蛮的命令最残酷的特点是：它作出规定把押解到德国的人移交给盖世太保处理。每当军事当局决定不能在占领区内举行审讯时，德国保安总局就指定一个盖世太保指挥所负责看管这个罪犯。这样，盖世太保就成了德国军事司法当局的附属机关，正象过去好几年中它一直是德国国内刑事法庭的附属机关那样。此外，尽管“夜雾”命令的用意显然最初仅仅是作为一种军事措施，可是不久以后，党卫队和保安处便开始用它作为从占领区大规模押送平民出境的一种手段。这样一来，终于使德国国内的集中营里关满了好几十万盟国人民。
尽管“夜雾”命令一直施行到战争结束，但是1944年夏天盟军登陆后，德国人显然认为这道命令不足以应付西欧的抵抗运动了。因此，希特勒于1944年7月30日发布了一道更为残酷的命令，实际上停止了正规法院对阴谋破坏和其他反抗德国当局的案件的司法权。根据这道命令，德国武装部队和党卫队及警察奉命在一切可能的情况下，把“恐怖分子和破坏分子”在犯罪现场消灭，并把事后逮捕的嫌疑分子直接交给保安警察和党卫队保安处。根据1944年8月18日凯特尔发布的一道补充命令，已经进行审理的案件应予停止，并将被告移交给保安警察和保安处看管。后来，武装部队最高统帅部长官同希姆莱、蒂拉克和博尔曼磋商后，于1944年9月24日又发布了一道补充命令。根据这道命令，已经“由德国法院依法判决”并在占领区或德国国内服刑的人，同样也应移交。不过由于感到这项最新措施甚至和德国的习惯做法也截然不同，德国当局某些人显然不敢予以执行。例如，在荷兰，据称德国专员赛斯…英夸特和高级党卫队军官兼警察头子劳特尔就曾反对这道命令，理由是这只会迫使荷兰人更为积极地加入非法组织，尽管最后希姆莱本人似乎进行了干预，来保证这一措施按照希特勒的意图实行。
放逐政治犯并把他们移交给盖世太保和保安处，这并不是德国人用来对付西欧抵抗运动的唯一的非法手段。拿丹麦来说，尽管明文规定“夜雾”命令在那里并不执行，扣留人质的做法一般也不采用，但是德国人想出了一套周密的、系统的“反恐怖”办法去对付当地的地下组织，包括任意破坏财产和冷酷无情地杀害著名的丹麦爱国人士。这种“反恐怖”办法是由党卫队“丹麦”特遣队的那个声名狼藉的“彼得”大队贯彻执行的。它是1943年“危机”发生后由德国派遣到丹麦去的德国保安总局的一支队伍，奉了希特勒和希姆莱的明确指示要组织炸弹爆炸事件，并进行惊人的“报复性”屠杀，以迫使丹麦人屈服。德国人显然一度也考虑在挪威使用类似的办法，但结果并没有采用，因为特博文认为这套办法会由于没有适当的目标而失败，还因为希姆莱和卡尔登勃鲁纳都认为这套办法只会造成“最为不利的后果”。
对纳粹分子来说，他们同抵抗运动的斗争主要是出于意识形态方面的原因，而不是出于军事占领方面的需要。在他们看来，抵抗运动不是战争行为，而是对新秩序的叛逆行为，所以他们不能根据公认的战争法则来处理，而必须以一切可用的严厉手段来进行镇压，正象1933年后他们在德国国内镇压自己的政治对手那样。因此，同抵抗运动进行的这场斗争，除了经常引起武装部队的注意外，首先还要求占领区内的党卫队尽力应付。希特勒本人要求把“发生的每一桩”阴谋破坏和其他反抗行为的事件都向他汇报，“如果军事司令