克部长大多数是曾在贝兰手下，或者甚至在更早的时候就担任过公职的专家。4月27日，毫无政治经验的职业军人埃利亚斯将军当了总理；外交部和国防部全被撤掉，捷克军队实际上已被解除了武装。保护长官公署里的德国工作人员在某种程度上和捷克部长彼此重叠，而且德国代表不久就出现在捷克各个部里。虽然如此，仍有必要在保护长官公署和捷克内阁之间成立一个协调委员会，因为德国人对这两个机构之间的直接接触是不赞成的。这一条规则看来有一个例外：捷克司法部长亚罗斯拉夫·克雷奇却获准同弗朗克直接接触。哈恰提名的、过去曾在最高法院为总统工作过的一个叫做哈维尔卡的人当上了副总理，大家认为他采取了一种不必要的亲德态度。捷克政府就其立法责任而言，是通过1938年12月议会生活完全终止以前通过的一项法律所准许颁布的紧急法令进行工作的。
在慕尼黑会议以后，只有两个政党或政治集团可以存在。现在，这两个政党在极权主义者的眼里也成为过多的了。正象报刊被搞成了清一色那样，政治集团也就只能有一个民族阵线，国家统一党。这个组织是由哈恰本人主持的，许许多多捷克人成为这个组织的成员，为的是——绝不夸张他说——通过留给他们的唯一途径来表明他们国家的统一。1941年6月，国家统一党的党员人数达到四百万以上这一高峰，但是该党同德国人经常发生摩擦，因为德国人对其工作人员始终是不满意的。1943年初，国家统一党逐渐衰微下去了。
当英国和法国在1939年9月对希特勒宣战时，捷克人从绝望中顿时又产生了希望，但是西方国家在波兰被消灭时所呈现的那种软弱无能，不大适合于重新唤起被慕尼黑会议那么深切地挫伤了的同情心。然而，1939年10月9日在德国保护长官公署举行的一次会议上，卡·赫·弗朗克就抱怨“解决捷克问题的种种困难”。这一次，根据弗里德里齐将军于1940年10月15日起草的一份备忘录，似乎曾考虑过对付捷克人的三种可能的办法。
1。 德国对摩拉维亚进行渗透，并将捷克民族限制于波希米亚一隅。 这个解决办法据认为是不能令人满意的，因为捷克问题即使在形式上缩小了，却将继续存在下去。 2。
最激烈的解决办法是，把所有的捷克人赶走，但是可以提出许多理由来反对这项解决办法…… 3。
同化捷克人，即由德国人吸收大约半数的捷克民族，这项办法的重要性在于从种族或其他观点来看都是有价值的。这尤其是在德国领土上（苏台德日耳曼边境地区则是例外）增加雇用捷克人的结果，换句话说，就是把集中的捷克人口加以分散。
必须夺去另外半数捷克民族的力量，加以消灭，并用船运送出境……。对于在种族上是蒙古族的那部分人以及对于知识分子阶层的大部分人，这尤其适用……。
凡是抗拒德意志化计划的人应严加处理，并应加以消灭。 上述工作的开展当然要以增加德国人从德国领土上涌入这个保护国为先决条件。 事实上，元首决定采用第三种解决办法。这意味着“虽然表面上维持保护国的自治权，德意志化工作……在未来的许多年里却必须始终如一地予以执行”。赞成同化的这项决定可能说明了大德意志帝国内这个保护国的独特性质。这个决定同一周后希特勒对波兰所作的决定形成了鲜明的对照，波兰将被孤立，并将充作发动进攻性军事行动的“跳板”。
1939年秋季给了纳粹分子一个极好的机会去推行他们对捷克人的政策。从1918年以后，捷克人就把10月28日作为他们第一个共和国的诞生日来庆祝。虽然德国人已经把这个节日取消，许多捷克人佩戴着国徽还是在捷克各大城市示威。捷克当局曾请求公众谨慎行事，但是在德国人喜欢称之为“德国布拉格”的地方，德国党卫队人员故意向人民挑衅，扯下他们的国徽等等，直到公众的反应导致残酷的德国警察进行干涉。许多捷克人遭到逮捕，被拖进设在佩切克宫的盖世太保总部去“惩处”。有一个捷克大学生扬·奥普列塔尔已经受伤，后来又遭到殴打，终于在两星期后死去了。11月15日，他的同学为他的葬礼举行了一次很有秩序的示威大游行。一辆德国汽车故意冲到人群中去。于是大学生的纪律被破坏了。大学生把那辆汽车推翻，扭打便开始了。卡·赫·弗朗克的司机设法把自己搞伤。11月16日，牛赖特和弗朗克带着这个司机飞往柏林去给希特勒看这些伤痕，希特勒作出决定，立即采取恐怖手段，当夜便派遣党卫队的特种部队前往布拉格，捷克大学的大学生全部被捕。那些被认为是领袖的人都被处决，其他还有许多人当场遭到骇人听闻的虐待或者被押送到布痕瓦尔德集中营去。布拉格的捷克大学和保护国境内的所有其他捷克大学——包括某些高等技校在内——一律关闭三年（事实上，它们一直关闭到捷克解放）。就捷克人来说，这是他们有可能接受高等教育的结束；大学生，甚至教授，如果能在他们寓所附近找到某种体力工作，就要比到德国境内的一家工厂或一处集中营去侥幸些。接着，许多中学，甚至小学，也逐渐受到取缔或者实行德意志化，所以在保护国的后半时期，一个十岁以上的捷克孩子很可能会被迫进厂劳动，而根本不能进任何学校求学。
这样，到1939年底，德国人已经在完成第三种解决办法和消灭捷克知识分子阶层那条路上迈步走了。1939年7月11日，他们宣布德语和捷克语都是“官方”语言，而在行文时德语总应放在前面。根据1939年3月16日那项法令的第二条，保护国的日耳曼族居民成为国民兼德国公民，而捷克人则只是德国国民，他们在自己家乡与其说是公民，不如说是臣民。英国的空袭不久就有助于鼓励德国本土的日耳曼人到保护国来就业，他们在这里享有通常称为治外法权的权利。首先变得很显眼地德意志化的是布拉格。如果我们回忆起占大多数的、以前未曾维护其民族性的捷克人，在1861年后才逐渐出现于这个都城的话，那么，对于“繁华的、斯拉夫人的布拉格”受此糟蹋所感到的怨恨是不难领会的。而由于捷克大学被迫关闭以后仅仅剩下的日耳曼大学的新校长是鲁道夫·容，这种怨恨便更为剧烈，因为容也是一个发表过著作，曾以粗暴野蛮的方式乱骂过捷克人的纳粹分子。鉴于布拉格的历史，这个城市大概比任何其他非日耳曼族的城镇更易德意志化，这就以一种特殊的方式箝制住了捷克人的抵抗。
至于第三种解决办法的其余部分，1939年3月16日那项法令的第九条，即保护国应成为德国海关区的一部分的那条规定，在1940年年成歉收以后于10月里终于实行了。把工人调运往德国的工作也及时加速了。在1939年和1941年间，作为一个开端，大约有十五万名熟练的捷克工人被遣送到德国去。
对捷克人自己来说，第一次世界大战的军团和索科尔组织就象那些大学是他们民族生活中的支柱那样不可缺少，军团在1939年8月被德国人依法解散了，但是它的成员直到1941年初才被大规模地解除了行政职务。索科尔成员在1941年中受到镇压，最后在10月12日被海德里希消灭了。保护长官公署和埃里亚斯政府之间为了这类问题有着一阵阵的摩擦。这个捷克政府一再呈请辞职，但一直被挽留到1941年秋季。
同时，希特勒于1941年6月进攻俄国以后，保护国内的紧张情况明显地加剧了。慕尼黑的经验早已激发起泛斯拉夫民族的传统和对共产主义的同情。东方的战争看来要比德国同英国的空战和海战实际得多，而它所牵连到的那些行动提供了切实的破坏机会。的确，希特勒感觉到捷克问题一点也“没有解决”（也就是说，捷克人的存在竟是这样持久），因此他在1941年9月“批准”牛赖特的长期病假，另派了一个半有教养的虐待狂者赖因哈德·海德里希到布拉格去当副保护长官，他大概也是党卫队头子中最精明的家伙。1941年9月28日，即圣温塞斯洛斯日，海德里希宣布保护国各重要地区处于紧急状态，晚上十点钟起实行宵禁，并且成立了新的即决法庭，十十足足进行了恐怖统治。在以后的两个月中，这些新法庭在德国盖世太保庭长的操纵下，宣判了三百九十四人死刑，并把一千一百三十四个牺牲者移交给盖世太保，目的是为了进行那种可怖的“进一步调查”。知识分子和前陆军军官，军团团员和索科尔成员在牺牲者中处于突出地位。一开头，总理就被认为是同伦敦有接触的“卖国贼”而遭到逮捕，递交给由蒂拉克本人主持的德国人民法院的一个陪审团，并于10月1日判处死刑，虽然这项判决直到下一年才执行。过了很短一段时间，他的前司法部长克雷奇才接替他当了总理。
1942年1月，克雷奇组成了第二内阁。它带来了两项值得注意的改革。以前一直在保护长官公署担任职务的一个德国日耳曼族人瓦尔特·贝尔奇博士，当上了劳工部长，这是一个关键性的职位，控制着保护国内的产业工人，但它所关注的显然是为德国本土提供必要的劳动力。3月8日，他宣布了希特勒的决定，即保护国的经济必须适应德国的战争需要，并且必须为此目的加以利用。其次，捷克最大的吉斯林艾曼努尔·莫拉维茨上校当上了教育部长。莫拉维茨过去是捷克陆军的喉舌，他曾向西方国家呼吁，在还来得及的时候要认识到捷克斯洛伐克在应付重新武装起来的德国的战略价值。但是西方国家没有听他的活。莫拉维茨从慕尼黑协定签订的时候起就急剧地改变了他的政策。在新的形势下，他认为捷克人别无办法，只有把他们的事业同德国的事业打成一片。当然，他的主张被纳粹控制的报刊向国外宣扬了。当他获得控制教育的大权这一赏赐以后，他就拼命去搞当时还保留的小学教育的纳粹化工作，并对那些不象莫拉维茨上校那样的、没有认识到他们在柏林的德国救星的知识分子大肆迫害。在海德里希领导下，把保护国作为大德意志一个——次等的——部分并入的过程加快了——诚然，与此相反的托词实际上全被放弃。这一点在希特勒1942年5月7日的法令里特别清楚，这项法令表面上的意图是要“简化”波希米亚…摩拉维亚的行政工作。从6月15日它生效之日起，所有地方当局和警察当局都要以德国行政委员会的名义，代表德国管理保护国。德国地方长官的人数这时减少到了七名。
这时候，消极地装傻和等待的帅克传统，已经变成了积极得多的行动，这也多亏了捷克斯洛伐克流亡政府的各种活动。贝奈斯博士在美国进行了为期五个月的访问后，已于1939年7月18日回到伦敦。当战争在9月里爆发时，他向英国、法国和波兰政府坚决表示，捷克斯洛伐克从1939年3月15日起就已经在同德国交战了。10月6日，他去巴黎，因为3月15日不曾辞职的捷克斯洛伐克前驻法公使，斯洛伐克人奥苏斯基在那里声称，是他在指挥着所有的捷克人和斯洛伐克人。奥苏斯基对贝奈斯的领导向来是不满的，他们之间于是出现了僵持的局面，后来，前不久才从布拉格来到巴黎的施腊麦克大主教终于说服奥苏斯基同贝奈斯达成了协议。一个包括他们三人在内的捷克斯洛伐克民族委员会成立起来，并能够组织成一支捷克斯洛伐克武装部队，由法国政府编入了法国陆军。在法国崩溃以后，捷克斯洛伐克部队就逃往英国，其主力于1940年7月14日在那里登陆。一周以后，英国政府正式承认那些捷克政治领导人为伦敦的捷克斯洛伐克临时政府。7月23日，贝奈斯重新就任总统，并任命施腊麦克为总理，以扬·马萨里克（外交）、斯拉维克（内政）、乌特拉塔（财政）、因格尔（国防）、费埃拉本德和那个不服从上级的奥苏斯基（国务部长）为其内阁同僚。这个临时政府具有一种模糊的中左色彩；它既不包括农民党人，也不包括斯洛伐克牧师派议员和共产党人。这位总统还指派了一个四十人的国务会议——后来增加到五十人——代表着各种颇为不同的观点。10月25日，捷克当局同英国签订了一项军事协定，规定在英国指挥下组织和使用捷克斯洛伐克的武装部队。
到德国对俄国发动进攻一个月后，即到1941年7月18日，英国才正式承认贝奈斯总统为一国的首脑。苏联也在同一天正式予以承认。8月10日，据宣布，遵照7月18日的苏捷协定，一个捷克斯洛伐克旅正在俄国境内组织起来，以便同在英国建立的或正在组成的捷克斯洛伐克武装部队保持平衡。可以肯定的是，捷克斯洛伐克国内有相当大一部分居民这时正冒着死刑的威胁在收听俄国的无线电广播，特别是收听英国广播公司的广播——总之，听众人数相当多，足以使捷克公众消息十分灵通。海德里希的行为激起了新的沸腾的义愤；破坏活动非但没有停止，反而有增加的迹象，尤其是1942年春季在克拉德诺煤矿里。如同欧洲其他地方那样，共产党人的组织相当严密，他们的秘密报刊也相当顺利地发挥着作用。
5月27日早晨，正当海德里希驾车穿过利贝尼（布拉格）郊区到办公室去时，投来的一颗炸弹使他受了致命伤，他在6月4日毙命。这是欧洲抵抗希特勒运动的大事之一。一个显要的纳粹头子，而且是一个受到特别保护的党卫队头子被杀死，这还是第一次。的确，海德里希可以被看作是党卫队的智囊，他的丧生在希特勒看来，是不可弥补的。后来盖世太保关于这一事件的报告似乎或多或少是真实的，即这次突然袭击是伦敦的捷克人策划的，并由皇家空军空投下的英国境内捷克斯洛伐克军队中的两名伞兵——一个捷克人和一个斯洛伐克人——执行的。他们的任务完成以后，圣哈尔列斯·博罗麦奥教堂的东正教教士便把他们隐藏起来，并供给他们膳食。德国人于6月18日似乎就在那个教堂里搜捕到了他们，把他们同几个掩护者一起就地杀害了。
在保护国内，袭击海德里希的直接结果是一阵更加可怕的恐怖浪潮。当天，卡·赫·弗朗克就重新宣布了紧急状态，达吕格从柏林赶来接替海德里希。在5月28日和7月3日之间，有一千二百八十八名捷克人多少是不分青红皂白地被处死了；那个倒楣的埃利亚斯也是一个牺牲者，他于6月19日被处决。有时，整个家庭的成员没有多大原因就全被枪毙，有两个村庄的全部男子都被非常残忍地消灭干净。6月10日，这种情况发生在克拉德诺附近的一个采矿村利迪策，而十天以后又发生在布拉格另一面赫鲁迪姆附近的一个叫列日阿基的小地方；每一次妇女都被送往集中营去，而儿童则就此无影无踪了。
就在利迪策和列日阿基遭殃的消息传出后不久，英国政府在1942年8月5日终于觉得可以将正式废除慕尼黑协定的通知递交给贝奈斯和扬·马萨里克了。6月间，莫洛托夫访问伦敦时，正式对贝奈斯说（6月9日），“苏联政府……的立场是维持慕尼黑会议以前的捷克斯洛伐克边界”，这自然使捷克人认为喀尔巴阡…卢西尼亚将归还给他们的国家。最后在10月26日，美国政府正式承认了捷克斯洛伐克政府。
1943年2月初德军在斯大林格勒的失败，对东欧地区来说，无论如何标志着战争的转折点。早在1942年11月，已�