1943年2月初德军在斯大林格勒的失败，对东欧地区来说，无论如何标志着战争的转折点。早在1942年11月，已有大约七万名捷克青年被动员去德国劳动，接着在1943年2月2日，十六岁到六十五岁的所有男子和十七岁到四十五岁的所有妇女，以及十六岁以下的某几类学龄儿童都被征召到德国去从事战时工作。在轴心国统治下的欧洲各地，甚至总动员的叫喊似乎也并未严重地影响到保护国的日耳曼人，而捷克人却又记起他们过去所担心的从波希米亚和摩拉维亚完全被赶走的那种情况。随着粮食供应的减少（无论如何，对捷克人来说是减少了），布拉格和捷克其他城市的生活变得空前未有地凄凉。1942年2月16日，在实行了德国通行的那些反对犹太人的措施以后，海德里希宣布把保护国的全体犹太人关进了犹太人区。特雷津（特雷津市）那个古堡市镇变成了一个犹太营，捷克犹太人全被送往那里去，让他们在痛苦的但还不是使人毛骨惊然的环境中等待进一步送往奥斯威辛的那些毒气室去。同时，越来越多的人，有捷克人也有犹太人，为了逃避放逐和死亡，过着非法的、没有配给证的隐匿生活。
1943年8月，据宣布弗里克将接替牛赖特出任德国保护长官，他原来担任的德国内政部长职位已经由希姆莱免去了。弗里克于10月14日开始视事。当时这个官职已被公认只不过是一个挂名差使，卡尔·赫尔曼·弗朗克的权力终于得到了正式承认。8月20日，他被任命为一个德国部长，并兼任主管那个取代前德国保护长官公署的波希米亚…摩拉维亚事务部的国务部长。
1943年间，贝奈斯在他从伦敦广播的讲话中采取了攻势。每一次他宣称（稍微早了一些）布拉格当局即将垮台以后，布拉格当局总作出强烈的反应。就可能作出的判断来说，贝奈斯在国内的名望这时候不但已经恢复，而且他已成为全国杰出的象征性首脑了。（扬·马萨里克在战前始终不大出名，这时多亏了他的才气焕发的广播讲话，开始占有第二位，而莫斯科的捷克共产党人则无足轻重——只有南斯拉夫的铁托在年轻的捷克人中是备受爱戴的英雄。）另一方面，贝奈斯的重要性在这一年中也有所增长。因为斯大林格勒战役的结果意味着德国将被打垮，还意味着英语国家的利益和俄国人的利益已不再一致了，同时俄国人和波兰流亡政府之间的短暂的休战也告结束了。贝奈斯的政府是最可能有办法使苏联和西方世界之间避免或推迟一场破裂的政府——多亏捷克人保有他们同西方的关系结合在一起的亲俄传统。贝奈斯早期同波兰人为战后更紧密的合作所进行的磋商一直是困难的；随着西科尔斯基于1943年7月4日逝世，磋商成为不可能的了。有一时期，捷波和解的设想因为热中于更大的目标而受到了忽视。事实上，这一年中，贝奈斯一直为自己对莫斯科的一次访问进行准备。英国人在10月份举行三国莫斯科会议之前一直反对这次访问。最后，贝奈斯于12月11日抵达了俄国首都。那里的捷克共产党领导人如哥特瓦尔德等，并不十分友好。他们指责这位总统，因为他在1938年不曾公然反抗西方世界，也不依靠苏联的支持，反而被诱骗而落入了慕尼黑的投降圈套。
可是，对于将来，似乎可以设想出一种既是国内的又是国际的权宜之计，尤其是因为贝奈斯认识到，在解放了的捷克斯洛伐克，对国家经济生活的一大部分实行国有化将是值得想望的。12月12日，一项为期二十年的捷苏同盟条约签订了。该条约规定，在日前的对德战争中以及在将来对同一敌人的任何一次战争中，都要相互援助。签字国双方都保证扩大它们的经济关系，并且不干涉彼此的内政。
1944年的头几个月里，苏军缓慢地向着喀尔巴阡山推进。因此3月13日，伦敦的捷克斯洛伐克政府号召其人民——特别是斯洛伐克和卢西尼亚的人民，因为那里的条件较为有利——“从个人的英勇行为过渡到有组织的群众行动。成立战斗队。建立民族委员会。组织武装团体和游击队。……政府将竭尽全力使你们可以有足够的武器进行防御和进攻。”3月17日，贝奈斯宣布这个新共和国将是一个民族国家（少数民族并不享有特权）。4月8日，俄军会同斯沃博达将军的捷克斯洛伐克军队到达卢西尼亚的边境，即前捷克斯洛伐克共和国的边境。一个月后，在5月8日，签订了一项关于解放区的捷…俄协定：作战区的最高权力应归苏军总司令执掌，由捷克斯洛伐克政府的一名代表予以协助，他将在肃清敌军的领土上建立并指导行政工作；当任何地区一旦不成为直接的作战区时，捷克斯洛伐克政府就将完全接管其行政工作。
就在解放大军到达卢西尼亚边境以后，捷克斯洛伐克流亡政府立即催促国内人民建立由经过考验的爱国者组成的民族委员会，以鼓舞抗战力量，并接过对于可能获得解放的任何内部地区的责任。但是在1945年5月以前，波希米亚和摩拉维亚几乎都没有公开的起义；德国机构压制得太紧了，而那些城市，尤其是首都的德意志化工作也太顺利了。夏季过去以后，人们潜越过边境去参加斯洛伐克游击队，或是在卢西尼亚试试运气，进行任何种类的反德战斗。
1944年8月初的斯洛伐克起义当然在保护国内激起了强烈的骚动，直到1944年10月底才令人痛心地逐渐停止了。两天之后，苏军同他们那些捷克斯洛伐克分遣队进入了斯洛伐克，可是除了等待战争结束外，并没有什么事可做。正在1944年圣诞节以前，布拉格组成了一个民族委员会，就象民族希望再生时欧洲各重要中心曾经创建过的那种。捷克斯洛伐克临时政府于1945年3月离开伦敦，4月初暂时迁至斯洛伐克的科希策。但是捷克人直到战争结束时才最终获得解放。5月4日，当布拉格居民开始示威游行时，希特勒和墨索里尼都已死了，而邓尼茨也即将无条件投降。5月5日，在民族委员会的普拉日阿克教授和库特尔瓦什将军的指挥下，捷克爱国人士占领了广播电台，当夜街垒也开始建立起来。德军有坦克和飞机，而党卫队则把总部设在布拉格的切尔宁宫（即过去和现在的外交部）里，意味着将不顾德国5月7日在弗伦斯堡的投降，要设法坚持下去。虽然德军司令图桑将军于5月8日下午4时停止了抵抗，党卫队的飞机却继续轰炸这个不设防的城市，同时德军的坦克增援部队也从梅耳尼克和其他地方开到了。有好几天，局势看来是危急的；广播电台向全世界发出求援的呼吁，但是什么援助也没有来，只有弗拉索夫的某些部队举行了起义，攻击德军。捷克斯洛伐克的亲西方人士后来为那段间歇时间深感痛借，因为当时在捷克林山和比尔森的美军尊重西方国家同苏联达成的谅解，暂停推进，一直等到科尼耶夫元帅和他的军队于5月11日到达布拉格。5月14日，哈恰、克雷奇、盖达和其他一些通敌分子被捷克人逮捕了；莫拉维茨和亨莱因总算能自杀，而卡·赫·弗朗克则向美军投降了。5月16日，从4月3日就安身在科希策的贝奈斯总统回到了一个饱经战火但却热情洋溢的布拉格。
虽然在纳粹眼中看来，捷克人属于即使不应消灭，也应遭到瓜分的次等人那一类人，虽然保护国至少从1941年9月起受到了相应的对待，斯洛伐克人却被挑选出来，受到元首的偏爱。实际上，纳粹的意图是想用斯洛伐克为他们赐予那些通情达理地顺从希特勒意志的民族的报酬提出一个出色的榜样。根据1939年3月23日的条约，斯洛伐克实际上已完全沦为德国的附庸，但德军却驻扎在该条约为他们提供的各个军事区内，并在五年以上的时间里允许斯洛伐克人在该国其余地区享有相当大的自治权。在1938年的第一份维也纳议定书以后，以及在1939年3月同占领卢西尼亚的马扎尔人有过军事冲突以后，斯洛伐克人的愤慨是针对着匈牙利的。由于这个原因，斯洛伐克人对于受到德国的保护感到相当满意，因为匈牙利毕竟抵抗不了德国。
当时的问题是，斯洛伐克应该由格林卡的继承人蒂索神父按照格林卡从前的政党的那种教士传统进行治理呢，还是应该由马扎尔人图卡和格林卡卫队的领袖萨诺·马赫以彻头彻尾的纳粹方式来统治。在第一个捷克斯洛伐克共和国存在的时期，格林卡党一直是斯洛伐克独一无二的大党，虽然说得最早，在1937年以前，这个党始终没有得到超过百分之四十的斯洛伐克人民的拥护。1937年，日耳曼族和马扎尔族的宣传才促成了一个变化。德军对波兰人的攻击，一点也没有使斯洛伐克人更同情于纳粹分子，因为斯洛伐克人（不象捷克人）一向对波兰人非常友好。他们被迫对波兰宣战，但是他们的情绪却变得更反图卡了。1939年10月，蒂索当选为斯洛伐克总统，格林卡党重新被肯定为斯洛伐克唯一合法的政治集团。日耳曼和马扎尔少数民族也获准有“党”的组织。卡马辛是斯洛伐克的日耳曼族领袖，也是1938年10月以后的国务秘书，他享有特殊的威望，他的日耳曼族国务秘书处在斯洛伐克境内不受斯洛伐克政府的管辖而享有自主权（在杂居的地区，斯洛伐克族和日耳曼族当局互相合作）。图卡这时当了总理，马赫是宣传部长，杜尔昌斯基是外交部长兼内政部长，可是这三个人都非常不得人心。新教徒的唯一部长是国防部长恰特洛什将军。社会党人在斯洛伐克的实力始终不强，不过共产党人却有些追随者；除了“马克思主义者”外，斯洛伐克中部还有些新教徒集团和一些反教士人士，新教徒集团一向是亲捷克的，反教士人士以前则投票支持捷克斯洛伐克农民党人。另外，还有一定数目的捷克人和一个相当大的斯洛伐克犹太人集团。前者特别受到1939年4月24日法律的打击，因为这个法律便利了产业的没收，而纽伦堡法律在理论上自1941年9月起便适用于后者。
毫无疑问，有好几年，蒂索都获得全国的支持。“一般的斯洛伐克人”对蒂索的组合国家计划（即遵循几年以前陶尔斐斯在奥地利所推行的那些方针）都不大反对，他们还认为蒂索最有办法维护斯洛伐克的自治。格林卡卫队把所有的斯洛伐克人都征募进去。另一方面，在民族委员会中也可以进行一定程度的讨论，同时斯洛伐克报刊也可以发表比德国本土或保护国的报刊所发表的显然较为尖锐的评论。希特勒时常谴责蒂索，特别是1940年7月28日在萨尔斯堡举行的一次会议上。他还对内阁成员作了某种调整，使图卡和马赫认为他们已经赢得了他们的目的物。在7月这次会晤以后，图卡代替杜尔昌斯基出任外交部长，马赫则接替他担任内政部长。但是希特勒似乎已经看清楚，最可靠的还是通过蒂索去控制斯洛伐克，他也始终没有认真坚持要在布拉迪斯拉发实行全面的暴政。这一次，实际上用的是胡萝卜而不是鞭子。因为希特勒利用了一切机会去提醒斯洛伐克人，他们享有这种据说是主权国家的新地位：例如，1940年11月24日，当斯洛伐克领导人应召去参加三国公约时，这种新地位就曾被强调过，而马赫也宣称，斯洛伐克“第一次作为一个平等的因素出现在国际生活中”。虽然匈牙利也同样参加了三国公约，斯洛伐克的外交政策——随着斯洛伐克人的情绪——却是坚定地针对着它的。因此，斯洛伐克倾向于同匈牙利的其他敌国罗马尼亚和——在1941年春季以后——克罗地亚结盟。
在战争的年代，斯洛伐克可以开花结果的是在经济领域里，而当时希特勒的欧洲的所有其他国家——包括德国在内——却正在束紧裤带。斯洛伐克人以前一直抱怨说捷克人对于发展斯洛伐克什么工作也没有做，虽然严格地说来，这种指责是不真实的。但是现在，使斯洛伐克全面增产却合乎德国人的意图，他们直接控制的仅仅是这个国家的军事工业。他们购买了斯洛伐克所能提供的全部木材。德国武装部队照料着把公路和桥梁按着斯洛伐克人空前未有的规模修建起来。采矿业和化学制品部分是用德国资金发展的，而鞋子、毛织品和玻璃制品也扩大了生产。斯洛伐克商人这时到瑞士去出售燃煤和木材，这是他们以前从未有过的。1943年夏季，他们还领取了巨额的出差津贴。即使这样，他们还是在国内能吃得更好些，因为尽管从1941年秋季实行了配给制，多亏了十分普遍的贪污腐败，要搞到无限的食品以及几乎无限的汽油还是容易的——当然，市里赤贫的人不在此例。反犹太的法律被马虎地加以解释，不过蒂索却定期把一批批犹太人引渡过去，作为平息德国人怒气的贿赂（据说，德国人有时甚至接受金钱），这都是众所周知的事情。
同德国和保护国的贸易关系是由1939年3月23日的德国…斯洛伐克贸易协定规定的。根据这项协定所附带的秘密议定书，斯洛伐克和前属捷克斯洛伐克共和国、现在由德国控制的那部分地区之间将不设关卡，但是斯洛伐克和德奥合并后的德国之间则将有一条正常的边界。不过，蒂索除了同希特勒进行秘密的政治斗争外，还得开展一场商业战，以防止大得不适合其同胞心意的输出物资外流。有那么许多物资要流向德国，以致斯洛伐克发觉自身在柏林有一笔十分庞大的结余，同时它还得保护自己，防止德国商品倾销。因此，早在1940年5月，它就对输往德国和保护国的木材征收了出口税，并且还禁止从某些地区出口木材，以便把木料保留下来供国内工业使用。对出口的其他种种限制在以后的几个月中也实行了。9月15日，对指定给保护国的某些货物的铁道货运费用提高了百分之一百。可是，尽管斯洛伐克作出了所有这些努力，德国却继续在商业上吞食它，1942年还是占去了其全部贸易额的百分之七十。
对斯洛伐克人来说，如同捷克人一样，德国对俄国的进攻使形势改变了，尤其因为斯洛伐克提供了通向东线的那么重要的公路和铁道。现在，不可能再保持那种和平乐园的气氛不受到损害了，虽然德军和党卫队在1944年9月以前还设法力图不引人注目。作为三国公约和新秩序的一个公认的支持者，斯洛伐克不得不立即派出一支分遣队去同苏联作战，同时还有计划地向德国输送斯洛伐克劳动力。1942年3月，据宣布，劳动服务将按着德国方针予以改组。下一个月，据称有将近半数身强力壮的斯洛伐克人不是在俄国当兵，就是在德国当工人：一年以后，据估计，这两类每一类拥有大约十二万人。驻在乌克兰的斯洛伐克军以松懈懒散、毫无斗志闻名。除了日耳曼族人的部队外，共产主义宣传似乎在其他部队中取得了进展。1943年1月，改编斯洛伐克军队，把日耳曼族人分配到部队中予以加强，终于认为是必要的了。随着时间的推移，关于甚至在日耳曼族人中也缺乏亲德热情的官方抱怨增多了。斯洛伐克人还发觉自己正同有着相当高比例的斯洛伐克公民的美国在作战，这使他们进一步同他们的领导人疏远了。
转折点随着斯大林格勒战役到来了。从那时起，斯洛伐克人的情绪就变得相当肯定地反德了。蒂索和他的朋友也开始盘算在时机许可时抛弃希特勒。蒂索的朋友西多尔在战争时期一直是斯洛伐克驻梵蒂冈的公使，他消息非常灵通，无疑使蒂索很熟悉国外大事的进展。19