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最迫切需要作出决定的战区——东南亚——对马歇尔的建议实际上存在的障碍特别大。不仅是英美两国，还有荷兰、澳大利亚、新西兰、中国和印度的军队都在那里同日本人作战，同时在世界上一个不太发达的地区，缺乏足够的交通使建立单一的指挥格外困难。提出了类似这样一些实际的障碍而且由丘吉尔和其他的人着重地提了出来，反对马歇尔的建议，根据记录，丘吉尔曾经说：“那里的局势是这样的：某些特殊的战略据点必须守住，每一地方的指挥官对于自己该做点什么都很清楚。困难的问题在于使用到达该地的资源。这是一个只能由有关各国政府解决的问题。”
哈里·霍普金斯在马歇尔和丘吉尔之间安排了一次私下会谈来讨论这个问题。在长时间的会谈中，首相终于能够估量出马歇尔的决心多么大，尽管有着种种忧虑，丘吉尔还是决定退让了。罗斯福也全力支持马歇尔的论点，所以在保证取得这项结果方面起了他的作用。丘吉尔一旦被争取过去后，正如他所具有的特性那样，立即全心全意参与这项计划，并且马上敦促战时内阁对他称之为“战争获胜者”的计划予以批准。
12月29日，这一问题解决了。阿奇博尔德·韦维尔爵士将军被推选出来就任东南亚盟军总司令。所谓美英荷澳（即美国、英国、荷兰、澳大利亚）地区的最高指挥权应当给予一位英国将领，这是美国人建议的。英国的参谋长们最初的反映是惊讶而高兴，但是他们随即认识到，在这种提议的安排下，韦维尔将为前途明摆着的挫败受到公开责难。他们感到这对英美的友好可能是有害的。然而，丘吉尔却坚决地打消了这种担心，决定接受提出的这种安排。
在盟国并没有联合作战的各战区里，对原有的安排并没有作出任何改变。然而，在中国，经过同中国政府磋商以后，建立了一个盟军的第二战区。蒋介石成了“盟军”的总司令，一名美国将领将被任命为他的“参谋长”。美国在中国几乎没有地面部队。很明显，由一个美国人在中国成为副指挥官的这种安排，同美国、英国、荷兰和其他盟国提供部队、船只、飞机和指挥官的那种“盟军”司司令部大不相同。事态的发展使大规模派遣美国部队到中国去的计划落空了，这就使得这种区别更加明显，但在1942年1月初，当这两个新的盟军司令部向世界宣告成立时，这种区别还不十分明显。
关于在战场上统一指挥的原则的协议，引起了在最高司令部内统一指挥的这个甚至更为重要的问题。这使会议比先前更加直接地面临限制国家对武装部队的权力的问题。开始时，一般的问题并没有接触到。讨论倒是针对着这样一个问题：对韦维尔将军的新指挥权将予以什么样的节制？1941年12月29日，参谋长们提出建议，不设立任何特别机构来监督韦维尔。他们认为，这样一个机构将是无效的。它将不得不把同该战区有关的所有小国的代表都包括在内，这样的代表不同本国政府进行磋商就不能共同作出决定来。
罗斯福同霍普金斯讨论过这问题后，拒绝了这项意见。作为代替他建议成立一个新委员会，由三名美国代表和三名英国代表分别代表本国的各军种联合组成，再由一名澳大利亚代表、一名新西兰代表和一名荷兰代表以顾问的身份参加进去。看看后来称为联合参谋长委员会的这一机构起初如何一点一滴、意想不到地成立起来，是很有启发的，这个委员会在大战后来的年代里成了世界上最强有力的团体之一。这里，在总统订正的关于在一个战区内进行部署的一份备忘录里，就可以看到它的起源。
用哈里·霍普金斯的话来说，当罗斯福的新建议提交会议时，“引起了激烈的争论”，英国人很快就把这一争端扩大了。他们指出，权力仅仅限于一个战区的一个国际军事机构，如果无权决定应将什么样的人员和物资运送到战场上去，那将变得毫无意义。但是这种决定，如果不考虑到所有的盟国和所有的战区对战时生产所提出的竞争性的要求，是无法作出的。
在英国人带来向会议提出的建议中，有一项是主张成立一个由英美各军种委派代表组成的常设军事计划组织，英国的计划要求每一国控制整条战线中的一定防区，这个计划组织就是设想出来作为可以协调每一国的军事任务的手段。但是采取任何行动的决定权则仍将由各国政府和它们各自的军事司令部掌握。显然，在远东成立盟国的那些统一的司令部，使任何这类计划不能巧妙地发挥作用，但是罗斯福逐次提出的关于成立一个特别委员会来控制每一战区内“盟国”司令官的建议，是以如何将两国政府现有的资源分配给各战区为根据的。
在随后的讨论中，这两个初步建议被混合起来，于是联合参谋长委员会的概念便成了处理这一问题的唯一合理的方法而出现了。联合参谋长委员会同罗斯福原来的概念不一样，因为它具有世界范围的权限，它同英国的建议也不一样，因为它不只是具有拟订计划的权力。
然而，在阿卡迪亚会议上指定给联合参谋长委员会的权限基本上只是后勤方面的。委员会奉命去“解决以战略方针为根据的广泛的军需计划”，“发布一般的命令，规定分配现有的武器的方针”以及“解决海外行动的先后次序等这些广泛的问题”。这样指派给联合参谋长委员会的相当有限的权力范围，既反映了英国原来的建议，又反映了英国政府不愿意过多放弃他们本国军事行动的独立性而把它交付给一个未经考验的机构的心情。但不久就变得很清楚，控制作战物资和控制作战行动是分不开的，因为在没有物资供应的情况下，什么事也办不成。因此，联合参谋长委员会不久便被迫要求有扩大其权力，使之涉及全盘的“战争的战略指挥”。委员会职权的这一新规定于1942年4月21日获得了批准。
联合参谋长委员会成立的方式以及这个新机构逐步维护其指挥战争的权力的过程，使得一个要不然便会成为大麻烦的问题几乎化为乌有。但是我们不能指望盟国中的小国会赞同一种实际上把他们从最高司令部的核心会议里排除出去的安排。在阿卡迪亚会议期间，关于仿照1918年的盟国最高作战会议的方式建立一个包括所有盟国的团体的问题，大家议论纷纷。小国由于期望建立这样一个会议而坐失时机，尽管这个机构在最初成立时似乎规定只具有军事技术方面的有限权力。
成立联合参谋长委员会的这项协议，引起了这个新机构应在何处集会的问题。很明显，美国人在供应和人力方面都占第一位，而委员会最初的任务就是负责供应和人力的分配。这就为委员会设在华盛顿提供了充分的理由，而美国首都又正介于欧洲战区和太平洋战区之间这一点，则可以举出来作为第二个理由。因此，英国人也同意新的委员会正常的工作地点应该是华盛顿。
实际上，直到阿卡迪亚会议闭幕以后，联合参谋长委员会才正式成立起来。其理由之一是，美国军事管理机构需要作出某种初步的调整。珍珠港事件发生前，美国不存在一个相当于英国参谋长委员会的机构。一个由总统、国务卿、陆军部长、海军部长、陆军参谋长和海军作战部长组成的作战会议不定期地开会。同时，还有一个陆海军联合委员会，负责研究总统交办的专门问题。但是在美国陆海军的高级指挥官中，没有正式的、延续的、日常进行磋商的机构，美国参谋长联席会议直到1942年2月才正式成立起来。
联合参谋长委员会在华盛顿举行会议的这项决定，意味着在大多数会议上英国参谋长们将由代表前往参加。英国委派来参加这个委员会的第一批代表是从已经在华盛顿的人员中就近遴选出来的。代替帝国总参谋长陪同丘吉尔出席阿卡迪亚会议的约翰·迪尔爵士留了下来，成为联合参谋长委员会中英国方面的高级成员。他代表丘吉尔本人，而不是代表英国武装部队的任何一个军种。他的任命起先在美国人中引起了一些问题，因为他们对于军事问题竟然和政治混合在一起不很习惯。迪尔因为具有一个政治身分而遭到反对。后来，美国任命（1942年7月）威廉·D·李海海军上将作为总统的私人代表参加委员会，这样才把这个问题解决了，结果表明迪尔的任命是特别幸运的。他成功地赢得了马歇尔将军以及他的全体美国同事私下的信任和友谊。其程度是任何其他的英国代表从来没有赢得过的。代表皇家海军、皇家空军和陆军的其他英国代表经常更换，而且都没有象迪尔所发挥的那种个人影响。
从1942年1月起，在整个战争年代里，联合参谋长委员会一直每周召开全议一次，有的还不止一次。在正常情况下，英国参谋长委员会和美国参谋长联席会议总是预先分别考虑尚未解决的问题，然后再在联合参谋长委员会的会议上把两国的不同观点进行比较和调整。然而，认为联合参谋长委员会的分歧经常甚或通常总是按国家界限发展的，那就错了。各军种之间的分歧常常掩盖了国家之间的分歧。这种“国内的”分歧在联合参谋长委员会的会议上毫不顾忌地表达出来。
重大的战略决定则在罗斯福和丘吉尔于战争的年代里定期举行的会议上共同作出。在这种时候，英国的三军参谋长总在场，并且代替了他们在联合参谋长委员会里的代表。只有可以称之为盟国行政机构的日常工作，才委托给了华盛顿的联合参谋长委员会。但是日常的行政工作是政府的实质，该委员会赋予英…美的军事合作以一种内容和持续性，而这一点是任何其他方法都不大可能办到的。鉴于英国代表同他们在伦敦的上级经常保持电讯联系，他们能够天天有权把英国最高司令部最近的想法告诉美国人，同时也能把美国人的计划和意见通知英国人。随着情况的变化，委员会能够在已经商定的总的战略结构内就英…美资源的支配作出一些调整。此外，委员会还经常检查英…美的作战计划，并且在所有主要的问题上起草建议供罗斯福和英国的战时内阁批准。一个秘书处和指派来对军事努力的特殊方面提出专门意见的许多小组委员会，确保了联合参谋长委员会的成员获得可以得到的最为精确的情报，使他们能够据以提出建议和作出决定，从而大大扩大了联合参谋长委员会的实际重要性。
联合参谋长委员会后来行使的最显著的法律权力是监督盟军司令官的权力，例如在1941…1942年对韦维尔将军或是在1943…1945年对艾森豪威尔将军。随着联合司令部在战争中变得重要起来。联合参谋长委员会相应地侵入了各国军事行政机构的权力范围。国家最高司令部和联合参谋长委员会之间人员的交叉，避免了任何冲突的可能性。的确，象马歇尔和迪尔那样的人有时一定忘了他们是作为联合参谋长委员会的成员在行使职权呢，还是作为本国参谋长委员会的成员在行使职权。
英美两国协同作战的利益对联合参谋长委员会的成立起了支持和促进的作用。然而联合参谋长委员会的权力主要在于控制作战物资流向各战区的能力，而不在于命令盟军司令官发动某一作战行动或战役的权力，这样说似乎是公正的。的确，战争的后勤和作战是非常紧密联系在一起的，因此要分清这两者实际上是办不到的：供应品、船只、部队、飞机和战舰是所有战役中的决定性因素，只有在联合参谋长委员会同意把这些因素部署到全球去，这一项或另一项军事计划才能成为切实可行。
在阿卡迪亚会议上，并没有作出任何努力使俄国人也来参加联合参谋长委员会。公布出来的文件也没有一项表明俄国人曾经想经常参加委员会的磋商。苏联的制度不适宜于参加委员会的工作，因为斯大林不愿意把作出战略性决定的权力委托给别人，苏联的独裁者也不准备把红军的作战行动置于任何一种联合指挥之下。更为重要的是，俄国同日本还没有处于交战状态。新的联合委员会的成立是由于需要平衡并支配英美两国对轴心国两端的作战努力。只要俄国人的全部作战努力是集中在一条战线上对付一个敌人，他们在这方面便不会有份。等到俄国人准备加入对日本作战时，联合参谋长委员会已经是一个正在发挥作用的机构，似乎有种种理由使这个顺利地进行工作的组织存在下去，而不想把操不同语言、民族利益又同英美两国大不一样的人包括进去，从而冒分裂的风险。
到阿卡迪亚会议举行时，英国在基本的军用补给品方面已经要依靠美国了。丘吉尔访问华盛顿的主要目的之一就是，确保一种圆满的制度，以便在美国、英国和其他需要者之间分配美国的战时产品。经联合参谋长委员会商定以后，这个问题就成为会议的下一个议题了。
和往常一样，英国人有一些明确的建议要提出来。按照他们的计划，应当成立一系列英美联合委员会，上文所提到的军事计划委员会仅仅是其中之一。其他的委员会是：补给委员会，除负责监督军需品的生产外，还负责办理原料的购买和分配工作；军需品分配委员会；船舶管理委员会；以及作为一种可以成立的补充机构，一个协调经济战措施的委员会。罗斯福总统对于设置一个具有这么大职责的补给委员会的建议不大赞成，结果双方商定只立即设置一个联合原料委员会，而把计划和扩大生产的责任留绐各国政府当局。关于成立一个联合船舶调度委员会的建议则没有遭到反对，但是成立一个联合经济战组织的建议却被抛弃掉了。
在这些问题上达成协议并不困难。但在军需品分配委员会的组织工作上却发生了长时间的、有时是很激烈的争执。当然，潜在的争端是谁得到什么，以及什么时候可以得到。美国军官们大叫大嚷地要求获得各种陆军和海军装备。许多人感到，他们的需要应该首先得到满足，只有剩余的项目才应该给予英国或其他盟国。但是在珍珠港事件发生后的头几个月里，已经没有什么剩余了。如果接受了这样一项原则，那末美国人运交给英国和俄国的物资就会停止或减少到微不足道的地步。实际上，美国陆军和海军的负责人始终没有直截了当地驳回盟国对大国战时生产的要求，但是他们经常受到下级很大的压力，因为凡是可以生产出来的东西，这些下级全都要，甚至还不够，英国人当然认为，美国提供给他们的供应品不应中断，也不应作大幅度的减少，这是最根本的，对于这一目的，他们是准备全力以赴的。
因此，围绕着拟议中的军需品分配委员会的权力和组织问题所形成的辩论是紧张的、长时间的。英国原先的建议是以军事上分区负责的原则为基础。他们提议美国战时生产的一定部分应该分配给英国，就象根据《对俄国供应第一号议定书》已经对俄国所做的那样。然后，英国的一个军需品分配委员会就把英国政府可以获得的全部供应品分派给军事上由他们负责的地区内的各国和各军。与此同时，美国的一个委员会则对供应了英国和俄国的需要后剩余下来的美国产品作出同样的安排。根据他们原来的建议，英国在军事上负责的地区包括欧洲被占领的国家、近东以及英国的自治领和殖民地。拉丁美洲和中国则交给美国人去负责。
这种意见没有