进，那末澳大利亚军队就可以在缅甸同样地阻止日军在西翼的前进。正当澳大利亚人横渡印度洋时，美国部队实际上也正在横渡太平洋开赴澳大利亚。
从军事观点来看，这个计划即使有点冒险，似乎也是非常合理的。谁也不能肯定，澳大利亚人会及时到达缅甸，也不能肯定他们的人数足以阻挡住日军。但是丘吉尔的计划并没有考虑到澳大利亚人的心情。因此，1942年2月20日，即在新加坡沦陷后的第五天，当丘吉尔要求澳大利亚政府同意把他们的一个师调往缅甸时，他遭到了坚决的拒绝。而由于丘吉尔的轻率行动，局面变得更糟。他感到时间的重要性，没有等待澳大利亚政府的答复，就命令那些载运澳军的船只朝北驶向缅甸。这只能激怒澳大利亚人。他们记得希腊和新加坡两次战役，感到英国人又一次准备把澳大利亚部队投入一场危险的赌博，这场赌博可能会使澳大利亚本身有受到侵略的危险，柯廷首相断然重申他的要求：澳大利亚各师应予调回，丘吉尔只得同意。2月23日，他在一个简短的电报中答应照办。
这件事不仅严重地挫伤了澳大利亚对英国的忠诚，而且还标志着这样一个重要的迹象，即美英荷澳联军司令部已走向瓦解，盟国在对日作战中的有效合作也已经结束。就理论上讲，澳大利亚政府接受韦维尔作为最高司令官，但到了危急的时候他们却不愿意接受他的计划去保卫由他负责的地区。应当说明的是，澳大利亚人决不是违背了他们应尽的义务。韦维尔和丘吉尔想调往缅甸去的军队，并没有正式拨给美英荷澳联军司令部。他们都是回到本国去的，韦维尔和丘吉尔都无权命令他们去执行任何任务。虽然如此，澳大利亚的拒绝却使韦维尔丧失了在陆上组成一条抗日战线的唯一残存的希望。
在澳大利亚拒绝向美英荷澳联军司令部派遣陆军增援部队后，接踵而来的是一场海军的灾难。1942年2月27日，爪哇海的战役摧毁了或击溃了盟国的海军力量。残余的舰队向西撤退到锡兰或是向南撤退到澳大利亚。自然，英国的舰艇向西驶去，澳大利亚和美国的舰艇则向南驶去。荷兰人妄图留下来，保卫爪哇，但这项工作是办不到的，只有极少数荷兰潜艇逃脱了。3月1日，日军在爪哇登陆。仅仅一星期后，荷兰人就放弃了爪哇岛。
在这最后一幕到来前，美英荷澳联军司令部已经瓦解了。由于澳大利亚人的不妥协，荷兰人的不满意，又没有相当强大的军队，韦维尔只有少数空军部队归他指挥，他最后认为，原先委任他在这片广阔的地区内统一地行使盟国指挥权的工作，是徒劳无益的。早在2月16日，他就预料到爪哇的失守。2月20日，英国部队开始从那个岛上撤退，韦维尔自己于2月25日离开该岛到锡兰去。
韦维尔离开以后，美英荷澳联军司令部名义上依然存在，由荷兰总督出任最高司令官。但他也无能为力。3月1日，还留在爪哇的英国海军司令断定撤退是不可避免的，他的美国同僚也表示赞同，于是盟国的美英荷澳联军司令部就正式解散了。
盟国联合司令部的第一次试验就这样很不光彩地结束了。这是一次惨重的失败。韦维尔和他的部下处在那样不利的情况下，要想取得胜利确实是非常困难的。当时只有在新加坡守得住的情况下，美英荷澳联军司令部才可以成为一个实际的指挥机构。回顾起来，新加坡的沦陷似乎是可以避免的，不过一定得有较好的准备、不同的战术、也许还得有更新式的装备才可以避免，而更新式的装备就只能在牺牲其他战线的情况下才可以获得。这项准备工作至少是超出美英荷澳联军司令部的控制范围的，因为那必须在韦维尔接任前数月甚至数年就开始准备方才有效。总之，第一个盟国联合司令部的短促经历是不愉快的，它的失败在战争时期给盟国在太平洋的合作留下了一个抹不掉的污点。
由于远东和南太平洋的形势发生了如此意外的变化，很明显地军事方面的整顿是必要的。1942年3月9日，罗斯福打电报给丘吉尔提出了一项建议，主要内容如下：
美国将承担起在太平洋地区的全部作战责任。整个地区的陆、海、空军作战方面的决议将由美国三军参谋长在华盛顿作出，华盛顿还将设立一个由澳大利亚、新西兰、荷属东印度和中国组成，并由美国人主持的有关作战事务的顾问委员会。……
中间地区从新加坡延伸到包括印度和印度洋、波斯湾、红海、利比亚以及地中海，将由英国直接负责；所有这个地区的作战事务将由你们来决定。……
在第三地带，即大西洋和欧洲地区，英美将继续共同负责。
总统的这项建议成为几星期谈判的基础。澳大利亚人和荷兰人感到很愤慨，他们对原来用来抵抗日本人的人员与方法都不信任。他们想要在盟国的磋商中具有较多的发言权。但是就实际作战而言，随着东印度的丧失，荷兰人已经失去了在远东作战的作用。与此相反，澳大利亚则处在最前线，因为许多人预计，日本的下一步行动将是进犯这个大陆。因此，澳大利亚人作了坚决的努力，争取在盟国研讨作战的内圈里获得一个席位。澳大利亚政府的外交部长赫伯特·伊瓦特为了使不情愿的英国人和犹豫不决的美国人接受澳大利亚政府的意见，访问了华盛顿和伦敦。谈判的详情不可能从1952年公布的资料中设想出来。但是却可以概括一下1942年4月初所出现的结果。
首先，成立了两个太平洋作战委员会，一个设在伦敦，一个设在华盛顿。伦敦委员会于1942年2月10日成立，主要是希望使澳大利亚人对马来亚作战的经过所感到的不满情绪平息下去。可是从成立的那天起，这个委员会就不起什么重要的作用。澳大利亚人对于由伦敦指挥远东作战一事，是不满意的。主要是由于他们的坚持，才在1942年4月1日成立了第二个太平洋作战委员会，地址是在华盛顿。罗斯福亲自出任主席，中国、英国、荷兰、澳大利亚、新西兰以及加拿大都有代表参加。后来，菲律宾和印度也参加了。公报说，新的太平洋作战委员会将同“伦敦的类似机构”保持密切的联系，但是实际上，这个委员会对太平洋事态的发展只起了很小的影响。
事实上，这两个太平洋作战委员会是对太平洋地区一些愤怒的小国，特别是对澳大利亚的让步。不论是英国或是美国都不愿把战略方面不易作出的重大决定提交这些小国，受这些小国的审议、批评或阻挠。美国的武装部门特别不愿意让文官去控制或指导太平洋地区或任何其他地区的军事战略。英国和美国已经作出了这一基本决定——首先是对德作战。面对着这个事实，澳大利亚人所指望的及早展开大规模军事行动去打击日本，是注定要失望的。至于太平洋委员会的较小成员国对联合参谋部的这个和那个决定所表示的异议，它们的努力全遭到拒绝。结果，太平洋作战委员会仅仅成了一个发泄不满的工具。
两个太平洋作战委员会的成立，标志着使战争的指挥权掌握在一个有广泛代表性的组织手里的种种努力的最高峰。可是由于任何一个代表不同利益的委员会所避免不了的行动迟缓，以及英美两国政府的反对，这个计划完全失败了。澳大利亚和所有其他的小国对重要的战略总是只能发挥有限的影响，好象是从舞台边厢说话那样。由于英美垄断战略方面的决定反映出当时军事和经济力量的现实，所以这个制度运行得很好。看来很清楚，在任何机构内，虽然象澳大利亚、中国、荷兰这样的国家都有着同英国和美国同等的发言权，可是实际上它们却不能作出关键性的决定。大国总不愿把自己的行动交给占多数的小国去表决。
就指挥作战而言，太平洋和远东地区军事司令部的改组，比两个太平洋委员会具有更为实际的重要意义。四个独立的而又互相关联的战区建立起来，代替了美英荷澳联军司令部和在中国的联合司令部。在新的安排中，统一指挥的原则已被抛弃或忽视了。美国人成立了三个司令部：太平洋、西南太平洋和中国…缅甸…印度。在印度，英国人保持着他们传统的军事组织。这种机构就理论上讲是笨拙的，特别在印度，而实行起来甚至更为笨拙。
人们可以猜测为什么马歇尔主张的统一指挥原则被放弃，但在1952年，可以证实这种猜测的资料还没有发表。美英荷澳联军司令部的失败一定是一个因素，而在韦维尔指挥下集合起来的那些国家之间的吵闹也起了一定的作用。新的安排总的说来很明显是一种权宜之计，但是一旦商定了，这些司令部就在战争时期一直持续下去。后来再要改善指挥关系的努力至多只是表面上的成功而已。
在太平洋，新的安排是由1942年4月4日的一道命令规定的。太平洋地区由美国海军上将切斯特·尼米兹负责指挥。他的司令部设在夏威夷，是陆、海军的联合机构，不过海军当然是主要的。另外，在北太平洋、中太平洋和南太平洋分别设立了附属的司令部，新喀里多尼亚和新西兰全归入南太平洋司令部的管辖之下。在这个战区里，唯一重要的盟国就是新西兰。新西兰的作用几乎仅仅限于给养和基地设备的供应。新西兰部队大部分逗留在地中海地区。结果，美国人事实上无可争议地控制了全局。根据上文所引的罗斯福3月9日的建议，不是联合参谋长委员会，而是美国的参谋长联席会议在这个战区里行使着最高的作战指挥权。
西南太平洋地区包括澳大利亚、所罗门群岛、荷属东印度（苏门答腊除外）和菲律宾，全由麦克阿瑟将军负责指挥。1942年3月17日，麦克阿瑟从巴丹来到澳大利亚。当时立即宣布他将担任尚未划定的西南太平洋地区的司令官。同澳大利亚和其他有关方面的磋商进行了相当长的时间，直到1942年4月19日，麦克阿瑟的权力范围才公开予以宣布。西南太平洋是一个盟国联合司令部，英国人、荷兰人、澳大利亚人和美国人全对它作出了正式的贡献。但是实际上，只有澳大利亚人和美国人能够派遣相当多的部队，其他两国的参加都是有名无实的。
然而，澳大利亚人却把他们的军队（除了在中东一直逗留到阿拉曼战役后的一个师以外）、舰艇和飞机全置于麦克阿瑟的最高指挥之下。开始时，澳大利亚的布莱迈将军担任地面部队的指挥，而海军和空军则由美国司令官指挥。后来，麦克阿瑟把陆军的指挥权一分为二，组成了一支独立的美国部队，负责朝北向菲律宾发动进攻。尽管麦克阿瑟的司令部是一个盟国司令部，象尼米兹的司令部一样，但是它却直接隶属于美国的参谋长联席会议，只是间接地受联合参谋长委员会的控制。
在西南太平洋地区，统一指挥的原则很明显地遭到破坏。1942年3月作出决定，尼米兹应在太平洋各地行使海军作战方面的战略指挥权，甚至在麦克阿瑟所指挥的地区以内，但在西南太平洋战区，麦克阿瑟对地面部队和以陆上为基地的飞机享有绝对的指挥权。由于海军指挥权同陆、空军指挥权的分开而产生的许多不幸的后果，都是马歇尔早就料到的。当所罗门群岛和新几内亚的战役需要海、空军采取联合行动时，——象他们经常所做的那样——双方配合得并不很好。对立的主张和对失败的互相指责，发展到了严重的程度。关于个人、战略和作战方面的意见分歧相当自由泛滥。结果，这两个司令部之间的关系在战争时期一直很糟。
参谋部为什么要把整个太平洋的海军指挥权授给海军上将尼米兹呢？这是容易理解的。如果在西南太平洋地区维持一支独立的舰队，归一个独立的司令部去指挥，这将是极其浪费的，特别是在1942年，当美国海军力量薄弱，需要灵活调动航空母舰，往返于珊瑚海和中途岛之间，以应付日军的攻击的时候。当麦克阿瑟在澳大利亚接过指挥权时，日军好象会入侵该大陆并开辟一条主要的陆地战线。在这样的形势下，麦克阿瑟成立陆空军司令部是有意义的。但结果，麦克阿瑟是在新几内亚的丛林区开始作战的，那里并无公路，再加上地形的性质，使陆军完全依靠海空运输提供给养。后来，当麦克阿瑟开始采用跳岛战术时，他同尼米兹的异常关系成为经常发生纠纷的根源。他要靠海军支援和船舶运输，但必须与美国海军当局进行半外交性的谈判，这样才有把握获得他的作战计划所需要的适当的海军支援。
解决这些困难的合理办法就是在整个太平洋地区任命一个最高司令官。但这个办法引起了无可克服的困难。美国海军根本不会考虑把指挥权让给麦克阿瑟，他只不过是一个陆军军人，又同海军并不友好。另一个办法是使麦克阿瑟隶属于尼米兹，但是这样将在美国或许也在澳大利亚引起严重的政治麻烦。结果，并没有采取什么行动，1942年4月的权宜的安排几乎一直持续到战争结束的时候。
中国、缅甸和印度的司令部的安排比太平洋地区更为混乱。美英荷澳联军司令部瓦解后，缅甸的挫败对于阿卡迪亚会议上决定在中国成立的第二个“盟国”司令部有着同样的影响。我们还记得，蒋介石接受了最高司令官的职务并同意由一位美国将领出任他的参谋长。约瑟夫·W·史迪威将军奉命担任这个职位，并于1942年3月3日到了中国。那时，日军已开始侵入缅甸。四天以后，即3月7日，英军被迫撤出仰光。仰光的陷落意味着失去了可以很方便地把物资转运往中国的唯一港口。
中国已经有三个师驻扎在缅甸北部，史迪威尽力想使这三个师投入战斗，以阻止日军的前进。但英国与中国间的矛盾较为尖锐，蒋介石不愿意将部队的无限指挥权托付给这位美国将领。同时，缅甸的英军司令官哈罗德·亚历山大爵士将军与史迪威之间也没有建立起明确的合法关系。蒋介石管辖的“盟国”司令部的地理界限也不明确。阿卡迪亚会议上制订的计划，并没有预见到缅甸会成为一个战区，所以盟国无论在军事上或后勤工作上都没有准备在那里进行一场战争。
这些困难并没有因为打了败仗而得到解除。快到1942年3月底的时候，日军重新发动了攻势，到5月，缅甸全境都陷落了。滇缅公路南段的终点落入了日军的手中，此后，中印间的交通只限于航空路线了。
印度战线同中国战线的自然阻隔，使业已发生纠纷的权限问题更为复杂。这时候，美军又成立了一个中…缅…印新战区。由史迪威担任司令官。实际上，可供他调遣的大部分是空军人员，他们奉派在新开辟的从印度越过“驼峰”到中国的航空线上服役。这是当时从外面接济蒋介石的唯一来源。但是在驼峰的两端，史迪威与两国当局的关系都非常棘手。
在中国，史迪威和蒋介石不断争吵。主要困难是：史迪威的正式官衔是蒋介石的“参谋长”，美国的用意是想使他有正当权力去指挥国民党政府军作战。罗斯福和马歇尔原来希望蒋作为一个盟军总司令，会忙于政治或其他事务，而把有关中国军队的改革、训练和调遣等工作都让史迪威去搞。但是当蒋同意任命史迪威为“参谋长”的时候，他无意赞同这样的计划。他决不愿意将自己的军队交给外国人去指挥，但又觉得对美国公开违抗不大妥当。因此，他采取了迂回曲折的手法，暗中撤销史�