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解放出来，并帮助菲律宾人赢得独立，虽然它应“作为大东亚共荣圈的一个成员国”。
日本呼吁所有的菲律宾官员要坚守岗位，照常工作。那些留在马尼拉的菲律宾官员表示愿意这样做。一旦落入日本军队之手，这些人就由不得他们自己了，但是显然他们中的大部分人是经过仔细考虑后自己选择留下的，尽管不可能所有的人都到巴丹去或者进入山区，这也是事实。然而，有一些迹象表明，他们与奎松之间有谅解，留下来使行政工作继续下去。
1 月23日，日本军政监部设立了一个菲律宾行政委员会。委员会包括主席一人和六个部，每个部有一名菲律宾委员任部长，然而在每个部里有一名日本人作为“顾问”，还有几名助理“顾问”。此外，日本军政监部的军政监对该委员会行使最高权力。
委员会的主席是霍尔盖·巴尔加斯。他曾任菲律宾内阁秘书，与奎松的关系非常密切。在各部的部长中有贝尼尼奥·阿基诺，若斯·洛雷尔，奎因廷·帕雷代斯和克拉罗·雷克托等国民党中的显赫人物。战后，雷克托声称，他们曾从麦克阿瑟和奎松那里得到暗示，要他们“干下去，尽你们所能和这些人讨价还价。努力使菲律宾保持统一、完整。为了未来的菲律宾而这样做。”他以此要求减轻自己和同僚们的罪责。而且雷克托还说，他们同意在日本人手下任职，是希望在日本军政监部和人民之间起一种缓冲作用，以减少日本人的残暴行为，并防止以拉莫斯为首的真正的亲日派取得政权。日本人自己准备将这批真正亲日派尽量放在幕后活动，因为他们意识到人民知道这些人是干什么的。雷克托引证日本人接管的《马尼拉民友报》上经常出现的怨言，说口头上合作，行动上不合作。他说，他和他的同事们尽自己能力所及，在策略上制胜日本人，并向迅速发展趄来的各抵抗团体递送秘密情报，给予援助。他又说，日本人对于与菲律宾人合作的无益早就看透，不抱幻想，他们经常说，菲律宾人中百分之九十五是亲美的，百分之五是说谎的。
这些话中有不少是可以使人相信的，特别是从奎松在1942年初时的心情和他表示过的中立化的愿望来看，可以置信。至于菲律宾人对日本人的态度，最初可能是比较友好的，但随着时间的推移，这种态度改变了，因为日本统治的残暴面目越来越明显，同时日本失败的前景也越来越清楚。这一点，就菲律宾的领导人来说，开始时是完全无法确定的。据说，若斯·洛雷尔在1942年曾说过：“我相信这场战争至少将延续六年，我们不能预料谁将获胜。在此期间，我们将干些什么呢？我们的责任是尽力所能及来减轻人民的痛苦，确保菲律宾民族的生存。”在某种意义上说，菲律宾已经卷入一场战争，但这场战争不是与它直接相干的，只是因为菲律宾是美周的属地而已。许多菲律宾政客对此感到愤慨。因此，他们乐意大肆进行亲日和反美宣传，象洛雷尔、把尔加斯、阿基诺以及其他许多人都不遗余力地这样做了。但是他们所真正要求的是美日两国所允诺的独立。然而，当他们发现日本的诺言——
正如罗斯福曾告诫过他们的那样——是完全虚伪时，他们就高兴地盼望着日本垮台。
战后，对他们过去的行为采取了宽大的政策，他们中的大多数人，包括洛雷尔（他在1943年至1945年期间曾任“新菲律宾”总统），都能够重登政治舞台。实际上，权次于奎松和奥斯梅纳的曼努埃尔·罗哈斯，曾是菲律宾的最显赫的政治人物，而他至少在表面上曾是与日本人站在一起的，他在麦克阿瑟将军的支持下于1946年出任菲律宾总统，他一直统治着这个国家，直到1948年去世时为止。
1942年12月，日本军政监部解散了当时存在的各个政治团体，着手组织“新菲律宾服务协会”——在他加禄语中称为KapisanansaPaglilingkodsa ，BagongPilipinas，或简称为“卡利巴皮”。这与日本国内的大政翼赞会、满洲国的协和会和华北的新民会是类似的。它是一个为大东亚共荣圈的观点进行宣传的综合组织，将努力绥靖那些存在抵抗运动的地区，并组织全体民众促进由日本提出的经济开发规划。值得注意的是：虽然行政委员会主席巴尔加斯是“卡利巴皮”的名义上的会长，但贝尼尼奥·阿基诺是它的总裁，而一向以亲日倾向著名的拉莫斯、皮奥·杜兰和马蒂内都是该组织中的显赫人物。后来，一个妇女联盟和一个青年团也加入“卡利巴皮”。
此外，还授予“卡利巴皮”管理当地居民协会的权力；居民协会是日本人按照与他们自己国内的保甲制相类似的方式组织起来的。这些组织的作用既是政治性的，也是社会与经济性的。日本人要他们在发现陌生人时报告日本当局，并检举那些同情抵抗运动的人，要不然住在附近的人全都要连坐。
在教育问题上，日本人执行他们一贯的政策，即在还没有力量审查课程与教科书以及清除他们认为不利于自己的目标的内容之前，先关闭所有的中、小学和大学。
以后，在1942年春季和夏季，分阶段重新开学。象其他地方一样，他们对使用英语有反感，但是鉴于英语已被广泛使用，他们只得暂时仍容许使用。他们宣布：将来日语和他加禄语将作为官方语言。把他加禄语放进去，是为了安抚菲律宾的民族主义情绪，因为菲律宾政府一直试图使他加禄语成为这个群岛的标准语。但是，象在马来亚和印度尼西亚一样，日本人千方百计地使日本语成为菲律宾的通用语。
日本军事当局在1942年2 月17日制定的“基本教育方针”，目的在于使人们了解作为大东亚成员之一的地位和任务，消除一切西方影响，培植以懂得自己是亚洲人为前提的一种新菲律宾文化，反对西方的“实利主义”，提倡普及日语，着重职业教育，总的说来，是鼓励人们为建立新秩序而努力。
日本人在他们的一般宣传中声称，由于菲律宾人起初曾进行抵抗，他们可以被看作是被征服的人民，因此，可以永远置于日本的统治之下。然而，他们又说，这不是日本的愿望。日本的愿望是要看到菲律宾人实现政治独立，成为大东亚国家大家庭中的一员。但是要达到这个地位，他们必须全心全意、真心实意地和日本合作，而不能仅仅在口头上说为新秩序的理想服务。当他们发现菲律宾人大多数不愿如此做时，日本官员和宣传家对这一点就更为强调，并为此感到恼火。日本执行这一方针的典型例子就是日军司令官本间将军在1942年7 月31日对菲律宾人的一次演说。他说，大东亚共荣圈意味着居住在亚洲的各民族之间建立普遍的友爱关系。他们可以在日本的领导下联合起来，做到这一点。日本作战就是为了这个目的。本间将军首先谴责了那些认为日本扰乱了菲律宾和平的人，据他说，这件事的责任在于美国人，然后，他继续说，现在有机会创造一个新的菲律宾了。建立新菲律宾的基础是根除一切西方影响，恢复原来的民族特性和纯粹的菲律宾传统。美国的生活方式是重物质，重享受，对社会起破坏作用的。本间将军特别抨击了他所谓“过分尊重女性的腐败习俗，这种习俗将破坏东方由来已久的原则，即尊重一家之长。”因此，他说，要获得菲律宾的新生，只有“通过摆脱基于个人主义、自由主义和民主主义的美国文化的颓废影响，重新成为一个真正的东方民族”，才能实现。本间告诫听众说：“渴望独立而又不去努力使自己有资格获得独立的荣誉，那是无用的，也是徒劳的。”接着，他无疑是带着不自觉的幽默说：“正象一只豹子无法改变它的斑纹一样，你们也无法改变自己是东方人这一事实。”
作为他们对菲律宾人“宽大”政策的一部分，日本人在1942年6 月宣布他们打算释放患病的和受伤的菲律宾士兵，条件是：他们必须起誓，将规规矩矩地住在国内，并与日本人合作。宣布这一“殊恩”的通告中说，如果任何战俘起了这个誓，而在释放后背弃誓言，从事抗日活动，那么，“他们不仅在道德上要受到上夭的谴责，而且也要根据日本军法，受到日本皇军的制裁。”这句活的意义，由许多残暴的事例显示了出来：经常有公告贴出，说一批一批的人由于破坏行动或其他反对军事当局的罪行而被处决。但无论日本人如何花育巧语、威胁恐吓或残酷报复，各个地区的反抗运动继续扩大。这些运动中，有些是由美国远东空军的一些零星部队发起的，这些部队原驻在群岛的各个地方，同巴丹的主力部队失去了联系。有许多事例表明，这些士兵拒绝参加温赖特将军（他继任麦克阿瑟将军的职位）率领的部队的投降。此外，还有当地的农民暴动，这些暴动是由于农民遭到日本军队的残害和压迫而引起的；日本军队在这里，正如在别处一样，使得他们的领导人所说的那些崇高理想都落空了。在这些农民暴动中，有“胡克巴拉哈普”，即“人民抗日军”；共产党的影响很快就在这支军队中占了统治地位。随着国内统治力量在大部分地区的崩溃，也出现了许多明目张胆的抢劫活动和出于个人报复的凶杀事件。起初，互相对抗的领导人所率领的各个集团之间并没有什么协作关系，但从1943年春开始，通过无线电和潜艇同在澳大利亚的麦克阿瑟部队建立了联系。麦克阿瑟派特工人员前来，送来了武器和物资，这样，就使得各抵抗部队能实现较大程度的联合，使得他们在以后美国反攻到来时能在切断日军的交通联系方面起有效的作用。
这些事使得日本人深感失望，他们曾希望人民群众能学自己领导人的榜样，与新秩序进行合作。然而表面上，日本人假装说，骚乱仅限于少数垂死挣扎的死硬分子，这些人不久就会被压倒或消灭。可是，在他们的正式声明中，他们的不满情绪是很明显的。因而，在1943年1 月底，东条对国会说，他衷心希望“菲律宾人将进一步加强与我国的合作，这样才能尽早实现其国土的独立。”与这一讲话有关，日本军政监部军政监林铣十郎将军发表了一个公报，说如果菲律宾人盼望早日获得独立，“他们应该以具体行动表现出更大程度的合作”。他还补充说，缅甸将成为第一个获得独立的国家，这件事使驻菲律宾的日本罕感到遗憾——意思是说，缅甸人和日本人合作得比菲律宾人好。巴尔加斯和其他合作者也附和着表达了这些情绪，但是情况并没有明显的改变。1943年4 月11日，巴尔加斯在巴丹失守一周年纪念日的讲演中声称，是美国的“狂妄势力”受到了屈辱，而不是非律宾的民族荣誉受到屈辱。他赞扬“日本的武士气概和空前的宽大精神，这种气概和精神绎受了我方的每一次错误和误会的考验。”
然后，1943年5 月6 日，东条亲自访问了马尼拉，在一次群众大会上作了讲演。
他宣称，美国人“在正义和民主的糖衣标签下巧妙地隐瞒了自己真正的目标”，执行了一项剥削政策。“给你们以廉价实利主义的短暂利益和虚假的经济稳定的感觉——这种经济稳定实质上是完全以依赖美国为基础的，以此来换取你们与生俱来的独立和生存的权利。”他说，这一切现在都改变了。“我非常满意地看到，你们正在创造新菲律宾的事业中努力迈进。在这种情况下，我比以往更加确信你们早日获得独立是适当的。”大东亚相青木一男也同来，他几天后仿照东条的话发表了讲话。
巴尔加斯和洛雷尔作了最大努力来热烈表示对东条的感谢，并保证与日本合作。
他们没有从东条和青木那里得到关于什么时候实现独立和结束日本军事管制的明确声明。东条在返回日本后，只说菲律宾的独立为期不远了。然而在6 月16日，这位日本首相告诉国会说：“我们将在今年之内给予菲律宾以独立的荣誉。”6 月18日，日本军政监部命令“卡利巴皮”组织一个“菲律宾独立筹备委员会”。第二天，“卡利巴皮”举行了一次全国特别会议，大会选出了筹备委员会成员，成员名单经报请日本军司令官批准，在筹备委员会的二十名成员中有罗哈斯，虽然根据他的传记作者和政治上的拥护者布托斯说，罗哈斯对此没有同意。布托斯说，根据日本人指示制订的宪法初稿，罗哈斯成功地使之撤回了；他说服日本人，需要添进更多与1935年宪法相一致的东西，才能取得人民的赞成。宪法第二稿主要是他负责起草的。
这部宪法于9 月4 日签署；三天后，由另外一次“卡利巴皮”大会批准。9 月20日，从“卡利巴皮”的省、市和地区委员会中选出了代表，作为“菲律宾共和国国民大会”约代表。国民大会于9 月25日召开，选举若斯·洛雷尔为新菲律宾共和国的总统。他以前曾担任过内务部长，但由于与美国总督伦纳特·伍德将军争吵，在1921年辞职，以后就没有积极参加政治活动。1936年，他当了菲律宾最高法院的助理法官。他曾作为一个律师，充当日本商行的法律顾问，并把他的几个儿子送到日本求学。日本显然认为他是比巴尔加斯更为可靠的合作者，一些抗日团体显然也有这种想法，因为在1943年6 月的一次未遂暗杀中，他受了伤。
洛雷尔与巴尔加斯和阿基诺一道被召到东京同日本商讨一个同盟条约。他们于10月6 日回国。10月14日，这个条约在马尼拉由村田省藏和雷克托签署。村田省藏曾是非律宾行政委员会的日本总顾问，现在被任命为大使。雷克托则是菲律宾共和国的外交部长。条约规定：日本和菲律宾相互尊重对方的领土完整和独立，双方在进行大东亚战争中实行政治、经济和军事方面的密切合作。但洛雷尔说服了日本人，不坚持要菲律宾向同盟国宣战。这样他就能避免实行征兵，虽然10月14日他在马尼拉所作的总统就职演说中，竭力主张组织一支扩大的警察队去对付游击队。行政委员会前主席巴尔加斯被任命为菲律宾驻日大使，虽然他直到1944年2 月底才在东京递交国书。
1943年10月14日，黑田将军（他在那年6 月任菲律宾的日军司令官）宣告军事管制结束，共和国成立。雷克托说，这件事，以及条约的签订，在双方都是欺骗，因为日本人从来不想给予菲律宾真正的独立，而菲律宾政府也想尽一切可能办法使条约无效。“所有这些事，对日本人、菲律宾人或美国人自己来说，都不是秘密。”
虽然我们可以适当考虑到这是雷克托为自己及其同事所作的辩解，但应当承认，双方都存在着欺骗，这也是事实。日本仍然占领着菲律宾群岛。令人恐惧的宪兵队继续搜捕政治嫌疑犯。既然战局现在不利于日本和它的轴心国同伴，洛雷尔和他的同事们自然加强了他们的骑墙态度，并且尽其所能，少对日本人作积极的支持。作为名义上的一个独立政府，他们可以放手做相当一部分起阻碍作用的事情。他们抗议日本人强迫菲律宾人服各种劳役，抗议日本人任意侵占私人财产，同时在执行日本人要求供应食物和原料的任务中，尽量壮着胆子拖延时间。但是象雷克托承认的那样，他们对日本军队没有控制权，日