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在日本入侵以前，大约二十年中，东印度群岛已经有了民族主义运动。这个运动谋求把当地信仰伊斯兰教、印度教和基督教的居民团结在摆脱荷兰统治、争取政治独立的共同纲领之下。1932年至1934年间，荷属东印度群岛政府进行报复，逮捕了主要领导人苏加诺、穆罕默德·哈达和苏丹·沙里尔，把他们流放到新几内亚。
1937年，在埃米尔·沙里富丁的领导下，民族主义运动再次兴起。埃米尔·沙里富丁建议，如果发生战争，愿同荷兰合作以反抗月本，但要求建立一支印度尼西亚军队并允许印度尼西亚独立，以此作为交换条件。但是荷兰人不答应。当时还有一个印度尼西亚共产主义运动，是由陈·马六甲和塞毛恩组织的。该党的一些领导人被放逐了，共产党也遭到取缔；但是在1941年，共产党仍在地下活动。
在日本人征服东印度群岛时，他们释放了被关押的民族主义运动领导人，并把他们送回爪哇。苏加诺和哈达属于愿意同日本人合作和至少在口头上拥护大东亚理想的那种人。但是，沙里尔和埃米尔·沙里富丁不愿意帮日本人的忙。他们和他们的追随者，不是积极地反抗日本人，至少也是避而远之。共产党人也在继续反抗。
起初，苏加诺和哈达似乎相信，为了报答民族主义者的合作，日本人会愿意给他们某种程度的真正独立。但是，他们不久就大失所望了。日本军事当局很愿意利用他们来煽动人民的反西方情绪，但是强烈反对把东印度群岛统一为一个印度尼西亚国家的任何想法，同时他们禁止悬挂印度尼西亚国旗和唱印度尼西亚国歌。违反命令者就要遭到宪兵队的毒手。实际上，1942年到1943年间，日本的政策主要是分而治之。日本人鼓励印尼人的民族主义来反对非印尼人的少数民族，而同时他们又赞助泛伊斯兰运动，企图面面俱到，八面玲珑，通过泛伊斯兰运动来破坏印度尼西亚统一的主张。他们也讨好信仰印度教和基督教的居民。虽然他们经常许诺要以政治上的让步来报答真诚的合作，但他们对于可能在他们主持下建立的印度尼西亚国的领土范围问题，却故意不表态。
1943年春，在东京讨论了东印度群岛的政治前途问题。东条和重光显然赞同最后给东印度群岛独立，但大本营坚决反对。当时在东印度群岛的地区陆军和海军当局也持反对态度。除了以日本战略上和经济上的利益会受到损害为理由而反对外，他们还认为，如果日本公开答应东印度群岛独立，日本将不再拥有行动自由，并会在任何和平谈判中处于一种困难地位。这种想法的思路是这样的：如果日本象料想的那样能够长期抵御住敌人的反攻，从而迫使对方考虑一个妥协的和平，那末它就需要留有余地来讨价还价；如果它在这以前就答应了所有的占领地区独立，那它事先就丧失了这种讨价还价的条件了。
这些反对意见取得了胜利，在1943年5 月31日的御前会议批准了一项决定，把东印度群岛作为日本的领土，但允许其居民根据能力大小，在政府机构中有一些发言权。于是，1943年6 月15日，东条在日本国会发表的讲话中宣布：鉴于印尼人与日本合作良好，日本政府打算逐步采取措施，允许他们在适合其能力的范围内，参加他们自己政府的工作；他并表示，这件事很快就会在爪哇实现。不久，东条亲自访问了巴达维亚。
起初，日本人曾取消了由部分指定、部分民选的议员组成的众议院。这个众议院是1916年根据荷兰政府的法令成立的；议员人数及其职权在1925年有所扩大。日本人还废除了所有的地方代议制机构。1943年8 月1 日，日军在爪哇的司令官原田熊吉中将宣布：将在爪哇建立一些地方议会，还要建立一个中央溶询议会；印尼人将在各行政机构中占有更多的职位；将来还要对他们作进一步的这类让步，如果他们与日本人合作有功而应该获得这些好处的活。按照这个命令，在各行政区和雅加达建立了部分由选举产生的地方议会，地方议会派十八名议员参加中央议会；中央议会除这十八名议员外，另包括由日本军政监部提名的二十三名议员和由印度尼西亚各素丹提名的十二名议员。地方和中央议会的职责限于就当局愿意向它们提出的一些问题作出建议。日本人还委派了一名印尼人为宗教事务部的负责人，两名印尼人为行政区长官，并允许一些印尼人在军政监部的若干部门里当顾问。爪哇中央谱询议会第一次会议在1943年10月中旬召开。东条和东南亚地区日军最高司令官寺内元帅对这次会议致以祝贺。苏门答腊也同样建立了一些省议会；海军当局迟迟才仿效，在他们的管辖区内也建立起地方议会，但是那时在海军控制地区还没有建立起中央议会。
1942年3 月，在爪哇的日本军事当局扶植了一个名叫“普泰拉”的组织，这是一个同菲律宾的“卡利巴皮”差不多的印尼人的组织。这个组织专门致力于消除西方影响，促进同日本的合作，宣传大东亚理想，并促使共同协力为日本军政监部的经济目标而工作。以苏加诺为领导的这个“普泰拉”组织，不接纳华人、欧亚混血种人和其他少数民族。值得注意的是，日本海军不允许任何类似的活动在它的统治地区出现。日本海军妒忌陆军已经控制了印尼的大部分石油产地。它似乎害怕鼓励（印尼）独立运动的结果可能会把自己从现已控制的地区赶出来。
1943年8 月，在爪哇的日本司令官指示，他希望当地居民以义勇队（或护乡队）
的形式，进一步与日本合作，协助镇压抵抗运动，并在盟军入侵时协助守卫岛屿。
“普泰拉”的成员要求建立义勇队的申请书果然及时递了上来，1943年10月，原田将军高兴地批准了这些申请书。“义勇防护大队”逐步建立了起来，尽管日本人起初在提供他们武装方面非常谨慎小心，只在训练时才发给他们火器。这个防卫组织同马来亚的“义勇军”相似，但必须同“兵补”（日军兵站后勤部）加以区别；印尼人象其他被征服的民族一样，也被招募到“兵补”里面工作。
1943年11月中旬，苏加诺赴东京，表面上是去感谢日本政府所作的政治让步。
实际上，他的目的是去请求东条按照给予缅甸和菲律宾独立的同样条件给予印度尼西亚独立，但是在这个问题上，他没有得到鼓励。据报道，他大失所望地回到国内。实际上，日本人非但不作新的让步，而且在1944年上半年反而在某种程度上从以前为印尼人撑腰的政策上后退了。华人和欧亚混血种人过去所受的严酷的待遇现在有所减轻：而在另一方面，“普泰拉”于1944年3 月被解散了，原因是它表现得过于民族主义，没有能够推动乡村里的印尼人象他们应该做的那样同日本人合作。
“普泰拉”由一个新的组织爪哇社会服务团所代替。这一组织包括所有的民族和宗教团体，也包括日本居民自己的民族和宗教团体。它有一个完全由日本人组成的中央管理局，它的分支一直伸展到下层的居民组织，这些居民组织是日本人在东印度群岛倡办的，他们在其他地方也倡办过这种组织。新成立的爪哇社会服务团的目的是促进对老百姓的总动员，以达到大东亚战争和大东亚共荣圈的目标。
盟军在新几内亚的推进，以及随后塞班岛的陷落和东条内阁的辞职，导致了日本政策的又一次变动。日本在爪哇的军政监部这时准备对印度尼西亚民族主义者作进一步的让步，希望由此把老百姓团结在自己一边，来到抗盟军入侵。在东京召开的由小矶内阁建立的最高战争指导会议的第一次会议，对这个问题提出讨论。陆军各首脑愿意同意政府应允许东印度群岛独立，但是海军当局仍然强烈反对任何这样的宣告。结果于1944年9 月2 日制定了一个一般性的妥协方案。会上一致同意，小矶将军应通知日本国会，将来当给予东印度群岛人民独立，但具体日期没有确定。
至于独立所采取的确切形式和东印度群岛将来对日本的关系，留待以后考虑。声明中没有提到它所包括的领土范围。会上一致同意，在爪哇应立即作出让步，同意“在适合实际情况的条件下”，在其他地区也应采取类似的措施。
因此，9 月7 日，小矶将军公开保证东印度群岛最后将予独立。根据9 月2 日的决定，允许爪哇人民在规定的场合悬挂印度尼西亚国旗和唱印度尼西亚国歌；任命更多的印度尼西亚人为地方行政官和军政监部各部门的顾问。在1944年9 月和11月举行了印尼中央谘询议会特别会议，商讨为保卫东印度群岛而同日本人合作的措施。苏门答腊的日军司令官指出，苏门答腊的地方行政机构将与爪哇的地方行政机构采取一致的步调。1945年1 月，宣布将在苏门答腊建立与爪哇相似的中央谘询议会。
起初，在海军管辖下的地区没有受到这些变化的影响。但是，在莱特湾战役和美国人重新征服菲律宾以后，日本海军已无法保持与东印度群岛之间的交通畅通，也就没有任何理由反对政治上让步的政策了。因此，1945年2 月，海军管制机构为南婆罗洲、西里伯斯和小巽他群岛建立了一个由三十人组成的谘询议会。同时；开始任命更多的印度尼西亚人担任行政职位。
1945年4 月到5 月间，在新加坡讨论了印度尼西亚的独立问题，由那里的陆军总司令官板垣将军主持。当时，板垣并不赞成这个意见。实际上，据说他曾告诉寺内元帅，印度尼西亚独立的时机没有成熟。他报告说，爪哇的日军司令部认为，爪哇的独立在大约一年左右以后可以实现。板垣无疑是想到这样的步骤可能会在马来亚产生有害的影响。
5 月间，由日本人、华人、欧亚混血种人和印尼人在爪哇组成了一个筹备委员会；这个委员会在5 月和7 月举行了两次会议，起草了一个宪法草案。但是它无权做更多的事，也不得处理爪哇范围以外的任何事情。
盟国攻势的迅速进展，不久就使得这些活动停止了。到1945年7 月，澳大利亚和荷兰的军队已经成功地在婆罗洲登陆；在菲律宾，日本的抵抗几乎已经停止；经过拚死的战斗，冲绳岛已经陷落。人们会觉得奇怪，为什么在这个阶段日本人还会不厌其烦地在东印度群岛搞这些政治计划，因为他们现在己不能指望有多长的时间去控制东印度群岛了。然而，日本军队还想通过最后的拚死抵抗来避免无条件投降。当时，东京也把希望寄托于苏联的调解。特别是在下级军官中，有人甚至抱着这种希望：西方国家和苏联的不和会导致苏联来帮助日本。海军大将前田（巴达维亚的海军联络官）似乎已把爪哇共产党人当作将来可能的同盟者了，对他们的活动熟视无睹。
1945年7 月17日，最高战争指导会议决定：应尽快承认东印度群岛的独立。要成立一个独立筹备委员会，整个领土都应包括在独立宣言中。8 月初，寺内奉命为此加紧筹备，以便在1945年9 月而不是他原来考虑的1946年初就能宣布印度尼西亚独立。于是，寺内把苏加诺和其他民族主义运动领导人召来，8 月11日把天皇诏书告知他们。诏书的大意是：荷属东印度群岛的整个领土应归属筹建中的新国家：但是，发布独立宣言的日期仍须由日本政府考虑决定，而且独立政权要在爪哇首先成立。苏加诺在8 月14日返回，于是以苏加诺为主席的独立筹备委员会成立了。组成委员会的委员是：爪哇十三名，苏门答腊三名，外围岛屿五名，均由当地日本司令官提名。
委员会的第一次会议定于8 月19日举行。但是，委员们在8 月15日私下获悉，日本已向盟国投降了。这一消息不准公开宣布，直到8 月21日，日本天皇于8 月15日宣告决定投降的广播发表之后，才公布了这个消息。无论如何，消息早已传出来了。苏加诺和哈达在印度尼西亚青年军（这个组织经常和地下活动分子接触）的敦促下，进行宣告独立的活动。8 月16日，他们与前田海军大将商议，前田同意把这事提交军事当局。军事当局起初不愿意有所行动，声称他们没有接到东京的指示。
但是军事当局的反对受到了抵制，至少做到了使他们不采取任何积极措施来反对苏加诺的行动。苏加诺和他的同事们迅速地修改了他们在5 月间起草的宪法草案。8月17日，在苏加诺的邸宅宣布了印度尼西亚独立。根据这一点，印度尼西亚共和国声称，它不是日本炮制的，它的领导人已经掌握了权力。然而，对发生的事所作的这种叙述，很可怀疑，因为日本军队是有力量控制的，如果他们要这样做的话；在巴达维亚，苏加诺和他的同事们是在日军的权力范围之内的，所以日军有能力剥夺独立运动的领导。按照日本投降的条款，在盟军到达前，日军在东印度群岛应防止政局变动和维持秩序。实际上，他们允许新宣布的共和国行使行政管理职权，并对共和国提供武器，而荷兰军队和平民则仍然被拘留着，由印度尼西亚卫兵代替以前的日本卫兵加以看守。所有这些情况，肯定了荷兰的权力决不可能和平地恢复了；在印度尼西亚，如同在印度支那一样，日本占领的插曲，造成了以后多年来地方民族主义者和不稳定地重建起来的欧洲帝国主义政权之间的冲突。
第三节 大东亚结构
1941年12月8 日，日本天皇对英美的宣战诏书宣告：日本的目的是确保东亚的和平与安定，保卫这一地区不受英美的剥削。这就成为日本人在国内和在他们占领的国家的人民中进行宣传的一个主题。的确，12月8 日这一天，在日本占领区是作为“天皇诏书纪念日”来庆祝的。每逢周年纪念日，日本控制的报纸和电台都要大谈日本发动战争的崇高目的。这个战争被称为“大东亚圣战”。它的目的是建立“大东亚共荣圈”。它具有文化、政治和经济上的含义。日本发言人说，日本不仅是在努力把自己建成为一个自给自足的帝国，而且是在努力建立一种新的道德秩序。因此，例如青木一男（大东亚相）在1942年11月26日宣布：大东亚将以道德原则为基础，目的不仅是创造新的经济秩序，而且要给予这个地区的每一个种族在世界上应有的地位。他声称，这与西方强国的殖民政策是根本不同的。几天以后，东条自己在庆祝1941年12月11日德一意一日协定（在协定中三国保证共同作战，不单独媾和）一周年纪念日讲话时，把日本在亚洲的目的和它的伙伴们在欧洲的目的联系起来，说都是为了建设世界新秩序。他说：“当前的战争，不仅是为了占有自然资源而发生的冲突，而且是为了建设新秩序的道德精神而进行的圣战。在这种新秩序下，所有民族将获得他们有权利获得的一切，世界持久和平也将得到保证。”怀疑论者也许会认为这种话完全是虚伪的，不值一顾；认为这种话不过是一些政府惯于用来掩盖其自私目的的骗人的面纱而已。但是，这种否定的看法不是完全正确的，因为日本军队对战争的看法确有其理想主义的一面。日军认为，它在亚洲正如在本国一样，承担着一种使命：根除它所认为的西方对于东方社会的实利主义的和破坏性的影响。此外，成功地建设大东亚，�