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刘邓非常重视陈毅、邓子恢的到来，一行人刚下太行山，刘邓就派陈赓到晋城迎接。当时路上不安宁时有土顽活动，为了陈邓的安全，陈赓首先命令纵队副司令，率两个旅的部队，从洛阳的龙门到宝丰，将沿途的土匪进行了一次“清扫”，他自已亲自带警卫连，把陈毅接过黄河，迎进洛阳。各纵队领导，也都从宝丰赶到洛阳迎候，会齐一起南下。陈毅于1948年6月14日下午，到了河南宝丰县西北，商酒务地区皂角树村，中原军区驻地。
陈毅到达后，和刘邓一起，住在村边小院旁。后勤部门专门给他腾了一间宽敞的房子，离作战科十几步，方便工作。
陈毅到来之前，刘邓就在机关介绍了陈毅的斗争历史，号召大家向陈总学习。中野的同志对新四军军长陈毅的英名，早已如雷贯耳，如今要朝夕相处，都十分高兴。
陈毅到达的第4天，就用了整整3天时间，向中原局、中野机关和附近驻军县、团以上干部，传达了中央十二月会议以来，党中央、毛主席一系列的指示及会议精神。讲话一开始，他就非常谦虚的说：“我来这边参加工作，我们大家同在刘邓领导下工作。”而刘伯承向大家介绍时，则称陈毅是“军委派来的代表”。的确，陈毅是党中央授命传达中央指示的，所以他说：“中央给我的任务，要我代表党中央向中原全体同志问好！”
陈毅在谈到党中央会议及毛主席所作《目前形势和我们的任务》这一报告的背景时，说：毛主席亲自讲：“我在大别山各兵团没有站住脚，我们不敢开这个会，我也不敢讲这个话，不敢讲伟大的转折点，蒋介石可以打倒，这篇文章要等一年半载再写。因为中原部队站住了脚，胜利靠得住，现在我们才要开会分析、估计，大胆地写文章，向全国人民号召，准备在几年内取得胜利。”陈毅的传达，使中野广大干部战士，对刘邓领导的在大别山进行的十分艰苦的斗争，在全国革命产生的影响，有了更深刻的认识，从而大大地鼓舞了斗志。
陈毅与刘邓融洽相处
陈毅到中原后，见刘邓不用秘书，就叫自己的秘书去中原军区秘书科工作了。每天就和刘邓一样大部分时间都在作战科办公。
刘邓也没有保健医生，陈毅的医生翟光栋就成了他们共同的医生。陈毅去以前，中野的医疗条件很差，刘伯承看病都常吃中药。陈毅去后，就叫翟光栋看病时，将带去的好药给刘邓等首长服用，而他自己生病时，却常去找中野的卫生部长用针灸治疗。
在起草给中央或军委的电报时，他们都是相互谦虚传改。如需三人署名时，陈毅起草的电稿署的都是“刘邓陈”，而邓小平起草的电稿就是署的“刘陈邓”，至今在档案馆内，还能看到老一辈革命家这种深具谦虚美德的电报原稿手迹。
陈毅和刘邓相处十分融洽，亲密。他们住在紧邻，三人都有早起习惯，邓小平起得最早，天一亮就起床，身体也特别好，即使冬天也洗冷水澡。刘伯承每晚临睡前，放一杯盐开水在床头，早上一起床就喝掉这杯冷的盐开水。第一件事就是问警卫员，今天天气如何？刮什么风？云往哪个方向走？大军统帅时刻关心着与战事关系密切的天气变化。他在起床后打一趟拳，然后就端一个小板凳，坐到树林边读俄文，天天如此，从不间断。陈毅早起打拳后，就散步思考问题，一言不发。秘书、警卫员都知道这时候别去打扰他，不然是要挨ke的。
早饭后，他们一起到作战室，或各自办理当天的繁忙军政事宜。晚饭后一起散步，这时气氛就较轻松了，谈天说地，内容十分广泛，政治、军事、文学、历史，直到干部思想、士兵生活，敌军情况，有时还谈到家乡风物（他们三人都是四川人）当年留法、留苏的回忆及轶闻掌故等。谈话中常常夹着四川常用的歇后语，生动、形象，妙趣横生。
在生活上他们也是互相关心。有一次，炊事员做了一碗鸡丝面给刘伯承送去。这在当时艰苦环境中是很难吃到的。他就问：“邓政委、陈司令员有没有？”炊事员说都送了，他才肯吃。
陈毅在中野虽然工作很紧张，但心情十分愉快，不像在华野，有个饶漱石在身边，老是嫉恨他，千方百计盘算他。虽然饶漱石的许多阴谋诡计未能得逞，常常是搬起石头砸自己的脚。但当时，却使胸襟坦荡，性格豪爽的陈毅很不愉快。所以到中野后，他与刘邓相处就心情格外舒畅。滂沱大雨挡不住刘伯承的承诺
陈毅一向钦佩刘伯承对部队对自己均要求十分严格的作风。为了培养大批急需的党政财经干部，中原局成立了中原大学，由陈毅兼任校长。举行开学典礼那天，陈毅请刘伯承去讲话，刘伯承欣然答应准时前往。中原大学校址，离野司驻地还有几十里地，陈毅先走了，谁知走后下起了倾盆大雨。陈毅在大会开始前到处走动，与学员们聊天。校务部门的同志见雨越下越大，就对陈毅说：“雨越下越大，恐怕刘司令员不会来了，是否先开会？”陈毅一听，摇头说：“不行！不行！一定要等，刘司令员这个人是说到做到，一定会来的！”果然，刘伯承在滂沱大雨中，坐车到来。那时坐的都是缴获的美式小吉普车，挡不住风雨的。刘伯承已是浑身湿透。陈毅迎上去说：“这么大的雨还来。”刘伯承说：“说来就要来的。”陈毅要刘伯承去换衣服，不要讲话了。他确实耽心刘伯承淋了雨生病。刘伯承连声说：“开会！开会！”衣服都顾不上换，就向会场走去。会议开始，陈毅以此事为开场白，说：“刘司令员这一行动，就是对我们全体同志一次遵守纪律的最好教育！”会场上顿时响起热烈掌声。
陈毅对两大野战军的团结十分重视，身兼华野司令员、政委，他对华野的干部，甚至很高级的领导，也是要求很严的。豫东战役之后，华野负责人以“军事观察家”名义，在报纸上发表文章，评论该役胜利。文章对中野部队在战役进行中，大力配合作战，在南线牵制胡琏、吴绍周两兵团，在西线牵制郑州敌人的作用未具体提到，显然是忽视中野在全战役中起的重要作用。实际情况是，当时为了保证华野豫东作战的胜利，刘邓陈曾亲自组织前进指挥所，率领中野4个纵队在南线作战，部队为此付出过相当大的牺牲，这些都是陈毅亲自经历了解的，而华野领导也是知道的。所以陈毅看过这篇文章后很生气，当然，他对从这件事反映出来的问题想得更深些。
另一件事，是有一天华野参谋长陈士榘到中野营以上干部会作报告，介绍打洛阳的战斗经验，虽然报告总的讲得较好，但对炮火的作用说得有些过份。以至陈士榘讲完后，天都黑了，刘伯承还叫大家不要走，接着讲了话，叫大家不要有光想依靠大炮作战的心理，强调过去战争中甩手榴弹也战胜了敌人的事实，部队应根据现有装备条件，发挥我军长处，勇敢机智地战胜敌人。
陈毅从这两件事想到许多问题，他认为事情的发生，其根源还在主要领导干部的思想作风、政治修养，如果不及时尖锐指出，任其发展下去，不但对这些同志本人的成长不利，而且会影响两大野战军的团结，那就会对革命事业带来不可估量的恶果。想到这些，陈毅再也无法平静了，他于7月24日，给华野代司令员、政委粟裕，参谋长陈士榘，发去了一封很长的电报，并报中央。电文措词十分严厉，指出：“无论个人的骄傲与部队的自大作风，均属政治问题，即是弱的表现”；要他们“在雨季整训中，注意上述问题的检讨。”
粟裕、陈士榘，很快于7月28日，复电“陈军长，并报军委”，表示“完全接受批评并进行了检讨”并向刘邓及兄弟部队表示歉意。陈士榘也表示，那天讲话后就觉得有不妥之处，“希多方加以指示”，并对步炮协同问题作了解释。
虽然从井岗山时期起，陈毅就是粟裕、陈士榘的老上级，但对当时华野这么高级的领导人提出如此坦率严厉的批评，也表现了无产阶级革命家陈毅胸襟坦荡，对战友、同志和革命事业的高度责任心和原则立场。
淮海大决战三常委轮流值班
淮海战役时，刘伯承、陈毅、邓小平是总前委常委，邓小平是书记。他们住在宿县西北约40公里处一个叫小李家的村子里。村子也的确小，只有二、三十户人家。邓小平、陈毅，为了照顾年大体弱的刘伯承，将他安置在一个单房间里住，邓陈则在此屋的外间，安上两张行军床，对面而卧，为了不影响休息，这里的一部电话机拉了很长的线，谁讲话就到外面去讲。作战室在同一小院的另外几间屋里，总前委的三位领导，就在这里指挥敌我双方兵力逾百万的，决定中国革命之命运的淮海大决战！
在这空前规模的大战役中，工作异乎寻常的紧张，以往战斗中，刘陈邓在作战部署下达后都略事休息，一般由李达参谋长掌握进展，有特殊情况再请示他们，但淮海战役非同小可，他们决定，一昼夜24小时中，一定要保持有一位首长亲自掌握全局，由三人轮流值班。邓小平、陈毅，一直像对待兄长一样尊敬和照顾刘伯承。刘伯承考虑到这一点，就先发制人，抢先提出，三人一视同仁，昼夜值班，“平等待遇”。但邓、陈坚决反对，以二对一的多数票，否决了刘伯承参加值夜班的动议，在经过一番“争论”之后，才同意保留一条：遇着特殊情况时，可以在夜里把刘伯承叫起来一起商议。邓小平又进一步提出，自己身体好，应尽量多值夜班。陈毅当然也不同意，一定要二人“分享”值夜班之权利，即使如此，刘伯承在关键时刻还是不睡，直接给各纵队司令员打电话，了解战况，布置任务，有时用四川话叫大家“要过坳！”而邓小平经常是整夜不睡连续工作。陈毅总是催他“该休息休息，轮到我了！”邓小平才回去闭一会眼睛又来了。所以三位常委“轮流值班”却常常是大家都在。他们是那样的辛劳，以致一段时间过去后，刘伯承的眼镜都快挂不住要往下掉，陈毅不用减胖也成了瘦子，而一向很注重军容的邓小平，竟连修脸的功夫都没有，留起了胡子。这些都那么真实地记录在淮海战役五位总前委成员合影上，看了那张珍贵的照片，直令人感慨万千。
决战时刻，陈毅甘愿啃骨头
在淮海战役进行过程中，每逢研究重大军事行动时，陈毅总是先发言，讲完后就说：“我的意见讲完了，请主帅（指刘伯承）最后决定！”
刘伯承总是谦虚地说：“大家商量，大家商量。”在场的同志也笑。
陈毅却严肃地说：“莫笑！下决心只有主帅，不能大家下。司令员是你，我是副司令！”
当然，一些重大决定，往往还是刘邓陈三人共商定下的。
身兼华野司令员、政委的陈毅，十分体谅中野部队从大别山出来后，部队人员、装备不太充实的实际情况，经常向中央建议，让华野多出部队参加歼灭黄维兵团的作战，除牵制部队外，华野有三个纵队在参谋长陈士榘带领下，直接参加了总攻黄维兵团的战斗。在南线，光消耗，无缴获，最艰苦的阻击任务，就是华野第6纵队担任的。这个纵队是新四军的主力部队，许多同志是陈毅在赣南三年游击战争时的老骨干。淮海战役中陈毅常常直接掌握这个纵队，给纵队领导打电话、写信，严令他们准备伤亡过半，保证中野歼灭黄维兵团作战的胜利，华野6纵坚决执行了陈毅的命令，付出很大代价，圆满完成了阻击任务。
陈毅命令华野一个汽车团，昼夜不停地向中野这边送弹药，一次几十车，对中野作战是有力的支援。
总攻黄维兵团部时，陈毅命令华野特种兵纵队司令员陈锐霆，将主要炮兵全部拉过来支援。陈锐霆接受任务后，冒着敌机空袭的危险，大白天带了个骑兵班，驰马亲至中野领受任务。华野特纵的参战，对全歼黄维兵团起了重要作用。
在打扫战场时，华野个别部队，为争战利品和中野部队发生争吵，问题闹到统帅部来了。陈毅闻知此事，接过电话筒，对该部指挥员说：“你听着！这次战斗中缴获的武器，包括你们已经拿到手的，立即全部交给中野部队！你没有看到兄弟部队的困难吗！谁违犯这一条，要给以严厉的处分！”他接着又说：“不光你的武器结他们，战斗结束后，把你们也交给中野！分什么彼此？都是共产党、毛主席领导的军队嘛！”
陈锐霆在打扫战场时，担任华野战地司令，他遵照陈毅的专门指示，把缴获黄维的全部美械装备，都给了中野。
陈毅和刘伯承的友谊，和邓小平的友谊，及对中野部队的友谊，是共产党内真正无私的，崇高、感人的战斗友谊。
当刘伯承、邓小平领导的第2野战军进军西南时，急需大批军政干部。特别是熟悉故土的四川籍干部。第3野战军司令员兼政委陈毅，就给3野部队下达了一条指示：“只要是四川人，愿意去四川的，都可以到2野去！”
他还帮助2野组建了特种兵纵队和西南服务团，并支援了许多人员、物资，全力支持刘邓大军解放大西南的行动。
刘伯承组建军院，陈毅鼎力相援
1950年，刘伯承奉毛主席函令，筹建陆军大学。刘伯承欣然辞去西南军政委员会主席和2野司令员职务，积极组建全军最高学府。后因考虑还有培训海、空军任务，改名军事学院。刘伯承于1950年11月就任解放军军事学院院长。军事学院校址设在南京。
成立大会那天，出现了十分隆重动人的场面。华东军区暨第3野战军司令员陈毅，代表中央军委授旗。陈毅在一面鲜艳的军旗面前宣读：“今天中国人民解放军军事学院举行成立授旗阅兵式。我代表中央人民革命军事委员会，将我们中国人民解放军伟大的光荣的‘八一’旗帜，授予刘院长伯承同志和军事学院全体同志……”
陈毅讲话后，刘伯承以标准的军人姿态，正步走到军旗面前，双手捧起军旗下角，吻了一下，从陈毅手里接过军旗，庄严讲话：“我接受了我们军事学院的战斗旗帜之后，让我在您面前，向我们中央人民政府和军事委员会提出保证：我们全院人员将永远保持这面尊严而富有光荣的斗争历史传统的旗帜，作为我们军人的英勇与荣誉的象征……”
这一时刻，刘伯承、陈毅两位战友都十分激动，泪花在他们眼里转动。从1926年起，他们就舍生忘死为党创立武装，经过了“八一”起义，土地革命，红军长征，抗日战争，解放战争，踏遍千山万水，付出了多少战友的鲜血和生命，我们的党领导人民终于打下了江山，有了一支经历过无数次血与火考验的强大的人民军队，这支军队的创立、成长、发展，每一个历程都有着他们二人的心血啊！今天，我们的军队又将向更现代化的正规军建设发展，军事学院的成立，培养大批军队高级干部，就是这新的里程的起点，他们怎么能不激动呢！
刘伯承担任军事学院院长后，和亲密战友陈毅同住南京城，心情特别高兴，他希望陈毅能和他一起办好军事学院，共同为我党我军培养高级军政领导出力。因此多次动员陈毅出任军事学院政委，但陈毅实在太忙，他不但统率华东广大地区部队