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最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。
从达尔文给亲属的信中可以看出，“贝格尔”号上的这次危机使他多么焦急不安。当然一方面他特别怀念故乡、家庭和朋友。旅行，特别是航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。如果菲茨·罗伊拒绝指挥，“贝格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回。达尔文自然也就应该结束在“贝格尔”号上博物学家的工作，考虑的只是回去的事了。然而他头脑中却有着另外的打算。
对收集来的材料进行研究，特别是对南美洲的地质考察情况已开始形成一定的构思，都向他提出了新的任务；首先就是要对西部各海岸进行地质考察，特别是科迪列拉山脉的地质学问题。仔细观察自然景象的旅行者的最初热情，对迷人的热带风景的兴奋心情，渐渐地为考察家所具有的那种特别平心静气的浓厚兴趣所代替，因为考察家竭力要做的不仅是要尽可能多收集收集物，不仅是要记录他所观察到的现象，而且还要更好地弄懂和解释这些现象。在途中，他在菲茨·罗伊舰长藏书丰富的图书馆里，熟悉了许多南美和环球旅行的情况后，给自己拟定了未来工作、未来旅行路线和参观一些新地区的计划。他已不能使自己的事业半途而废，不能放弃自觉制定的计划，特别是快要完成的计划。要是“贝格尔”号放弃环球航行的想法向英国驶去的话，达尔文就决定走他自己所拟定的航线，独自越过科迪列拉山脉，研究科迪列拉山脉的地质，走旱路横穿南美洲大陆，再返回东岸到布宜诺斯艾利斯去，然后从那里乘船回英国。
可是危机结束了，决定在完成能发现新地方的诱人的环球航行之后再回英国。同时达尔文决定要更加努力在南美洲西岸进行工作，乘“贝格尔”号到一些岛屿上去旅行，广泛利用在大陆上所用的老办法，即雇佣向导、马匹和骡子，走完所拟定的行程。他始终没放弃越过科迪列拉山脉的念头。
“贝格尔”号全体船员又开始进行测量奇洛埃岛的工作。有几个人在谢利万的指挥下，于十一月二十四日乘着舢板和高速艇前去考察该岛的东部。达尔文雇了几匹马，到岛北端的查卡奥，他要在那里与其他人汇合。另一部分船员则留在“贝格尔”号上，他们应该去考察岛的西部，以便与第一队人马在南部汇合。这时“埃德文切尔”纵帆船已卖掉。
达尔文骑马走的路都是用圆木横铺而成的。因为太阳光线穿不进常绿森林的叶丛下面，所以地面松软、泥泞。
查卡奥本是岛上的主要港口，因为在海峡里的急流和危险的岩礁中间船只经常失事，所以人们就把港口移到圣卡尔洛斯。达尔文在查卡奥遇到了第一队人马。在以后的日子里，这队人马就逐渐地往南推进。被河谷切割开来，分离成很多小岛的平坦的地方，完全被一片不能通行的深绿色的森林覆盖起来。有些地方可以经常看见茅屋。在这片大陆上，现出了三座正在喷出一团团浓烟的巨大的活火山。每座火山的高度都有两千米左右。安第斯山脉本身在这里要比在瓦尔帕来索附近的山脉矮得多。沿途所见的居民，就外貌来看，都是有着红铜面孔的典型的纯种印第安人。他们住得很分散，对沿海地带上的树木很少清除或者清除得很差。
十一月三十日，这队人马来到了卡斯特罗，它曾是奇洛埃岛的古都，但是当时已经变成了一个特别荒凉的地方，总共剩下几百个居民。
达尔文特别注意到植物当中的庞克，庞克这一植物的基干有一米多高，长着四五个齿状的圆叶子，直径超过两米，周长在十一米以上。
十二月六日，这队人马到达了南岛圣佩得罗，“贝格尔”号已停泊在那里。当这队人马中的两名军官，在这里用经纬仪进行测量工作时，据说是这个岛上特有的一只狐狸正在聚精会神地注视军官们的工作，因此达尔文偷偷地走到它的背后，用地质锤朝它头上重击一下，把它打死了。就这样，在这个岛上发现了独有的狐狸。
达尔文和菲茨·罗伊虽然努力要爬上岛巅，但是一切努力都白费了：由于森林中到处都堆积有大量倒下的腐朽的树，所以根本无法通过，他们只好时而一个跟一个从腐烂的树干底下爬过去，时而沿着离地二三米高的树干上走。最后只好放弃这一打算。
十二月十日，达尔文搬到要继续向南驶进的“贝格尔”号上。十三日，他到达了乔诺斯群岛，那里开始了可怕的“不亚于火地岛的”风暴。各个岛屿根本不能通行，所有海岸都无法接近。“必须在海岸上沿着尖角的云母页岩爬行，至于说到森林，那么脸、手和膝盖上的伤痕就明显地说明，要想穿过这些密林需要付出怎样的代价”。
后来，“贝格尔”号又调过船头向北驶去。十二月二十日，“贝格尔”号在靠近特烈斯蒙特斯角以北的地方发现了一处海港，海港附近有一座海拔五百米的形似塔糖的正圆锥体山丘，它比里约热内卢那座名叫塔糖山的山丘更加接近于正圆锥体的形状。尽管山坡非常险峻，达尔文在这里还是爬到了山顶。他在《考察日记》中写道：“在这荒凉的地方，能够爬上一座山的山顶，会使人感到某种不寻常的快乐。只要我不安地期待看到某种新东西，而且这种期待经常使我落空，然而每当我有新的打算时，这种期待总还是一定要出现的。任何一个人都知道，当我们从高山上眺望展现在我们面前的宏伟壮观的景色时，我们心头洋溢着一种胜利和骄傲的心情。而在这些处女般的圣洁、人迹罕到的地方，你会联想到你可能是第一个站在这座山顶上欣赏这一景色的人，在你的这一心情中还会添上某种荣誉感”。
但使他感到惊奇的是，他在荒野的海岸上发现了有人在这里住过的痕迹：悬崖凹处有草铺，草铺旁边有熄灭了的篝火残迹，斧子砍的斧痕。当时他就想到，这是遇难水兵所留下的痕迹。确实，过了几天，当“贝格尔”号发现另外一处海港，并在那里停泊的时候，海岸上出现了一个挥动衬衫的人；派去接他的小船带回两名水手。他们是美国捕鲸船上的流亡者，他们的小船被岸边的暗礁撞得粉碎。他们要沿着海岸走过去是非常困难的；他们当中有一个人就摔死了，其余的两个住在这里的芦草舍里，以海豹和软体动物充饥，一直住了十五个月。他们只有两把斧子和几把刀；他们用燧石取火，那里的燃料是不缺的。
十二月三十日，“贝格尔”号停泊在特烈斯蒙特斯半岛最北一端附近的小港里面。翌日，达尔文同几个旅伴一起爬上了海拔七百米的高山，从那里可以清楚地看见由花岗岩组成的科迪列拉山脉的主脉，花岗岩上面覆盖着一层云母页岩，而云母页岩则已形成宛如手指状的雉堞。
一八三五年一月初，达尔文同菲茨·罗伊乘小船围着这个深水的小海湾绕行一周，途中看到无数海豹，海豹盖满平坦的岩石和部分海岸。以食死尸为生的火鸡兀鹰在窥伺着它们。许多急流如瀑布似地从花岗岩的高山上飞泻入海。海燕、海鸥和鸬鹚在水上飞来飞去，在水中游来游去，捕捉鱼类。有一对美丽的黑颈天鹅和几只海獭也在那里游来游去。
“贝格尔”号在乔诺斯群岛的包港停泊一个星期。娇艳秀丽的植物一直生长到海岸边。大陆上隆起四座火山，科尔科瓦多火山匀称和高峰特别引人注目。
乔诺斯群岛上的树木，比奇洛埃岛上的树木更象火地岛上的树木，因为乔诺斯群岛上的山毛榉树很都平常，该岛更南一些的地区的森林都是山毛榉树。特别值得注意的是，苔藓植物，地衣植物和上型蕨类植物的种类繁多，数量很大。西海岸群岛就象火地岛一样，泥炭形成的过程都是急剧的。泥炭主要由龙血树亚科的一种属astelia pamila和虎耳草科的一个属麦哲伦科形成。
在乔诺斯群岛上，达尔文从为数极少的哺乳动物中指出了两种水栖动物；一种是小海獭，它不仅吃鱼类，而且也捕食大量漂浮的小螃蟹；另一种是啮齿动物鼩鼱，它长有一个又大又长的尾巴，一身珍贵的漂亮毛皮，现在已经引进到苏联，并被驯养成功。此外，在这里曾捉到一只当地小鼠，这种小鼠在许多岛屿上都有，这引起了达尔文的深思。
在奇洛埃岛和乔诺斯群岛，可以经常遇到一种红胸脯的鸥。当地居民认为鸥有各种不同的叫声，有时是吉祥的预兆，有时是不祥的预兆。还有一种身体较大的：“吉德吉德”鸟，它的叫声象小狗。还要指出，特别有趣的是，这些鸟虽然特殊，但却与智利中部的土耳其鸟和塔巴科洛鸟有血缘关系。总之，本地鸟刺耳的尖叫声特别与众不同，只是本地鸟中的一些罕见的鸟种在智利中部才可见到。
这一地区海面上飞翔着凶猛的大海燕。其中一种称为别拉德的海燕，使达尔文感到特别惊讶。按照它的习性和身体构造来看，它并不接近它实际上属于的那一科。它一受到惊吓，就钻进水里，在水下游过很长时间，然后又从水中飞到空中。在空中它直线飞行了一段距离以后，就象石头一样直掉下来，重又潜到水里去。它的嘴和鼻孔的形状，腿的长度，都明显地证明它是海燕。它有潜水习性，脚爪上没有后趾，翅膀短，从远处看，这些都使它接近于与它相似的海雀（鸠）。
一月十八日，“贝格尔”号再次停泊在奇埃洛岛上的圣卡尔洛斯海湾里。19日夜，达尔文用望远镜观看了奥索尔诺火山爆发的动人景象。凌晨，火山停止喷发。
后来才知道，科迪列拉山脉最大的火山——智利的阿康卡瓜火山（它位于北方八百公里开外的地方），也在同一天夜里喷发起来。六小时后，在位于阿康卡瓜火山以北四千三百公里的科谢圭钠火山也发生了大喷发，同时产生了强烈的地震，这次地震在一千六百公里的范围内都能够感觉到。
根据菲茨·罗伊的命令，达尔文和金克被派往卡斯特罗，再从那里横过奇洛埃岛，然后到西岸的库卡奥小教堂。旅伴们骑马，走的又是在沼泽地区里用圆木铺砌成的路。路面的圆木由于下雨而变得很滑，行路非常困难，不过已习惯于当地环境的马匹，却象狗那样灵巧地从一根圆木跳到另一根圆木。路的两边，都被高大而茂密的森林和芦苇围了起来。这一天天气非常好，无数树木正在盛开着花朵，使空气里充满着香气。但是有着无数已经枯干的树干的沼泽森林，总给人留下一种极不愉快的印象。
一月二十三日，旅行者们到达了一座美丽的小城市卡斯特罗。达尔文带来了一封介绍信给当地人彼得罗先生，他特别亲切地接待了旅行者，雇了强壮的马匹，并护送达尔文及其旅伴沿着海岸往南走，在那里有一个小村落，当地一名警卫队长，自告奋勇要亲自把他们护送到库卡奥。他们往西一拐，沿着弯弯曲曲的小路前进，横穿过一个岛，时而穿过巍巍壮观的森林，时而又经过精耕细作的田地；在这些田地上，谷物和马铃薯的长势很好。由于道路非常坏，警卫队长就命令印第安人用当地的一种小船（彼了瓜）把旅行者沿纬度线方向延伸的库卡奥湖运送过去。印第安人在这只做得粗劣的小船里，运装着一头母牛，把这头母牛推倒在船底，四条腿朝上，并用绳子把它牢牢地捆缚在船上。
库卡奥散居着三、四十家模样特别可怜的印第安人。达尔文和金克从这里沿着宽阔的海岸往北走，那里的海浪汹涌澎湃，冲打着海岸。旅行者们想沿着海岸到圣卡尔洛斯去，可是印第安人在这里坚决拒绝给他们带路。于是只好由原路返回。达尔文在《航海日记》中提到了从奇洛埃岛东海岸到科尔科瓦多火山所在的科迪列拉山脉之间这一带的壮丽景色。
一月二十八日，他们终于回到圣卡尔洛斯。
二月四日，“贝格尔”号离开奇洛埃岛，向北航行，由于多雾，所以直到八日方才到达智利的瓦尔迪维亚。这个城市离海岸约有十六公里，分布在沿河一带的低地，周围是茂密的苹果树林。三天后，达尔文带了一个向导出发去旅行。美洲海岸上茂密的处女林与奇洛埃岛上的森林，区别只在于颜色比较鲜绿，这大概是因为智利的常绿树木，比奇洛埃岛上的常绿树木少的缘故。过了几座森林，来到草原之上。旅行者们途中常见的那些印第安人，待人接物十分矜持、直爽，体格健美，显得与众不同。
二月二十日发生了强烈地震。达尔文当时正好在海边，躺在森林里休息。地震是突然发生的，而且持续了两分钟。虽然两腿站稳并不困难，但是地面摇晃却使达尔文感到有些头昏。城里的木头房子摇动得特别厉害，轧轧作响。居民们非常恐慌，纷纷涌到外面。这一次最强烈的震动正发生在退潮的时候：海水急速上涨，上升到最高点时又倒流回来。
二月二十二日，“贝格尔”号离开瓦尔迪维亚，沿着海岸往北继续进行测量。在测量中，倒数第二个锚碎裂了。只好紧急出发到瓦尔帕来索去取新锚。三月三日，“贝格尔”号当时已在航行，舰上所有的人都感觉到地震所产生的又一次强烈震动。
当“贝格尔”号三月四日驶进智利的康塞普西翁市港湾后，达尔文就在基里基纳岛登陆。他在这里首先听到的消息是，二月二十日大地震造成了可怕的毁灭，无论是在康塞普西翁市，还是在塔尔卡瓦诺海湾，所有的房屋全都倒塌，甚至连塔尔卡瓦诺的废墟也被巨大的海浪卷走。达尔文自己很快就证实了，地震以及由地震在海上所引起的巨大海浪的破坏力是巨大的。他亲自测量了由于地震而被散乱抛弃到海岸上表面附有海生生物的岩石碎片。有一块石头几乎有两米长，一米左右宽，有半米多厚。地面的许多大裂缝和移位都是大地摇晃的结果。康塞普西翁的地震是在中午十一时半开始发生的。这就说明死人并不多，因为许多居民都能在房屋倒塌之前跑出去。在这次震动以后不久，在离海岸三、四海里的海面上出现了从海湾中心向前移动的平整的大海浪；它以惊人的力量卷走了海岸上的房屋和树木。达尔文在《考察日记》中写道：“看到建筑物曾经耗费了人类那么多的时间和劳动，却在顷刻之间都被摧毁，真使人感到难过和痛心。但是，对受灾居民的怜悯之情，较之于通常由数个世纪才能完成，而这里却在顷刻之间就发生了的灾变景象所引起的惊奇感，不知怎的却相形见绌。我认为，自从我们离开英国以来，简直没有看到过一种有什么比这更使人感兴趣的景象了”。
三月七日，“贝格尔”号启航向瓦尔帕莱索驶去，于十一日抵达那里。过了两天，达尔文出发上路，以便实现他自己早就想越过科迪列拉山脉的夙愿。在圣地亚哥他早就做好了一切必要的准备。达尔文从平常人们在这里通过的两个山口中挑选了最近的一个山口，即波尔季利奥山口（虽然这个山口更加险峻），以便在归途中能更加容易越过另一个乌斯帕拉塔山口。三月十八日，达尔文离开了圣地亚哥，带着一名向导和一名赶着几匹骡子的人，好不容易才到达肥沃的马伊普河